# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.014 0.002 0.009 0.308 0.003 0.009 0.655 2 M 0.019 0.006 0.016 0.832 0.002 0.021 0.104 3 I 0.021 0.002 0.024 0.879 0.008 0.020 0.047 4 N 0.026 0.002 0.028 0.877 0.011 0.029 0.028 5 L 0.009 0.001 0.036 0.894 0.007 0.028 0.024 6 R 0.009 0.002 0.025 0.885 0.010 0.047 0.023 7 E 0.007 0.002 0.034 0.875 0.011 0.051 0.020 8 E 0.007 0.002 0.040 0.765 0.020 0.132 0.035 9 S 0.004 0.002 0.045 0.571 0.048 0.266 0.064 10 L 0.008 0.010 0.020 0.182 0.314 0.107 0.359 11 P 0.009 0.007 0.093 0.059 0.094 0.116 0.622 12 E 0.021 0.005 0.118 0.056 0.235 0.183 0.381 13 Y 0.027 0.016 0.074 0.048 0.129 0.185 0.520 14 F 0.020 0.039 0.002 0.011 0.158 0.006 0.764 15 D 0.004 0.011 0.001 0.009 0.017 0.002 0.956 16 T 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.007 0.001 17 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.004 0.001 18 Y 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.002 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 20 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 23 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.029 0.001 26 L 0.001 0.001 0.004 0.929 0.001 0.060 0.005 27 F 0.001 0.001 0.014 0.868 0.012 0.082 0.023 28 K 0.001 0.001 0.046 0.668 0.020 0.247 0.017 29 N 0.003 0.002 0.058 0.471 0.056 0.354 0.056 30 T 0.020 0.014 0.079 0.361 0.126 0.171 0.229 31 F 0.060 0.033 0.097 0.197 0.197 0.161 0.254 32 E 0.067 0.011 0.140 0.136 0.161 0.229 0.256 33 W 0.114 0.016 0.122 0.112 0.196 0.208 0.233 34 A 0.160 0.022 0.110 0.083 0.100 0.268 0.258 35 G 0.268 0.015 0.063 0.028 0.168 0.281 0.178 36 Y 0.601 0.035 0.029 0.021 0.082 0.056 0.177 37 L 0.693 0.036 0.011 0.008 0.049 0.031 0.172 38 R 0.611 0.023 0.009 0.004 0.078 0.067 0.208 39 H 0.404 0.010 0.007 0.005 0.266 0.050 0.259 40 I 0.386 0.008 0.008 0.005 0.316 0.033 0.245 41 P 0.486 0.012 0.008 0.011 0.081 0.053 0.349 42 F 0.636 0.024 0.010 0.011 0.061 0.023 0.236 43 T 0.727 0.019 0.009 0.014 0.037 0.028 0.167 44 F 0.589 0.019 0.020 0.016 0.065 0.071 0.219 45 A 0.485 0.029 0.024 0.020 0.084 0.169 0.188 46 D 0.174 0.010 0.025 0.014 0.199 0.411 0.166 47 G 0.125 0.010 0.025 0.009 0.309 0.338 0.185 48 T 0.209 0.026 0.028 0.018 0.253 0.098 0.369 49 T 0.291 0.047 0.059 0.044 0.145 0.163 0.251 50 A 0.355 0.033 0.062 0.042 0.124 0.151 0.232 51 A 0.409 0.030 0.055 0.047 0.109 0.102 0.246 52 M 0.371 0.017 0.060 0.070 0.102 0.058 0.322 53 P 0.384 0.017 0.076 0.079 0.080 0.117 0.247 54 E 0.433 0.020 0.067 0.081 0.079 0.136 0.183 55 M 0.482 0.036 0.046 0.063 0.091 0.061 0.222 56 K 0.383 0.024 0.051 0.069 0.057 0.093 0.324 57 R 0.218 0.015 0.090 0.091 0.112 0.254 0.218 58 T 0.099 0.009 0.059 0.041 0.179 0.422 0.192 59 G 0.105 0.007 0.043 0.018 0.295 0.294 0.239 60 W 0.238 0.014 0.032 0.030 0.161 0.116 0.408 61 K 0.475 0.025 0.029 0.033 0.080 0.056 0.301 62 N 0.655 0.025 0.018 0.023 0.050 0.018 0.212 63 A 0.694 0.016 0.016 0.025 0.036 0.031 0.182 64 F 0.573 0.034 0.018 0.027 0.068 0.059 0.221 65 A 0.225 0.038 0.022 0.025 0.107 0.073 0.510 66 I 0.083 0.025 0.027 0.029 0.127 0.097 0.612 67 G 0.011 0.005 0.231 0.285 0.042 0.114 0.312 68 D 0.002 0.001 0.265 0.492 0.038 0.158 0.045 69 E 0.001 0.001 0.281 0.566 0.019 0.110 0.022 70 I 0.002 0.003 0.033 0.846 0.046 0.023 0.046 71 Q 0.001 0.001 0.024 0.920 0.004 0.026 0.023 72 E 0.001 0.001 0.021 0.918 0.004 0.049 0.006 73 G 0.001 0.001 0.034 0.890 0.005 0.055 0.015 74 L 0.001 0.001 0.011 0.963 0.005 0.010 0.010 75 Q 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.013 0.001 76 R 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.017 0.001 77 L 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.013 0.004 78 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.015 0.002 80 T 0.001 0.001 0.006 0.964 0.001 0.024 0.004 81 L 0.001 0.001 0.011 0.921 0.004 0.055 0.007 82 A 0.002 0.002 0.022 0.791 0.015 0.144 0.024 83 E 0.002 0.001 0.043 0.656 0.038 0.208 0.051 84 K 0.004 0.002 0.071 0.546 0.065 0.191 0.122 85 N 0.005 0.005 0.116 0.303 0.097 0.306 0.170 86 N 0.012 0.013 0.116 0.177 0.134 0.307 0.241 87 L 0.019 0.019 0.189 0.120 0.116 0.192 0.345 88 Q 0.014 0.010 0.140 0.096 0.099 0.368 0.272 89 G 0.013 0.009 0.104 0.069 0.163 0.410 0.234 90 L 0.019 0.019 0.037 0.061 0.323 0.081 0.460 91 T 0.022 0.036 0.024 0.076 0.103 0.064 0.674 92 R 0.005 0.005 0.061 0.650 0.034 0.059 0.186 93 E 0.001 0.001 0.035 0.881 0.021 0.020 0.041 94 E 0.001 0.001 0.022 0.948 0.006 0.012 0.011 95 F 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.008 0.007 96 N 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.003 97 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 104 N 0.003 0.001 0.002 0.969 0.003 0.019 0.003 105 S 0.004 0.001 0.004 0.946 0.003 0.039 0.005 106 L 0.010 0.001 0.010 0.910 0.005 0.054 0.011 107 N 0.019 0.001 0.017 0.900 0.013 0.039 0.010 108 Q 0.056 0.002 0.021 0.811 0.012 0.072 0.026 109 L 0.049 0.007 0.017 0.782 0.032 0.050 0.064 110 H 0.071 0.015 0.007 0.194 0.180 0.035 0.498 111 P 0.040 0.016 0.021 0.056 0.165 0.229 0.473 112 F 0.042 0.017 0.034 0.040 0.264 0.232 0.370 113 R 0.041 0.024 0.052 0.046 0.276 0.364 0.196 114 E 0.017 0.012 0.040 0.034 0.193 0.403 0.300 115 G 0.011 0.007 0.018 0.040 0.312 0.421 0.191 116 N 0.009 0.012 0.006 0.080 0.379 0.181 0.333 117 G 0.008 0.008 0.003 0.409 0.371 0.093 0.109 118 R 0.003 0.002 0.001 0.950 0.020 0.009 0.015 119 T 0.002 0.002 0.001 0.986 0.002 0.002 0.005 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.004 121 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.002 128 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 129 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 130 A 0.001 0.001 0.003 0.927 0.005 0.062 0.002 131 A 0.001 0.001 0.003 0.249 0.008 0.735 0.004 132 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.899 0.054 133 H 0.010 0.002 0.002 0.001 0.134 0.006 0.844 134 Q 0.188 0.034 0.006 0.003 0.045 0.009 0.716 135 L 0.400 0.022 0.004 0.003 0.050 0.005 0.516 136 N 0.494 0.026 0.004 0.004 0.020 0.006 0.445 137 F 0.359 0.019 0.023 0.013 0.055 0.014 0.518 138 S 0.292 0.013 0.038 0.022 0.081 0.048 0.506 139 L 0.229 0.016 0.136 0.092 0.147 0.132 0.247 140 I 0.153 0.024 0.033 0.095 0.194 0.055 0.448 141 T 0.066 0.029 0.011 0.074 0.061 0.017 0.744 142 K 0.001 0.001 0.015 0.963 0.002 0.013 0.007 143 E 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.005 0.001 144 R 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.003 0.002 145 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 149 S 0.001 0.001 0.002 0.975 0.002 0.014 0.006 150 V 0.001 0.001 0.004 0.955 0.003 0.030 0.006 151 A 0.003 0.001 0.006 0.936 0.005 0.038 0.012 152 V 0.006 0.004 0.009 0.893 0.010 0.047 0.031 153 A 0.007 0.004 0.019 0.699 0.046 0.096 0.128 154 E 0.008 0.005 0.029 0.458 0.116 0.299 0.085 155 N 0.003 0.002 0.021 0.142 0.114 0.625 0.092 156 G 0.003 0.002 0.014 0.046 0.311 0.369 0.254 157 D 0.010 0.020 0.007 0.045 0.177 0.048 0.693 158 L 0.011 0.019 0.018 0.610 0.066 0.042 0.234 159 E 0.002 0.001 0.012 0.942 0.012 0.010 0.021 160 P 0.002 0.001 0.011 0.966 0.003 0.007 0.010 161 M 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.005 0.004 162 Q 0.002 0.001 0.005 0.983 0.002 0.005 0.003 163 H 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.011 0.002 164 L 0.001 0.001 0.003 0.975 0.002 0.015 0.004 165 F 0.001 0.001 0.007 0.973 0.002 0.013 0.004 166 E 0.001 0.001 0.017 0.942 0.004 0.033 0.004 167 D 0.001 0.001 0.023 0.865 0.004 0.100 0.006 168 I 0.001 0.002 0.020 0.732 0.013 0.208 0.025 169 S 0.001 0.002 0.008 0.593 0.077 0.186 0.134 170 N 0.001 0.001 0.008 0.385 0.175 0.063 0.367 171 P 0.001 0.001 0.019 0.880 0.020 0.054 0.027 172 E 0.001 0.001 0.022 0.920 0.008 0.030 0.018 173 K 0.001 0.001 0.006 0.974 0.002 0.008 0.009 174 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 175 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.002 176 L 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.015 0.004 177 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.003 178 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 180 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 181 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 182 H 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.016 0.001 183 T 0.001 0.001 0.003 0.971 0.001 0.021 0.003 184 M 0.002 0.001 0.006 0.956 0.005 0.022 0.008 185 K 0.004 0.001 0.016 0.856 0.009 0.099 0.015 186 N 0.004 0.001 0.025 0.757 0.017 0.175 0.021 187 T 0.007 0.003 0.032 0.507 0.036 0.358 0.056 188 G 0.011 0.003 0.043 0.169 0.100 0.544 0.130 189 R 0.031 0.009 0.086 0.138 0.180 0.225 0.332 190 N 0.076 0.022 0.093 0.212 0.108 0.182 0.308 191 V 0.077 0.018 0.108 0.237 0.101 0.238 0.222 192 N 0.061 0.007 0.068 0.185 0.137 0.295 0.248 193 D 0.062 0.007 0.050 0.305 0.190 0.168 0.218 194 R 0.088 0.007 0.014 0.420 0.165 0.030 0.277 195 P 0.112 0.006 0.027 0.416 0.029 0.048 0.362 196 V 0.223 0.011 0.044 0.443 0.040 0.041 0.198 197 M 0.270 0.011 0.042 0.436 0.046 0.039 0.156 198 V 0.260 0.018 0.064 0.332 0.087 0.071 0.168 199 A 0.139 0.009 0.034 0.263 0.113 0.174 0.267 200 K 0.048 0.009 0.022 0.125 0.034 0.141 0.621 201 E 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.988