# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9651 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.010 0.021 0.042 0.063 0.135 0.042 0.639 2 T 0.128 0.018 0.023 0.043 0.066 0.118 0.090 0.513 3 S 0.034 0.014 0.014 0.016 0.031 0.142 0.032 0.716 4 S 0.044 0.016 0.026 0.017 0.029 0.144 0.042 0.683 5 E 0.091 0.028 0.026 0.033 0.031 0.156 0.070 0.564 6 P 0.170 0.029 0.023 0.010 0.018 0.107 0.049 0.594 7 A 0.147 0.021 0.033 0.022 0.031 0.116 0.086 0.545 8 H 0.062 0.019 0.028 0.015 0.027 0.121 0.056 0.672 9 G 0.025 0.012 0.039 0.028 0.059 0.145 0.043 0.650 10 A 0.030 0.006 0.028 0.024 0.037 0.109 0.021 0.746 11 T 0.249 0.021 0.031 0.048 0.059 0.096 0.121 0.375 12 P 0.072 0.013 0.018 0.015 0.025 0.139 0.029 0.689 13 K 0.020 0.006 0.021 0.019 0.037 0.131 0.030 0.738 14 R 0.027 0.009 0.014 0.013 0.015 0.118 0.033 0.771 15 S 0.290 0.062 0.015 0.015 0.017 0.123 0.074 0.405 16 P 0.150 0.045 0.012 0.008 0.010 0.107 0.043 0.626 17 S 0.124 0.112 0.007 0.004 0.007 0.095 0.063 0.588 18 E 0.106 0.195 0.008 0.003 0.004 0.108 0.051 0.526 19 G 0.045 0.197 0.007 0.004 0.004 0.077 0.316 0.351 20 S 0.091 0.673 0.004 0.001 0.001 0.031 0.087 0.112 21 A 0.049 0.688 0.003 0.001 0.001 0.026 0.131 0.101 22 D 0.010 0.909 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.032 23 N 0.012 0.826 0.001 0.001 0.001 0.005 0.140 0.016 24 A 0.006 0.840 0.002 0.001 0.001 0.005 0.132 0.014 25 A 0.011 0.942 0.002 0.001 0.001 0.004 0.033 0.008 26 L 0.010 0.915 0.002 0.001 0.001 0.002 0.062 0.008 27 C 0.006 0.951 0.003 0.001 0.001 0.002 0.029 0.009 28 D 0.004 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 0.012 29 A 0.005 0.946 0.003 0.001 0.001 0.002 0.037 0.006 30 L 0.004 0.897 0.004 0.001 0.001 0.002 0.086 0.007 31 A 0.005 0.940 0.002 0.001 0.001 0.002 0.038 0.013 32 V 0.003 0.390 0.005 0.001 0.001 0.005 0.586 0.010 33 E 0.002 0.842 0.003 0.001 0.001 0.003 0.143 0.006 34 H 0.009 0.907 0.003 0.001 0.001 0.006 0.055 0.018 35 A 0.005 0.835 0.019 0.004 0.004 0.014 0.082 0.036 36 T 0.014 0.786 0.051 0.006 0.012 0.018 0.086 0.029 37 I 0.028 0.579 0.072 0.015 0.013 0.039 0.140 0.114 38 Y 0.038 0.556 0.140 0.024 0.023 0.046 0.082 0.092 39 G 0.034 0.510 0.060 0.014 0.025 0.068 0.089 0.201 40 Y 0.014 0.138 0.200 0.025 0.042 0.087 0.308 0.187 41 G 0.029 0.282 0.164 0.061 0.086 0.044 0.249 0.084 42 I 0.125 0.115 0.142 0.035 0.074 0.085 0.173 0.252 43 V 0.064 0.039 0.147 0.134 0.142 0.080 0.153 0.242 44 S 0.039 0.025 0.078 0.040 0.103 0.094 0.113 0.508 45 A 0.037 0.023 0.062 0.042 0.072 0.177 0.059 0.528 46 L 0.011 0.013 0.092 0.060 0.071 0.168 0.058 0.526 47 S 0.172 0.071 0.022 0.013 0.018 0.122 0.060 0.522 48 P 0.292 0.166 0.017 0.008 0.009 0.069 0.175 0.264 49 P 0.042 0.211 0.012 0.005 0.007 0.102 0.034 0.586 50 G 0.044 0.594 0.007 0.003 0.006 0.039 0.066 0.241 51 V 0.016 0.919 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.037 52 N 0.010 0.910 0.002 0.001 0.002 0.005 0.047 0.023 53 F 0.003 0.880 0.004 0.003 0.003 0.005 0.078 0.023 54 L 0.004 0.961 0.003 0.001 0.001 0.002 0.021 0.006 55 V 0.006 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 56 A 0.004 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 57 D 0.014 0.904 0.007 0.001 0.001 0.003 0.049 0.022 58 A 0.050 0.621 0.013 0.001 0.001 0.007 0.287 0.021 59 L 0.096 0.739 0.007 0.001 0.001 0.008 0.102 0.046 60 K 0.044 0.596 0.004 0.001 0.001 0.018 0.033 0.304 61 Q 0.017 0.609 0.006 0.001 0.001 0.024 0.085 0.258 62 H 0.043 0.785 0.003 0.001 0.001 0.011 0.109 0.049 63 R 0.054 0.716 0.005 0.001 0.001 0.018 0.105 0.101 64 H 0.015 0.743 0.010 0.001 0.001 0.024 0.072 0.134 65 R 0.014 0.923 0.002 0.001 0.001 0.006 0.031 0.024 66 R 0.011 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 0.011 67 D 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.013 68 D 0.002 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.008 69 V 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.004 70 I 0.013 0.623 0.016 0.004 0.004 0.008 0.311 0.021 71 V 0.011 0.749 0.018 0.008 0.007 0.014 0.146 0.047 72 M 0.053 0.514 0.076 0.017 0.025 0.038 0.168 0.109 73 L 0.094 0.082 0.153 0.053 0.039 0.068 0.272 0.239 74 S 0.463 0.027 0.017 0.011 0.014 0.050 0.068 0.350 75 A 0.109 0.004 0.008 0.004 0.005 0.064 0.043 0.762 76 R 0.011 0.003 0.014 0.006 0.014 0.161 0.018 0.773 77 G 0.017 0.002 0.011 0.007 0.014 0.088 0.020 0.842 78 V 0.020 0.006 0.024 0.028 0.021 0.120 0.021 0.762 79 T 0.058 0.026 0.056 0.023 0.031 0.097 0.043 0.667 80 A 0.054 0.047 0.046 0.042 0.033 0.099 0.033 0.645 81 P 0.065 0.080 0.062 0.023 0.023 0.084 0.045 0.618 82 I 0.169 0.146 0.103 0.034 0.022 0.073 0.100 0.354 83 A 0.321 0.157 0.025 0.011 0.014 0.064 0.046 0.362 84 A 0.371 0.040 0.039 0.009 0.009 0.046 0.073 0.413 85 A 0.151 0.037 0.021 0.017 0.038 0.105 0.042 0.589 86 G 0.049 0.005 0.018 0.008 0.021 0.060 0.035 0.804 87 Y 0.017 0.004 0.044 0.071 0.086 0.175 0.029 0.575 88 Q 0.010 0.002 0.032 0.016 0.040 0.074 0.023 0.803 89 L 0.071 0.004 0.038 0.075 0.066 0.143 0.052 0.551 90 P 0.038 0.004 0.058 0.028 0.046 0.099 0.047 0.680 91 M 0.033 0.005 0.039 0.038 0.058 0.110 0.043 0.673 92 Q 0.048 0.015 0.061 0.027 0.037 0.113 0.073 0.626 93 V 0.044 0.033 0.023 0.017 0.016 0.122 0.037 0.709 94 S 0.029 0.061 0.021 0.008 0.007 0.088 0.047 0.739 95 S 0.077 0.793 0.002 0.001 0.001 0.016 0.035 0.075 96 A 0.043 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.028 97 A 0.018 0.912 0.002 0.001 0.001 0.006 0.027 0.033 98 D 0.012 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.011 99 A 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 100 A 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.011 101 R 0.013 0.853 0.005 0.002 0.002 0.009 0.066 0.050 102 L 0.010 0.894 0.004 0.001 0.002 0.008 0.049 0.031 103 A 0.025 0.877 0.008 0.002 0.002 0.009 0.048 0.029 104 V 0.024 0.576 0.028 0.009 0.007 0.029 0.199 0.128 105 R 0.030 0.554 0.037 0.006 0.007 0.042 0.168 0.157 106 M 0.169 0.574 0.025 0.004 0.003 0.025 0.107 0.093 107 E 0.190 0.527 0.009 0.002 0.003 0.029 0.052 0.189 108 N 0.017 0.133 0.008 0.002 0.003 0.053 0.265 0.519 109 D 0.005 0.688 0.005 0.003 0.004 0.035 0.119 0.141 110 G 0.005 0.919 0.003 0.001 0.002 0.009 0.033 0.029 111 A 0.003 0.946 0.005 0.004 0.003 0.004 0.020 0.015 112 T 0.007 0.891 0.010 0.004 0.007 0.005 0.062 0.014 113 A 0.005 0.925 0.006 0.003 0.002 0.002 0.050 0.006 114 W 0.007 0.952 0.006 0.002 0.003 0.002 0.023 0.007 115 R 0.011 0.834 0.017 0.006 0.005 0.009 0.072 0.045 116 A 0.008 0.880 0.020 0.006 0.006 0.009 0.034 0.036 117 V 0.103 0.634 0.062 0.010 0.015 0.018 0.098 0.060 118 V 0.393 0.177 0.034 0.026 0.017 0.049 0.091 0.212 119 E 0.063 0.030 0.016 0.017 0.023 0.053 0.169 0.630 120 H 0.038 0.031 0.010 0.006 0.010 0.112 0.059 0.735 121 A 0.026 0.032 0.020 0.027 0.030 0.194 0.043 0.628 122 E 0.017 0.022 0.005 0.003 0.003 0.081 0.013 0.856 123 T 0.228 0.524 0.004 0.003 0.003 0.033 0.060 0.146 124 A 0.050 0.777 0.002 0.001 0.001 0.026 0.013 0.129 125 D 0.015 0.886 0.002 0.001 0.001 0.009 0.030 0.056 126 D 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.009 127 R 0.011 0.757 0.002 0.001 0.002 0.007 0.201 0.019 128 V 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 129 F 0.002 0.771 0.002 0.001 0.002 0.004 0.211 0.008 130 A 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 131 S 0.002 0.034 0.003 0.001 0.001 0.002 0.951 0.008 132 T 0.020 0.568 0.003 0.001 0.001 0.014 0.365 0.029 133 A 0.064 0.273 0.007 0.001 0.001 0.033 0.554 0.068 134 L 0.006 0.839 0.007 0.001 0.001 0.015 0.090 0.041 135 T 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.025 136 E 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 137 S 0.003 0.974 0.006 0.001 0.001 0.002 0.013 0.003 138 A 0.010 0.532 0.007 0.001 0.001 0.006 0.438 0.008 139 V 0.003 0.850 0.015 0.001 0.001 0.003 0.122 0.007 140 M 0.003 0.954 0.008 0.001 0.001 0.002 0.020 0.011 141 A 0.007 0.614 0.046 0.005 0.006 0.020 0.258 0.045 142 T 0.023 0.655 0.046 0.008 0.010 0.025 0.189 0.043 143 R 0.086 0.589 0.029 0.010 0.011 0.034 0.107 0.134 144 W 0.059 0.291 0.068 0.023 0.030 0.078 0.133 0.317 145 N 0.083 0.094 0.055 0.025 0.031 0.103 0.191 0.418 146 R 0.217 0.035 0.042 0.018 0.018 0.107 0.075 0.487 147 V 0.146 0.015 0.036 0.014 0.018 0.105 0.046 0.619 148 L 0.022 0.003 0.018 0.005 0.011 0.112 0.023 0.805 149 G 0.026 0.009 0.031 0.015 0.030 0.143 0.041 0.705 150 A 0.022 0.007 0.034 0.018 0.021 0.143 0.057 0.699 151 W 0.035 0.014 0.085 0.048 0.057 0.171 0.119 0.471 152 P 0.048 0.020 0.100 0.036 0.065 0.114 0.097 0.521 153 I 0.056 0.015 0.160 0.054 0.083 0.129 0.085 0.417 154 T 0.044 0.009 0.174 0.056 0.086 0.115 0.093 0.422 155 A 0.015 0.004 0.165 0.074 0.127 0.141 0.104 0.369 156 A 0.021 0.003 0.126 0.031 0.065 0.143 0.050 0.560 157 F 0.142 0.005 0.108 0.072 0.080 0.154 0.083 0.356 158 P 0.049 0.004 0.040 0.016 0.033 0.148 0.036 0.674 159 G 0.038 0.006 0.034 0.021 0.056 0.166 0.033 0.645 160 G 0.038 0.006 0.015 0.015 0.028 0.131 0.034 0.732 161 D 0.128 0.028 0.019 0.040 0.045 0.144 0.097 0.498 162 E 0.063 0.024 0.017 0.030 0.054 0.121 0.049 0.642