# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.293 0.159 0.077 0.113 0.075 0.066 0.064 0.047 0.045 0.035 0.025 2 M 0.043 0.036 0.020 0.062 0.067 0.087 0.165 0.147 0.162 0.127 0.084 3 I 0.067 0.049 0.037 0.076 0.087 0.118 0.176 0.135 0.129 0.083 0.043 4 N 0.148 0.163 0.190 0.232 0.129 0.058 0.039 0.018 0.013 0.006 0.003 5 L 0.066 0.061 0.086 0.103 0.102 0.121 0.149 0.102 0.094 0.068 0.048 6 R 0.039 0.043 0.054 0.097 0.095 0.116 0.177 0.126 0.114 0.088 0.050 7 E 0.048 0.067 0.110 0.163 0.168 0.150 0.164 0.069 0.040 0.016 0.005 8 E 0.162 0.149 0.307 0.171 0.093 0.051 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 9 S 0.242 0.202 0.127 0.156 0.105 0.071 0.054 0.020 0.013 0.007 0.004 10 L 0.022 0.025 0.013 0.031 0.047 0.083 0.182 0.164 0.171 0.144 0.119 11 P 0.408 0.219 0.089 0.132 0.085 0.036 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 12 E 0.530 0.165 0.092 0.101 0.048 0.029 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 13 Y 0.081 0.068 0.045 0.137 0.133 0.139 0.188 0.095 0.064 0.033 0.016 14 F 0.007 0.009 0.006 0.018 0.037 0.078 0.166 0.181 0.207 0.169 0.121 15 D 0.022 0.417 0.170 0.175 0.086 0.057 0.041 0.016 0.009 0.005 0.002 16 T 0.036 0.027 0.024 0.119 0.209 0.234 0.200 0.082 0.042 0.018 0.008 17 A 0.776 0.105 0.038 0.042 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 18 Y 0.001 0.008 0.012 0.136 0.175 0.223 0.258 0.116 0.049 0.016 0.006 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.091 0.218 0.318 0.340 20 C 0.001 0.002 0.035 0.109 0.203 0.286 0.239 0.072 0.033 0.015 0.006 21 H 0.003 0.025 0.453 0.272 0.135 0.064 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.108 0.165 0.226 0.266 0.218 23 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 0.170 0.273 0.285 0.203 24 Q 0.001 0.004 0.171 0.274 0.271 0.174 0.071 0.020 0.010 0.004 0.002 25 Q 0.001 0.004 0.055 0.081 0.175 0.308 0.281 0.064 0.021 0.007 0.003 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.115 0.262 0.332 0.240 27 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 0.052 0.220 0.239 0.211 0.155 0.096 28 K 0.014 0.054 0.551 0.248 0.092 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 29 N 0.072 0.092 0.097 0.137 0.164 0.195 0.165 0.045 0.020 0.009 0.004 30 T 0.038 0.046 0.016 0.041 0.035 0.051 0.142 0.173 0.206 0.159 0.093 31 F 0.065 0.052 0.029 0.086 0.123 0.160 0.198 0.115 0.084 0.052 0.035 32 E 0.318 0.211 0.197 0.150 0.060 0.031 0.018 0.007 0.005 0.002 0.002 33 W 0.039 0.056 0.036 0.117 0.134 0.174 0.202 0.109 0.072 0.041 0.018 34 A 0.030 0.021 0.009 0.028 0.033 0.053 0.112 0.136 0.184 0.191 0.203 35 G 0.088 0.065 0.038 0.078 0.083 0.113 0.147 0.110 0.121 0.093 0.064 36 Y 0.051 0.072 0.052 0.153 0.164 0.154 0.157 0.086 0.057 0.035 0.020 37 L 0.010 0.012 0.009 0.026 0.032 0.041 0.099 0.141 0.197 0.217 0.218 38 R 0.017 0.019 0.018 0.077 0.108 0.131 0.183 0.145 0.123 0.098 0.082 39 H 0.075 0.101 0.084 0.210 0.172 0.123 0.108 0.057 0.037 0.021 0.012 40 I 0.033 0.043 0.030 0.090 0.105 0.148 0.201 0.141 0.100 0.070 0.039 41 P 0.187 0.129 0.061 0.157 0.110 0.087 0.099 0.060 0.045 0.037 0.027 42 F 0.008 0.009 0.006 0.024 0.035 0.057 0.135 0.150 0.196 0.201 0.179 43 T 0.034 0.094 0.064 0.144 0.120 0.110 0.139 0.092 0.081 0.065 0.057 44 F 0.006 0.012 0.010 0.045 0.058 0.075 0.155 0.155 0.171 0.160 0.152 45 A 0.054 0.065 0.048 0.127 0.131 0.127 0.155 0.099 0.082 0.063 0.048 46 D 0.201 0.197 0.085 0.231 0.128 0.067 0.048 0.020 0.013 0.007 0.003 47 G 0.256 0.088 0.042 0.104 0.089 0.088 0.110 0.072 0.066 0.052 0.034 48 T 0.264 0.230 0.077 0.139 0.088 0.058 0.056 0.030 0.025 0.020 0.012 49 T 0.167 0.144 0.052 0.139 0.109 0.090 0.110 0.066 0.059 0.040 0.022 50 A 0.166 0.079 0.037 0.109 0.098 0.096 0.119 0.090 0.089 0.070 0.048 51 A 0.180 0.138 0.057 0.136 0.105 0.087 0.099 0.067 0.058 0.044 0.029 52 M 0.031 0.032 0.019 0.072 0.092 0.111 0.159 0.154 0.149 0.116 0.066 53 P 0.112 0.075 0.041 0.087 0.089 0.100 0.129 0.113 0.110 0.092 0.053 54 E 0.116 0.098 0.061 0.135 0.116 0.088 0.123 0.094 0.077 0.057 0.033 55 M 0.077 0.036 0.023 0.066 0.066 0.074 0.137 0.138 0.141 0.141 0.101 56 K 0.072 0.093 0.074 0.186 0.125 0.108 0.123 0.076 0.063 0.047 0.035 57 R 0.079 0.065 0.078 0.119 0.098 0.109 0.140 0.105 0.097 0.070 0.041 58 T 0.278 0.150 0.084 0.135 0.090 0.068 0.069 0.045 0.040 0.028 0.014 59 G 0.397 0.171 0.072 0.102 0.062 0.047 0.052 0.030 0.030 0.021 0.015 60 W 0.150 0.078 0.046 0.103 0.091 0.097 0.127 0.095 0.095 0.072 0.046 61 K 0.073 0.109 0.089 0.212 0.175 0.125 0.100 0.053 0.036 0.019 0.010 62 N 0.032 0.039 0.048 0.090 0.099 0.114 0.159 0.137 0.137 0.086 0.059 63 A 0.036 0.033 0.032 0.090 0.112 0.135 0.188 0.152 0.118 0.073 0.031 64 F 0.025 0.021 0.016 0.042 0.056 0.073 0.169 0.182 0.194 0.141 0.081 65 A 0.018 0.014 0.011 0.027 0.037 0.050 0.113 0.149 0.209 0.209 0.164 66 I 0.023 0.060 0.026 0.088 0.109 0.123 0.169 0.128 0.123 0.094 0.058 67 G 0.037 0.038 0.023 0.071 0.101 0.124 0.189 0.150 0.131 0.087 0.049 68 D 0.561 0.143 0.069 0.091 0.056 0.029 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 69 E 0.099 0.230 0.100 0.208 0.160 0.101 0.068 0.019 0.009 0.004 0.002 70 I 0.002 0.006 0.005 0.011 0.016 0.039 0.118 0.158 0.211 0.224 0.209 71 Q 0.293 0.166 0.154 0.215 0.109 0.042 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 72 E 0.451 0.150 0.290 0.089 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.002 0.009 0.023 0.045 0.055 0.151 0.321 0.173 0.113 0.068 0.040 74 L 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.055 0.258 0.206 0.201 0.149 0.102 75 Q 0.006 0.019 0.774 0.136 0.043 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.003 0.021 0.338 0.280 0.194 0.117 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.057 0.110 0.275 0.312 0.235 78 D 0.001 0.001 0.020 0.037 0.099 0.238 0.408 0.119 0.054 0.019 0.006 79 Q 0.003 0.013 0.875 0.082 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.001 0.005 0.043 0.045 0.096 0.246 0.368 0.121 0.049 0.021 0.006 81 L 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.006 0.053 0.119 0.258 0.307 0.240 82 A 0.004 0.019 0.249 0.167 0.207 0.154 0.128 0.043 0.018 0.008 0.003 83 E 0.012 0.041 0.697 0.134 0.063 0.031 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 84 K 0.061 0.049 0.087 0.100 0.112 0.149 0.222 0.097 0.068 0.038 0.016 85 N 0.123 0.055 0.062 0.063 0.059 0.097 0.194 0.133 0.115 0.065 0.034 86 N 0.081 0.109 0.207 0.160 0.122 0.102 0.106 0.050 0.032 0.020 0.011 87 L 0.018 0.035 0.051 0.059 0.074 0.094 0.188 0.152 0.149 0.113 0.068 88 Q 0.261 0.197 0.161 0.143 0.094 0.056 0.045 0.019 0.013 0.007 0.003 89 G 0.457 0.122 0.063 0.114 0.081 0.057 0.053 0.023 0.016 0.009 0.005 90 L 0.044 0.036 0.019 0.058 0.085 0.113 0.204 0.166 0.133 0.097 0.047 91 T 0.194 0.363 0.076 0.129 0.085 0.056 0.040 0.021 0.017 0.012 0.007 92 R 0.047 0.051 0.031 0.108 0.149 0.179 0.183 0.108 0.079 0.045 0.022 93 E 0.390 0.143 0.061 0.113 0.082 0.063 0.067 0.032 0.025 0.015 0.009 94 E 0.185 0.161 0.135 0.277 0.132 0.052 0.034 0.012 0.007 0.003 0.002 95 F 0.007 0.009 0.006 0.017 0.024 0.049 0.130 0.178 0.227 0.204 0.148 96 N 0.002 0.005 0.007 0.028 0.061 0.138 0.249 0.190 0.161 0.098 0.062 97 S 0.020 0.037 0.219 0.214 0.186 0.155 0.108 0.030 0.019 0.008 0.004 98 E 0.005 0.020 0.051 0.165 0.185 0.217 0.228 0.076 0.033 0.013 0.005 99 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.010 0.051 0.127 0.284 0.304 0.211 100 I 0.002 0.001 0.008 0.013 0.019 0.039 0.136 0.152 0.212 0.231 0.188 101 E 0.001 0.008 0.260 0.197 0.201 0.159 0.103 0.037 0.020 0.008 0.003 102 L 0.001 0.002 0.013 0.016 0.022 0.062 0.252 0.212 0.207 0.149 0.066 103 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.068 0.143 0.241 0.298 0.226 104 N 0.004 0.005 0.028 0.023 0.027 0.054 0.181 0.192 0.222 0.168 0.096 105 S 0.002 0.008 0.073 0.127 0.174 0.198 0.215 0.108 0.059 0.025 0.011 106 L 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.006 0.040 0.098 0.227 0.329 0.281 107 N 0.003 0.003 0.009 0.046 0.082 0.143 0.266 0.202 0.147 0.070 0.027 108 Q 0.007 0.027 0.176 0.101 0.088 0.105 0.165 0.116 0.114 0.065 0.036 109 L 0.003 0.006 0.008 0.029 0.042 0.076 0.179 0.208 0.206 0.158 0.088 110 H 0.015 0.025 0.012 0.045 0.058 0.091 0.203 0.198 0.179 0.114 0.061 111 P 0.063 0.090 0.045 0.121 0.123 0.101 0.142 0.116 0.091 0.065 0.044 112 F 0.027 0.016 0.008 0.032 0.043 0.059 0.135 0.160 0.201 0.165 0.154 113 R 0.094 0.105 0.052 0.159 0.162 0.138 0.118 0.067 0.051 0.030 0.024 114 E 0.170 0.124 0.048 0.151 0.112 0.109 0.111 0.069 0.049 0.035 0.021 115 G 0.090 0.067 0.031 0.069 0.079 0.092 0.148 0.122 0.126 0.100 0.076 116 N 0.018 0.032 0.014 0.051 0.065 0.073 0.181 0.165 0.168 0.134 0.099 117 G 0.047 0.058 0.027 0.129 0.179 0.195 0.155 0.079 0.064 0.039 0.029 118 R 0.013 0.020 0.019 0.069 0.114 0.160 0.247 0.143 0.108 0.064 0.041 119 T 0.003 0.003 0.006 0.013 0.016 0.025 0.089 0.141 0.221 0.240 0.243 120 Q 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.022 0.103 0.149 0.250 0.251 0.202 121 R 0.002 0.005 0.027 0.059 0.074 0.112 0.191 0.152 0.157 0.133 0.087 122 L 0.001 0.002 0.023 0.016 0.022 0.039 0.143 0.174 0.199 0.203 0.178 123 F 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.006 0.037 0.103 0.228 0.312 0.303 124 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.075 0.119 0.232 0.295 0.259 125 E 0.001 0.001 0.022 0.033 0.067 0.138 0.280 0.149 0.144 0.096 0.070 126 N 0.001 0.001 0.017 0.018 0.028 0.076 0.269 0.186 0.196 0.132 0.076 127 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.010 0.062 0.143 0.248 0.293 0.231 128 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.009 0.044 0.098 0.208 0.292 0.335 129 K 0.001 0.001 0.026 0.061 0.141 0.233 0.292 0.126 0.068 0.032 0.019 130 A 0.001 0.008 0.080 0.068 0.105 0.175 0.271 0.130 0.102 0.041 0.019 131 A 0.002 0.005 0.004 0.024 0.044 0.131 0.359 0.213 0.127 0.068 0.025 132 G 0.758 0.140 0.036 0.048 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 H 0.007 0.026 0.017 0.069 0.097 0.136 0.208 0.177 0.127 0.085 0.051 134 Q 0.126 0.191 0.069 0.234 0.187 0.105 0.057 0.017 0.008 0.003 0.002 135 L 0.002 0.002 0.001 0.003 0.005 0.011 0.055 0.111 0.259 0.265 0.287 136 N 0.067 0.139 0.076 0.218 0.158 0.115 0.118 0.048 0.031 0.017 0.012 137 F 0.004 0.005 0.002 0.011 0.018 0.029 0.083 0.128 0.233 0.237 0.250 138 S 0.083 0.122 0.045 0.158 0.136 0.132 0.140 0.071 0.052 0.036 0.025 139 L 0.078 0.054 0.043 0.145 0.150 0.141 0.171 0.094 0.069 0.038 0.017 140 I 0.028 0.028 0.016 0.051 0.081 0.094 0.195 0.169 0.158 0.108 0.072 141 T 0.033 0.387 0.099 0.189 0.098 0.071 0.061 0.028 0.018 0.010 0.006 142 K 0.008 0.012 0.011 0.065 0.160 0.227 0.251 0.126 0.082 0.040 0.018 143 E 0.781 0.112 0.057 0.035 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.003 0.024 0.037 0.252 0.231 0.211 0.163 0.052 0.019 0.005 0.002 145 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.097 0.230 0.316 0.315 146 M 0.001 0.003 0.031 0.074 0.143 0.290 0.267 0.097 0.055 0.027 0.013 147 V 0.002 0.020 0.560 0.231 0.104 0.046 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.030 0.165 0.170 0.216 0.224 0.180 149 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.015 0.082 0.163 0.267 0.272 0.189 150 V 0.002 0.010 0.162 0.151 0.169 0.181 0.158 0.076 0.050 0.027 0.014 151 A 0.002 0.010 0.109 0.074 0.120 0.205 0.264 0.102 0.062 0.036 0.015 152 V 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.020 0.090 0.131 0.228 0.284 0.223 153 A 0.008 0.011 0.011 0.048 0.092 0.144 0.241 0.178 0.145 0.080 0.042 154 E 0.104 0.137 0.280 0.194 0.117 0.078 0.051 0.020 0.010 0.005 0.003 155 N 0.238 0.165 0.083 0.179 0.120 0.083 0.081 0.029 0.014 0.007 0.003 156 G 0.455 0.113 0.032 0.082 0.072 0.063 0.064 0.044 0.034 0.026 0.015 157 D 0.052 0.321 0.056 0.167 0.118 0.090 0.088 0.042 0.032 0.021 0.013 158 L 0.008 0.009 0.005 0.025 0.051 0.090 0.177 0.165 0.207 0.150 0.113 159 E 0.458 0.239 0.079 0.126 0.058 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 160 P 0.016 0.068 0.042 0.232 0.211 0.175 0.142 0.062 0.033 0.013 0.006 161 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.052 0.107 0.229 0.275 0.311 162 Q 0.003 0.005 0.016 0.092 0.163 0.254 0.266 0.106 0.058 0.026 0.011 163 H 0.004 0.031 0.383 0.247 0.139 0.092 0.057 0.023 0.013 0.007 0.004 164 L 0.001 0.001 0.004 0.012 0.023 0.056 0.195 0.207 0.196 0.175 0.129 165 F 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.048 0.120 0.241 0.312 0.259 166 E 0.002 0.009 0.114 0.160 0.225 0.208 0.165 0.058 0.037 0.015 0.007 167 D 0.020 0.054 0.265 0.231 0.155 0.138 0.088 0.027 0.014 0.006 0.002 168 I 0.003 0.003 0.003 0.008 0.016 0.044 0.182 0.208 0.227 0.203 0.103 169 S 0.041 0.059 0.025 0.046 0.041 0.069 0.152 0.159 0.175 0.142 0.091 170 N 0.126 0.208 0.116 0.163 0.136 0.105 0.077 0.033 0.021 0.011 0.005 171 P 0.612 0.130 0.080 0.087 0.040 0.023 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 172 E 0.162 0.090 0.071 0.112 0.095 0.105 0.151 0.083 0.064 0.042 0.024 173 K 0.010 0.015 0.039 0.055 0.060 0.113 0.232 0.175 0.157 0.094 0.048 174 I 0.027 0.036 0.249 0.226 0.158 0.132 0.101 0.038 0.021 0.009 0.003 175 R 0.035 0.054 0.644 0.144 0.067 0.033 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 176 L 0.001 0.004 0.028 0.022 0.027 0.068 0.224 0.190 0.201 0.153 0.083 177 L 0.001 0.002 0.016 0.020 0.048 0.123 0.320 0.195 0.153 0.087 0.037 178 K 0.021 0.031 0.789 0.106 0.035 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 179 E 0.004 0.026 0.186 0.174 0.211 0.205 0.140 0.034 0.014 0.005 0.002 180 F 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.008 0.052 0.103 0.255 0.311 0.257 181 M 0.010 0.016 0.099 0.175 0.230 0.228 0.165 0.045 0.021 0.008 0.003 182 H 0.021 0.039 0.790 0.095 0.034 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 183 T 0.004 0.011 0.031 0.048 0.068 0.145 0.327 0.161 0.114 0.063 0.029 184 M 0.006 0.004 0.012 0.013 0.017 0.045 0.177 0.208 0.245 0.183 0.091 185 K 0.029 0.064 0.474 0.218 0.115 0.056 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 186 N 0.023 0.058 0.346 0.130 0.113 0.114 0.108 0.047 0.035 0.018 0.008 187 T 0.036 0.029 0.029 0.055 0.065 0.101 0.204 0.156 0.148 0.113 0.064 188 G 0.313 0.176 0.113 0.122 0.080 0.066 0.064 0.028 0.020 0.010 0.005 189 R 0.114 0.123 0.211 0.155 0.119 0.091 0.084 0.044 0.032 0.018 0.010 190 N 0.130 0.135 0.083 0.137 0.117 0.103 0.126 0.065 0.053 0.033 0.019 191 V 0.107 0.080 0.075 0.122 0.115 0.119 0.149 0.091 0.076 0.043 0.023 192 N 0.265 0.182 0.144 0.164 0.102 0.058 0.045 0.020 0.012 0.006 0.003 193 D 0.172 0.165 0.115 0.151 0.114 0.098 0.089 0.045 0.028 0.015 0.007 194 R 0.059 0.070 0.034 0.093 0.119 0.141 0.191 0.123 0.091 0.055 0.024 195 P 0.412 0.169 0.104 0.133 0.073 0.043 0.031 0.015 0.010 0.006 0.003 196 V 0.134 0.108 0.114 0.153 0.121 0.100 0.123 0.064 0.048 0.024 0.010 197 M 0.076 0.075 0.065 0.112 0.100 0.112 0.161 0.117 0.090 0.059 0.032 198 V 0.054 0.062 0.058 0.096 0.102 0.123 0.174 0.128 0.098 0.070 0.035 199 A 0.122 0.122 0.215 0.191 0.127 0.086 0.071 0.032 0.020 0.010 0.004 200 K 0.260 0.146 0.187 0.172 0.099 0.057 0.042 0.018 0.011 0.005 0.002 201 E 0.331 0.175 0.088 0.131 0.082 0.058 0.057 0.032 0.023 0.015 0.008