# TARGET T0385 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 T 0.036 0.044 0.012 0.024 0.006 0.032 0.846 3 S 0.042 0.027 0.028 0.023 0.120 0.069 0.690 4 S 0.053 0.015 0.048 0.029 0.175 0.105 0.575 5 E 0.043 0.009 0.038 0.037 0.313 0.042 0.518 6 P 0.028 0.012 0.060 0.058 0.121 0.163 0.558 7 A 0.019 0.023 0.104 0.058 0.128 0.182 0.486 8 H 0.023 0.026 0.101 0.064 0.260 0.153 0.373 9 G 0.037 0.020 0.083 0.046 0.171 0.219 0.424 10 A 0.043 0.042 0.047 0.041 0.192 0.090 0.544 11 T 0.049 0.028 0.016 0.014 0.149 0.028 0.717 12 P 0.042 0.026 0.068 0.035 0.135 0.131 0.563 13 K 0.042 0.019 0.083 0.032 0.199 0.234 0.390 14 R 0.042 0.036 0.054 0.028 0.270 0.111 0.458 15 S 0.024 0.032 0.011 0.007 0.184 0.022 0.721 16 P 0.015 0.017 0.016 0.010 0.164 0.198 0.579 17 S 0.012 0.028 0.021 0.012 0.258 0.312 0.357 18 E 0.010 0.016 0.029 0.039 0.320 0.286 0.299 19 G 0.007 0.007 0.026 0.061 0.267 0.220 0.412 20 S 0.007 0.013 0.040 0.319 0.269 0.090 0.261 21 A 0.008 0.024 0.036 0.581 0.087 0.098 0.167 22 D 0.003 0.005 0.020 0.852 0.016 0.038 0.066 23 N 0.001 0.001 0.007 0.968 0.004 0.007 0.013 24 A 0.001 0.001 0.005 0.984 0.003 0.004 0.003 25 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 35 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.011 0.001 36 T 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.001 37 I 0.002 0.001 0.003 0.977 0.002 0.014 0.002 38 Y 0.004 0.001 0.005 0.951 0.003 0.031 0.004 39 G 0.008 0.001 0.006 0.912 0.006 0.061 0.007 40 Y 0.016 0.002 0.010 0.850 0.014 0.085 0.023 41 G 0.049 0.005 0.027 0.599 0.058 0.175 0.088 42 I 0.062 0.007 0.067 0.596 0.043 0.123 0.101 43 V 0.045 0.010 0.167 0.505 0.040 0.137 0.096 44 S 0.034 0.005 0.185 0.333 0.058 0.269 0.116 45 A 0.032 0.008 0.173 0.172 0.099 0.377 0.140 46 L 0.038 0.025 0.080 0.073 0.251 0.179 0.354 47 S 0.018 0.012 0.028 0.029 0.337 0.126 0.449 48 P 0.007 0.006 0.022 0.029 0.246 0.079 0.609 49 P 0.006 0.006 0.044 0.124 0.212 0.327 0.281 50 G 0.010 0.014 0.044 0.249 0.131 0.282 0.270 51 V 0.005 0.007 0.018 0.799 0.026 0.023 0.123 52 N 0.002 0.001 0.006 0.926 0.006 0.008 0.050 53 F 0.001 0.001 0.003 0.976 0.005 0.005 0.008 54 L 0.002 0.001 0.003 0.979 0.003 0.005 0.007 55 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.002 56 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 57 D 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.014 0.002 58 A 0.001 0.001 0.005 0.957 0.002 0.032 0.004 59 L 0.001 0.001 0.007 0.952 0.005 0.026 0.009 60 K 0.001 0.001 0.011 0.934 0.005 0.044 0.005 61 Q 0.001 0.001 0.017 0.887 0.006 0.080 0.010 62 H 0.001 0.001 0.014 0.892 0.009 0.067 0.018 63 R 0.001 0.001 0.013 0.942 0.004 0.036 0.004 64 H 0.001 0.001 0.020 0.879 0.005 0.087 0.009 65 R 0.001 0.001 0.010 0.924 0.003 0.051 0.011 66 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.004 0.005 67 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.001 75 A 0.001 0.001 0.004 0.916 0.007 0.068 0.004 76 R 0.001 0.001 0.005 0.364 0.012 0.612 0.007 77 G 0.001 0.001 0.002 0.014 0.040 0.882 0.061 78 V 0.010 0.007 0.001 0.002 0.063 0.005 0.911 79 T 0.122 0.045 0.003 0.004 0.060 0.005 0.761 80 A 0.193 0.025 0.013 0.024 0.149 0.011 0.584 81 P 0.232 0.026 0.020 0.025 0.070 0.020 0.607 82 I 0.292 0.036 0.057 0.037 0.083 0.035 0.460 83 A 0.212 0.021 0.102 0.046 0.077 0.089 0.454 84 A 0.172 0.012 0.260 0.054 0.130 0.118 0.254 85 A 0.158 0.006 0.202 0.030 0.148 0.274 0.181 86 G 0.333 0.011 0.068 0.013 0.115 0.339 0.121 87 Y 0.737 0.034 0.010 0.006 0.031 0.024 0.159 88 Q 0.776 0.024 0.003 0.003 0.024 0.011 0.159 89 L 0.607 0.023 0.003 0.003 0.070 0.011 0.283 90 P 0.331 0.029 0.003 0.002 0.078 0.028 0.528 91 M 0.170 0.024 0.005 0.002 0.265 0.051 0.483 92 Q 0.122 0.022 0.008 0.003 0.139 0.080 0.627 93 V 0.035 0.021 0.013 0.009 0.158 0.084 0.679 94 S 0.020 0.032 0.004 0.012 0.498 0.070 0.363 95 S 0.009 0.030 0.001 0.008 0.655 0.004 0.294 96 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 97 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.003 0.001 98 D 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.002 0.001 99 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.018 0.001 106 M 0.001 0.001 0.003 0.963 0.001 0.030 0.003 107 E 0.001 0.001 0.005 0.957 0.004 0.027 0.006 108 N 0.001 0.001 0.004 0.888 0.012 0.093 0.003 109 D 0.001 0.001 0.003 0.884 0.017 0.087 0.009 110 G 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 0.012 0.008 111 A 0.003 0.001 0.001 0.982 0.002 0.003 0.007 112 T 0.005 0.001 0.001 0.984 0.003 0.003 0.003 113 A 0.006 0.001 0.004 0.977 0.002 0.006 0.004 114 W 0.007 0.001 0.008 0.965 0.002 0.011 0.006 115 R 0.009 0.001 0.023 0.919 0.008 0.033 0.008 116 A 0.008 0.001 0.045 0.805 0.011 0.116 0.013 117 V 0.014 0.004 0.050 0.751 0.016 0.131 0.034 118 V 0.007 0.005 0.113 0.771 0.029 0.043 0.032 119 E 0.006 0.001 0.172 0.660 0.018 0.114 0.029 120 H 0.004 0.002 0.113 0.641 0.014 0.203 0.024 121 A 0.010 0.013 0.064 0.358 0.105 0.144 0.306 122 E 0.008 0.010 0.033 0.254 0.145 0.288 0.263 123 T 0.004 0.003 0.004 0.077 0.447 0.058 0.407 124 A 0.001 0.001 0.011 0.662 0.125 0.145 0.056 125 D 0.002 0.001 0.008 0.823 0.052 0.078 0.037 126 D 0.002 0.002 0.004 0.963 0.005 0.008 0.017 127 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.002 0.006 128 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 0.002 129 F 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.006 0.001 130 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 131 S 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 132 T 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.013 0.001 133 A 0.001 0.001 0.004 0.957 0.001 0.037 0.001 134 L 0.001 0.001 0.002 0.964 0.007 0.020 0.007 135 T 0.001 0.001 0.002 0.971 0.004 0.012 0.011 136 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.011 0.002 137 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 142 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 144 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 145 N 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.009 0.002 146 R 0.001 0.001 0.006 0.973 0.001 0.017 0.002 147 V 0.001 0.001 0.018 0.922 0.004 0.047 0.007 148 L 0.002 0.003 0.054 0.711 0.015 0.202 0.013 149 G 0.004 0.002 0.039 0.281 0.053 0.575 0.047 150 A 0.015 0.005 0.053 0.130 0.303 0.241 0.253 151 W 0.042 0.015 0.012 0.032 0.462 0.037 0.400 152 P 0.083 0.032 0.011 0.013 0.134 0.059 0.667 153 I 0.196 0.054 0.021 0.013 0.170 0.075 0.472 154 T 0.228 0.027 0.023 0.016 0.173 0.043 0.489 155 A 0.241 0.022 0.047 0.024 0.221 0.076 0.369 156 A 0.211 0.050 0.034 0.025 0.153 0.090 0.437 157 F 0.137 0.058 0.023 0.014 0.219 0.075 0.474 158 P 0.072 0.036 0.015 0.011 0.143 0.224 0.499 159 G 0.029 0.022 0.014 0.006 0.274 0.196 0.458 160 G 0.019 0.015 0.016 0.011 0.288 0.155 0.497 161 D 0.021 0.020 0.025 0.019 0.164 0.127 0.625 162 E 0.017 0.008 0.030 0.027 0.092 0.042 0.784