# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.015 0.019 0.007 0.003 0.025 0.003 0.009 0.809 0.079 0.025 0.007 2 M 0.011 0.010 0.002 0.001 0.015 0.002 0.004 0.883 0.054 0.014 0.004 3 I 0.005 0.007 0.001 0.001 0.012 0.002 0.007 0.902 0.052 0.008 0.003 4 N 0.006 0.010 0.003 0.001 0.012 0.003 0.021 0.895 0.038 0.008 0.003 5 L 0.007 0.006 0.004 0.001 0.006 0.002 0.012 0.827 0.101 0.030 0.003 6 R 0.006 0.011 0.004 0.002 0.009 0.003 0.011 0.748 0.172 0.029 0.004 7 E 0.007 0.023 0.005 0.005 0.013 0.013 0.061 0.566 0.277 0.025 0.004 8 E 0.010 0.042 0.024 0.011 0.026 0.015 0.180 0.513 0.130 0.039 0.009 9 S 0.049 0.027 0.012 0.006 0.044 0.019 0.105 0.170 0.159 0.360 0.049 10 L 0.120 0.303 0.136 0.014 0.210 0.006 0.010 0.061 0.043 0.041 0.057 11 P 0.016 0.108 0.081 0.040 0.046 0.058 0.111 0.252 0.221 0.055 0.012 12 E 0.025 0.175 0.144 0.020 0.087 0.017 0.073 0.213 0.148 0.078 0.020 13 Y 0.116 0.126 0.029 0.003 0.157 0.009 0.034 0.123 0.078 0.214 0.112 14 F 0.063 0.315 0.101 0.017 0.216 0.018 0.028 0.039 0.026 0.120 0.056 15 D 0.057 0.527 0.204 0.002 0.183 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.008 16 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.790 0.204 0.004 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.029 0.001 0.001 18 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.025 0.005 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 20 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.008 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.002 0.001 23 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.061 0.004 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.055 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.936 0.038 0.003 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 0.849 0.087 0.020 0.001 27 F 0.008 0.009 0.003 0.002 0.006 0.004 0.018 0.653 0.181 0.105 0.011 28 K 0.004 0.139 0.031 0.013 0.022 0.053 0.122 0.457 0.124 0.031 0.004 29 N 0.039 0.018 0.012 0.010 0.028 0.007 0.041 0.132 0.102 0.464 0.147 30 T 0.080 0.165 0.064 0.016 0.167 0.017 0.070 0.167 0.110 0.106 0.037 31 F 0.084 0.105 0.033 0.016 0.147 0.011 0.020 0.199 0.166 0.155 0.064 32 E 0.075 0.086 0.047 0.025 0.086 0.052 0.134 0.252 0.140 0.070 0.032 33 W 0.107 0.116 0.098 0.041 0.140 0.022 0.037 0.187 0.077 0.127 0.049 34 A 0.063 0.144 0.075 0.066 0.094 0.066 0.139 0.159 0.090 0.074 0.030 35 G 0.037 0.080 0.091 0.183 0.060 0.102 0.031 0.083 0.074 0.211 0.048 36 Y 0.144 0.168 0.040 0.008 0.342 0.010 0.041 0.118 0.053 0.045 0.031 37 L 0.260 0.121 0.023 0.007 0.297 0.010 0.012 0.057 0.042 0.082 0.089 38 R 0.082 0.327 0.097 0.015 0.380 0.011 0.021 0.032 0.013 0.012 0.011 39 H 0.354 0.060 0.028 0.011 0.210 0.010 0.019 0.023 0.023 0.110 0.153 40 I 0.042 0.371 0.291 0.032 0.212 0.010 0.011 0.014 0.006 0.005 0.008 41 P 0.284 0.119 0.027 0.007 0.345 0.013 0.038 0.034 0.026 0.035 0.072 42 F 0.212 0.168 0.031 0.008 0.408 0.012 0.018 0.019 0.026 0.037 0.060 43 T 0.229 0.169 0.045 0.005 0.447 0.006 0.010 0.015 0.009 0.021 0.044 44 F 0.281 0.110 0.039 0.048 0.225 0.033 0.026 0.034 0.027 0.080 0.097 45 A 0.027 0.109 0.141 0.356 0.065 0.137 0.048 0.044 0.030 0.030 0.012 46 D 0.035 0.090 0.074 0.159 0.055 0.102 0.105 0.121 0.094 0.122 0.042 47 G 0.041 0.079 0.099 0.084 0.061 0.033 0.028 0.052 0.095 0.354 0.073 48 T 0.074 0.285 0.120 0.019 0.220 0.015 0.034 0.088 0.062 0.061 0.023 49 T 0.119 0.216 0.075 0.012 0.207 0.011 0.029 0.088 0.092 0.091 0.059 50 A 0.055 0.187 0.148 0.052 0.145 0.033 0.041 0.092 0.098 0.114 0.036 51 A 0.188 0.158 0.090 0.008 0.280 0.007 0.022 0.057 0.050 0.081 0.058 52 M 0.093 0.378 0.150 0.008 0.261 0.005 0.011 0.039 0.017 0.015 0.023 53 P 0.110 0.300 0.098 0.009 0.288 0.007 0.021 0.084 0.036 0.020 0.027 54 E 0.090 0.131 0.041 0.015 0.170 0.031 0.070 0.197 0.145 0.070 0.040 55 M 0.101 0.203 0.075 0.026 0.209 0.013 0.016 0.110 0.084 0.116 0.047 56 K 0.149 0.135 0.063 0.019 0.187 0.020 0.040 0.181 0.083 0.071 0.053 57 R 0.116 0.100 0.035 0.043 0.134 0.060 0.106 0.219 0.079 0.069 0.039 58 T 0.030 0.133 0.123 0.167 0.058 0.067 0.093 0.089 0.065 0.137 0.038 59 G 0.035 0.078 0.158 0.263 0.039 0.067 0.015 0.062 0.044 0.190 0.050 60 W 0.216 0.134 0.025 0.009 0.300 0.010 0.017 0.092 0.070 0.064 0.063 61 K 0.117 0.138 0.039 0.022 0.261 0.037 0.056 0.140 0.075 0.071 0.043 62 N 0.295 0.108 0.028 0.009 0.361 0.008 0.015 0.043 0.028 0.048 0.057 63 A 0.137 0.173 0.072 0.034 0.344 0.029 0.042 0.062 0.026 0.042 0.038 64 F 0.151 0.176 0.085 0.030 0.200 0.014 0.020 0.044 0.036 0.135 0.108 65 A 0.020 0.395 0.375 0.033 0.098 0.011 0.018 0.026 0.009 0.008 0.007 66 I 0.023 0.547 0.241 0.010 0.091 0.003 0.006 0.039 0.014 0.014 0.012 67 G 0.011 0.084 0.036 0.005 0.031 0.006 0.009 0.479 0.308 0.023 0.008 68 D 0.001 0.007 0.004 0.001 0.003 0.008 0.019 0.703 0.235 0.017 0.002 69 E 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.010 0.617 0.151 0.197 0.006 70 I 0.003 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.749 0.154 0.072 0.003 71 Q 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.906 0.073 0.003 0.001 72 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.960 0.032 0.001 0.001 73 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.029 0.013 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.056 0.009 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.030 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.022 0.009 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.025 0.005 0.001 78 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.032 0.002 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 80 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.020 0.005 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.041 0.006 0.001 82 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.872 0.093 0.018 0.001 83 E 0.001 0.008 0.006 0.002 0.003 0.002 0.028 0.806 0.112 0.030 0.001 84 K 0.005 0.024 0.011 0.003 0.012 0.007 0.049 0.724 0.124 0.036 0.005 85 N 0.024 0.167 0.045 0.014 0.065 0.009 0.032 0.402 0.150 0.077 0.015 86 N 0.047 0.016 0.010 0.008 0.022 0.016 0.056 0.438 0.160 0.169 0.058 87 L 0.057 0.093 0.035 0.025 0.091 0.021 0.034 0.266 0.165 0.157 0.057 88 Q 0.009 0.070 0.042 0.064 0.026 0.098 0.165 0.343 0.136 0.038 0.009 89 G 0.045 0.028 0.023 0.016 0.038 0.009 0.023 0.117 0.133 0.478 0.089 90 L 0.075 0.206 0.057 0.007 0.202 0.011 0.034 0.165 0.106 0.097 0.041 91 T 0.076 0.297 0.135 0.012 0.129 0.010 0.017 0.108 0.047 0.115 0.055 92 R 0.052 0.200 0.109 0.019 0.115 0.006 0.010 0.210 0.124 0.128 0.027 93 E 0.005 0.199 0.127 0.007 0.021 0.004 0.008 0.550 0.061 0.016 0.003 94 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.897 0.087 0.005 0.001 95 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.038 0.005 0.001 96 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.049 0.007 0.001 97 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.037 0.007 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.050 0.006 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.058 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.025 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.899 0.071 0.013 0.001 103 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.876 0.106 0.007 0.001 104 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.885 0.082 0.004 0.001 105 S 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.020 0.816 0.089 0.057 0.002 106 L 0.046 0.006 0.001 0.002 0.022 0.005 0.022 0.682 0.152 0.044 0.018 107 N 0.009 0.017 0.002 0.006 0.020 0.033 0.075 0.532 0.273 0.027 0.007 108 Q 0.072 0.062 0.011 0.003 0.150 0.003 0.065 0.496 0.076 0.050 0.011 109 L 0.054 0.132 0.058 0.023 0.166 0.030 0.078 0.206 0.094 0.126 0.033 110 H 0.093 0.156 0.086 0.019 0.240 0.008 0.023 0.230 0.082 0.022 0.040 111 P 0.028 0.090 0.030 0.005 0.047 0.014 0.045 0.407 0.190 0.116 0.029 112 F 0.051 0.158 0.054 0.012 0.130 0.009 0.033 0.123 0.091 0.290 0.050 113 R 0.041 0.128 0.050 0.012 0.098 0.031 0.058 0.367 0.120 0.071 0.023 114 E 0.027 0.056 0.067 0.022 0.034 0.015 0.084 0.346 0.203 0.112 0.034 115 G 0.003 0.021 0.027 0.047 0.005 0.054 0.059 0.611 0.100 0.068 0.005 116 N 0.006 0.135 0.063 0.028 0.027 0.018 0.027 0.523 0.113 0.055 0.006 117 G 0.001 0.003 0.006 0.013 0.001 0.019 0.015 0.831 0.084 0.022 0.004 118 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.893 0.075 0.014 0.001 119 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.076 0.002 0.001 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.028 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.014 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.013 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.031 0.002 0.001 128 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.041 0.002 0.001 129 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.888 0.088 0.004 0.001 130 A 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.152 0.748 0.071 0.012 0.001 131 A 0.001 0.769 0.196 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.021 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.002 0.003 0.006 0.537 0.416 133 H 0.023 0.621 0.111 0.003 0.215 0.001 0.002 0.005 0.004 0.009 0.006 134 Q 0.183 0.150 0.018 0.001 0.569 0.002 0.005 0.011 0.014 0.014 0.033 135 L 0.158 0.274 0.071 0.007 0.432 0.006 0.009 0.007 0.008 0.006 0.022 136 N 0.253 0.144 0.026 0.002 0.501 0.001 0.003 0.005 0.003 0.005 0.059 137 F 0.185 0.168 0.040 0.006 0.263 0.004 0.005 0.040 0.087 0.111 0.091 138 S 0.054 0.313 0.096 0.010 0.187 0.013 0.045 0.165 0.071 0.029 0.016 139 L 0.127 0.092 0.025 0.004 0.120 0.005 0.019 0.261 0.146 0.135 0.065 140 I 0.061 0.204 0.062 0.028 0.155 0.047 0.078 0.194 0.054 0.074 0.042 141 T 0.056 0.427 0.242 0.010 0.103 0.003 0.003 0.059 0.015 0.058 0.023 142 K 0.007 0.014 0.010 0.003 0.011 0.002 0.002 0.803 0.125 0.019 0.005 143 E 0.001 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.919 0.054 0.005 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.028 0.010 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.003 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.972 0.020 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.934 0.042 0.015 0.001 149 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.862 0.106 0.020 0.001 150 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 0.833 0.121 0.013 0.001 151 A 0.004 0.008 0.003 0.002 0.009 0.003 0.043 0.825 0.067 0.034 0.003 152 V 0.011 0.045 0.016 0.003 0.050 0.005 0.023 0.632 0.140 0.071 0.004 153 A 0.022 0.047 0.055 0.004 0.017 0.003 0.025 0.668 0.127 0.023 0.009 154 E 0.005 0.023 0.018 0.012 0.009 0.039 0.151 0.499 0.158 0.081 0.005 155 N 0.003 0.691 0.184 0.026 0.063 0.006 0.009 0.007 0.003 0.007 0.002 156 G 0.009 0.006 0.011 0.017 0.003 0.008 0.004 0.009 0.022 0.662 0.248 157 D 0.151 0.175 0.039 0.007 0.337 0.006 0.028 0.076 0.041 0.083 0.056 158 L 0.078 0.124 0.032 0.003 0.122 0.002 0.002 0.200 0.222 0.171 0.045 159 E 0.003 0.068 0.037 0.004 0.016 0.005 0.018 0.746 0.094 0.008 0.001 160 P 0.005 0.010 0.005 0.001 0.006 0.001 0.002 0.901 0.061 0.007 0.002 161 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.915 0.065 0.012 0.001 162 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.944 0.045 0.004 0.001 163 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.945 0.035 0.003 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.930 0.039 0.015 0.001 165 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.825 0.129 0.030 0.002 166 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 0.769 0.192 0.005 0.001 167 D 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.009 0.098 0.715 0.129 0.033 0.003 168 I 0.009 0.022 0.010 0.004 0.017 0.010 0.101 0.536 0.119 0.165 0.008 169 S 0.055 0.105 0.029 0.007 0.067 0.013 0.032 0.191 0.087 0.361 0.053 170 N 0.049 0.263 0.116 0.006 0.200 0.003 0.007 0.235 0.065 0.034 0.021 171 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.808 0.180 0.006 0.001 172 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.905 0.072 0.014 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.074 0.013 0.001 174 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.050 0.003 0.001 175 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.936 0.040 0.013 0.001 176 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.041 0.015 0.001 177 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.050 0.004 0.001 178 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.955 0.036 0.001 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.958 0.026 0.006 0.001 180 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.050 0.013 0.001 181 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.059 0.002 0.001 182 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.926 0.046 0.011 0.001 183 T 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.015 0.916 0.045 0.012 0.001 184 M 0.008 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.849 0.093 0.026 0.005 185 K 0.004 0.017 0.007 0.003 0.007 0.010 0.055 0.798 0.090 0.007 0.002 186 N 0.014 0.006 0.005 0.006 0.011 0.009 0.075 0.668 0.084 0.103 0.018 187 T 0.023 0.449 0.199 0.023 0.109 0.013 0.027 0.096 0.026 0.027 0.008 188 G 0.053 0.032 0.030 0.053 0.030 0.032 0.023 0.199 0.117 0.323 0.108 189 R 0.043 0.233 0.085 0.015 0.131 0.024 0.054 0.251 0.107 0.043 0.013 190 N 0.109 0.103 0.039 0.010 0.139 0.008 0.020 0.217 0.103 0.165 0.087 191 V 0.069 0.133 0.039 0.015 0.131 0.022 0.033 0.251 0.186 0.087 0.034 192 N 0.036 0.084 0.050 0.032 0.075 0.051 0.109 0.350 0.120 0.068 0.025 193 D 0.091 0.068 0.039 0.007 0.101 0.005 0.017 0.101 0.100 0.397 0.074 194 R 0.051 0.438 0.152 0.005 0.207 0.002 0.005 0.089 0.026 0.015 0.010 195 P 0.117 0.137 0.028 0.005 0.212 0.010 0.035 0.278 0.094 0.043 0.039 196 V 0.097 0.183 0.047 0.007 0.267 0.009 0.031 0.245 0.066 0.028 0.021 197 M 0.169 0.115 0.030 0.006 0.246 0.010 0.026 0.255 0.050 0.051 0.043 198 V 0.094 0.193 0.061 0.020 0.200 0.015 0.028 0.231 0.057 0.067 0.034 199 A 0.085 0.214 0.086 0.017 0.169 0.014 0.029 0.211 0.067 0.073 0.037 200 K 0.036 0.105 0.053 0.016 0.076 0.020 0.050 0.375 0.176 0.072 0.022 201 E 0.054 0.141 0.061 0.020 0.106 0.022 0.066 0.326 0.115 0.062 0.028