# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.014 0.002 0.070 0.036 0.063 0.148 0.005 0.001 0.074 0.564 2 T 0.072 0.013 0.001 0.048 0.048 0.060 0.136 0.003 0.001 0.113 0.506 3 S 0.023 0.012 0.002 0.067 0.040 0.069 0.162 0.004 0.001 0.079 0.541 4 S 0.056 0.038 0.003 0.053 0.025 0.048 0.169 0.006 0.002 0.068 0.533 5 E 0.204 0.031 0.007 0.043 0.030 0.044 0.140 0.013 0.004 0.116 0.369 6 P 0.116 0.024 0.002 0.040 0.016 0.035 0.150 0.010 0.001 0.079 0.525 7 A 0.119 0.023 0.002 0.036 0.014 0.038 0.130 0.007 0.001 0.076 0.553 8 H 0.058 0.010 0.002 0.051 0.031 0.058 0.145 0.004 0.001 0.085 0.556 9 G 0.017 0.010 0.002 0.036 0.040 0.081 0.172 0.001 0.001 0.050 0.590 10 A 0.018 0.006 0.003 0.044 0.044 0.060 0.143 0.005 0.002 0.047 0.628 11 T 0.298 0.021 0.002 0.026 0.025 0.030 0.113 0.017 0.001 0.118 0.350 12 P 0.127 0.005 0.001 0.026 0.009 0.018 0.134 0.005 0.001 0.107 0.567 13 K 0.016 0.002 0.001 0.036 0.009 0.029 0.140 0.001 0.001 0.039 0.726 14 R 0.018 0.003 0.001 0.045 0.024 0.040 0.158 0.002 0.001 0.059 0.650 15 S 0.118 0.006 0.001 0.038 0.027 0.024 0.165 0.006 0.001 0.094 0.520 16 P 0.051 0.003 0.001 0.024 0.010 0.015 0.179 0.007 0.001 0.062 0.649 17 S 0.085 0.008 0.001 0.016 0.006 0.010 0.174 0.002 0.001 0.037 0.661 18 E 0.022 0.011 0.001 0.017 0.005 0.015 0.222 0.003 0.001 0.048 0.656 19 G 0.051 0.111 0.001 0.010 0.004 0.007 0.139 0.004 0.001 0.097 0.574 20 S 0.048 0.687 0.001 0.004 0.003 0.004 0.039 0.004 0.001 0.057 0.152 21 A 0.027 0.829 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.038 0.081 22 D 0.008 0.870 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.002 0.001 0.063 0.039 23 N 0.010 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.045 0.023 24 A 0.006 0.761 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.204 0.018 25 A 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.009 26 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 27 C 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 28 D 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 29 A 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 30 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 31 A 0.004 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.005 32 V 0.002 0.157 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.825 0.008 33 E 0.003 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.031 0.009 34 H 0.011 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.019 0.021 35 A 0.021 0.718 0.007 0.003 0.001 0.002 0.015 0.004 0.003 0.158 0.069 36 T 0.039 0.779 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.002 0.052 0.102 37 I 0.073 0.436 0.091 0.006 0.002 0.003 0.042 0.028 0.032 0.129 0.159 38 Y 0.180 0.436 0.008 0.010 0.002 0.004 0.065 0.011 0.005 0.054 0.224 39 G 0.070 0.291 0.003 0.012 0.002 0.006 0.089 0.006 0.002 0.049 0.470 40 Y 0.081 0.120 0.008 0.032 0.009 0.014 0.150 0.012 0.002 0.155 0.416 41 G 0.057 0.074 0.028 0.072 0.010 0.033 0.167 0.010 0.013 0.202 0.334 42 I 0.143 0.034 0.016 0.035 0.014 0.027 0.128 0.009 0.008 0.086 0.500 43 V 0.271 0.037 0.003 0.031 0.010 0.023 0.095 0.016 0.002 0.084 0.429 44 S 0.101 0.011 0.001 0.032 0.007 0.024 0.129 0.004 0.001 0.058 0.632 45 A 0.020 0.003 0.001 0.034 0.011 0.032 0.114 0.001 0.001 0.037 0.747 46 L 0.003 0.003 0.001 0.031 0.024 0.032 0.164 0.001 0.001 0.032 0.710 47 S 0.099 0.087 0.002 0.014 0.012 0.013 0.115 0.011 0.001 0.064 0.582 48 P 0.329 0.340 0.002 0.004 0.001 0.001 0.037 0.006 0.001 0.096 0.183 49 P 0.020 0.429 0.001 0.005 0.001 0.003 0.060 0.004 0.001 0.060 0.416 50 G 0.012 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.014 0.051 51 V 0.005 0.957 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.017 52 N 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.011 53 F 0.005 0.889 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.081 0.016 54 L 0.002 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.017 0.012 55 V 0.009 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.009 56 A 0.012 0.844 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.074 0.052 57 D 0.013 0.839 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.053 0.070 58 A 0.033 0.771 0.028 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.010 0.056 0.074 59 L 0.130 0.644 0.012 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.006 0.062 0.111 60 K 0.057 0.502 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 0.003 0.001 0.063 0.336 61 Q 0.019 0.601 0.016 0.002 0.001 0.001 0.029 0.003 0.004 0.116 0.208 62 H 0.039 0.846 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.032 0.063 63 R 0.030 0.724 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.103 0.123 64 H 0.008 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.069 0.059 65 R 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.018 66 R 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.006 67 D 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 68 D 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 69 V 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 70 I 0.004 0.486 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.482 0.020 71 V 0.005 0.865 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.081 0.031 72 M 0.032 0.794 0.022 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.006 0.076 0.042 73 L 0.016 0.029 0.452 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.384 0.067 0.037 74 S 0.750 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.001 0.015 0.191 75 A 0.053 0.012 0.002 0.004 0.001 0.003 0.040 0.007 0.002 0.037 0.841 76 R 0.031 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.114 0.001 0.001 0.011 0.832 77 G 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 0.013 0.089 0.001 0.001 0.015 0.862 78 V 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.097 0.001 0.001 0.008 0.880 79 T 0.217 0.057 0.001 0.033 0.016 0.018 0.108 0.025 0.001 0.067 0.456 80 A 0.235 0.129 0.003 0.009 0.003 0.004 0.075 0.008 0.001 0.054 0.480 81 P 0.029 0.079 0.005 0.012 0.005 0.013 0.089 0.007 0.003 0.021 0.738 82 I 0.328 0.081 0.030 0.012 0.007 0.014 0.050 0.009 0.012 0.059 0.399 83 A 0.464 0.030 0.004 0.007 0.009 0.012 0.041 0.015 0.002 0.064 0.351 84 A 0.112 0.010 0.002 0.010 0.007 0.021 0.070 0.003 0.001 0.029 0.736 85 A 0.011 0.006 0.001 0.028 0.039 0.089 0.078 0.001 0.001 0.026 0.721 86 G 0.008 0.001 0.001 0.022 0.059 0.085 0.103 0.001 0.001 0.044 0.676 87 Y 0.004 0.001 0.001 0.029 0.240 0.128 0.074 0.001 0.001 0.032 0.489 88 Q 0.016 0.002 0.001 0.040 0.035 0.048 0.103 0.001 0.001 0.030 0.724 89 L 0.027 0.001 0.001 0.029 0.101 0.089 0.122 0.019 0.001 0.067 0.545 90 P 0.064 0.004 0.001 0.047 0.012 0.019 0.121 0.003 0.001 0.038 0.690 91 M 0.021 0.001 0.001 0.041 0.035 0.066 0.138 0.008 0.001 0.033 0.657 92 Q 0.044 0.008 0.001 0.039 0.012 0.017 0.108 0.001 0.001 0.026 0.743 93 V 0.022 0.015 0.001 0.030 0.016 0.019 0.135 0.002 0.001 0.037 0.723 94 S 0.013 0.091 0.001 0.018 0.007 0.008 0.113 0.004 0.001 0.099 0.647 95 S 0.026 0.850 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.047 0.057 96 A 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.018 97 A 0.013 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.034 0.025 98 D 0.006 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.105 0.018 99 A 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 100 A 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 101 R 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.012 102 L 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.011 103 A 0.022 0.784 0.016 0.003 0.001 0.001 0.009 0.010 0.004 0.118 0.033 104 V 0.113 0.411 0.008 0.006 0.001 0.002 0.039 0.005 0.003 0.299 0.112 105 R 0.038 0.474 0.017 0.009 0.001 0.002 0.057 0.005 0.008 0.134 0.254 106 M 0.134 0.441 0.017 0.006 0.002 0.002 0.072 0.011 0.005 0.075 0.235 107 E 0.075 0.558 0.002 0.011 0.001 0.003 0.039 0.005 0.001 0.061 0.243 108 N 0.026 0.233 0.002 0.006 0.001 0.003 0.056 0.002 0.001 0.376 0.295 109 D 0.010 0.633 0.005 0.007 0.002 0.004 0.029 0.004 0.001 0.190 0.117 110 G 0.009 0.916 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.021 0.041 111 A 0.010 0.938 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.024 112 T 0.013 0.885 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.046 0.041 113 A 0.012 0.856 0.010 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.003 0.062 0.034 114 W 0.030 0.897 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.002 0.013 0.032 115 R 0.041 0.724 0.006 0.003 0.002 0.002 0.022 0.005 0.003 0.049 0.144 116 A 0.042 0.613 0.013 0.005 0.002 0.003 0.054 0.008 0.006 0.060 0.193 117 V 0.107 0.473 0.033 0.009 0.002 0.005 0.056 0.039 0.014 0.092 0.170 118 V 0.321 0.126 0.026 0.012 0.003 0.006 0.067 0.032 0.017 0.107 0.283 119 E 0.163 0.074 0.002 0.020 0.005 0.014 0.113 0.008 0.001 0.061 0.539 120 H 0.031 0.016 0.002 0.022 0.003 0.012 0.106 0.001 0.001 0.039 0.768 121 A 0.020 0.016 0.005 0.047 0.021 0.030 0.179 0.002 0.002 0.056 0.624 122 E 0.013 0.038 0.002 0.015 0.006 0.014 0.117 0.004 0.001 0.035 0.754 123 T 0.300 0.511 0.001 0.003 0.001 0.002 0.023 0.007 0.001 0.030 0.120 124 A 0.082 0.619 0.002 0.004 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.046 0.211 125 D 0.015 0.692 0.002 0.005 0.002 0.004 0.038 0.002 0.001 0.049 0.191 126 D 0.015 0.912 0.001 0.002 0.003 0.003 0.008 0.004 0.001 0.015 0.038 127 R 0.041 0.497 0.001 0.005 0.006 0.006 0.014 0.003 0.001 0.356 0.071 128 V 0.007 0.472 0.003 0.006 0.006 0.007 0.017 0.001 0.001 0.421 0.060 129 F 0.015 0.903 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.004 0.001 0.022 0.037 130 A 0.033 0.852 0.012 0.006 0.002 0.003 0.010 0.012 0.002 0.022 0.047 131 S 0.043 0.315 0.003 0.011 0.008 0.012 0.046 0.004 0.002 0.406 0.149 132 T 0.037 0.541 0.004 0.006 0.002 0.005 0.044 0.005 0.002 0.110 0.245 133 A 0.047 0.117 0.017 0.007 0.003 0.004 0.053 0.007 0.003 0.594 0.148 134 L 0.008 0.761 0.004 0.006 0.001 0.002 0.026 0.003 0.002 0.039 0.147 135 T 0.018 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.037 136 E 0.003 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.031 0.016 137 S 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 138 A 0.007 0.279 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.694 0.012 139 V 0.002 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.273 0.015 140 M 0.007 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.090 0.019 141 A 0.005 0.271 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.698 0.016 142 T 0.007 0.701 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.218 0.053 143 R 0.015 0.904 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.010 0.037 144 W 0.042 0.842 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.004 0.017 0.061 145 N 0.084 0.438 0.019 0.001 0.001 0.001 0.053 0.007 0.022 0.055 0.321 146 R 0.231 0.158 0.041 0.004 0.001 0.001 0.099 0.032 0.024 0.099 0.310 147 V 0.244 0.056 0.027 0.014 0.001 0.002 0.128 0.061 0.019 0.118 0.331 148 L 0.139 0.009 0.003 0.018 0.001 0.003 0.166 0.003 0.002 0.038 0.618 149 G 0.012 0.003 0.001 0.030 0.004 0.009 0.173 0.001 0.001 0.034 0.733 150 A 0.016 0.001 0.001 0.021 0.004 0.008 0.167 0.002 0.001 0.047 0.732 151 W 0.054 0.002 0.001 0.052 0.022 0.027 0.179 0.012 0.001 0.114 0.537 152 P 0.059 0.003 0.001 0.030 0.004 0.008 0.127 0.002 0.001 0.033 0.733 153 I 0.032 0.002 0.001 0.041 0.017 0.041 0.152 0.018 0.001 0.052 0.643 154 T 0.140 0.006 0.001 0.034 0.008 0.014 0.111 0.002 0.001 0.054 0.630 155 A 0.016 0.002 0.001 0.059 0.031 0.085 0.170 0.006 0.001 0.062 0.568 156 A 0.033 0.004 0.001 0.050 0.014 0.030 0.120 0.001 0.001 0.040 0.706 157 F 0.055 0.004 0.002 0.051 0.057 0.072 0.154 0.005 0.001 0.084 0.514 158 P 0.055 0.006 0.001 0.015 0.013 0.019 0.128 0.002 0.001 0.041 0.719 159 G 0.128 0.005 0.001 0.008 0.012 0.017 0.112 0.007 0.001 0.035 0.674 160 G 0.059 0.005 0.001 0.006 0.007 0.011 0.121 0.006 0.001 0.038 0.745 161 D 0.064 0.012 0.001 0.008 0.009 0.019 0.136 0.004 0.001 0.029 0.718 162 E 0.045 0.012 0.002 0.017 0.033 0.050 0.133 0.007 0.001 0.036 0.665