# TARGET T0385 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.170 0.252 0.293 0.089 0.087 0.044 0.022 0.011 0.025 0.006 0.001 2 T 0.212 0.315 0.180 0.157 0.062 0.032 0.010 0.006 0.021 0.005 0.001 3 S 0.134 0.240 0.266 0.080 0.159 0.039 0.024 0.012 0.028 0.017 0.001 4 S 0.326 0.131 0.213 0.199 0.055 0.029 0.012 0.009 0.016 0.008 0.002 5 E 0.090 0.264 0.368 0.007 0.073 0.029 0.028 0.002 0.131 0.006 0.002 6 P 0.276 0.009 0.587 0.022 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 7 A 0.329 0.165 0.214 0.155 0.052 0.035 0.012 0.014 0.019 0.004 0.002 8 H 0.230 0.174 0.241 0.181 0.069 0.027 0.036 0.009 0.023 0.007 0.001 9 G 0.208 0.057 0.189 0.154 0.082 0.015 0.076 0.162 0.011 0.045 0.001 10 A 0.124 0.222 0.411 0.067 0.088 0.031 0.014 0.008 0.023 0.009 0.001 11 T 0.047 0.206 0.571 0.005 0.026 0.029 0.020 0.001 0.088 0.003 0.002 12 P 0.221 0.008 0.693 0.014 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 13 K 0.403 0.118 0.297 0.091 0.018 0.038 0.012 0.006 0.011 0.003 0.002 14 R 0.239 0.176 0.283 0.182 0.031 0.038 0.016 0.007 0.023 0.004 0.002 15 S 0.051 0.168 0.554 0.005 0.061 0.019 0.016 0.001 0.116 0.008 0.001 16 P 0.452 0.004 0.417 0.056 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 17 S 0.213 0.183 0.223 0.161 0.136 0.022 0.012 0.015 0.020 0.015 0.001 18 E 0.234 0.081 0.414 0.176 0.034 0.024 0.008 0.007 0.014 0.007 0.001 19 G 0.146 0.031 0.132 0.069 0.112 0.006 0.023 0.183 0.006 0.292 0.001 20 S 0.403 0.066 0.284 0.135 0.028 0.036 0.015 0.008 0.018 0.007 0.001 21 A 0.585 0.040 0.155 0.103 0.031 0.014 0.018 0.027 0.005 0.022 0.001 22 D 0.606 0.027 0.072 0.140 0.011 0.070 0.025 0.008 0.035 0.004 0.001 23 N 0.836 0.012 0.023 0.107 0.002 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 24 A 0.935 0.006 0.011 0.029 0.003 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 25 A 0.972 0.003 0.005 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 C 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.984 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 H 0.960 0.003 0.003 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.947 0.007 0.013 0.025 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.918 0.020 0.008 0.040 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.899 0.038 0.014 0.037 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 Y 0.750 0.069 0.022 0.126 0.009 0.008 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 39 G 0.721 0.042 0.061 0.069 0.030 0.013 0.020 0.025 0.007 0.012 0.001 40 Y 0.587 0.114 0.076 0.158 0.034 0.009 0.008 0.004 0.007 0.003 0.001 41 G 0.498 0.046 0.081 0.041 0.102 0.008 0.039 0.084 0.006 0.096 0.001 42 I 0.622 0.151 0.100 0.062 0.021 0.026 0.003 0.001 0.011 0.002 0.001 43 V 0.526 0.187 0.092 0.118 0.015 0.029 0.009 0.002 0.021 0.001 0.001 44 S 0.494 0.126 0.121 0.116 0.073 0.012 0.024 0.010 0.011 0.013 0.001 45 A 0.338 0.158 0.131 0.157 0.077 0.029 0.071 0.012 0.022 0.003 0.001 46 L 0.248 0.132 0.306 0.203 0.012 0.056 0.021 0.002 0.017 0.001 0.001 47 S 0.032 0.328 0.450 0.002 0.032 0.013 0.006 0.001 0.133 0.003 0.001 48 P 0.052 0.003 0.876 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.057 49 P 0.266 0.001 0.673 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 50 G 0.258 0.013 0.074 0.053 0.036 0.008 0.057 0.461 0.004 0.036 0.001 51 V 0.744 0.049 0.094 0.066 0.009 0.018 0.006 0.002 0.010 0.003 0.001 52 N 0.809 0.026 0.082 0.051 0.002 0.019 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 53 F 0.941 0.012 0.012 0.017 0.003 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 54 L 0.960 0.005 0.011 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 V 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.943 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 H 0.706 0.003 0.005 0.274 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 63 R 0.854 0.010 0.018 0.035 0.002 0.007 0.059 0.006 0.002 0.007 0.001 64 H 0.879 0.022 0.029 0.045 0.010 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 65 R 0.909 0.006 0.016 0.048 0.003 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 66 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.974 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.899 0.006 0.013 0.072 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.228 0.005 0.030 0.729 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 77 G 0.012 0.001 0.005 0.011 0.004 0.002 0.231 0.692 0.003 0.039 0.001 78 V 0.052 0.212 0.571 0.049 0.039 0.048 0.008 0.003 0.012 0.006 0.001 79 T 0.071 0.365 0.363 0.047 0.051 0.048 0.010 0.002 0.041 0.001 0.001 80 A 0.143 0.145 0.592 0.005 0.027 0.028 0.010 0.001 0.046 0.002 0.001 81 P 0.290 0.023 0.575 0.017 0.001 0.065 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 82 I 0.327 0.217 0.289 0.034 0.018 0.056 0.004 0.002 0.049 0.002 0.001 83 A 0.464 0.082 0.358 0.026 0.018 0.024 0.005 0.003 0.007 0.009 0.002 84 A 0.361 0.172 0.274 0.082 0.044 0.024 0.013 0.003 0.020 0.005 0.003 85 A 0.182 0.100 0.358 0.215 0.057 0.020 0.032 0.018 0.006 0.010 0.003 86 G 0.097 0.141 0.102 0.080 0.169 0.019 0.151 0.146 0.028 0.066 0.001 87 Y 0.041 0.471 0.299 0.040 0.083 0.033 0.007 0.002 0.019 0.004 0.001 88 Q 0.058 0.395 0.231 0.060 0.026 0.112 0.033 0.001 0.081 0.001 0.001 89 L 0.024 0.418 0.313 0.004 0.054 0.031 0.019 0.001 0.135 0.001 0.001 90 P 0.088 0.023 0.762 0.017 0.001 0.068 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 91 M 0.120 0.363 0.260 0.044 0.132 0.024 0.010 0.010 0.027 0.011 0.001 92 Q 0.069 0.178 0.313 0.071 0.033 0.153 0.113 0.018 0.044 0.007 0.001 93 V 0.097 0.313 0.362 0.080 0.055 0.062 0.006 0.002 0.021 0.002 0.001 94 S 0.457 0.027 0.042 0.433 0.020 0.010 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 95 S 0.025 0.287 0.255 0.022 0.348 0.022 0.002 0.001 0.028 0.009 0.001 96 A 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.974 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 M 0.782 0.001 0.003 0.207 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.779 0.023 0.099 0.040 0.004 0.028 0.013 0.004 0.008 0.002 0.001 108 N 0.909 0.002 0.005 0.075 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.771 0.031 0.017 0.147 0.018 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 110 G 0.883 0.024 0.021 0.017 0.021 0.001 0.002 0.017 0.001 0.012 0.001 111 A 0.957 0.018 0.010 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.949 0.021 0.006 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 A 0.955 0.009 0.004 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 114 W 0.956 0.012 0.008 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 R 0.958 0.006 0.005 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.939 0.005 0.006 0.038 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.901 0.008 0.008 0.073 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 V 0.903 0.021 0.024 0.035 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 119 E 0.951 0.002 0.015 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 H 0.452 0.004 0.009 0.518 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 121 A 0.163 0.060 0.525 0.132 0.009 0.067 0.018 0.009 0.015 0.001 0.001 122 E 0.269 0.059 0.180 0.412 0.014 0.040 0.012 0.003 0.008 0.003 0.001 123 T 0.034 0.259 0.433 0.036 0.147 0.034 0.005 0.001 0.045 0.004 0.001 124 A 0.945 0.002 0.011 0.024 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 125 D 0.929 0.002 0.006 0.051 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 126 D 0.944 0.001 0.003 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 R 0.971 0.002 0.005 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.981 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.989 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.983 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 T 0.965 0.002 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.966 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.956 0.003 0.007 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 T 0.959 0.004 0.008 0.021 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 136 E 0.989 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 S 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 W 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 N 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.955 0.002 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.572 0.007 0.024 0.390 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 149 G 0.112 0.002 0.011 0.068 0.005 0.002 0.153 0.613 0.002 0.033 0.001 150 A 0.130 0.113 0.454 0.124 0.026 0.076 0.041 0.007 0.021 0.007 0.001 151 W 0.026 0.270 0.459 0.004 0.032 0.037 0.025 0.001 0.145 0.001 0.001 152 P 0.237 0.007 0.627 0.031 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 153 I 0.157 0.292 0.322 0.053 0.049 0.072 0.009 0.005 0.039 0.003 0.001 154 T 0.163 0.262 0.373 0.077 0.030 0.055 0.005 0.002 0.029 0.003 0.001 155 A 0.236 0.222 0.313 0.073 0.083 0.023 0.019 0.006 0.018 0.005 0.001 156 A 0.225 0.124 0.382 0.144 0.035 0.050 0.011 0.009 0.016 0.004 0.002 157 F 0.035 0.319 0.328 0.006 0.049 0.039 0.015 0.001 0.205 0.002 0.001 158 P 0.170 0.015 0.698 0.041 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 159 G 0.124 0.140 0.300 0.102 0.161 0.019 0.019 0.054 0.016 0.064 0.001 160 G 0.112 0.058 0.205 0.066 0.139 0.013 0.032 0.121 0.008 0.246 0.001 161 D 0.137 0.095 0.254 0.231 0.039 0.106 0.071 0.009 0.055 0.004 0.001 162 E 0.414 0.147 0.171 0.129 0.048 0.024 0.027 0.015 0.016 0.008 0.001