# TARGET T0385 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.482 0.212 0.128 0.087 0.052 0.029 0.010 2 T 0.390 0.199 0.159 0.116 0.076 0.046 0.014 3 S 0.357 0.176 0.125 0.121 0.107 0.082 0.032 4 S 0.289 0.181 0.136 0.136 0.118 0.098 0.041 5 E 0.303 0.224 0.160 0.127 0.089 0.067 0.030 6 P 0.310 0.188 0.147 0.133 0.102 0.080 0.040 7 A 0.245 0.170 0.138 0.131 0.122 0.128 0.067 8 H 0.199 0.181 0.174 0.162 0.126 0.106 0.053 9 G 0.187 0.182 0.172 0.169 0.137 0.105 0.047 10 A 0.104 0.081 0.088 0.147 0.214 0.250 0.115 11 T 0.100 0.144 0.170 0.199 0.184 0.155 0.048 12 P 0.144 0.188 0.200 0.212 0.154 0.083 0.020 13 K 0.255 0.276 0.200 0.146 0.078 0.034 0.010 14 R 0.217 0.244 0.208 0.169 0.097 0.051 0.014 15 S 0.151 0.159 0.177 0.213 0.174 0.106 0.019 16 P 0.299 0.251 0.187 0.143 0.078 0.035 0.007 17 S 0.454 0.238 0.135 0.094 0.051 0.023 0.005 18 E 0.392 0.235 0.146 0.113 0.070 0.037 0.007 19 G 0.327 0.261 0.171 0.131 0.070 0.033 0.007 20 S 0.200 0.229 0.200 0.177 0.119 0.061 0.013 21 A 0.070 0.129 0.180 0.236 0.216 0.138 0.030 22 D 0.038 0.118 0.174 0.208 0.211 0.192 0.060 23 N 0.006 0.022 0.053 0.142 0.316 0.356 0.104 24 A 0.003 0.017 0.064 0.180 0.345 0.297 0.094 25 A 0.001 0.002 0.008 0.030 0.100 0.400 0.459 26 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.173 0.809 27 C 0.001 0.001 0.002 0.012 0.072 0.298 0.615 28 D 0.001 0.001 0.002 0.022 0.112 0.358 0.506 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.127 0.867 30 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.320 0.632 31 A 0.001 0.002 0.013 0.073 0.270 0.403 0.239 32 V 0.001 0.002 0.005 0.026 0.117 0.436 0.414 33 E 0.001 0.001 0.002 0.014 0.061 0.358 0.565 34 H 0.001 0.004 0.015 0.057 0.170 0.376 0.376 35 A 0.002 0.009 0.032 0.120 0.271 0.320 0.246 36 T 0.003 0.009 0.021 0.054 0.131 0.327 0.455 37 I 0.003 0.005 0.008 0.025 0.083 0.352 0.523 38 Y 0.012 0.029 0.062 0.122 0.183 0.324 0.269 39 G 0.025 0.031 0.050 0.115 0.214 0.345 0.219 40 Y 0.016 0.028 0.058 0.137 0.238 0.347 0.177 41 G 0.031 0.058 0.098 0.168 0.213 0.287 0.146 42 I 0.052 0.065 0.094 0.164 0.236 0.269 0.119 43 V 0.073 0.104 0.128 0.201 0.231 0.204 0.060 44 S 0.152 0.177 0.184 0.200 0.162 0.098 0.027 45 A 0.223 0.258 0.196 0.158 0.096 0.055 0.013 46 L 0.136 0.151 0.178 0.228 0.187 0.101 0.018 47 S 0.300 0.261 0.184 0.145 0.077 0.029 0.004 48 P 0.289 0.285 0.200 0.134 0.062 0.024 0.005 49 P 0.462 0.285 0.134 0.071 0.032 0.013 0.003 50 G 0.178 0.297 0.245 0.166 0.081 0.029 0.004 51 V 0.025 0.056 0.119 0.244 0.315 0.218 0.024 52 N 0.036 0.125 0.199 0.249 0.226 0.139 0.026 53 F 0.118 0.238 0.249 0.208 0.125 0.056 0.006 54 L 0.041 0.087 0.182 0.292 0.265 0.123 0.011 55 V 0.021 0.017 0.023 0.072 0.248 0.509 0.109 56 A 0.073 0.155 0.276 0.301 0.149 0.044 0.002 57 D 0.178 0.432 0.251 0.108 0.026 0.005 0.001 58 A 0.035 0.083 0.170 0.325 0.286 0.097 0.004 59 L 0.041 0.080 0.178 0.331 0.281 0.086 0.002 60 K 0.586 0.317 0.077 0.017 0.003 0.001 0.001 61 Q 0.421 0.356 0.154 0.056 0.011 0.002 0.001 62 H 0.068 0.149 0.234 0.304 0.183 0.060 0.002 63 R 0.500 0.330 0.119 0.039 0.010 0.002 0.001 64 H 0.370 0.337 0.162 0.089 0.033 0.008 0.001 65 R 0.039 0.085 0.146 0.266 0.308 0.151 0.005 66 R 0.030 0.090 0.240 0.335 0.231 0.070 0.003 67 D 0.180 0.434 0.292 0.077 0.015 0.002 0.001 68 D 0.054 0.089 0.223 0.358 0.230 0.044 0.002 69 V 0.007 0.008 0.009 0.039 0.250 0.634 0.053 70 I 0.010 0.045 0.192 0.385 0.281 0.084 0.003 71 V 0.061 0.420 0.318 0.151 0.038 0.012 0.001 72 M 0.005 0.019 0.110 0.396 0.354 0.112 0.004 73 L 0.005 0.010 0.032 0.192 0.507 0.243 0.010 74 S 0.102 0.455 0.317 0.102 0.021 0.002 0.001 75 A 0.353 0.426 0.154 0.056 0.010 0.001 0.001 76 R 0.125 0.317 0.315 0.197 0.042 0.005 0.001 77 G 0.355 0.337 0.187 0.091 0.026 0.004 0.001 78 V 0.129 0.119 0.154 0.261 0.246 0.087 0.005 79 T 0.251 0.334 0.227 0.119 0.049 0.018 0.002 80 A 0.157 0.154 0.173 0.206 0.182 0.114 0.015 81 P 0.111 0.185 0.198 0.228 0.174 0.093 0.012 82 I 0.106 0.171 0.227 0.249 0.168 0.070 0.009 83 A 0.390 0.283 0.160 0.101 0.046 0.018 0.003 84 A 0.362 0.315 0.176 0.095 0.036 0.013 0.003 85 A 0.108 0.160 0.219 0.247 0.172 0.084 0.010 86 G 0.104 0.288 0.265 0.198 0.101 0.040 0.004 87 Y 0.014 0.030 0.069 0.200 0.346 0.291 0.050 88 Q 0.067 0.220 0.269 0.234 0.131 0.068 0.011 89 L 0.021 0.033 0.076 0.210 0.343 0.275 0.041 90 P 0.139 0.289 0.255 0.183 0.085 0.041 0.007 91 M 0.091 0.135 0.190 0.253 0.211 0.104 0.016 92 Q 0.178 0.307 0.249 0.164 0.072 0.026 0.003 93 V 0.051 0.085 0.146 0.282 0.289 0.134 0.013 94 S 0.183 0.309 0.232 0.145 0.078 0.042 0.009 95 S 0.045 0.133 0.194 0.264 0.231 0.117 0.016 96 A 0.014 0.045 0.088 0.202 0.311 0.273 0.067 97 A 0.009 0.056 0.167 0.299 0.304 0.151 0.014 98 D 0.005 0.026 0.106 0.268 0.348 0.213 0.035 99 A 0.001 0.002 0.002 0.006 0.045 0.376 0.568 100 A 0.001 0.001 0.004 0.034 0.186 0.571 0.204 101 R 0.001 0.006 0.077 0.270 0.356 0.239 0.052 102 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.499 0.428 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.165 0.831 104 V 0.001 0.004 0.045 0.207 0.333 0.331 0.079 105 R 0.001 0.006 0.069 0.287 0.412 0.195 0.030 106 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.073 0.528 0.393 107 E 0.001 0.002 0.015 0.096 0.312 0.483 0.091 108 N 0.008 0.122 0.293 0.311 0.184 0.063 0.018 109 D 0.003 0.027 0.121 0.323 0.331 0.154 0.041 110 G 0.001 0.007 0.016 0.052 0.161 0.500 0.262 111 A 0.002 0.013 0.044 0.138 0.317 0.386 0.100 112 T 0.003 0.041 0.127 0.228 0.289 0.236 0.075 113 A 0.001 0.002 0.007 0.044 0.193 0.497 0.257 114 W 0.001 0.002 0.005 0.020 0.101 0.491 0.380 115 R 0.004 0.032 0.134 0.296 0.328 0.184 0.022 116 A 0.002 0.033 0.190 0.399 0.281 0.085 0.009 117 V 0.001 0.002 0.004 0.020 0.134 0.555 0.284 118 V 0.003 0.010 0.032 0.128 0.338 0.433 0.056 119 E 0.021 0.182 0.318 0.293 0.136 0.045 0.005 120 H 0.011 0.067 0.203 0.336 0.255 0.112 0.016 121 A 0.005 0.015 0.037 0.135 0.315 0.395 0.098 122 E 0.099 0.280 0.288 0.196 0.093 0.037 0.008 123 T 0.181 0.255 0.220 0.193 0.106 0.038 0.007 124 A 0.170 0.269 0.233 0.181 0.096 0.042 0.009 125 D 0.208 0.270 0.220 0.157 0.087 0.046 0.011 126 D 0.097 0.129 0.146 0.197 0.219 0.167 0.044 127 R 0.055 0.085 0.105 0.171 0.251 0.254 0.078 128 V 0.055 0.092 0.141 0.214 0.243 0.190 0.065 129 F 0.044 0.041 0.065 0.119 0.185 0.316 0.231 130 A 0.036 0.029 0.028 0.040 0.082 0.289 0.495 131 S 0.038 0.047 0.067 0.107 0.167 0.279 0.295 132 T 0.057 0.096 0.146 0.226 0.208 0.170 0.099 133 A 0.025 0.029 0.047 0.105 0.187 0.358 0.250 134 L 0.015 0.023 0.030 0.067 0.154 0.428 0.283 135 T 0.036 0.082 0.136 0.228 0.250 0.193 0.074 136 E 0.069 0.149 0.195 0.215 0.173 0.129 0.069 137 S 0.026 0.053 0.077 0.135 0.193 0.305 0.210 138 A 0.017 0.033 0.049 0.105 0.196 0.377 0.223 139 V 0.030 0.064 0.098 0.162 0.221 0.252 0.173 140 M 0.020 0.039 0.066 0.128 0.194 0.315 0.238 141 A 0.014 0.025 0.045 0.085 0.168 0.360 0.303 142 T 0.059 0.056 0.064 0.094 0.151 0.280 0.297 143 R 0.034 0.053 0.087 0.146 0.195 0.267 0.219 144 W 0.032 0.033 0.035 0.064 0.136 0.321 0.378 145 N 0.051 0.084 0.120 0.201 0.232 0.208 0.103 146 R 0.080 0.151 0.193 0.207 0.168 0.135 0.066 147 V 0.080 0.082 0.097 0.161 0.211 0.229 0.139 148 L 0.062 0.115 0.152 0.208 0.215 0.187 0.061 149 G 0.183 0.224 0.191 0.174 0.121 0.075 0.033 150 A 0.143 0.185 0.165 0.173 0.148 0.128 0.059 151 W 0.117 0.128 0.168 0.199 0.178 0.150 0.060 152 P 0.172 0.147 0.137 0.156 0.163 0.156 0.068 153 I 0.210 0.155 0.137 0.151 0.146 0.140 0.061 154 T 0.274 0.194 0.151 0.148 0.117 0.086 0.031 155 A 0.262 0.201 0.169 0.165 0.115 0.068 0.021 156 A 0.250 0.175 0.159 0.160 0.126 0.099 0.032 157 F 0.209 0.127 0.130 0.161 0.165 0.155 0.054 158 P 0.254 0.202 0.173 0.159 0.112 0.077 0.023 159 G 0.296 0.193 0.165 0.173 0.112 0.052 0.008 160 G 0.435 0.282 0.159 0.088 0.028 0.007 0.001 161 D 0.669 0.212 0.076 0.032 0.009 0.002 0.001 162 E 0.753 0.168 0.051 0.021 0.006 0.002 0.001