# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9651 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.030 0.010 0.030 0.027 0.039 0.045 0.004 0.001 0.004 0.710 2 T 0.058 0.012 0.006 0.033 0.040 0.052 0.109 0.004 0.001 0.005 0.682 3 S 0.057 0.004 0.006 0.020 0.014 0.022 0.060 0.001 0.001 0.004 0.811 4 S 0.053 0.005 0.004 0.035 0.020 0.041 0.118 0.001 0.001 0.004 0.718 5 E 0.105 0.004 0.004 0.051 0.027 0.047 0.122 0.001 0.001 0.005 0.632 6 P 0.007 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.960 7 A 0.033 0.004 0.001 0.056 0.028 0.061 0.122 0.001 0.001 0.004 0.691 8 H 0.138 0.007 0.001 0.026 0.013 0.021 0.077 0.001 0.001 0.004 0.714 9 G 0.181 0.025 0.001 0.044 0.029 0.046 0.070 0.003 0.001 0.006 0.594 10 A 0.172 0.028 0.007 0.047 0.026 0.064 0.112 0.003 0.001 0.009 0.533 11 T 0.125 0.020 0.004 0.056 0.054 0.059 0.129 0.002 0.001 0.004 0.546 12 P 0.006 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.973 13 K 0.018 0.002 0.001 0.024 0.026 0.061 0.164 0.001 0.001 0.003 0.700 14 R 0.375 0.005 0.004 0.036 0.011 0.031 0.086 0.002 0.001 0.017 0.432 15 S 0.208 0.014 0.002 0.037 0.019 0.024 0.153 0.003 0.001 0.003 0.536 16 P 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.977 17 S 0.025 0.001 0.001 0.014 0.003 0.008 0.472 0.001 0.001 0.006 0.470 18 E 0.386 0.002 0.005 0.007 0.001 0.002 0.094 0.001 0.001 0.021 0.480 19 G 0.114 0.013 0.002 0.009 0.002 0.003 0.297 0.001 0.001 0.008 0.551 20 S 0.127 0.007 0.005 0.007 0.001 0.002 0.360 0.001 0.001 0.019 0.472 21 A 0.089 0.044 0.006 0.016 0.002 0.003 0.281 0.001 0.001 0.011 0.547 22 D 0.032 0.055 0.001 0.005 0.003 0.005 0.661 0.003 0.001 0.010 0.223 23 N 0.062 0.307 0.001 0.005 0.003 0.002 0.188 0.007 0.001 0.011 0.413 24 A 0.025 0.644 0.003 0.001 0.001 0.001 0.119 0.001 0.001 0.008 0.198 25 A 0.007 0.627 0.001 0.001 0.001 0.003 0.288 0.011 0.001 0.006 0.054 26 L 0.020 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 0.024 27 C 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 28 D 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 29 A 0.019 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 30 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 31 A 0.008 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 32 V 0.017 0.959 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 33 E 0.013 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.017 34 H 0.013 0.934 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.025 35 A 0.016 0.938 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.029 36 T 0.015 0.923 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.039 37 I 0.025 0.913 0.004 0.006 0.003 0.004 0.004 0.007 0.001 0.001 0.034 38 Y 0.009 0.924 0.010 0.004 0.003 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 0.032 39 G 0.019 0.901 0.006 0.005 0.005 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.043 40 Y 0.019 0.874 0.003 0.009 0.009 0.017 0.007 0.010 0.001 0.001 0.051 41 G 0.043 0.744 0.009 0.011 0.010 0.017 0.010 0.020 0.001 0.002 0.135 42 I 0.041 0.787 0.032 0.009 0.015 0.017 0.013 0.005 0.001 0.001 0.081 43 V 0.015 0.776 0.003 0.035 0.029 0.058 0.008 0.010 0.001 0.001 0.066 44 S 0.040 0.699 0.007 0.019 0.027 0.033 0.010 0.008 0.001 0.001 0.156 45 A 0.104 0.646 0.006 0.015 0.016 0.023 0.014 0.018 0.001 0.001 0.157 46 L 0.230 0.349 0.030 0.018 0.013 0.034 0.027 0.034 0.001 0.003 0.261 47 S 0.120 0.122 0.094 0.028 0.014 0.026 0.040 0.021 0.001 0.003 0.531 48 P 0.052 0.029 0.015 0.017 0.007 0.019 0.047 0.006 0.001 0.002 0.806 49 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.989 50 G 0.042 0.006 0.001 0.007 0.002 0.003 0.179 0.001 0.001 0.002 0.757 51 V 0.583 0.042 0.006 0.007 0.002 0.003 0.076 0.001 0.001 0.007 0.273 52 N 0.060 0.382 0.001 0.016 0.004 0.006 0.127 0.002 0.001 0.001 0.401 53 F 0.040 0.301 0.001 0.003 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.003 0.557 54 L 0.024 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 0.001 0.237 55 V 0.016 0.871 0.001 0.002 0.002 0.005 0.063 0.008 0.001 0.003 0.030 56 A 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 57 D 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 58 A 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 59 L 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 60 K 0.006 0.977 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 61 Q 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 62 H 0.036 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.015 63 R 0.019 0.934 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 64 H 0.010 0.923 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.053 65 R 0.085 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.074 66 R 0.039 0.934 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 67 D 0.005 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.083 68 D 0.013 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.052 69 V 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 I 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 71 V 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 72 M 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 73 L 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 74 S 0.008 0.955 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 0.008 75 A 0.073 0.799 0.017 0.001 0.001 0.003 0.004 0.032 0.001 0.001 0.070 76 R 0.206 0.517 0.012 0.006 0.005 0.006 0.017 0.150 0.001 0.001 0.080 77 G 0.558 0.052 0.051 0.005 0.002 0.002 0.027 0.112 0.001 0.008 0.183 78 V 0.013 0.005 0.873 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.093 79 T 0.004 0.002 0.004 0.032 0.010 0.016 0.092 0.001 0.001 0.001 0.838 80 A 0.033 0.001 0.003 0.028 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.909 81 P 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.963 82 I 0.101 0.007 0.001 0.079 0.019 0.060 0.308 0.001 0.001 0.014 0.410 83 A 0.109 0.036 0.001 0.045 0.009 0.019 0.054 0.001 0.001 0.003 0.724 84 A 0.099 0.191 0.001 0.051 0.040 0.053 0.090 0.002 0.001 0.005 0.469 85 A 0.167 0.166 0.001 0.009 0.009 0.014 0.067 0.003 0.001 0.003 0.561 86 G 0.318 0.214 0.004 0.019 0.031 0.029 0.049 0.019 0.001 0.007 0.310 87 Y 0.339 0.228 0.053 0.014 0.019 0.043 0.086 0.006 0.001 0.011 0.202 88 Q 0.064 0.117 0.028 0.042 0.085 0.115 0.046 0.016 0.001 0.002 0.485 89 L 0.091 0.055 0.016 0.115 0.098 0.190 0.035 0.006 0.001 0.003 0.391 90 P 0.003 0.001 0.002 0.006 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.975 91 M 0.030 0.006 0.004 0.116 0.064 0.147 0.075 0.002 0.001 0.004 0.555 92 Q 0.094 0.005 0.002 0.031 0.011 0.024 0.089 0.002 0.001 0.004 0.738 93 V 0.123 0.010 0.004 0.066 0.010 0.021 0.067 0.002 0.001 0.006 0.693 94 S 0.079 0.004 0.004 0.052 0.010 0.019 0.299 0.001 0.001 0.009 0.524 95 S 0.116 0.003 0.002 0.006 0.001 0.002 0.340 0.001 0.001 0.006 0.523 96 A 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.002 0.930 97 A 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.790 0.001 0.001 0.012 0.186 98 D 0.070 0.032 0.001 0.002 0.001 0.002 0.744 0.002 0.001 0.017 0.130 99 A 0.033 0.848 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.103 100 A 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.025 101 R 0.034 0.888 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.019 0.001 0.001 0.039 102 L 0.026 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.013 103 A 0.022 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 104 V 0.019 0.905 0.005 0.004 0.005 0.007 0.002 0.029 0.001 0.001 0.024 105 R 0.142 0.708 0.011 0.007 0.004 0.007 0.005 0.034 0.001 0.001 0.081 106 M 0.118 0.644 0.036 0.010 0.011 0.012 0.018 0.014 0.001 0.001 0.138 107 E 0.033 0.432 0.015 0.050 0.021 0.059 0.049 0.011 0.001 0.003 0.326 108 N 0.037 0.222 0.019 0.021 0.009 0.027 0.143 0.011 0.001 0.005 0.505 109 D 0.222 0.304 0.006 0.020 0.008 0.011 0.087 0.015 0.001 0.006 0.322 110 G 0.152 0.538 0.014 0.013 0.006 0.007 0.061 0.006 0.001 0.004 0.199 111 A 0.023 0.668 0.009 0.012 0.007 0.011 0.054 0.002 0.001 0.002 0.213 112 T 0.012 0.701 0.002 0.007 0.006 0.010 0.054 0.002 0.001 0.001 0.204 113 A 0.031 0.842 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.099 114 W 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.021 115 R 0.005 0.943 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.038 116 A 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 117 V 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.018 118 V 0.015 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 119 E 0.015 0.954 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 120 H 0.078 0.818 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 0.058 121 A 0.216 0.556 0.016 0.005 0.004 0.003 0.002 0.074 0.001 0.001 0.123 122 E 0.132 0.361 0.094 0.019 0.011 0.019 0.066 0.084 0.001 0.005 0.210 123 T 0.230 0.091 0.086 0.013 0.006 0.009 0.166 0.052 0.001 0.005 0.343 124 A 0.056 0.019 0.025 0.007 0.001 0.001 0.056 0.002 0.001 0.003 0.831 125 D 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.702 0.001 0.001 0.009 0.267 126 D 0.093 0.040 0.012 0.005 0.001 0.002 0.509 0.001 0.001 0.028 0.309 127 R 0.032 0.404 0.001 0.006 0.002 0.003 0.313 0.002 0.001 0.008 0.229 128 V 0.021 0.535 0.001 0.002 0.002 0.005 0.248 0.002 0.001 0.008 0.176 129 F 0.011 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.072 130 A 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 131 S 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 132 T 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 133 A 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 134 L 0.027 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 135 T 0.006 0.953 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 136 E 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.042 137 S 0.009 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 138 A 0.005 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.016 139 V 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 140 M 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 141 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 142 T 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 143 R 0.011 0.965 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 144 W 0.006 0.966 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 145 N 0.046 0.877 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.039 146 R 0.061 0.817 0.023 0.001 0.002 0.002 0.006 0.017 0.001 0.001 0.070 147 V 0.112 0.666 0.045 0.005 0.006 0.008 0.016 0.036 0.001 0.002 0.104 148 L 0.128 0.332 0.041 0.025 0.013 0.017 0.029 0.068 0.001 0.003 0.344 149 G 0.199 0.077 0.023 0.024 0.019 0.018 0.041 0.041 0.001 0.007 0.552 150 A 0.136 0.025 0.205 0.022 0.009 0.018 0.027 0.006 0.001 0.006 0.545 151 W 0.035 0.007 0.010 0.115 0.071 0.077 0.094 0.005 0.001 0.002 0.584 152 P 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.979 153 I 0.011 0.002 0.001 0.236 0.125 0.214 0.118 0.001 0.001 0.002 0.290 154 T 0.072 0.003 0.001 0.095 0.045 0.097 0.070 0.001 0.001 0.007 0.611 155 A 0.044 0.009 0.001 0.263 0.142 0.219 0.056 0.001 0.001 0.004 0.261 156 A 0.040 0.006 0.004 0.118 0.064 0.132 0.090 0.001 0.001 0.007 0.538 157 F 0.053 0.005 0.003 0.180 0.177 0.185 0.096 0.002 0.001 0.005 0.294 158 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.973 159 G 0.008 0.001 0.001 0.042 0.058 0.143 0.144 0.001 0.001 0.005 0.597 160 G 0.159 0.002 0.002 0.020 0.016 0.034 0.124 0.001 0.001 0.020 0.623 161 D 0.084 0.011 0.001 0.019 0.023 0.026 0.159 0.001 0.001 0.006 0.671 162 E 0.040 0.010 0.002 0.015 0.012 0.019 0.118 0.001 0.001 0.006 0.778