# TARGET T0385 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.015 0.832 0.003 0.008 0.017 0.001 0.001 0.013 0.054 0.014 0.018 0.023 2 T 0.003 0.049 0.688 0.004 0.027 0.029 0.003 0.001 0.025 0.044 0.051 0.015 0.060 3 S 0.005 0.039 0.450 0.010 0.043 0.033 0.005 0.005 0.028 0.163 0.147 0.033 0.039 4 S 0.004 0.035 0.349 0.004 0.041 0.036 0.002 0.003 0.021 0.338 0.102 0.028 0.038 5 E 0.001 0.014 0.483 0.004 0.025 0.021 0.001 0.001 0.010 0.359 0.054 0.014 0.015 6 P 0.001 0.028 0.502 0.003 0.064 0.033 0.001 0.001 0.005 0.126 0.212 0.004 0.023 7 A 0.002 0.043 0.413 0.005 0.086 0.037 0.001 0.001 0.005 0.176 0.207 0.010 0.014 8 H 0.001 0.027 0.349 0.004 0.096 0.046 0.001 0.001 0.004 0.269 0.177 0.011 0.013 9 G 0.001 0.022 0.394 0.005 0.065 0.036 0.001 0.001 0.003 0.213 0.235 0.008 0.017 10 A 0.003 0.049 0.538 0.004 0.040 0.028 0.001 0.001 0.004 0.179 0.121 0.010 0.023 11 T 0.001 0.041 0.652 0.002 0.028 0.020 0.001 0.001 0.006 0.148 0.065 0.021 0.016 12 P 0.001 0.021 0.555 0.003 0.072 0.031 0.001 0.001 0.005 0.130 0.149 0.005 0.027 13 K 0.001 0.023 0.396 0.003 0.100 0.033 0.001 0.001 0.006 0.186 0.223 0.015 0.011 14 R 0.001 0.036 0.470 0.002 0.055 0.026 0.001 0.001 0.008 0.248 0.121 0.008 0.023 15 S 0.001 0.027 0.694 0.002 0.010 0.008 0.001 0.001 0.005 0.208 0.026 0.008 0.009 16 P 0.001 0.026 0.535 0.003 0.024 0.017 0.001 0.001 0.004 0.189 0.188 0.003 0.010 17 S 0.001 0.027 0.399 0.002 0.035 0.019 0.001 0.001 0.005 0.320 0.184 0.004 0.005 18 E 0.001 0.024 0.317 0.001 0.058 0.044 0.001 0.001 0.004 0.328 0.217 0.002 0.004 19 G 0.001 0.013 0.360 0.001 0.041 0.073 0.001 0.001 0.003 0.281 0.223 0.001 0.003 20 S 0.001 0.013 0.357 0.001 0.051 0.256 0.001 0.001 0.002 0.187 0.130 0.001 0.002 21 A 0.001 0.018 0.168 0.001 0.060 0.537 0.001 0.001 0.001 0.083 0.128 0.001 0.002 22 D 0.001 0.004 0.070 0.001 0.034 0.787 0.001 0.001 0.001 0.036 0.065 0.001 0.002 23 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.944 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 36 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 38 Y 0.002 0.001 0.010 0.001 0.006 0.919 0.001 0.001 0.001 0.008 0.049 0.001 0.002 39 G 0.005 0.001 0.015 0.001 0.011 0.846 0.001 0.001 0.002 0.013 0.096 0.003 0.006 40 Y 0.006 0.001 0.026 0.001 0.016 0.808 0.001 0.001 0.002 0.031 0.097 0.005 0.007 41 G 0.013 0.005 0.056 0.001 0.036 0.682 0.002 0.001 0.006 0.038 0.128 0.015 0.018 42 I 0.019 0.015 0.072 0.002 0.061 0.630 0.002 0.001 0.007 0.031 0.112 0.012 0.036 43 V 0.040 0.026 0.080 0.007 0.093 0.485 0.004 0.003 0.006 0.041 0.136 0.030 0.051 44 S 0.016 0.007 0.105 0.008 0.137 0.308 0.002 0.001 0.004 0.077 0.277 0.021 0.035 45 A 0.005 0.007 0.147 0.003 0.084 0.166 0.001 0.001 0.003 0.152 0.399 0.013 0.018 46 L 0.002 0.026 0.384 0.002 0.030 0.070 0.001 0.001 0.004 0.283 0.171 0.005 0.022 47 S 0.001 0.025 0.580 0.001 0.008 0.030 0.001 0.001 0.003 0.276 0.062 0.009 0.006 48 P 0.001 0.007 0.729 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.192 0.041 0.001 0.003 49 P 0.001 0.005 0.180 0.001 0.046 0.125 0.001 0.001 0.001 0.212 0.428 0.001 0.001 50 G 0.001 0.017 0.190 0.001 0.059 0.194 0.001 0.001 0.002 0.172 0.361 0.002 0.002 51 V 0.001 0.018 0.237 0.001 0.056 0.503 0.001 0.001 0.008 0.089 0.080 0.002 0.007 52 N 0.001 0.002 0.065 0.001 0.014 0.873 0.001 0.001 0.002 0.019 0.022 0.001 0.002 53 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 62 H 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.924 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.001 0.001 64 H 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.888 0.001 0.001 0.001 0.009 0.079 0.001 0.001 65 R 0.001 0.001 0.023 0.001 0.009 0.916 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 67 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.819 0.001 0.001 0.001 0.004 0.169 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.151 0.001 0.001 0.001 0.019 0.821 0.001 0.001 77 G 0.001 0.001 0.049 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 0.910 0.001 0.001 78 V 0.001 0.015 0.861 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.075 0.018 0.003 0.012 79 T 0.005 0.056 0.520 0.004 0.009 0.015 0.008 0.008 0.086 0.161 0.026 0.071 0.031 80 A 0.004 0.024 0.656 0.006 0.012 0.029 0.006 0.008 0.051 0.099 0.029 0.023 0.054 81 P 0.002 0.019 0.723 0.005 0.021 0.042 0.003 0.005 0.030 0.052 0.047 0.017 0.033 82 I 0.003 0.020 0.438 0.010 0.140 0.133 0.002 0.004 0.022 0.092 0.088 0.015 0.034 83 A 0.005 0.013 0.310 0.015 0.231 0.160 0.001 0.003 0.012 0.101 0.105 0.016 0.029 84 A 0.003 0.015 0.186 0.007 0.357 0.143 0.001 0.001 0.007 0.091 0.155 0.012 0.023 85 A 0.002 0.010 0.131 0.010 0.171 0.109 0.001 0.001 0.006 0.113 0.420 0.012 0.016 86 G 0.006 0.010 0.209 0.044 0.050 0.034 0.002 0.002 0.012 0.130 0.459 0.012 0.031 87 Y 0.026 0.026 0.361 0.003 0.005 0.011 0.013 0.006 0.074 0.142 0.029 0.231 0.073 88 Q 0.019 0.057 0.410 0.007 0.003 0.008 0.014 0.006 0.157 0.069 0.018 0.024 0.208 89 L 0.007 0.022 0.466 0.007 0.003 0.008 0.006 0.004 0.156 0.139 0.015 0.144 0.024 90 P 0.002 0.020 0.662 0.005 0.006 0.005 0.003 0.002 0.089 0.079 0.029 0.004 0.094 91 M 0.003 0.030 0.488 0.005 0.026 0.013 0.004 0.004 0.097 0.173 0.071 0.070 0.016 92 Q 0.002 0.027 0.586 0.006 0.026 0.010 0.002 0.002 0.064 0.133 0.064 0.008 0.070 93 V 0.001 0.030 0.506 0.004 0.058 0.026 0.001 0.002 0.028 0.148 0.168 0.011 0.017 94 S 0.001 0.044 0.348 0.001 0.017 0.022 0.001 0.001 0.010 0.419 0.120 0.010 0.007 95 S 0.001 0.017 0.605 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 0.004 0.320 0.012 0.001 0.010 96 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.917 0.001 0.001 0.001 0.003 0.074 0.001 0.001 106 M 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.854 0.001 0.001 0.001 0.011 0.115 0.001 0.001 107 E 0.001 0.003 0.078 0.001 0.012 0.737 0.001 0.001 0.002 0.068 0.098 0.001 0.001 108 N 0.001 0.001 0.041 0.001 0.015 0.819 0.001 0.001 0.001 0.067 0.056 0.001 0.001 109 D 0.001 0.001 0.035 0.001 0.013 0.863 0.001 0.001 0.002 0.024 0.060 0.001 0.001 110 G 0.001 0.002 0.024 0.001 0.004 0.920 0.001 0.001 0.006 0.011 0.028 0.001 0.002 111 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 112 T 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.979 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 113 A 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.002 114 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.920 0.001 0.001 0.001 0.004 0.052 0.001 0.001 118 V 0.001 0.003 0.032 0.001 0.048 0.853 0.001 0.001 0.001 0.018 0.039 0.001 0.004 119 E 0.001 0.001 0.017 0.001 0.089 0.778 0.001 0.001 0.001 0.017 0.090 0.003 0.003 120 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.090 0.704 0.001 0.001 0.001 0.020 0.166 0.001 0.003 121 A 0.001 0.007 0.134 0.001 0.036 0.478 0.001 0.001 0.004 0.100 0.227 0.003 0.007 122 E 0.001 0.024 0.355 0.001 0.017 0.201 0.001 0.001 0.004 0.135 0.253 0.005 0.005 123 T 0.001 0.005 0.614 0.001 0.006 0.112 0.001 0.001 0.003 0.206 0.049 0.001 0.004 124 A 0.001 0.001 0.106 0.001 0.021 0.626 0.001 0.001 0.001 0.118 0.126 0.001 0.001 125 D 0.001 0.003 0.051 0.001 0.015 0.816 0.001 0.001 0.001 0.035 0.078 0.001 0.001 126 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.001 0.002 127 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 128 V 0.004 0.001 0.005 0.001 0.006 0.957 0.001 0.002 0.004 0.004 0.013 0.003 0.002 129 F 0.006 0.001 0.007 0.001 0.005 0.947 0.002 0.001 0.002 0.005 0.017 0.002 0.004 130 A 0.002 0.001 0.008 0.001 0.007 0.958 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.001 0.002 131 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.002 132 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.933 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.002 0.002 133 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.001 0.002 134 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.007 0.909 0.001 0.001 0.002 0.020 0.039 0.001 0.002 135 T 0.001 0.001 0.027 0.001 0.007 0.906 0.001 0.001 0.001 0.018 0.037 0.002 0.002 136 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 137 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 142 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 144 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 145 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 146 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.884 0.001 0.001 0.001 0.006 0.082 0.001 0.001 148 L 0.001 0.004 0.015 0.001 0.023 0.520 0.001 0.001 0.001 0.025 0.410 0.001 0.001 149 G 0.001 0.002 0.050 0.001 0.025 0.088 0.001 0.001 0.001 0.055 0.774 0.002 0.001 150 A 0.001 0.010 0.326 0.001 0.038 0.105 0.001 0.001 0.004 0.200 0.304 0.002 0.009 151 W 0.001 0.009 0.393 0.003 0.011 0.020 0.001 0.001 0.009 0.461 0.071 0.014 0.006 152 P 0.001 0.017 0.744 0.006 0.012 0.012 0.001 0.001 0.014 0.095 0.065 0.004 0.028 153 I 0.006 0.051 0.531 0.007 0.025 0.019 0.006 0.009 0.080 0.131 0.046 0.058 0.031 154 T 0.007 0.028 0.507 0.010 0.043 0.028 0.007 0.006 0.100 0.127 0.034 0.016 0.086 155 A 0.010 0.024 0.385 0.015 0.044 0.034 0.008 0.005 0.093 0.182 0.059 0.102 0.039 156 A 0.009 0.057 0.501 0.008 0.025 0.031 0.008 0.004 0.058 0.098 0.054 0.012 0.135 157 F 0.003 0.039 0.565 0.007 0.011 0.016 0.002 0.001 0.030 0.162 0.032 0.109 0.021 158 P 0.003 0.032 0.511 0.005 0.022 0.020 0.001 0.001 0.010 0.177 0.156 0.005 0.057 159 G 0.002 0.020 0.481 0.003 0.036 0.021 0.001 0.001 0.004 0.205 0.203 0.014 0.010 160 G 0.001 0.010 0.430 0.001 0.036 0.017 0.001 0.001 0.001 0.242 0.248 0.005 0.009 161 D 0.001 0.007 0.715 0.001 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.112 0.123 0.002 0.008 162 E 0.001 0.005 0.897 0.001 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.049 0.016 0.005 0.005