# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 515 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.330 0.251 0.168 0.126 0.076 0.040 0.008 2 M 0.128 0.102 0.119 0.177 0.226 0.201 0.046 3 I 0.170 0.133 0.159 0.213 0.192 0.116 0.017 4 N 0.254 0.361 0.228 0.108 0.036 0.011 0.002 5 L 0.125 0.179 0.231 0.249 0.155 0.055 0.006 6 R 0.096 0.104 0.155 0.237 0.269 0.129 0.011 7 E 0.262 0.293 0.239 0.145 0.050 0.010 0.001 8 E 0.508 0.325 0.118 0.039 0.009 0.001 0.001 9 S 0.412 0.282 0.163 0.096 0.038 0.009 0.001 10 L 0.129 0.197 0.266 0.265 0.120 0.022 0.001 11 P 0.653 0.251 0.070 0.020 0.005 0.001 0.001 12 E 0.448 0.319 0.148 0.065 0.016 0.003 0.001 13 Y 0.209 0.269 0.226 0.181 0.086 0.027 0.002 14 F 0.036 0.075 0.166 0.321 0.299 0.096 0.006 15 D 0.144 0.384 0.281 0.131 0.047 0.012 0.001 16 T 0.056 0.211 0.305 0.287 0.118 0.022 0.001 17 A 0.272 0.428 0.199 0.070 0.024 0.006 0.001 18 Y 0.005 0.059 0.245 0.388 0.239 0.062 0.003 19 L 0.001 0.002 0.007 0.061 0.312 0.546 0.071 20 C 0.003 0.067 0.242 0.405 0.224 0.055 0.003 21 H 0.018 0.169 0.330 0.301 0.133 0.045 0.004 22 I 0.001 0.005 0.017 0.054 0.219 0.586 0.118 23 H 0.001 0.002 0.007 0.056 0.280 0.533 0.121 24 Q 0.011 0.161 0.351 0.317 0.124 0.034 0.003 25 Q 0.010 0.092 0.255 0.392 0.207 0.042 0.002 26 L 0.002 0.005 0.015 0.085 0.321 0.512 0.060 27 F 0.007 0.039 0.142 0.342 0.349 0.115 0.006 28 K 0.250 0.469 0.196 0.065 0.017 0.003 0.001 29 N 0.146 0.281 0.269 0.213 0.072 0.016 0.002 30 T 0.082 0.124 0.174 0.264 0.235 0.110 0.010 31 F 0.147 0.221 0.240 0.213 0.128 0.045 0.006 32 E 0.359 0.307 0.162 0.096 0.049 0.021 0.005 33 W 0.146 0.198 0.208 0.203 0.141 0.080 0.024 34 A 0.153 0.180 0.179 0.206 0.157 0.098 0.027 35 G 0.101 0.151 0.179 0.193 0.178 0.143 0.056 36 Y 0.069 0.148 0.193 0.218 0.186 0.139 0.046 37 L 0.017 0.023 0.041 0.110 0.254 0.395 0.161 38 R 0.047 0.101 0.174 0.254 0.233 0.150 0.042 39 H 0.154 0.275 0.227 0.165 0.098 0.059 0.022 40 I 0.078 0.125 0.181 0.231 0.199 0.142 0.043 41 P 0.147 0.202 0.203 0.180 0.141 0.097 0.029 42 F 0.050 0.071 0.129 0.217 0.263 0.213 0.056 43 T 0.111 0.151 0.171 0.207 0.190 0.139 0.032 44 F 0.066 0.074 0.101 0.172 0.248 0.267 0.073 45 A 0.151 0.177 0.195 0.218 0.159 0.085 0.016 46 D 0.300 0.296 0.196 0.121 0.057 0.024 0.006 47 G 0.299 0.232 0.172 0.148 0.092 0.045 0.010 48 T 0.299 0.285 0.182 0.114 0.069 0.040 0.010 49 T 0.156 0.160 0.188 0.212 0.161 0.099 0.024 50 A 0.107 0.150 0.180 0.210 0.184 0.135 0.035 51 A 0.096 0.108 0.141 0.186 0.197 0.193 0.079 52 M 0.064 0.108 0.156 0.211 0.216 0.186 0.058 53 P 0.080 0.093 0.135 0.203 0.232 0.194 0.064 54 E 0.198 0.206 0.174 0.164 0.126 0.096 0.036 55 M 0.160 0.148 0.154 0.205 0.182 0.126 0.026 56 K 0.334 0.255 0.164 0.121 0.072 0.044 0.011 57 R 0.228 0.211 0.182 0.182 0.124 0.060 0.013 58 T 0.374 0.282 0.169 0.098 0.050 0.021 0.006 59 G 0.227 0.208 0.178 0.170 0.127 0.074 0.016 60 W 0.169 0.174 0.200 0.202 0.149 0.085 0.021 61 K 0.123 0.189 0.213 0.210 0.150 0.092 0.022 62 N 0.056 0.059 0.099 0.184 0.261 0.259 0.081 63 A 0.026 0.048 0.083 0.160 0.245 0.323 0.115 64 F 0.033 0.047 0.078 0.124 0.210 0.339 0.168 65 A 0.018 0.035 0.056 0.130 0.259 0.356 0.146 66 I 0.025 0.069 0.110 0.178 0.258 0.279 0.080 67 G 0.023 0.104 0.198 0.297 0.260 0.105 0.013 68 D 0.290 0.404 0.197 0.072 0.026 0.008 0.003 69 E 0.040 0.268 0.328 0.241 0.089 0.029 0.005 70 I 0.002 0.007 0.030 0.187 0.468 0.291 0.014 71 Q 0.043 0.258 0.412 0.223 0.057 0.007 0.001 72 E 0.285 0.567 0.128 0.017 0.002 0.001 0.001 73 G 0.003 0.027 0.132 0.353 0.365 0.117 0.003 74 L 0.001 0.006 0.031 0.204 0.499 0.253 0.007 75 Q 0.046 0.400 0.404 0.131 0.018 0.002 0.001 76 R 0.015 0.151 0.405 0.339 0.081 0.008 0.001 77 L 0.001 0.002 0.006 0.039 0.285 0.630 0.037 78 D 0.002 0.019 0.140 0.429 0.339 0.070 0.001 79 Q 0.076 0.504 0.303 0.093 0.020 0.004 0.001 80 T 0.011 0.069 0.246 0.431 0.207 0.035 0.001 81 L 0.007 0.015 0.044 0.216 0.453 0.253 0.012 82 A 0.143 0.349 0.296 0.157 0.049 0.007 0.001 83 E 0.416 0.411 0.131 0.035 0.006 0.001 0.001 84 K 0.213 0.282 0.269 0.174 0.053 0.009 0.001 85 N 0.238 0.311 0.251 0.147 0.046 0.008 0.001 86 N 0.306 0.313 0.213 0.117 0.044 0.007 0.001 87 L 0.114 0.163 0.259 0.297 0.142 0.024 0.001 88 Q 0.583 0.294 0.086 0.028 0.007 0.001 0.001 89 G 0.659 0.209 0.080 0.038 0.012 0.002 0.001 90 L 0.295 0.219 0.195 0.173 0.092 0.025 0.001 91 T 0.459 0.335 0.131 0.054 0.017 0.004 0.001 92 R 0.138 0.241 0.305 0.228 0.073 0.014 0.001 93 E 0.418 0.322 0.151 0.071 0.028 0.008 0.001 94 E 0.389 0.345 0.158 0.070 0.028 0.008 0.001 95 F 0.039 0.086 0.166 0.299 0.298 0.104 0.008 96 N 0.049 0.120 0.187 0.277 0.212 0.130 0.025 97 S 0.060 0.168 0.213 0.252 0.203 0.095 0.009 98 E 0.021 0.070 0.214 0.335 0.255 0.092 0.013 99 A 0.020 0.019 0.024 0.061 0.181 0.490 0.205 100 I 0.018 0.029 0.047 0.101 0.195 0.346 0.265 101 E 0.022 0.089 0.177 0.263 0.213 0.164 0.072 102 L 0.013 0.023 0.044 0.103 0.221 0.353 0.243 103 F 0.007 0.015 0.023 0.048 0.124 0.384 0.400 104 N 0.022 0.056 0.101 0.180 0.228 0.251 0.162 105 S 0.029 0.064 0.115 0.213 0.263 0.199 0.118 106 L 0.008 0.013 0.021 0.051 0.131 0.363 0.414 107 N 0.021 0.055 0.106 0.215 0.242 0.244 0.116 108 Q 0.021 0.052 0.088 0.149 0.226 0.296 0.167 109 L 0.018 0.029 0.043 0.090 0.187 0.357 0.276 110 H 0.024 0.041 0.062 0.127 0.212 0.365 0.169 111 P 0.039 0.083 0.104 0.163 0.213 0.243 0.154 112 F 0.036 0.049 0.080 0.162 0.246 0.279 0.147 113 R 0.076 0.167 0.192 0.192 0.166 0.138 0.068 114 E 0.128 0.192 0.168 0.164 0.138 0.121 0.089 115 G 0.081 0.124 0.152 0.208 0.212 0.153 0.070 116 N 0.078 0.121 0.153 0.197 0.205 0.173 0.073 117 G 0.040 0.106 0.171 0.216 0.204 0.185 0.077 118 R 0.012 0.027 0.067 0.167 0.295 0.308 0.123 119 T 0.007 0.014 0.024 0.054 0.130 0.368 0.404 120 Q 0.004 0.009 0.014 0.040 0.115 0.359 0.458 121 R 0.002 0.008 0.024 0.063 0.144 0.290 0.470 122 L 0.001 0.005 0.012 0.031 0.086 0.291 0.573 123 F 0.001 0.002 0.006 0.020 0.060 0.258 0.652 124 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.232 0.728 125 E 0.001 0.004 0.018 0.093 0.245 0.403 0.237 126 N 0.002 0.020 0.072 0.179 0.265 0.347 0.116 127 L 0.001 0.007 0.020 0.075 0.223 0.490 0.183 128 A 0.002 0.007 0.015 0.069 0.281 0.532 0.094 129 K 0.023 0.148 0.296 0.332 0.167 0.032 0.002 130 A 0.147 0.369 0.282 0.146 0.046 0.009 0.001 131 A 0.121 0.265 0.313 0.217 0.072 0.012 0.001 132 G 0.436 0.358 0.143 0.049 0.012 0.002 0.001 133 H 0.081 0.149 0.250 0.302 0.179 0.036 0.002 134 Q 0.103 0.224 0.285 0.230 0.115 0.039 0.004 135 L 0.012 0.023 0.047 0.121 0.290 0.427 0.080 136 N 0.025 0.102 0.188 0.252 0.236 0.159 0.039 137 F 0.007 0.013 0.035 0.125 0.325 0.408 0.087 138 S 0.047 0.164 0.225 0.273 0.191 0.086 0.014 139 L 0.044 0.183 0.252 0.259 0.163 0.087 0.012 140 I 0.046 0.125 0.203 0.266 0.226 0.115 0.019 141 T 0.131 0.341 0.254 0.162 0.078 0.029 0.004 142 K 0.095 0.209 0.254 0.253 0.138 0.046 0.005 143 E 0.351 0.392 0.162 0.060 0.024 0.009 0.001 144 R 0.040 0.256 0.370 0.228 0.082 0.021 0.002 145 M 0.005 0.011 0.028 0.130 0.366 0.408 0.053 146 M 0.005 0.044 0.168 0.365 0.301 0.107 0.010 147 V 0.044 0.275 0.325 0.234 0.093 0.027 0.002 148 A 0.003 0.011 0.048 0.179 0.365 0.353 0.041 149 S 0.002 0.003 0.007 0.033 0.185 0.556 0.213 150 V 0.020 0.138 0.274 0.309 0.182 0.068 0.008 151 A 0.024 0.184 0.304 0.309 0.143 0.033 0.003 152 V 0.004 0.014 0.043 0.154 0.375 0.373 0.036 153 A 0.016 0.086 0.229 0.379 0.239 0.050 0.002 154 E 0.312 0.414 0.189 0.064 0.018 0.003 0.001 155 N 0.425 0.316 0.167 0.070 0.018 0.003 0.001 156 G 0.220 0.268 0.239 0.174 0.078 0.020 0.001 157 D 0.253 0.350 0.208 0.120 0.053 0.015 0.002 158 L 0.013 0.055 0.170 0.332 0.297 0.125 0.008 159 E 0.149 0.344 0.251 0.150 0.076 0.026 0.003 160 P 0.017 0.118 0.274 0.310 0.202 0.071 0.008 161 M 0.001 0.002 0.007 0.048 0.268 0.573 0.100 162 Q 0.004 0.052 0.180 0.345 0.277 0.131 0.011 163 H 0.018 0.185 0.378 0.291 0.103 0.023 0.001 164 L 0.002 0.009 0.041 0.162 0.401 0.356 0.027 165 F 0.003 0.004 0.009 0.043 0.224 0.598 0.119 166 E 0.022 0.119 0.272 0.346 0.186 0.052 0.003 167 D 0.097 0.347 0.320 0.175 0.052 0.009 0.001 168 I 0.011 0.043 0.118 0.292 0.341 0.184 0.011 169 S 0.030 0.060 0.122 0.286 0.347 0.149 0.006 170 N 0.326 0.419 0.183 0.056 0.013 0.002 0.001 171 P 0.510 0.339 0.110 0.033 0.007 0.001 0.001 172 E 0.195 0.294 0.229 0.181 0.077 0.023 0.001 173 K 0.078 0.155 0.234 0.289 0.185 0.056 0.003 174 I 0.313 0.331 0.212 0.100 0.036 0.007 0.001 175 R 0.216 0.402 0.252 0.099 0.025 0.005 0.001 176 L 0.024 0.052 0.117 0.298 0.340 0.161 0.008 177 L 0.019 0.057 0.152 0.305 0.311 0.147 0.009 178 K 0.312 0.412 0.193 0.064 0.015 0.003 0.001 179 E 0.095 0.250 0.324 0.241 0.075 0.014 0.001 180 F 0.016 0.022 0.057 0.197 0.403 0.290 0.015 181 M 0.128 0.272 0.303 0.203 0.077 0.017 0.001 182 H 0.387 0.377 0.160 0.058 0.015 0.003 0.001 183 T 0.137 0.189 0.232 0.252 0.146 0.041 0.002 184 M 0.106 0.144 0.220 0.289 0.182 0.058 0.002 185 K 0.400 0.345 0.160 0.068 0.022 0.004 0.001 186 N 0.319 0.283 0.216 0.131 0.043 0.008 0.001 187 T 0.311 0.233 0.191 0.158 0.083 0.023 0.001 188 G 0.557 0.264 0.111 0.050 0.015 0.003 0.001 189 R 0.528 0.245 0.130 0.070 0.023 0.004 0.001 190 N 0.376 0.266 0.186 0.118 0.044 0.009 0.001 191 V 0.392 0.280 0.180 0.106 0.035 0.007 0.001 192 N 0.614 0.251 0.088 0.035 0.010 0.002 0.001 193 D 0.399 0.261 0.178 0.113 0.041 0.008 0.001 194 R 0.273 0.232 0.211 0.178 0.084 0.021 0.001 195 P 0.533 0.273 0.121 0.052 0.017 0.004 0.001 196 V 0.340 0.260 0.201 0.134 0.054 0.011 0.001 197 M 0.281 0.231 0.197 0.176 0.087 0.027 0.001 198 V 0.273 0.215 0.207 0.192 0.091 0.020 0.001 199 A 0.589 0.254 0.106 0.039 0.010 0.002 0.001 200 K 0.735 0.183 0.056 0.020 0.005 0.001 0.001 201 E 0.758 0.157 0.056 0.021 0.006 0.001 0.001