# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.011 0.829 0.007 0.003 0.003 0.004 0.016 0.004 0.002 0.064 0.058 2 M 0.026 0.886 0.005 0.002 0.002 0.003 0.008 0.009 0.001 0.009 0.050 3 I 0.068 0.744 0.007 0.005 0.005 0.008 0.015 0.011 0.002 0.031 0.104 4 N 0.055 0.554 0.003 0.008 0.004 0.010 0.037 0.006 0.002 0.073 0.249 5 L 0.076 0.167 0.130 0.015 0.005 0.011 0.063 0.018 0.043 0.228 0.243 6 R 0.320 0.069 0.029 0.018 0.008 0.016 0.082 0.026 0.012 0.114 0.305 7 E 0.139 0.009 0.002 0.009 0.004 0.008 0.068 0.002 0.002 0.032 0.725 8 E 0.019 0.005 0.001 0.016 0.008 0.014 0.117 0.001 0.001 0.021 0.798 9 S 0.031 0.009 0.001 0.013 0.005 0.010 0.120 0.003 0.001 0.026 0.782 10 L 0.069 0.006 0.001 0.011 0.022 0.024 0.164 0.044 0.001 0.053 0.606 11 P 0.125 0.020 0.001 0.020 0.003 0.008 0.107 0.004 0.001 0.029 0.682 12 E 0.075 0.013 0.001 0.039 0.012 0.025 0.107 0.003 0.001 0.071 0.655 13 Y 0.025 0.082 0.002 0.041 0.013 0.021 0.133 0.002 0.001 0.056 0.624 14 F 0.045 0.332 0.005 0.020 0.013 0.016 0.085 0.008 0.002 0.049 0.424 15 D 0.041 0.839 0.001 0.003 0.002 0.002 0.014 0.005 0.001 0.023 0.069 16 T 0.050 0.815 0.001 0.003 0.001 0.002 0.015 0.003 0.001 0.034 0.075 17 A 0.016 0.777 0.002 0.006 0.002 0.004 0.016 0.002 0.001 0.108 0.066 18 Y 0.014 0.672 0.002 0.003 0.004 0.005 0.019 0.004 0.001 0.213 0.064 19 L 0.010 0.656 0.002 0.003 0.003 0.003 0.010 0.003 0.001 0.259 0.051 20 C 0.009 0.864 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.072 0.038 21 H 0.013 0.889 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.041 0.040 22 I 0.009 0.916 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.003 0.016 0.030 23 H 0.035 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.004 0.026 24 Q 0.098 0.615 0.010 0.003 0.001 0.002 0.026 0.013 0.008 0.046 0.180 25 Q 0.081 0.143 0.066 0.007 0.002 0.003 0.129 0.008 0.038 0.143 0.379 26 L 0.164 0.076 0.021 0.015 0.002 0.004 0.153 0.022 0.010 0.100 0.431 27 F 0.274 0.040 0.010 0.012 0.003 0.004 0.110 0.014 0.007 0.064 0.461 28 K 0.065 0.009 0.001 0.009 0.002 0.004 0.117 0.002 0.001 0.021 0.768 29 N 0.016 0.008 0.001 0.009 0.005 0.019 0.101 0.005 0.001 0.029 0.807 30 T 0.075 0.035 0.004 0.012 0.013 0.024 0.127 0.004 0.001 0.058 0.645 31 F 0.078 0.015 0.012 0.019 0.019 0.033 0.104 0.005 0.005 0.046 0.665 32 E 0.158 0.027 0.002 0.012 0.012 0.024 0.075 0.008 0.001 0.040 0.642 33 W 0.376 0.036 0.002 0.012 0.011 0.019 0.071 0.006 0.001 0.043 0.422 34 A 0.026 0.032 0.003 0.029 0.021 0.053 0.117 0.003 0.001 0.024 0.691 35 G 0.015 0.007 0.002 0.022 0.098 0.221 0.101 0.004 0.001 0.042 0.486 36 Y 0.024 0.003 0.002 0.041 0.208 0.227 0.061 0.003 0.001 0.052 0.379 37 L 0.036 0.001 0.001 0.046 0.097 0.150 0.077 0.001 0.001 0.038 0.553 38 R 0.016 0.001 0.001 0.042 0.207 0.185 0.066 0.001 0.001 0.026 0.456 39 H 0.004 0.001 0.001 0.016 0.026 0.032 0.087 0.001 0.001 0.009 0.825 40 I 0.008 0.001 0.001 0.022 0.229 0.123 0.111 0.021 0.001 0.031 0.454 41 P 0.013 0.001 0.001 0.136 0.051 0.076 0.103 0.002 0.001 0.032 0.586 42 F 0.004 0.001 0.001 0.119 0.135 0.242 0.065 0.001 0.001 0.031 0.401 43 T 0.009 0.001 0.001 0.293 0.103 0.161 0.070 0.001 0.001 0.047 0.315 44 F 0.044 0.001 0.002 0.213 0.059 0.103 0.084 0.002 0.001 0.063 0.428 45 A 0.116 0.002 0.001 0.069 0.023 0.036 0.100 0.002 0.001 0.055 0.596 46 D 0.021 0.001 0.001 0.015 0.008 0.016 0.110 0.002 0.001 0.018 0.808 47 G 0.022 0.001 0.001 0.014 0.016 0.026 0.151 0.004 0.001 0.029 0.737 48 T 0.042 0.002 0.001 0.023 0.048 0.071 0.127 0.009 0.001 0.069 0.607 49 T 0.083 0.002 0.001 0.020 0.026 0.042 0.097 0.002 0.001 0.049 0.678 50 A 0.012 0.002 0.001 0.023 0.080 0.098 0.094 0.001 0.001 0.020 0.669 51 A 0.006 0.004 0.001 0.016 0.036 0.049 0.133 0.001 0.001 0.016 0.739 52 M 0.017 0.003 0.001 0.011 0.094 0.070 0.121 0.019 0.001 0.026 0.636 53 P 0.120 0.023 0.001 0.040 0.037 0.053 0.116 0.010 0.001 0.067 0.534 54 E 0.052 0.007 0.003 0.041 0.032 0.076 0.089 0.002 0.001 0.090 0.607 55 M 0.016 0.005 0.009 0.083 0.028 0.062 0.103 0.001 0.003 0.070 0.620 56 K 0.235 0.008 0.003 0.027 0.051 0.058 0.087 0.006 0.002 0.091 0.431 57 R 0.200 0.004 0.002 0.023 0.008 0.012 0.095 0.003 0.001 0.062 0.590 58 T 0.019 0.001 0.001 0.011 0.010 0.015 0.129 0.002 0.001 0.019 0.792 59 G 0.012 0.002 0.001 0.026 0.024 0.037 0.170 0.003 0.001 0.021 0.703 60 W 0.007 0.004 0.001 0.091 0.089 0.092 0.148 0.003 0.001 0.040 0.526 61 K 0.006 0.005 0.001 0.241 0.138 0.214 0.056 0.003 0.001 0.060 0.277 62 N 0.007 0.004 0.001 0.283 0.126 0.178 0.047 0.001 0.001 0.046 0.308 63 A 0.003 0.001 0.001 0.303 0.171 0.200 0.047 0.001 0.001 0.027 0.247 64 F 0.001 0.002 0.001 0.279 0.112 0.185 0.063 0.001 0.001 0.023 0.334 65 A 0.026 0.020 0.005 0.143 0.090 0.111 0.092 0.003 0.005 0.044 0.463 66 I 0.286 0.332 0.005 0.015 0.011 0.010 0.046 0.021 0.005 0.036 0.234 67 G 0.318 0.355 0.002 0.002 0.003 0.004 0.028 0.014 0.001 0.017 0.256 68 D 0.084 0.219 0.002 0.009 0.006 0.011 0.061 0.005 0.001 0.032 0.570 69 E 0.019 0.286 0.005 0.007 0.019 0.018 0.066 0.003 0.001 0.128 0.448 70 I 0.017 0.870 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.007 0.001 0.011 0.080 71 Q 0.020 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 0.031 72 E 0.004 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.022 73 G 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 74 L 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.007 75 Q 0.024 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.079 0.021 76 R 0.008 0.262 0.008 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.639 0.061 77 L 0.017 0.844 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.001 0.057 0.048 78 D 0.026 0.858 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.031 0.062 79 Q 0.010 0.868 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.012 0.092 80 T 0.052 0.823 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.001 0.016 0.081 81 L 0.094 0.325 0.013 0.003 0.001 0.001 0.018 0.017 0.004 0.428 0.097 82 A 0.044 0.176 0.015 0.003 0.001 0.001 0.048 0.005 0.009 0.487 0.211 83 E 0.049 0.600 0.010 0.002 0.001 0.001 0.039 0.010 0.003 0.032 0.253 84 K 0.064 0.472 0.031 0.004 0.001 0.002 0.041 0.016 0.013 0.051 0.304 85 N 0.193 0.165 0.026 0.004 0.002 0.005 0.076 0.017 0.019 0.095 0.399 86 N 0.360 0.103 0.004 0.003 0.001 0.005 0.043 0.020 0.003 0.054 0.404 87 L 0.236 0.029 0.011 0.006 0.001 0.003 0.061 0.006 0.005 0.049 0.594 88 Q 0.046 0.026 0.002 0.011 0.002 0.004 0.098 0.002 0.001 0.017 0.791 89 G 0.025 0.019 0.001 0.004 0.002 0.003 0.086 0.001 0.001 0.014 0.844 90 L 0.024 0.015 0.001 0.008 0.014 0.008 0.176 0.008 0.001 0.055 0.691 91 T 0.024 0.161 0.001 0.013 0.003 0.006 0.120 0.006 0.001 0.064 0.601 92 R 0.052 0.650 0.001 0.006 0.001 0.002 0.028 0.006 0.001 0.092 0.162 93 E 0.023 0.339 0.003 0.004 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.536 0.072 94 E 0.008 0.690 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.228 0.056 95 F 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.015 96 N 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 97 S 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 98 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 99 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 100 I 0.004 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.266 0.005 101 E 0.001 0.415 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.568 0.008 102 L 0.004 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.051 0.007 103 F 0.013 0.744 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.205 0.022 104 N 0.010 0.886 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.038 0.049 105 S 0.042 0.859 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.003 0.011 0.050 106 L 0.102 0.674 0.020 0.005 0.001 0.002 0.021 0.031 0.010 0.040 0.092 107 N 0.238 0.185 0.005 0.009 0.005 0.008 0.108 0.005 0.004 0.096 0.338 108 Q 0.029 0.143 0.009 0.023 0.007 0.012 0.195 0.004 0.004 0.045 0.529 109 L 0.074 0.081 0.027 0.042 0.009 0.013 0.192 0.019 0.009 0.066 0.468 110 H 0.287 0.076 0.004 0.025 0.024 0.035 0.121 0.017 0.003 0.121 0.287 111 P 0.035 0.046 0.008 0.017 0.005 0.018 0.160 0.003 0.007 0.049 0.652 112 F 0.239 0.019 0.028 0.015 0.007 0.013 0.079 0.012 0.012 0.067 0.510 113 R 0.306 0.003 0.001 0.007 0.007 0.010 0.072 0.006 0.001 0.081 0.506 114 E 0.027 0.003 0.001 0.005 0.002 0.006 0.075 0.001 0.001 0.016 0.865 115 G 0.007 0.009 0.001 0.019 0.003 0.008 0.104 0.001 0.001 0.108 0.740 116 N 0.004 0.200 0.001 0.009 0.030 0.046 0.103 0.004 0.001 0.200 0.403 117 G 0.017 0.594 0.001 0.006 0.010 0.016 0.029 0.002 0.001 0.119 0.207 118 R 0.002 0.829 0.001 0.006 0.014 0.013 0.012 0.001 0.001 0.059 0.063 119 T 0.003 0.922 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.045 0.017 120 Q 0.004 0.864 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.114 0.009 121 R 0.003 0.452 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.522 0.010 122 L 0.004 0.368 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.608 0.011 123 F 0.002 0.751 0.006 0.004 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 0.191 0.032 124 F 0.003 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 125 E 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 126 N 0.007 0.945 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.008 0.025 127 L 0.012 0.929 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.020 0.019 128 A 0.004 0.007 0.441 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.517 0.017 0.010 129 K 0.865 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.001 0.014 0.088 130 A 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.002 0.002 0.041 0.868 131 A 0.016 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.102 0.001 0.001 0.012 0.857 132 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.013 0.116 0.002 0.001 0.026 0.830 133 H 0.012 0.002 0.001 0.014 0.029 0.020 0.111 0.002 0.001 0.065 0.745 134 Q 0.015 0.003 0.001 0.236 0.026 0.050 0.087 0.001 0.001 0.072 0.510 135 L 0.005 0.002 0.001 0.108 0.053 0.088 0.080 0.001 0.001 0.032 0.629 136 N 0.037 0.008 0.001 0.312 0.058 0.078 0.082 0.006 0.001 0.060 0.358 137 F 0.043 0.002 0.001 0.168 0.057 0.076 0.096 0.012 0.001 0.055 0.490 138 S 0.030 0.004 0.001 0.151 0.024 0.041 0.089 0.001 0.001 0.026 0.634 139 L 0.018 0.009 0.001 0.052 0.024 0.032 0.109 0.001 0.001 0.016 0.739 140 I 0.003 0.017 0.001 0.022 0.055 0.040 0.119 0.005 0.001 0.028 0.710 141 T 0.033 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.006 0.030 142 K 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 143 E 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.020 144 R 0.012 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 0.012 145 M 0.011 0.334 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.615 0.021 146 M 0.008 0.802 0.004 0.002 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.128 0.038 147 V 0.012 0.925 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.012 0.036 148 A 0.018 0.833 0.013 0.003 0.001 0.002 0.011 0.009 0.004 0.034 0.072 149 S 0.114 0.640 0.009 0.002 0.002 0.004 0.025 0.018 0.005 0.057 0.123 150 V 0.185 0.345 0.007 0.006 0.002 0.006 0.036 0.016 0.004 0.126 0.266 151 A 0.075 0.111 0.040 0.010 0.004 0.010 0.099 0.003 0.026 0.091 0.531 152 V 0.039 0.048 0.022 0.013 0.005 0.010 0.131 0.002 0.012 0.033 0.685 153 A 0.231 0.046 0.008 0.007 0.005 0.006 0.076 0.015 0.006 0.051 0.549 154 E 0.448 0.015 0.001 0.003 0.001 0.002 0.056 0.010 0.001 0.046 0.417 155 N 0.032 0.008 0.001 0.005 0.001 0.005 0.081 0.003 0.001 0.021 0.844 156 G 0.022 0.013 0.001 0.009 0.003 0.008 0.088 0.001 0.001 0.022 0.834 157 D 0.015 0.082 0.002 0.024 0.032 0.033 0.129 0.002 0.001 0.057 0.622 158 L 0.024 0.430 0.001 0.011 0.008 0.008 0.053 0.003 0.001 0.048 0.414 159 E 0.038 0.816 0.001 0.005 0.005 0.003 0.020 0.004 0.001 0.048 0.060 160 P 0.012 0.915 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.018 0.036 161 M 0.013 0.922 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.005 0.001 0.013 0.032 162 Q 0.037 0.803 0.002 0.005 0.006 0.006 0.011 0.005 0.001 0.073 0.052 163 H 0.027 0.776 0.010 0.007 0.006 0.009 0.021 0.007 0.003 0.058 0.077 164 L 0.078 0.634 0.022 0.010 0.005 0.006 0.033 0.019 0.007 0.054 0.133 165 F 0.198 0.218 0.032 0.016 0.006 0.009 0.062 0.026 0.017 0.188 0.228 166 E 0.156 0.189 0.005 0.013 0.004 0.009 0.098 0.013 0.003 0.097 0.414 167 D 0.108 0.068 0.005 0.016 0.003 0.007 0.108 0.003 0.002 0.081 0.598 168 I 0.020 0.061 0.006 0.023 0.006 0.009 0.159 0.003 0.002 0.096 0.617 169 S 0.017 0.438 0.001 0.004 0.002 0.004 0.057 0.007 0.001 0.031 0.439 170 N 0.035 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.016 0.043 171 P 0.026 0.867 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.044 0.045 172 E 0.008 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.027 0.030 173 K 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.012 174 I 0.011 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.031 0.018 175 R 0.006 0.899 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.047 0.035 176 L 0.011 0.920 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.023 0.027 177 L 0.033 0.880 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.002 0.030 0.029 178 K 0.057 0.696 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 0.002 0.002 0.086 0.131 179 E 0.030 0.306 0.013 0.006 0.001 0.002 0.052 0.003 0.004 0.345 0.237 180 F 0.020 0.842 0.005 0.002 0.001 0.001 0.020 0.011 0.001 0.019 0.078 181 M 0.094 0.723 0.004 0.003 0.001 0.002 0.016 0.012 0.001 0.019 0.126 182 H 0.057 0.360 0.007 0.011 0.002 0.003 0.045 0.007 0.003 0.199 0.307 183 T 0.068 0.120 0.006 0.006 0.002 0.005 0.058 0.006 0.003 0.510 0.216 184 M 0.090 0.273 0.075 0.018 0.003 0.008 0.070 0.021 0.022 0.177 0.243 185 K 0.198 0.179 0.024 0.013 0.003 0.006 0.064 0.011 0.015 0.033 0.455 186 N 0.183 0.074 0.003 0.008 0.004 0.009 0.078 0.009 0.002 0.061 0.568 187 T 0.082 0.115 0.002 0.010 0.004 0.013 0.100 0.013 0.001 0.049 0.611 188 G 0.122 0.093 0.023 0.021 0.004 0.015 0.092 0.008 0.007 0.068 0.547 189 R 0.064 0.058 0.011 0.028 0.021 0.032 0.135 0.010 0.005 0.053 0.584 190 N 0.191 0.045 0.003 0.014 0.010 0.019 0.081 0.009 0.001 0.047 0.580 191 V 0.250 0.025 0.003 0.028 0.016 0.014 0.092 0.006 0.001 0.058 0.506 192 N 0.023 0.023 0.001 0.026 0.018 0.035 0.144 0.003 0.001 0.018 0.708 193 D 0.028 0.151 0.003 0.016 0.014 0.023 0.093 0.006 0.001 0.013 0.652 194 R 0.140 0.185 0.004 0.017 0.076 0.049 0.092 0.059 0.002 0.035 0.341 195 P 0.163 0.342 0.003 0.016 0.027 0.046 0.053 0.012 0.002 0.028 0.308 196 V 0.099 0.201 0.010 0.031 0.049 0.111 0.066 0.007 0.003 0.039 0.382 197 M 0.093 0.104 0.019 0.039 0.054 0.077 0.076 0.007 0.006 0.038 0.487 198 V 0.126 0.055 0.005 0.025 0.053 0.065 0.083 0.009 0.002 0.038 0.539 199 A 0.092 0.035 0.003 0.021 0.033 0.041 0.075 0.005 0.001 0.036 0.658 200 K 0.036 0.021 0.003 0.015 0.019 0.033 0.088 0.003 0.001 0.024 0.757 201 E 0.044 0.019 0.002 0.012 0.046 0.050 0.097 0.008 0.001 0.037 0.685