# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.031 0.096 0.003 0.004 0.003 0.003 0.036 0.001 0.001 0.001 0.822 2 M 0.054 0.348 0.002 0.013 0.016 0.030 0.164 0.005 0.001 0.005 0.362 3 I 0.060 0.651 0.002 0.009 0.006 0.017 0.050 0.005 0.001 0.003 0.198 4 N 0.021 0.835 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.113 5 L 0.038 0.846 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.096 6 R 0.028 0.920 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.038 7 E 0.020 0.923 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.011 0.001 0.001 0.032 8 E 0.063 0.854 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.061 9 S 0.210 0.607 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.086 0.001 0.001 0.083 10 L 0.425 0.305 0.069 0.004 0.003 0.004 0.009 0.041 0.001 0.002 0.138 11 P 0.013 0.017 0.061 0.007 0.002 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.885 12 E 0.051 0.011 0.009 0.030 0.005 0.013 0.079 0.007 0.001 0.001 0.793 13 Y 0.336 0.007 0.007 0.016 0.001 0.002 0.018 0.003 0.001 0.002 0.608 14 F 0.124 0.030 0.014 0.101 0.012 0.019 0.172 0.002 0.001 0.006 0.520 15 D 0.048 0.011 0.002 0.032 0.006 0.011 0.421 0.001 0.001 0.003 0.465 16 T 0.009 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.933 17 A 0.006 0.029 0.001 0.002 0.001 0.002 0.569 0.001 0.001 0.007 0.384 18 Y 0.029 0.049 0.001 0.002 0.002 0.004 0.811 0.002 0.001 0.016 0.085 19 L 0.035 0.925 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.027 20 C 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 21 H 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 22 I 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 23 H 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 24 Q 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 25 Q 0.022 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.017 26 L 0.046 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.012 27 F 0.051 0.857 0.024 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 0.042 28 K 0.051 0.687 0.023 0.004 0.003 0.006 0.004 0.036 0.001 0.001 0.185 29 N 0.200 0.340 0.005 0.010 0.007 0.005 0.006 0.068 0.001 0.001 0.359 30 T 0.363 0.165 0.048 0.009 0.006 0.005 0.026 0.016 0.001 0.002 0.362 31 F 0.037 0.071 0.039 0.032 0.020 0.029 0.071 0.008 0.001 0.002 0.690 32 E 0.067 0.042 0.008 0.045 0.024 0.049 0.163 0.004 0.001 0.006 0.591 33 W 0.226 0.061 0.005 0.022 0.022 0.031 0.151 0.003 0.001 0.008 0.471 34 A 0.050 0.031 0.005 0.019 0.010 0.015 0.043 0.001 0.001 0.003 0.822 35 G 0.071 0.016 0.004 0.030 0.043 0.048 0.206 0.003 0.001 0.014 0.566 36 Y 0.303 0.024 0.011 0.030 0.028 0.040 0.114 0.002 0.001 0.015 0.433 37 L 0.055 0.044 0.005 0.050 0.083 0.112 0.084 0.003 0.001 0.003 0.561 38 R 0.047 0.030 0.003 0.091 0.114 0.240 0.087 0.002 0.001 0.006 0.380 39 H 0.082 0.021 0.004 0.032 0.054 0.107 0.054 0.004 0.001 0.005 0.637 40 I 0.084 0.014 0.011 0.082 0.143 0.188 0.058 0.003 0.001 0.005 0.413 41 P 0.004 0.001 0.002 0.013 0.017 0.027 0.018 0.001 0.001 0.001 0.918 42 F 0.018 0.001 0.003 0.092 0.120 0.194 0.080 0.001 0.001 0.005 0.487 43 T 0.061 0.003 0.002 0.128 0.135 0.187 0.088 0.001 0.001 0.006 0.391 44 F 0.027 0.006 0.002 0.121 0.123 0.167 0.062 0.001 0.001 0.003 0.488 45 A 0.014 0.004 0.001 0.133 0.169 0.268 0.108 0.001 0.001 0.004 0.298 46 D 0.018 0.003 0.001 0.050 0.042 0.075 0.094 0.001 0.001 0.005 0.712 47 G 0.047 0.005 0.002 0.045 0.060 0.083 0.173 0.001 0.001 0.018 0.566 48 T 0.114 0.006 0.004 0.026 0.040 0.047 0.281 0.001 0.001 0.028 0.455 49 T 0.077 0.011 0.004 0.028 0.043 0.056 0.185 0.001 0.001 0.016 0.578 50 A 0.056 0.015 0.005 0.053 0.105 0.161 0.172 0.001 0.001 0.014 0.418 51 A 0.054 0.018 0.005 0.035 0.100 0.169 0.144 0.001 0.001 0.012 0.461 52 M 0.039 0.023 0.007 0.054 0.192 0.343 0.061 0.001 0.001 0.005 0.275 53 P 0.007 0.012 0.002 0.035 0.140 0.229 0.037 0.001 0.001 0.001 0.537 54 E 0.015 0.012 0.001 0.039 0.169 0.318 0.050 0.001 0.001 0.003 0.392 55 M 0.037 0.023 0.002 0.050 0.132 0.267 0.068 0.002 0.001 0.005 0.413 56 K 0.051 0.048 0.002 0.053 0.123 0.164 0.088 0.004 0.001 0.006 0.462 57 R 0.072 0.049 0.004 0.030 0.072 0.130 0.104 0.003 0.001 0.011 0.523 58 T 0.082 0.042 0.003 0.018 0.061 0.071 0.171 0.005 0.001 0.009 0.539 59 G 0.204 0.027 0.008 0.018 0.031 0.038 0.118 0.007 0.001 0.023 0.527 60 W 0.180 0.030 0.050 0.025 0.053 0.078 0.163 0.003 0.001 0.020 0.397 61 K 0.033 0.015 0.009 0.058 0.121 0.148 0.142 0.002 0.001 0.006 0.467 62 N 0.037 0.012 0.006 0.075 0.125 0.204 0.054 0.001 0.001 0.004 0.482 63 A 0.029 0.010 0.003 0.117 0.198 0.264 0.069 0.001 0.001 0.004 0.306 64 F 0.021 0.005 0.003 0.044 0.049 0.087 0.066 0.001 0.001 0.003 0.720 65 A 0.035 0.005 0.005 0.170 0.119 0.228 0.075 0.001 0.001 0.006 0.356 66 I 0.021 0.003 0.002 0.056 0.035 0.066 0.118 0.001 0.001 0.003 0.694 67 G 0.009 0.001 0.001 0.027 0.007 0.018 0.034 0.001 0.001 0.002 0.901 68 D 0.010 0.003 0.001 0.019 0.004 0.015 0.156 0.001 0.001 0.002 0.790 69 E 0.129 0.009 0.001 0.009 0.004 0.005 0.201 0.001 0.001 0.008 0.633 70 I 0.371 0.127 0.004 0.010 0.003 0.008 0.136 0.001 0.001 0.005 0.335 71 Q 0.037 0.275 0.001 0.009 0.003 0.005 0.070 0.001 0.001 0.002 0.596 72 E 0.024 0.307 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.608 73 G 0.044 0.713 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.214 74 L 0.036 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.025 75 Q 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.024 76 R 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 77 L 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 78 D 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 79 Q 0.010 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.025 80 T 0.021 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 81 L 0.028 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 82 A 0.017 0.922 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.034 83 E 0.035 0.855 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.075 84 K 0.066 0.831 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.071 85 N 0.048 0.720 0.009 0.003 0.005 0.004 0.029 0.042 0.001 0.002 0.139 86 N 0.078 0.731 0.017 0.004 0.003 0.003 0.019 0.028 0.001 0.003 0.115 87 L 0.118 0.704 0.022 0.005 0.005 0.008 0.026 0.025 0.001 0.007 0.080 88 Q 0.149 0.501 0.020 0.006 0.007 0.010 0.069 0.057 0.001 0.004 0.178 89 G 0.332 0.154 0.020 0.011 0.003 0.003 0.023 0.128 0.001 0.006 0.319 90 L 0.302 0.095 0.259 0.010 0.002 0.003 0.063 0.013 0.001 0.012 0.241 91 T 0.033 0.014 0.019 0.012 0.006 0.005 0.267 0.011 0.001 0.003 0.629 92 R 0.023 0.007 0.013 0.011 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.002 0.901 93 E 0.020 0.026 0.001 0.018 0.004 0.009 0.362 0.001 0.001 0.006 0.553 94 E 0.156 0.069 0.001 0.006 0.002 0.003 0.244 0.002 0.001 0.016 0.500 95 F 0.124 0.513 0.002 0.008 0.003 0.005 0.075 0.003 0.001 0.003 0.263 96 N 0.056 0.774 0.001 0.009 0.003 0.006 0.038 0.007 0.001 0.003 0.103 97 S 0.032 0.835 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.111 98 E 0.022 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.050 99 A 0.020 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.019 100 I 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 101 E 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.017 102 L 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 103 F 0.010 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 104 N 0.014 0.929 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.032 105 S 0.057 0.864 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.055 106 L 0.050 0.839 0.015 0.003 0.004 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.069 107 N 0.043 0.776 0.010 0.014 0.016 0.017 0.009 0.024 0.001 0.001 0.091 108 Q 0.096 0.508 0.024 0.022 0.027 0.049 0.035 0.051 0.001 0.004 0.183 109 L 0.181 0.405 0.061 0.044 0.029 0.062 0.018 0.041 0.001 0.003 0.157 110 H 0.088 0.128 0.055 0.126 0.121 0.131 0.031 0.021 0.001 0.002 0.297 111 P 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.980 112 F 0.024 0.004 0.005 0.100 0.083 0.199 0.112 0.002 0.001 0.004 0.468 113 R 0.102 0.007 0.002 0.040 0.012 0.027 0.046 0.002 0.001 0.004 0.757 114 E 0.107 0.035 0.001 0.072 0.034 0.048 0.137 0.003 0.001 0.007 0.555 115 G 0.142 0.014 0.005 0.026 0.015 0.022 0.178 0.001 0.001 0.013 0.584 116 N 0.072 0.019 0.002 0.017 0.005 0.009 0.291 0.001 0.001 0.006 0.576 117 G 0.106 0.023 0.005 0.010 0.005 0.006 0.217 0.001 0.001 0.017 0.610 118 R 0.081 0.065 0.010 0.004 0.003 0.004 0.454 0.001 0.001 0.009 0.370 119 T 0.010 0.134 0.003 0.007 0.006 0.014 0.235 0.001 0.001 0.002 0.589 120 Q 0.031 0.519 0.001 0.012 0.015 0.030 0.107 0.002 0.001 0.004 0.278 121 R 0.015 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.244 122 L 0.006 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.074 123 F 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 124 F 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 E 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 126 N 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 127 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 128 A 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 130 A 0.051 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 131 A 0.066 0.642 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.001 0.001 0.023 132 G 0.393 0.037 0.024 0.002 0.001 0.001 0.002 0.467 0.001 0.003 0.071 133 H 0.007 0.001 0.963 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 134 Q 0.002 0.001 0.017 0.044 0.005 0.006 0.029 0.001 0.001 0.001 0.895 135 L 0.013 0.001 0.012 0.237 0.011 0.019 0.043 0.001 0.001 0.002 0.663 136 N 0.019 0.001 0.001 0.363 0.031 0.047 0.150 0.001 0.001 0.004 0.384 137 F 0.015 0.001 0.001 0.319 0.022 0.032 0.040 0.001 0.001 0.004 0.566 138 S 0.011 0.001 0.001 0.487 0.029 0.061 0.170 0.001 0.001 0.004 0.237 139 L 0.056 0.003 0.001 0.118 0.009 0.020 0.136 0.001 0.001 0.012 0.645 140 I 0.092 0.016 0.002 0.186 0.030 0.053 0.317 0.002 0.001 0.026 0.275 141 T 0.059 0.010 0.002 0.012 0.006 0.010 0.503 0.001 0.001 0.012 0.385 142 K 0.015 0.020 0.003 0.005 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.002 0.878 143 E 0.011 0.040 0.001 0.002 0.002 0.004 0.338 0.001 0.001 0.010 0.592 144 R 0.049 0.108 0.001 0.001 0.003 0.005 0.648 0.003 0.001 0.018 0.165 145 M 0.044 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.079 146 M 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 147 V 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.034 148 A 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 149 S 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 150 V 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 151 A 0.038 0.894 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.032 152 V 0.090 0.846 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.027 153 A 0.066 0.749 0.024 0.007 0.011 0.012 0.008 0.053 0.001 0.001 0.069 154 E 0.075 0.464 0.039 0.008 0.011 0.012 0.037 0.038 0.001 0.002 0.315 155 N 0.206 0.263 0.015 0.015 0.008 0.010 0.075 0.036 0.001 0.005 0.368 156 G 0.336 0.076 0.041 0.011 0.002 0.003 0.122 0.017 0.001 0.017 0.374 157 D 0.173 0.037 0.121 0.015 0.005 0.004 0.272 0.004 0.001 0.013 0.356 158 L 0.110 0.041 0.037 0.029 0.005 0.013 0.197 0.002 0.001 0.011 0.555 159 E 0.044 0.073 0.005 0.075 0.013 0.032 0.240 0.001 0.001 0.003 0.515 160 P 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 161 M 0.035 0.259 0.001 0.016 0.017 0.077 0.267 0.001 0.001 0.011 0.318 162 Q 0.042 0.674 0.001 0.009 0.008 0.025 0.066 0.002 0.001 0.002 0.171 163 H 0.018 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 164 L 0.018 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 165 F 0.014 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 166 E 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 167 D 0.036 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.041 168 I 0.171 0.775 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.022 169 S 0.151 0.698 0.048 0.003 0.001 0.003 0.011 0.029 0.001 0.001 0.054 170 N 0.033 0.598 0.079 0.008 0.001 0.004 0.036 0.011 0.001 0.001 0.227 171 P 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.942 172 E 0.026 0.199 0.001 0.003 0.001 0.004 0.450 0.006 0.001 0.008 0.303 173 K 0.116 0.658 0.004 0.002 0.001 0.003 0.113 0.006 0.001 0.003 0.095 174 I 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 175 R 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 176 L 0.019 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 177 L 0.015 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 178 K 0.008 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.031 179 E 0.016 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.041 180 F 0.013 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 181 M 0.006 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 182 H 0.013 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.028 183 T 0.030 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 184 M 0.030 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.018 185 K 0.021 0.907 0.012 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.036 186 N 0.073 0.806 0.007 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.001 0.001 0.076 187 T 0.134 0.694 0.012 0.003 0.002 0.002 0.011 0.038 0.001 0.001 0.103 188 G 0.205 0.326 0.039 0.006 0.004 0.004 0.052 0.063 0.001 0.008 0.293 189 R 0.155 0.195 0.184 0.008 0.007 0.009 0.099 0.016 0.001 0.006 0.320 190 N 0.104 0.145 0.011 0.023 0.018 0.016 0.106 0.018 0.001 0.003 0.555 191 V 0.101 0.139 0.015 0.021 0.009 0.013 0.064 0.005 0.001 0.007 0.626 192 N 0.058 0.123 0.005 0.017 0.012 0.022 0.171 0.007 0.001 0.006 0.578 193 D 0.329 0.097 0.007 0.023 0.014 0.020 0.136 0.019 0.001 0.019 0.336 194 R 0.386 0.153 0.020 0.030 0.010 0.018 0.102 0.007 0.001 0.010 0.264 195 P 0.009 0.035 0.007 0.009 0.004 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.903 196 V 0.048 0.074 0.002 0.030 0.028 0.045 0.164 0.004 0.001 0.005 0.600 197 M 0.307 0.214 0.004 0.022 0.018 0.034 0.086 0.007 0.001 0.008 0.301 198 V 0.113 0.522 0.004 0.028 0.030 0.040 0.037 0.008 0.001 0.002 0.216 199 A 0.100 0.301 0.006 0.012 0.017 0.042 0.053 0.006 0.001 0.004 0.460 200 K 0.171 0.206 0.008 0.019 0.021 0.031 0.043 0.017 0.001 0.005 0.480 201 E 0.183 0.196 0.020 0.017 0.015 0.020 0.087 0.014 0.001 0.006 0.441