# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.016 0.007 0.023 0.017 0.020 0.035 0.003 0.001 0.002 0.800 2 T 0.059 0.007 0.005 0.025 0.023 0.030 0.098 0.003 0.001 0.004 0.746 3 S 0.084 0.005 0.009 0.031 0.021 0.035 0.091 0.001 0.001 0.006 0.719 4 S 0.050 0.006 0.003 0.048 0.021 0.041 0.152 0.001 0.001 0.004 0.674 5 E 0.101 0.006 0.003 0.062 0.027 0.043 0.126 0.001 0.001 0.004 0.628 6 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.973 7 A 0.034 0.006 0.001 0.070 0.043 0.107 0.238 0.001 0.001 0.009 0.491 8 H 0.350 0.016 0.001 0.025 0.009 0.020 0.101 0.002 0.001 0.007 0.468 9 G 0.214 0.033 0.001 0.030 0.017 0.013 0.034 0.005 0.001 0.003 0.650 10 A 0.188 0.024 0.030 0.033 0.010 0.034 0.100 0.001 0.001 0.011 0.569 11 T 0.048 0.011 0.003 0.076 0.068 0.069 0.195 0.002 0.001 0.002 0.525 12 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 13 K 0.014 0.002 0.001 0.028 0.020 0.062 0.374 0.001 0.001 0.005 0.493 14 R 0.634 0.006 0.002 0.026 0.006 0.014 0.072 0.003 0.001 0.022 0.217 15 S 0.389 0.047 0.005 0.077 0.021 0.026 0.076 0.005 0.001 0.004 0.351 16 P 0.004 0.001 0.002 0.011 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.970 17 S 0.040 0.002 0.001 0.043 0.010 0.024 0.185 0.001 0.001 0.004 0.691 18 E 0.261 0.004 0.005 0.016 0.004 0.008 0.078 0.001 0.001 0.010 0.613 19 G 0.124 0.011 0.003 0.020 0.005 0.008 0.237 0.002 0.001 0.008 0.582 20 S 0.189 0.006 0.007 0.017 0.002 0.004 0.226 0.001 0.001 0.014 0.534 21 A 0.069 0.014 0.006 0.028 0.005 0.006 0.226 0.001 0.001 0.009 0.637 22 D 0.036 0.017 0.001 0.010 0.004 0.006 0.557 0.001 0.001 0.009 0.360 23 N 0.053 0.095 0.002 0.012 0.004 0.003 0.198 0.002 0.001 0.010 0.621 24 A 0.021 0.283 0.002 0.002 0.001 0.001 0.308 0.001 0.001 0.009 0.372 25 A 0.010 0.366 0.001 0.002 0.004 0.011 0.491 0.005 0.001 0.009 0.100 26 L 0.019 0.941 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.024 27 C 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 28 D 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 29 A 0.029 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 30 L 0.005 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 31 A 0.009 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.025 32 V 0.026 0.951 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 33 E 0.052 0.845 0.012 0.002 0.001 0.004 0.010 0.038 0.001 0.002 0.034 34 H 0.045 0.797 0.067 0.005 0.002 0.004 0.008 0.023 0.001 0.001 0.048 35 A 0.018 0.514 0.005 0.010 0.004 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.429 36 T 0.045 0.585 0.005 0.011 0.007 0.010 0.040 0.020 0.001 0.002 0.276 37 I 0.147 0.570 0.010 0.016 0.009 0.012 0.030 0.032 0.001 0.002 0.171 38 Y 0.049 0.870 0.008 0.009 0.003 0.006 0.010 0.004 0.001 0.001 0.040 39 G 0.051 0.736 0.011 0.009 0.008 0.017 0.020 0.005 0.001 0.001 0.141 40 Y 0.037 0.593 0.004 0.023 0.017 0.028 0.025 0.011 0.001 0.001 0.260 41 G 0.108 0.339 0.010 0.010 0.008 0.008 0.047 0.018 0.001 0.003 0.449 42 I 0.089 0.490 0.054 0.009 0.007 0.013 0.063 0.004 0.001 0.003 0.268 43 V 0.029 0.483 0.004 0.037 0.031 0.059 0.062 0.011 0.001 0.003 0.282 44 S 0.113 0.483 0.003 0.009 0.009 0.013 0.037 0.005 0.001 0.002 0.327 45 A 0.210 0.490 0.002 0.004 0.004 0.004 0.017 0.016 0.001 0.001 0.252 46 L 0.465 0.284 0.028 0.003 0.002 0.003 0.022 0.011 0.001 0.004 0.177 47 S 0.180 0.172 0.075 0.011 0.006 0.013 0.060 0.019 0.001 0.003 0.459 48 P 0.065 0.032 0.013 0.007 0.002 0.007 0.022 0.005 0.001 0.001 0.845 49 P 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.985 50 G 0.056 0.008 0.001 0.007 0.002 0.002 0.150 0.003 0.001 0.002 0.770 51 V 0.413 0.060 0.010 0.009 0.001 0.003 0.088 0.001 0.001 0.005 0.410 52 N 0.032 0.438 0.001 0.021 0.003 0.007 0.141 0.002 0.001 0.001 0.353 53 F 0.038 0.447 0.001 0.005 0.001 0.002 0.087 0.001 0.001 0.002 0.416 54 L 0.028 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.158 55 V 0.011 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 0.001 0.001 0.023 56 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 57 D 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 58 A 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 59 L 0.019 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.006 60 K 0.020 0.943 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 61 Q 0.012 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.039 62 H 0.043 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.042 63 R 0.028 0.909 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.046 64 H 0.017 0.905 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.055 65 R 0.216 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.090 66 R 0.079 0.848 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 67 D 0.003 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.325 68 D 0.025 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.158 69 V 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 70 I 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 71 V 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 72 M 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 75 A 0.055 0.914 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.011 76 R 0.140 0.498 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.001 0.001 0.020 77 G 0.608 0.036 0.046 0.001 0.001 0.001 0.007 0.231 0.001 0.004 0.066 78 V 0.001 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 79 T 0.002 0.001 0.002 0.073 0.007 0.013 0.087 0.001 0.001 0.001 0.814 80 A 0.020 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.949 81 P 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.956 82 I 0.117 0.003 0.001 0.160 0.019 0.078 0.258 0.001 0.001 0.016 0.349 83 A 0.157 0.017 0.001 0.072 0.009 0.022 0.037 0.001 0.001 0.002 0.683 84 A 0.145 0.090 0.001 0.066 0.047 0.063 0.052 0.002 0.001 0.004 0.531 85 A 0.275 0.058 0.001 0.016 0.014 0.017 0.044 0.004 0.001 0.003 0.568 86 G 0.315 0.055 0.008 0.028 0.045 0.051 0.073 0.012 0.001 0.009 0.404 87 Y 0.195 0.031 0.044 0.060 0.074 0.111 0.131 0.005 0.001 0.009 0.340 88 Q 0.024 0.008 0.017 0.058 0.065 0.104 0.076 0.002 0.001 0.002 0.645 89 L 0.021 0.003 0.007 0.197 0.166 0.238 0.057 0.001 0.001 0.002 0.307 90 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.967 91 M 0.010 0.001 0.001 0.163 0.086 0.202 0.079 0.001 0.001 0.003 0.456 92 Q 0.044 0.001 0.001 0.038 0.014 0.034 0.102 0.001 0.001 0.004 0.762 93 V 0.096 0.005 0.002 0.075 0.011 0.026 0.085 0.001 0.001 0.008 0.691 94 S 0.060 0.003 0.002 0.052 0.010 0.018 0.285 0.001 0.001 0.010 0.559 95 S 0.092 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.310 0.001 0.001 0.006 0.578 96 A 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.122 0.001 0.001 0.003 0.841 97 A 0.010 0.018 0.001 0.002 0.002 0.002 0.618 0.001 0.001 0.013 0.334 98 D 0.017 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.807 0.001 0.001 0.007 0.111 99 A 0.011 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.102 100 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 101 R 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.011 102 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 103 A 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 104 V 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.003 105 R 0.097 0.831 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.029 106 M 0.072 0.847 0.033 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.027 107 E 0.041 0.511 0.021 0.019 0.008 0.020 0.015 0.031 0.001 0.002 0.331 108 N 0.061 0.206 0.072 0.019 0.008 0.017 0.077 0.026 0.001 0.004 0.511 109 D 0.303 0.241 0.020 0.044 0.015 0.018 0.050 0.026 0.001 0.007 0.276 110 G 0.173 0.347 0.042 0.072 0.025 0.024 0.068 0.007 0.001 0.005 0.237 111 A 0.018 0.381 0.018 0.107 0.049 0.069 0.080 0.002 0.001 0.002 0.275 112 T 0.013 0.408 0.002 0.128 0.075 0.129 0.061 0.002 0.001 0.002 0.181 113 A 0.042 0.610 0.005 0.027 0.027 0.055 0.054 0.002 0.001 0.003 0.175 114 W 0.025 0.709 0.004 0.031 0.038 0.078 0.044 0.004 0.001 0.002 0.065 115 R 0.024 0.599 0.003 0.022 0.019 0.031 0.031 0.010 0.001 0.003 0.259 116 A 0.066 0.547 0.012 0.004 0.007 0.008 0.047 0.005 0.001 0.003 0.301 117 V 0.080 0.669 0.018 0.006 0.008 0.023 0.043 0.012 0.001 0.005 0.136 118 V 0.040 0.768 0.012 0.011 0.010 0.029 0.012 0.013 0.001 0.002 0.104 119 E 0.039 0.690 0.004 0.003 0.005 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.236 120 H 0.141 0.679 0.002 0.002 0.004 0.004 0.003 0.024 0.001 0.001 0.141 121 A 0.259 0.525 0.010 0.005 0.007 0.009 0.008 0.051 0.001 0.002 0.124 122 E 0.175 0.381 0.071 0.015 0.014 0.025 0.072 0.064 0.001 0.004 0.179 123 T 0.281 0.139 0.048 0.013 0.007 0.012 0.126 0.046 0.001 0.004 0.325 124 A 0.026 0.011 0.029 0.005 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.002 0.896 125 D 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.799 0.001 0.001 0.008 0.179 126 D 0.126 0.030 0.015 0.006 0.001 0.001 0.487 0.003 0.001 0.038 0.292 127 R 0.027 0.404 0.001 0.004 0.001 0.002 0.316 0.002 0.001 0.010 0.234 128 V 0.015 0.350 0.001 0.002 0.003 0.005 0.462 0.004 0.001 0.017 0.142 129 F 0.019 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.043 130 A 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.009 131 S 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 132 T 0.014 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.013 133 A 0.035 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.008 134 L 0.088 0.852 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.020 135 T 0.024 0.809 0.069 0.001 0.001 0.001 0.018 0.012 0.001 0.001 0.068 136 E 0.010 0.752 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.219 137 S 0.022 0.776 0.004 0.001 0.001 0.001 0.063 0.008 0.001 0.005 0.121 138 A 0.016 0.842 0.004 0.001 0.001 0.001 0.088 0.010 0.001 0.001 0.036 139 V 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 140 M 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 141 A 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 142 T 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 143 R 0.008 0.973 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 144 W 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 145 N 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 146 R 0.019 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.014 147 V 0.030 0.933 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.016 148 L 0.060 0.833 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.053 0.001 0.001 0.038 149 G 0.237 0.408 0.033 0.002 0.002 0.003 0.006 0.110 0.001 0.002 0.196 150 A 0.314 0.142 0.203 0.009 0.003 0.005 0.006 0.064 0.001 0.002 0.251 151 W 0.147 0.024 0.043 0.044 0.027 0.018 0.043 0.047 0.001 0.001 0.604 152 P 0.002 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.981 153 I 0.011 0.001 0.002 0.183 0.050 0.116 0.180 0.001 0.001 0.002 0.454 154 T 0.144 0.001 0.001 0.060 0.013 0.024 0.058 0.001 0.001 0.008 0.690 155 A 0.069 0.004 0.001 0.198 0.054 0.071 0.083 0.001 0.001 0.004 0.514 156 A 0.038 0.002 0.003 0.121 0.030 0.056 0.118 0.001 0.001 0.007 0.625 157 F 0.071 0.002 0.002 0.254 0.126 0.133 0.130 0.001 0.001 0.006 0.275 158 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.972 159 G 0.010 0.001 0.001 0.063 0.061 0.157 0.159 0.001 0.001 0.005 0.542 160 G 0.091 0.001 0.001 0.015 0.009 0.017 0.103 0.001 0.001 0.012 0.751 161 D 0.077 0.005 0.001 0.017 0.017 0.021 0.146 0.001 0.001 0.007 0.710 162 E 0.051 0.006 0.002 0.018 0.012 0.021 0.170 0.001 0.001 0.009 0.712