# TARGET T0385 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9651 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.210 0.261 0.275 0.126 0.044 0.039 0.014 0.004 0.024 0.002 0.001 2 T 0.164 0.359 0.244 0.087 0.085 0.022 0.008 0.002 0.023 0.004 0.001 3 S 0.285 0.171 0.270 0.169 0.050 0.026 0.008 0.006 0.009 0.005 0.001 4 S 0.148 0.271 0.284 0.120 0.098 0.020 0.011 0.009 0.029 0.010 0.001 5 E 0.046 0.179 0.567 0.004 0.035 0.018 0.014 0.001 0.128 0.005 0.002 6 P 0.097 0.005 0.764 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.108 7 A 0.306 0.052 0.523 0.044 0.016 0.025 0.005 0.007 0.006 0.006 0.010 8 H 0.220 0.119 0.321 0.242 0.028 0.027 0.019 0.006 0.014 0.002 0.002 9 G 0.134 0.081 0.232 0.070 0.209 0.007 0.034 0.130 0.008 0.094 0.001 10 A 0.202 0.173 0.427 0.118 0.037 0.026 0.002 0.002 0.006 0.003 0.003 11 T 0.030 0.323 0.333 0.009 0.071 0.016 0.018 0.001 0.193 0.004 0.001 12 P 0.127 0.009 0.807 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 13 K 0.270 0.068 0.481 0.081 0.013 0.055 0.006 0.005 0.011 0.001 0.008 14 R 0.116 0.306 0.389 0.094 0.034 0.028 0.004 0.002 0.025 0.001 0.001 15 S 0.041 0.098 0.719 0.003 0.034 0.020 0.006 0.001 0.069 0.007 0.001 16 P 0.573 0.004 0.318 0.057 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 17 S 0.267 0.152 0.255 0.111 0.118 0.019 0.013 0.015 0.028 0.021 0.001 18 E 0.249 0.045 0.424 0.203 0.022 0.023 0.009 0.004 0.012 0.004 0.004 19 G 0.221 0.014 0.123 0.067 0.071 0.004 0.033 0.291 0.003 0.171 0.001 20 S 0.539 0.032 0.209 0.136 0.022 0.029 0.007 0.006 0.009 0.009 0.002 21 A 0.768 0.021 0.071 0.089 0.016 0.007 0.009 0.008 0.003 0.007 0.001 22 D 0.817 0.008 0.048 0.094 0.004 0.016 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 23 N 0.838 0.009 0.029 0.103 0.003 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 A 0.970 0.002 0.010 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 H 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Y 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 G 0.987 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Y 0.979 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 G 0.980 0.003 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.972 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.943 0.015 0.007 0.026 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 S 0.831 0.014 0.015 0.129 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.646 0.070 0.082 0.139 0.036 0.007 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 46 L 0.281 0.053 0.119 0.464 0.013 0.027 0.029 0.003 0.008 0.003 0.001 47 S 0.018 0.252 0.529 0.002 0.028 0.012 0.009 0.001 0.148 0.002 0.001 48 P 0.063 0.003 0.877 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.045 49 P 0.297 0.001 0.612 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 50 G 0.335 0.011 0.068 0.055 0.041 0.006 0.035 0.404 0.002 0.043 0.001 51 V 0.763 0.028 0.076 0.102 0.004 0.016 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 52 N 0.748 0.035 0.060 0.118 0.007 0.013 0.008 0.004 0.005 0.002 0.001 53 F 0.878 0.019 0.037 0.027 0.007 0.017 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 54 L 0.896 0.013 0.033 0.020 0.003 0.025 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 55 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.965 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 H 0.593 0.001 0.003 0.397 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.907 0.003 0.009 0.017 0.001 0.005 0.051 0.003 0.001 0.002 0.001 64 H 0.840 0.013 0.031 0.091 0.010 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 65 R 0.799 0.010 0.036 0.106 0.005 0.026 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 66 R 0.983 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 M 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.978 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.937 0.008 0.011 0.038 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.871 0.013 0.041 0.050 0.007 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 76 R 0.281 0.018 0.044 0.643 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 77 G 0.044 0.004 0.037 0.025 0.042 0.004 0.156 0.555 0.004 0.129 0.001 78 V 0.187 0.147 0.466 0.107 0.032 0.040 0.004 0.002 0.008 0.006 0.001 79 T 0.145 0.284 0.311 0.122 0.045 0.035 0.017 0.003 0.035 0.003 0.001 80 A 0.160 0.079 0.648 0.007 0.031 0.016 0.011 0.003 0.032 0.010 0.003 81 P 0.345 0.014 0.541 0.013 0.002 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 82 I 0.480 0.120 0.269 0.036 0.014 0.037 0.005 0.003 0.030 0.003 0.002 83 A 0.586 0.052 0.276 0.034 0.011 0.025 0.003 0.002 0.004 0.004 0.003 84 A 0.559 0.104 0.182 0.065 0.041 0.015 0.012 0.004 0.014 0.004 0.001 85 A 0.530 0.036 0.257 0.123 0.025 0.007 0.010 0.005 0.002 0.003 0.002 86 G 0.304 0.026 0.065 0.119 0.059 0.004 0.081 0.291 0.007 0.043 0.001 87 Y 0.244 0.161 0.348 0.122 0.041 0.038 0.020 0.006 0.011 0.008 0.001 88 Q 0.144 0.318 0.234 0.131 0.028 0.059 0.031 0.003 0.049 0.002 0.002 89 L 0.039 0.308 0.421 0.004 0.054 0.017 0.019 0.001 0.134 0.003 0.001 90 P 0.091 0.009 0.676 0.007 0.001 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.166 91 M 0.116 0.250 0.492 0.029 0.034 0.050 0.003 0.002 0.022 0.001 0.002 92 Q 0.066 0.331 0.398 0.027 0.019 0.097 0.010 0.002 0.047 0.001 0.001 93 V 0.170 0.165 0.513 0.035 0.014 0.078 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 94 S 0.550 0.017 0.027 0.370 0.018 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 95 S 0.052 0.158 0.209 0.032 0.441 0.027 0.004 0.002 0.054 0.021 0.001 96 A 0.940 0.004 0.017 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.984 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 M 0.959 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.984 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.976 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.895 0.001 0.003 0.095 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 110 G 0.966 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 111 A 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 W 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 V 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 E 0.989 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 H 0.618 0.003 0.005 0.367 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 121 A 0.442 0.038 0.318 0.093 0.017 0.044 0.023 0.011 0.012 0.003 0.001 122 E 0.366 0.039 0.059 0.503 0.012 0.014 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 123 T 0.045 0.185 0.473 0.049 0.158 0.027 0.003 0.001 0.053 0.006 0.001 124 A 0.969 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 125 D 0.970 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 D 0.965 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 R 0.983 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.990 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 T 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 T 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 S 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 V 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 M 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 T 0.989 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.960 0.006 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 W 0.860 0.016 0.015 0.098 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 145 N 0.650 0.013 0.031 0.217 0.007 0.009 0.055 0.008 0.005 0.003 0.001 146 R 0.583 0.046 0.060 0.115 0.046 0.016 0.093 0.026 0.006 0.007 0.001 147 V 0.488 0.178 0.214 0.055 0.022 0.022 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 148 L 0.448 0.070 0.215 0.218 0.006 0.023 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 149 G 0.154 0.048 0.113 0.065 0.182 0.006 0.071 0.178 0.008 0.173 0.001 150 A 0.268 0.110 0.285 0.227 0.039 0.027 0.015 0.007 0.010 0.009 0.004 151 W 0.045 0.326 0.367 0.006 0.085 0.019 0.023 0.001 0.122 0.005 0.001 152 P 0.244 0.011 0.602 0.030 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 153 I 0.139 0.337 0.287 0.047 0.089 0.041 0.012 0.006 0.037 0.003 0.001 154 T 0.194 0.341 0.281 0.075 0.032 0.048 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 155 A 0.168 0.388 0.173 0.110 0.115 0.018 0.008 0.004 0.011 0.003 0.001 156 A 0.105 0.307 0.239 0.157 0.104 0.037 0.014 0.007 0.026 0.006 0.001 157 F 0.011 0.249 0.381 0.002 0.074 0.016 0.019 0.001 0.245 0.003 0.001 158 P 0.135 0.005 0.713 0.014 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 159 G 0.077 0.035 0.188 0.087 0.140 0.006 0.033 0.269 0.006 0.159 0.001 160 G 0.073 0.042 0.313 0.049 0.171 0.012 0.028 0.089 0.006 0.214 0.003 161 D 0.153 0.111 0.362 0.179 0.046 0.068 0.025 0.006 0.044 0.005 0.002 162 E 0.639 0.043 0.117 0.125 0.024 0.012 0.015 0.012 0.004 0.008 0.001