# TARGET T0385 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.125 0.041 0.018 0.211 0.021 0.061 0.115 0.064 0.075 0.084 2 T 0.109 0.142 0.070 0.034 0.179 0.031 0.052 0.088 0.079 0.138 0.077 3 S 0.119 0.202 0.076 0.017 0.251 0.011 0.023 0.091 0.079 0.090 0.041 4 S 0.086 0.136 0.104 0.036 0.135 0.025 0.050 0.117 0.116 0.144 0.051 5 E 0.054 0.321 0.259 0.037 0.165 0.013 0.026 0.064 0.029 0.017 0.017 6 P 0.081 0.193 0.088 0.023 0.145 0.026 0.057 0.137 0.114 0.090 0.047 7 A 0.103 0.108 0.081 0.038 0.132 0.033 0.048 0.093 0.101 0.189 0.073 8 H 0.038 0.162 0.166 0.103 0.088 0.074 0.100 0.104 0.070 0.069 0.027 9 G 0.058 0.100 0.116 0.105 0.083 0.048 0.048 0.064 0.067 0.228 0.083 10 A 0.138 0.205 0.095 0.013 0.233 0.011 0.026 0.046 0.058 0.112 0.062 11 T 0.032 0.439 0.256 0.014 0.169 0.004 0.009 0.031 0.018 0.015 0.011 12 P 0.063 0.246 0.111 0.017 0.176 0.014 0.027 0.145 0.141 0.037 0.022 13 K 0.039 0.095 0.042 0.014 0.093 0.029 0.107 0.274 0.214 0.073 0.020 14 R 0.086 0.109 0.056 0.012 0.130 0.011 0.046 0.100 0.097 0.272 0.082 15 S 0.062 0.393 0.241 0.010 0.231 0.003 0.007 0.021 0.009 0.009 0.014 16 P 0.058 0.212 0.089 0.026 0.129 0.041 0.105 0.150 0.102 0.062 0.028 17 S 0.083 0.206 0.197 0.044 0.155 0.022 0.025 0.069 0.060 0.085 0.054 18 E 0.038 0.086 0.066 0.058 0.060 0.076 0.144 0.208 0.124 0.105 0.035 19 G 0.026 0.078 0.121 0.132 0.037 0.042 0.029 0.084 0.063 0.317 0.071 20 S 0.069 0.180 0.082 0.023 0.170 0.018 0.023 0.216 0.084 0.096 0.038 21 A 0.017 0.122 0.100 0.019 0.041 0.018 0.020 0.503 0.092 0.054 0.014 22 D 0.044 0.028 0.011 0.002 0.050 0.003 0.008 0.726 0.063 0.038 0.028 23 N 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.816 0.142 0.023 0.002 24 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.906 0.072 0.014 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.039 0.005 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.003 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.069 0.002 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.036 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.047 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.072 0.004 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.859 0.130 0.003 0.001 36 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.911 0.073 0.004 0.001 37 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.879 0.076 0.006 0.001 38 Y 0.007 0.009 0.003 0.002 0.009 0.005 0.027 0.818 0.104 0.013 0.004 39 G 0.016 0.010 0.003 0.005 0.016 0.010 0.042 0.765 0.093 0.032 0.007 40 Y 0.015 0.044 0.016 0.033 0.032 0.045 0.130 0.525 0.115 0.039 0.006 41 G 0.044 0.058 0.029 0.032 0.055 0.027 0.057 0.434 0.127 0.103 0.033 42 I 0.074 0.049 0.015 0.007 0.082 0.020 0.104 0.474 0.109 0.040 0.026 43 V 0.084 0.057 0.019 0.018 0.103 0.021 0.052 0.295 0.157 0.140 0.053 44 S 0.043 0.224 0.082 0.048 0.131 0.052 0.075 0.178 0.103 0.047 0.016 45 A 0.078 0.074 0.058 0.019 0.103 0.020 0.072 0.182 0.124 0.206 0.064 46 L 0.081 0.164 0.076 0.026 0.131 0.021 0.082 0.134 0.103 0.125 0.057 47 S 0.044 0.327 0.326 0.050 0.120 0.013 0.020 0.033 0.019 0.025 0.022 48 P 0.024 0.345 0.227 0.031 0.096 0.011 0.011 0.133 0.083 0.026 0.012 49 P 0.005 0.057 0.044 0.025 0.016 0.107 0.207 0.404 0.115 0.016 0.004 50 G 0.029 0.035 0.022 0.011 0.026 0.006 0.013 0.260 0.083 0.427 0.089 51 V 0.030 0.071 0.017 0.003 0.047 0.004 0.008 0.612 0.110 0.083 0.017 52 N 0.003 0.008 0.003 0.001 0.009 0.002 0.003 0.910 0.054 0.005 0.002 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.034 0.002 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.021 0.003 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.040 0.007 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.016 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.035 0.011 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.061 0.005 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.916 0.075 0.002 0.001 61 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.910 0.046 0.012 0.001 62 H 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.799 0.117 0.066 0.002 63 R 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.006 0.018 0.747 0.172 0.034 0.003 64 H 0.002 0.007 0.004 0.003 0.003 0.003 0.033 0.801 0.096 0.045 0.003 65 R 0.004 0.022 0.015 0.002 0.008 0.002 0.010 0.805 0.076 0.052 0.004 66 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.886 0.104 0.003 0.001 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.027 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.028 0.010 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.002 0.001 74 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.870 0.107 0.007 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.835 0.077 0.014 0.001 76 R 0.002 0.664 0.280 0.007 0.037 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 77 G 0.065 0.011 0.013 0.017 0.013 0.007 0.004 0.015 0.018 0.443 0.394 78 V 0.130 0.320 0.077 0.004 0.339 0.004 0.009 0.032 0.022 0.031 0.033 79 T 0.064 0.282 0.134 0.019 0.259 0.009 0.026 0.089 0.045 0.046 0.027 80 A 0.077 0.352 0.222 0.020 0.175 0.008 0.017 0.067 0.031 0.013 0.018 81 P 0.051 0.311 0.156 0.016 0.155 0.015 0.042 0.128 0.068 0.035 0.022 82 I 0.054 0.319 0.149 0.023 0.149 0.012 0.024 0.134 0.070 0.043 0.025 83 A 0.048 0.195 0.124 0.026 0.085 0.031 0.073 0.212 0.130 0.049 0.027 84 A 0.049 0.110 0.075 0.034 0.081 0.032 0.070 0.194 0.170 0.154 0.032 85 A 0.066 0.310 0.106 0.030 0.183 0.024 0.041 0.102 0.058 0.048 0.030 86 G 0.144 0.063 0.028 0.022 0.133 0.023 0.028 0.060 0.064 0.292 0.144 87 Y 0.204 0.183 0.026 0.002 0.525 0.002 0.003 0.008 0.005 0.012 0.030 88 Q 0.276 0.093 0.023 0.004 0.446 0.004 0.010 0.019 0.012 0.038 0.076 89 L 0.105 0.337 0.171 0.011 0.312 0.003 0.005 0.014 0.008 0.012 0.022 90 P 0.192 0.200 0.049 0.008 0.335 0.007 0.022 0.038 0.029 0.052 0.066 91 M 0.054 0.326 0.128 0.032 0.198 0.032 0.041 0.060 0.064 0.040 0.024 92 Q 0.230 0.146 0.041 0.004 0.351 0.004 0.015 0.037 0.023 0.057 0.093 93 V 0.210 0.117 0.038 0.013 0.178 0.019 0.024 0.074 0.066 0.133 0.127 94 S 0.030 0.102 0.077 0.082 0.085 0.081 0.080 0.143 0.070 0.217 0.032 95 S 0.016 0.489 0.373 0.005 0.051 0.001 0.001 0.041 0.006 0.015 0.004 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.862 0.130 0.004 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.028 0.008 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.002 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.055 0.002 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.923 0.071 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.934 0.043 0.004 0.001 106 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.837 0.106 0.026 0.001 107 E 0.006 0.020 0.004 0.003 0.009 0.009 0.040 0.775 0.112 0.020 0.003 108 N 0.004 0.008 0.004 0.011 0.006 0.027 0.078 0.695 0.091 0.069 0.006 109 D 0.012 0.052 0.036 0.018 0.031 0.018 0.062 0.590 0.097 0.069 0.015 110 G 0.011 0.010 0.003 0.004 0.011 0.003 0.010 0.826 0.084 0.027 0.011 111 A 0.010 0.005 0.001 0.001 0.015 0.004 0.011 0.846 0.089 0.013 0.005 112 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.010 0.892 0.070 0.006 0.002 113 A 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.011 0.890 0.071 0.009 0.002 114 W 0.004 0.008 0.004 0.002 0.007 0.003 0.012 0.814 0.116 0.027 0.002 115 R 0.002 0.008 0.002 0.002 0.005 0.009 0.038 0.755 0.168 0.009 0.002 116 A 0.007 0.005 0.004 0.004 0.006 0.005 0.047 0.602 0.204 0.106 0.009 117 V 0.004 0.008 0.003 0.004 0.005 0.007 0.034 0.564 0.268 0.098 0.004 118 V 0.014 0.035 0.011 0.002 0.027 0.002 0.009 0.536 0.334 0.022 0.009 119 E 0.001 0.005 0.003 0.003 0.004 0.020 0.146 0.694 0.119 0.004 0.001 120 H 0.014 0.009 0.004 0.002 0.019 0.004 0.027 0.241 0.195 0.463 0.023 121 A 0.188 0.082 0.021 0.003 0.133 0.005 0.026 0.149 0.130 0.151 0.113 122 E 0.024 0.068 0.036 0.024 0.063 0.043 0.158 0.225 0.111 0.217 0.031 123 T 0.035 0.451 0.255 0.008 0.180 0.001 0.001 0.016 0.007 0.031 0.015 124 A 0.003 0.006 0.002 0.002 0.007 0.006 0.011 0.708 0.233 0.019 0.003 125 D 0.010 0.025 0.013 0.002 0.024 0.002 0.012 0.760 0.088 0.052 0.013 126 D 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.834 0.094 0.052 0.004 127 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.900 0.077 0.012 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.949 0.037 0.003 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.029 0.005 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.002 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.056 0.003 0.001 132 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.949 0.040 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.042 0.007 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.912 0.072 0.008 0.001 135 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.035 0.002 0.001 136 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.945 0.040 0.004 0.001 137 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.031 0.005 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.045 0.004 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.022 0.001 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.001 0.001 142 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.025 0.002 0.001 144 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.031 0.002 0.001 145 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.936 0.052 0.002 0.001 146 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.901 0.057 0.004 0.001 147 V 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.010 0.083 0.786 0.088 0.018 0.002 148 L 0.008 0.594 0.125 0.034 0.066 0.023 0.046 0.070 0.019 0.012 0.003 149 G 0.027 0.022 0.025 0.035 0.013 0.014 0.012 0.034 0.042 0.617 0.159 150 A 0.062 0.191 0.125 0.039 0.148 0.040 0.098 0.088 0.068 0.104 0.039 151 W 0.098 0.314 0.132 0.017 0.275 0.007 0.016 0.048 0.032 0.024 0.038 152 P 0.116 0.263 0.098 0.019 0.228 0.023 0.040 0.062 0.054 0.056 0.042 153 I 0.100 0.301 0.102 0.015 0.254 0.012 0.031 0.063 0.038 0.049 0.033 154 T 0.128 0.252 0.111 0.025 0.254 0.015 0.022 0.058 0.040 0.046 0.049 155 A 0.065 0.173 0.101 0.037 0.176 0.024 0.036 0.144 0.140 0.078 0.027 156 A 0.118 0.120 0.046 0.024 0.184 0.036 0.103 0.144 0.086 0.090 0.050 157 F 0.108 0.228 0.192 0.050 0.174 0.019 0.033 0.070 0.029 0.045 0.050 158 P 0.082 0.103 0.066 0.050 0.100 0.072 0.149 0.144 0.084 0.094 0.055 159 G 0.034 0.200 0.208 0.149 0.077 0.052 0.029 0.055 0.056 0.109 0.031 160 G 0.039 0.101 0.103 0.103 0.062 0.057 0.039 0.128 0.130 0.191 0.046 161 D 0.093 0.098 0.064 0.025 0.135 0.017 0.031 0.137 0.127 0.193 0.079 162 E 0.052 0.121 0.060 0.018 0.102 0.015 0.037 0.263 0.190 0.109 0.032