# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.009 0.102 0.041 0.067 0.077 0.009 0.640 2 T 0.050 0.010 0.072 0.049 0.072 0.114 0.008 0.625 3 S 0.084 0.012 0.129 0.059 0.132 0.126 0.010 0.447 4 S 0.049 0.012 0.057 0.028 0.064 0.101 0.010 0.678 5 E 0.080 0.010 0.070 0.035 0.061 0.163 0.010 0.571 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.990 7 A 0.044 0.020 0.037 0.030 0.102 0.209 0.008 0.551 8 H 0.239 0.032 0.031 0.026 0.037 0.096 0.020 0.519 9 G 0.321 0.029 0.023 0.023 0.033 0.055 0.025 0.490 10 A 0.410 0.025 0.090 0.030 0.058 0.089 0.022 0.277 11 T 0.097 0.026 0.039 0.057 0.082 0.133 0.009 0.558 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 K 0.016 0.008 0.017 0.026 0.068 0.308 0.007 0.550 14 R 0.553 0.010 0.015 0.006 0.010 0.110 0.028 0.268 15 S 0.366 0.050 0.049 0.039 0.038 0.071 0.008 0.380 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 17 S 0.023 0.006 0.024 0.019 0.055 0.229 0.004 0.639 18 E 0.265 0.012 0.018 0.009 0.018 0.144 0.011 0.523 19 G 0.149 0.025 0.015 0.008 0.015 0.225 0.008 0.556 20 S 0.160 0.026 0.017 0.005 0.012 0.169 0.006 0.605 21 A 0.038 0.038 0.012 0.004 0.008 0.166 0.003 0.732 22 D 0.080 0.081 0.009 0.006 0.015 0.327 0.009 0.473 23 N 0.130 0.254 0.016 0.006 0.018 0.191 0.009 0.376 24 A 0.037 0.599 0.006 0.005 0.010 0.126 0.004 0.212 25 A 0.019 0.807 0.004 0.002 0.004 0.046 0.003 0.115 26 L 0.020 0.913 0.002 0.001 0.003 0.012 0.003 0.047 27 C 0.009 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 28 D 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.030 29 A 0.009 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 30 L 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 31 A 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 32 V 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 33 E 0.009 0.959 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.021 34 H 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 35 A 0.003 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 36 T 0.010 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 37 I 0.012 0.956 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 38 Y 0.010 0.947 0.006 0.003 0.003 0.004 0.004 0.022 39 G 0.015 0.927 0.007 0.005 0.003 0.003 0.010 0.030 40 Y 0.029 0.839 0.040 0.012 0.011 0.007 0.014 0.047 41 G 0.048 0.652 0.035 0.024 0.021 0.021 0.020 0.180 42 I 0.070 0.546 0.098 0.030 0.041 0.030 0.020 0.165 43 V 0.071 0.572 0.073 0.041 0.055 0.037 0.017 0.134 44 S 0.101 0.492 0.056 0.037 0.041 0.040 0.027 0.206 45 A 0.222 0.202 0.051 0.028 0.033 0.033 0.065 0.367 46 L 0.257 0.096 0.078 0.017 0.027 0.074 0.053 0.399 47 S 0.084 0.047 0.037 0.017 0.031 0.213 0.034 0.536 48 P 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.986 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 50 G 0.064 0.018 0.007 0.005 0.008 0.245 0.007 0.647 51 V 0.273 0.196 0.027 0.006 0.011 0.072 0.006 0.409 52 N 0.036 0.424 0.015 0.007 0.018 0.082 0.003 0.415 53 F 0.045 0.609 0.008 0.004 0.006 0.052 0.003 0.273 54 L 0.020 0.863 0.003 0.001 0.002 0.022 0.002 0.087 55 V 0.019 0.905 0.002 0.001 0.003 0.016 0.004 0.050 56 A 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 57 D 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 58 A 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 59 L 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 60 K 0.023 0.897 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.062 61 Q 0.042 0.860 0.003 0.001 0.001 0.006 0.010 0.076 62 H 0.055 0.853 0.004 0.001 0.001 0.004 0.012 0.070 63 R 0.021 0.890 0.005 0.001 0.001 0.008 0.006 0.068 64 H 0.031 0.779 0.007 0.002 0.001 0.026 0.011 0.144 65 R 0.152 0.635 0.009 0.001 0.001 0.020 0.017 0.165 66 R 0.022 0.871 0.019 0.001 0.001 0.009 0.004 0.073 67 D 0.004 0.847 0.007 0.001 0.002 0.013 0.002 0.125 68 D 0.010 0.825 0.004 0.001 0.001 0.023 0.003 0.132 69 V 0.011 0.936 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.035 70 I 0.002 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 71 V 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 M 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 73 L 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 74 S 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 75 A 0.059 0.888 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.019 76 R 0.348 0.438 0.010 0.002 0.001 0.002 0.165 0.035 77 G 0.744 0.019 0.020 0.002 0.001 0.004 0.133 0.078 78 V 0.035 0.014 0.786 0.007 0.007 0.018 0.010 0.122 79 T 0.015 0.021 0.210 0.031 0.047 0.111 0.010 0.556 80 A 0.003 0.002 0.042 0.005 0.005 0.012 0.001 0.931 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 82 I 0.018 0.008 0.128 0.035 0.090 0.088 0.003 0.631 83 A 0.054 0.024 0.021 0.019 0.048 0.090 0.006 0.739 84 A 0.109 0.089 0.017 0.021 0.054 0.114 0.009 0.588 85 A 0.367 0.135 0.015 0.014 0.017 0.083 0.024 0.345 86 G 0.636 0.043 0.011 0.013 0.008 0.029 0.056 0.203 87 Y 0.480 0.041 0.187 0.058 0.061 0.038 0.044 0.092 88 Q 0.115 0.033 0.086 0.069 0.162 0.072 0.026 0.437 89 L 0.048 0.011 0.221 0.222 0.224 0.026 0.006 0.241 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 M 0.008 0.003 0.226 0.090 0.220 0.066 0.003 0.384 92 Q 0.092 0.006 0.054 0.028 0.039 0.107 0.005 0.669 93 V 0.106 0.009 0.075 0.030 0.058 0.060 0.006 0.657 94 S 0.058 0.012 0.062 0.018 0.022 0.226 0.003 0.598 95 S 0.056 0.011 0.014 0.004 0.009 0.238 0.004 0.663 96 A 0.019 0.028 0.006 0.002 0.008 0.061 0.002 0.875 97 A 0.012 0.041 0.003 0.001 0.003 0.313 0.002 0.624 98 D 0.012 0.074 0.001 0.001 0.001 0.758 0.001 0.153 99 A 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 100 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 101 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 102 L 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 104 V 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 R 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 106 M 0.021 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 107 E 0.030 0.897 0.010 0.002 0.002 0.005 0.010 0.044 108 N 0.018 0.806 0.009 0.002 0.002 0.009 0.010 0.143 109 D 0.087 0.532 0.012 0.002 0.002 0.037 0.021 0.308 110 G 0.012 0.901 0.011 0.003 0.002 0.013 0.004 0.054 111 A 0.007 0.885 0.016 0.003 0.006 0.020 0.003 0.060 112 T 0.005 0.928 0.006 0.003 0.004 0.015 0.001 0.037 113 A 0.004 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 114 W 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 115 R 0.007 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 116 A 0.022 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 117 V 0.073 0.829 0.007 0.002 0.005 0.005 0.020 0.059 118 V 0.031 0.865 0.009 0.003 0.007 0.006 0.009 0.070 119 E 0.033 0.780 0.007 0.003 0.005 0.013 0.015 0.143 120 H 0.113 0.644 0.017 0.004 0.004 0.016 0.040 0.162 121 A 0.143 0.680 0.024 0.007 0.006 0.010 0.028 0.102 122 E 0.139 0.338 0.100 0.018 0.016 0.103 0.056 0.229 123 T 0.206 0.209 0.078 0.018 0.019 0.061 0.028 0.381 124 A 0.054 0.077 0.054 0.005 0.010 0.048 0.008 0.743 125 D 0.026 0.061 0.022 0.005 0.007 0.253 0.009 0.617 126 D 0.080 0.097 0.028 0.004 0.007 0.164 0.012 0.609 127 R 0.060 0.301 0.019 0.006 0.011 0.335 0.006 0.263 128 V 0.039 0.525 0.011 0.005 0.011 0.156 0.005 0.249 129 F 0.014 0.880 0.003 0.003 0.005 0.019 0.002 0.074 130 A 0.013 0.929 0.002 0.002 0.005 0.007 0.002 0.040 131 S 0.015 0.944 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.029 132 T 0.032 0.925 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.028 133 A 0.044 0.907 0.003 0.002 0.002 0.003 0.009 0.031 134 L 0.044 0.854 0.009 0.003 0.004 0.011 0.012 0.063 135 T 0.024 0.840 0.008 0.002 0.003 0.011 0.008 0.104 136 E 0.016 0.847 0.008 0.001 0.002 0.009 0.005 0.112 137 S 0.006 0.934 0.003 0.001 0.001 0.012 0.002 0.041 138 A 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.035 139 V 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 140 M 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 141 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 142 T 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 143 R 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 144 W 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 145 N 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 146 R 0.021 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 147 V 0.087 0.828 0.010 0.003 0.003 0.005 0.025 0.040 148 L 0.067 0.775 0.026 0.010 0.010 0.008 0.027 0.075 149 G 0.195 0.358 0.040 0.012 0.016 0.025 0.105 0.250 150 A 0.151 0.171 0.180 0.014 0.012 0.036 0.083 0.354 151 W 0.082 0.057 0.126 0.038 0.026 0.057 0.021 0.593 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 153 I 0.018 0.007 0.245 0.073 0.121 0.138 0.006 0.392 154 T 0.056 0.016 0.108 0.045 0.037 0.074 0.006 0.658 155 A 0.055 0.023 0.151 0.071 0.146 0.062 0.008 0.485 156 A 0.077 0.016 0.073 0.030 0.064 0.123 0.010 0.607 157 F 0.180 0.015 0.101 0.079 0.088 0.144 0.018 0.377 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 159 G 0.020 0.008 0.030 0.041 0.111 0.115 0.008 0.667 160 G 0.184 0.006 0.019 0.013 0.020 0.073 0.012 0.673 161 D 0.071 0.008 0.013 0.017 0.027 0.079 0.006 0.778 162 E 0.048 0.006 0.016 0.013 0.029 0.096 0.003 0.790