# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.024 0.003 0.029 0.852 0.046 0.047 2 M 0.029 0.004 0.017 0.893 0.023 0.034 3 I 0.047 0.002 0.022 0.858 0.028 0.043 4 N 0.035 0.002 0.032 0.855 0.036 0.040 5 L 0.028 0.004 0.038 0.866 0.034 0.030 6 R 0.020 0.003 0.037 0.857 0.037 0.047 7 E 0.010 0.002 0.076 0.855 0.031 0.026 8 E 0.007 0.002 0.043 0.882 0.031 0.034 9 S 0.007 0.004 0.050 0.689 0.075 0.175 10 L 0.004 0.005 0.006 0.041 0.146 0.798 11 P 0.010 0.006 0.019 0.023 0.237 0.704 12 E 0.021 0.007 0.029 0.009 0.305 0.628 13 Y 0.056 0.036 0.059 0.013 0.301 0.534 14 F 0.048 0.057 0.008 0.007 0.190 0.691 15 D 0.019 0.009 0.001 0.005 0.058 0.907 16 T 0.001 0.001 0.012 0.966 0.008 0.013 17 A 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 18 Y 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 20 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 23 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.002 26 L 0.001 0.001 0.006 0.970 0.010 0.013 27 F 0.001 0.002 0.018 0.890 0.073 0.017 28 K 0.001 0.001 0.027 0.806 0.130 0.034 29 N 0.002 0.002 0.041 0.392 0.377 0.186 30 T 0.012 0.013 0.047 0.123 0.589 0.217 31 F 0.042 0.017 0.057 0.062 0.401 0.422 32 E 0.101 0.028 0.114 0.104 0.390 0.262 33 W 0.108 0.012 0.090 0.084 0.473 0.232 34 A 0.117 0.010 0.046 0.078 0.471 0.278 35 G 0.193 0.017 0.038 0.031 0.389 0.332 36 Y 0.518 0.028 0.025 0.020 0.200 0.208 37 L 0.730 0.036 0.013 0.010 0.095 0.117 38 R 0.695 0.013 0.008 0.006 0.104 0.174 39 H 0.580 0.011 0.006 0.005 0.147 0.252 40 I 0.464 0.008 0.005 0.005 0.200 0.318 41 P 0.446 0.008 0.005 0.011 0.193 0.338 42 F 0.654 0.016 0.005 0.007 0.129 0.189 43 T 0.751 0.017 0.004 0.007 0.085 0.135 44 F 0.726 0.029 0.007 0.009 0.091 0.139 45 A 0.495 0.023 0.008 0.011 0.221 0.241 46 D 0.264 0.015 0.012 0.009 0.361 0.340 47 G 0.172 0.019 0.015 0.007 0.465 0.322 48 T 0.202 0.051 0.024 0.012 0.428 0.285 49 T 0.217 0.046 0.035 0.010 0.411 0.281 50 A 0.252 0.020 0.038 0.009 0.420 0.261 51 A 0.366 0.023 0.038 0.016 0.331 0.227 52 M 0.414 0.030 0.033 0.021 0.248 0.254 53 P 0.450 0.025 0.030 0.025 0.229 0.243 54 E 0.418 0.033 0.040 0.036 0.214 0.259 55 M 0.346 0.092 0.048 0.052 0.229 0.233 56 K 0.313 0.066 0.064 0.048 0.383 0.127 57 R 0.180 0.014 0.076 0.064 0.498 0.168 58 T 0.074 0.007 0.053 0.077 0.576 0.213 59 G 0.123 0.009 0.011 0.013 0.430 0.413 60 W 0.226 0.021 0.011 0.033 0.188 0.521 61 K 0.408 0.037 0.014 0.032 0.167 0.341 62 N 0.544 0.025 0.031 0.034 0.163 0.204 63 A 0.634 0.017 0.045 0.020 0.137 0.147 64 F 0.663 0.016 0.062 0.018 0.116 0.126 65 A 0.455 0.031 0.047 0.045 0.147 0.275 66 I 0.145 0.016 0.026 0.078 0.230 0.505 67 G 0.011 0.005 0.076 0.330 0.250 0.327 68 D 0.001 0.001 0.257 0.607 0.106 0.028 69 E 0.001 0.001 0.302 0.602 0.081 0.013 70 I 0.001 0.001 0.109 0.819 0.050 0.020 71 Q 0.001 0.001 0.036 0.906 0.032 0.023 72 E 0.001 0.001 0.024 0.949 0.017 0.010 73 G 0.001 0.001 0.016 0.945 0.020 0.018 74 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 75 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.005 76 R 0.001 0.001 0.004 0.980 0.008 0.007 77 L 0.001 0.001 0.005 0.969 0.012 0.012 78 D 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 79 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 80 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.005 82 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.007 83 E 0.001 0.001 0.006 0.965 0.014 0.014 84 K 0.001 0.001 0.019 0.840 0.072 0.066 85 N 0.003 0.003 0.072 0.462 0.273 0.187 86 N 0.005 0.004 0.124 0.210 0.412 0.244 87 L 0.006 0.005 0.209 0.186 0.410 0.183 88 Q 0.008 0.006 0.164 0.224 0.373 0.225 89 G 0.009 0.006 0.107 0.178 0.336 0.364 90 L 0.014 0.018 0.047 0.190 0.298 0.433 91 T 0.012 0.015 0.019 0.158 0.210 0.588 92 R 0.005 0.005 0.088 0.601 0.124 0.177 93 E 0.005 0.003 0.092 0.602 0.188 0.110 94 E 0.002 0.002 0.211 0.647 0.103 0.036 95 F 0.003 0.005 0.076 0.739 0.082 0.094 96 N 0.004 0.004 0.021 0.788 0.063 0.120 97 S 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.005 98 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 99 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 103 F 0.001 0.001 0.006 0.978 0.007 0.007 104 N 0.004 0.001 0.010 0.939 0.022 0.023 105 S 0.010 0.002 0.024 0.879 0.037 0.046 106 L 0.015 0.002 0.036 0.882 0.030 0.036 107 N 0.035 0.001 0.080 0.802 0.045 0.037 108 Q 0.044 0.002 0.035 0.876 0.024 0.020 109 L 0.046 0.005 0.016 0.877 0.020 0.035 110 H 0.062 0.006 0.023 0.476 0.122 0.311 111 P 0.049 0.010 0.049 0.187 0.297 0.408 112 F 0.078 0.046 0.084 0.149 0.410 0.234 113 R 0.040 0.022 0.108 0.151 0.525 0.153 114 E 0.012 0.008 0.147 0.230 0.468 0.134 115 G 0.008 0.006 0.123 0.424 0.286 0.153 116 N 0.020 0.011 0.059 0.576 0.173 0.161 117 G 0.016 0.007 0.015 0.795 0.050 0.117 118 R 0.002 0.001 0.003 0.985 0.004 0.005 119 T 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 120 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 129 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 131 A 0.001 0.001 0.005 0.950 0.008 0.037 132 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.976 133 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 0.961 134 Q 0.213 0.011 0.001 0.001 0.059 0.715 135 L 0.562 0.034 0.002 0.001 0.037 0.364 136 N 0.507 0.024 0.005 0.001 0.059 0.404 137 F 0.324 0.008 0.135 0.003 0.207 0.323 138 S 0.178 0.003 0.120 0.004 0.359 0.336 139 L 0.134 0.007 0.224 0.004 0.383 0.248 140 I 0.120 0.046 0.018 0.009 0.291 0.515 141 T 0.060 0.018 0.004 0.016 0.064 0.838 142 K 0.001 0.001 0.017 0.979 0.002 0.002 143 E 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.001 144 R 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 149 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 151 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 152 V 0.001 0.001 0.005 0.973 0.008 0.012 153 A 0.004 0.004 0.015 0.883 0.062 0.033 154 E 0.005 0.005 0.022 0.733 0.164 0.070 155 N 0.003 0.004 0.018 0.423 0.352 0.200 156 G 0.003 0.006 0.008 0.089 0.362 0.533 157 D 0.003 0.006 0.001 0.021 0.098 0.870 158 L 0.018 0.017 0.005 0.506 0.082 0.372 159 E 0.009 0.005 0.003 0.832 0.047 0.104 160 P 0.003 0.001 0.005 0.954 0.017 0.019 161 M 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.004 162 Q 0.001 0.001 0.007 0.984 0.004 0.002 163 H 0.002 0.001 0.010 0.973 0.010 0.005 164 L 0.003 0.001 0.011 0.955 0.016 0.014 165 F 0.002 0.001 0.013 0.963 0.013 0.009 166 E 0.003 0.001 0.060 0.886 0.036 0.014 167 D 0.002 0.001 0.045 0.889 0.045 0.019 168 I 0.003 0.002 0.035 0.801 0.069 0.091 169 S 0.002 0.006 0.005 0.572 0.088 0.326 170 N 0.001 0.001 0.002 0.241 0.105 0.649 171 P 0.001 0.001 0.009 0.967 0.014 0.010 172 E 0.001 0.001 0.017 0.960 0.016 0.007 173 K 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.003 174 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 175 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 176 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 177 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 178 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 180 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 181 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 182 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 183 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 184 M 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 185 K 0.001 0.001 0.006 0.976 0.012 0.006 186 N 0.001 0.001 0.008 0.930 0.034 0.026 187 T 0.002 0.001 0.014 0.685 0.117 0.181 188 G 0.004 0.003 0.015 0.079 0.302 0.597 189 R 0.016 0.012 0.036 0.052 0.351 0.533 190 N 0.043 0.020 0.048 0.051 0.358 0.479 191 V 0.060 0.017 0.157 0.108 0.352 0.307 192 N 0.075 0.013 0.109 0.111 0.325 0.367 193 D 0.081 0.012 0.123 0.167 0.321 0.296 194 R 0.143 0.013 0.032 0.141 0.274 0.397 195 P 0.204 0.010 0.039 0.157 0.232 0.357 196 V 0.285 0.023 0.047 0.220 0.173 0.252 197 M 0.374 0.030 0.044 0.201 0.163 0.187 198 V 0.344 0.019 0.043 0.176 0.173 0.245 199 A 0.197 0.010 0.030 0.144 0.206 0.413 200 K 0.163 0.012 0.028 0.115 0.191 0.491 201 E 0.163 0.012 0.019 0.065 0.182 0.559