# TARGET T0385 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.209 0.173 0.155 0.166 0.143 0.111 0.043 2 T 0.249 0.182 0.141 0.139 0.120 0.113 0.056 3 S 0.173 0.104 0.099 0.148 0.179 0.200 0.097 4 S 0.187 0.175 0.161 0.163 0.132 0.120 0.062 5 E 0.205 0.208 0.173 0.155 0.122 0.093 0.043 6 P 0.135 0.158 0.168 0.181 0.164 0.133 0.061 7 A 0.093 0.103 0.130 0.172 0.194 0.207 0.100 8 H 0.122 0.148 0.176 0.196 0.172 0.134 0.051 9 G 0.125 0.187 0.194 0.194 0.155 0.109 0.037 10 A 0.051 0.049 0.079 0.176 0.301 0.273 0.071 11 T 0.104 0.169 0.197 0.218 0.180 0.110 0.022 12 P 0.134 0.195 0.234 0.234 0.141 0.054 0.007 13 K 0.253 0.322 0.223 0.130 0.055 0.015 0.002 14 R 0.241 0.263 0.240 0.162 0.071 0.021 0.003 15 S 0.292 0.237 0.188 0.163 0.090 0.029 0.002 16 P 0.555 0.228 0.116 0.067 0.026 0.008 0.001 17 S 0.627 0.215 0.088 0.046 0.018 0.005 0.001 18 E 0.569 0.242 0.105 0.055 0.021 0.007 0.001 19 G 0.431 0.276 0.154 0.091 0.037 0.010 0.001 20 S 0.249 0.285 0.221 0.144 0.075 0.024 0.002 21 A 0.068 0.181 0.241 0.259 0.182 0.063 0.007 22 D 0.025 0.106 0.195 0.285 0.241 0.127 0.021 23 N 0.005 0.022 0.074 0.203 0.363 0.282 0.050 24 A 0.005 0.023 0.073 0.207 0.372 0.277 0.043 25 A 0.001 0.003 0.011 0.037 0.149 0.465 0.333 26 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.245 0.720 27 C 0.001 0.001 0.003 0.016 0.070 0.288 0.622 28 D 0.001 0.001 0.010 0.063 0.184 0.366 0.374 29 A 0.001 0.001 0.002 0.011 0.068 0.395 0.522 30 L 0.001 0.002 0.004 0.009 0.034 0.257 0.693 31 A 0.001 0.005 0.016 0.058 0.170 0.341 0.408 32 V 0.002 0.006 0.018 0.042 0.121 0.326 0.486 33 E 0.002 0.007 0.017 0.060 0.136 0.326 0.452 34 H 0.004 0.010 0.018 0.038 0.081 0.299 0.551 35 A 0.008 0.031 0.064 0.131 0.161 0.256 0.348 36 T 0.016 0.029 0.056 0.103 0.145 0.271 0.379 37 I 0.026 0.043 0.053 0.089 0.120 0.271 0.399 38 Y 0.034 0.045 0.069 0.135 0.161 0.268 0.288 39 G 0.041 0.053 0.067 0.107 0.152 0.306 0.275 40 Y 0.033 0.061 0.093 0.164 0.192 0.274 0.183 41 G 0.036 0.068 0.113 0.193 0.218 0.264 0.108 42 I 0.030 0.048 0.068 0.141 0.227 0.349 0.136 43 V 0.038 0.080 0.121 0.196 0.239 0.245 0.081 44 S 0.057 0.103 0.142 0.193 0.231 0.223 0.052 45 A 0.083 0.164 0.186 0.219 0.193 0.122 0.032 46 L 0.035 0.071 0.130 0.242 0.284 0.201 0.038 47 S 0.138 0.223 0.223 0.212 0.137 0.059 0.009 48 P 0.247 0.341 0.236 0.125 0.040 0.010 0.001 49 P 0.354 0.280 0.186 0.112 0.051 0.015 0.003 50 G 0.306 0.363 0.181 0.087 0.040 0.018 0.004 51 V 0.018 0.043 0.118 0.273 0.331 0.192 0.025 52 N 0.033 0.154 0.251 0.267 0.186 0.096 0.014 53 F 0.054 0.133 0.224 0.261 0.209 0.105 0.014 54 L 0.028 0.060 0.124 0.241 0.315 0.212 0.020 55 V 0.021 0.014 0.022 0.072 0.235 0.505 0.131 56 A 0.069 0.135 0.214 0.289 0.197 0.087 0.008 57 D 0.139 0.402 0.269 0.132 0.044 0.012 0.002 58 A 0.034 0.098 0.171 0.284 0.267 0.132 0.014 59 L 0.036 0.075 0.162 0.281 0.307 0.131 0.008 60 K 0.457 0.374 0.120 0.036 0.010 0.002 0.001 61 Q 0.186 0.330 0.261 0.163 0.049 0.010 0.001 62 H 0.033 0.097 0.185 0.297 0.286 0.097 0.005 63 R 0.270 0.401 0.226 0.080 0.019 0.004 0.001 64 H 0.242 0.406 0.220 0.094 0.029 0.007 0.001 65 R 0.008 0.027 0.082 0.240 0.407 0.223 0.013 66 R 0.012 0.069 0.162 0.355 0.290 0.104 0.008 67 D 0.109 0.398 0.299 0.145 0.039 0.009 0.001 68 D 0.013 0.064 0.235 0.357 0.258 0.068 0.003 69 V 0.002 0.004 0.007 0.029 0.194 0.638 0.126 70 I 0.006 0.040 0.154 0.384 0.301 0.107 0.008 71 V 0.039 0.377 0.337 0.174 0.056 0.015 0.001 72 M 0.003 0.022 0.103 0.355 0.388 0.123 0.006 73 L 0.006 0.009 0.026 0.147 0.445 0.334 0.033 74 S 0.093 0.391 0.344 0.140 0.029 0.003 0.001 75 A 0.448 0.415 0.105 0.027 0.005 0.001 0.001 76 R 0.087 0.256 0.349 0.232 0.065 0.010 0.001 77 G 0.276 0.330 0.229 0.121 0.036 0.007 0.001 78 V 0.096 0.084 0.127 0.249 0.298 0.135 0.012 79 T 0.218 0.307 0.235 0.145 0.067 0.025 0.003 80 A 0.092 0.128 0.160 0.240 0.221 0.138 0.021 81 P 0.101 0.129 0.166 0.239 0.212 0.128 0.026 82 I 0.134 0.226 0.242 0.199 0.122 0.061 0.016 83 A 0.423 0.263 0.140 0.095 0.048 0.023 0.008 84 A 0.255 0.239 0.196 0.156 0.099 0.046 0.010 85 A 0.232 0.241 0.214 0.163 0.090 0.049 0.011 86 G 0.221 0.276 0.199 0.152 0.088 0.051 0.013 87 Y 0.054 0.085 0.147 0.226 0.262 0.189 0.039 88 Q 0.103 0.208 0.222 0.193 0.145 0.100 0.028 89 L 0.033 0.051 0.093 0.197 0.306 0.269 0.051 90 P 0.104 0.203 0.226 0.194 0.140 0.099 0.034 91 M 0.094 0.146 0.177 0.232 0.201 0.124 0.026 92 Q 0.152 0.273 0.245 0.178 0.098 0.045 0.011 93 V 0.030 0.053 0.110 0.249 0.333 0.195 0.030 94 S 0.190 0.300 0.229 0.144 0.086 0.042 0.009 95 S 0.060 0.186 0.240 0.272 0.174 0.060 0.007 96 A 0.042 0.117 0.165 0.234 0.231 0.173 0.038 97 A 0.005 0.040 0.132 0.277 0.382 0.157 0.007 98 D 0.004 0.020 0.121 0.339 0.393 0.114 0.009 99 A 0.001 0.002 0.002 0.004 0.027 0.380 0.583 100 A 0.001 0.001 0.004 0.041 0.242 0.575 0.137 101 R 0.001 0.006 0.090 0.308 0.378 0.174 0.044 102 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.094 0.603 0.293 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.287 0.705 104 V 0.001 0.006 0.061 0.269 0.380 0.245 0.038 105 R 0.001 0.021 0.158 0.389 0.339 0.081 0.012 106 M 0.001 0.001 0.002 0.018 0.121 0.570 0.288 107 E 0.001 0.003 0.017 0.113 0.370 0.428 0.068 108 N 0.010 0.123 0.227 0.227 0.218 0.158 0.036 109 D 0.004 0.043 0.178 0.380 0.277 0.101 0.017 110 G 0.002 0.006 0.014 0.042 0.133 0.473 0.331 111 A 0.003 0.019 0.038 0.101 0.249 0.413 0.178 112 T 0.005 0.039 0.131 0.240 0.273 0.223 0.089 113 A 0.001 0.005 0.020 0.078 0.240 0.440 0.216 114 W 0.001 0.002 0.003 0.011 0.058 0.356 0.569 115 R 0.004 0.026 0.085 0.240 0.327 0.264 0.053 116 A 0.005 0.042 0.165 0.342 0.302 0.121 0.023 117 V 0.001 0.004 0.010 0.042 0.179 0.586 0.179 118 V 0.004 0.009 0.024 0.101 0.327 0.461 0.073 119 E 0.035 0.210 0.307 0.275 0.134 0.035 0.003 120 H 0.044 0.132 0.227 0.304 0.212 0.073 0.009 121 A 0.010 0.038 0.102 0.253 0.334 0.235 0.028 122 E 0.204 0.356 0.230 0.129 0.056 0.020 0.004 123 T 0.310 0.313 0.198 0.117 0.048 0.013 0.003 124 A 0.358 0.282 0.175 0.108 0.053 0.020 0.004 125 D 0.367 0.320 0.166 0.086 0.038 0.019 0.005 126 D 0.083 0.131 0.183 0.231 0.213 0.133 0.026 127 R 0.064 0.108 0.158 0.230 0.237 0.163 0.040 128 V 0.073 0.097 0.129 0.218 0.255 0.188 0.040 129 F 0.057 0.077 0.128 0.183 0.204 0.243 0.108 130 A 0.039 0.030 0.038 0.077 0.154 0.359 0.304 131 S 0.026 0.032 0.039 0.070 0.147 0.305 0.380 132 T 0.038 0.080 0.139 0.232 0.216 0.176 0.120 133 A 0.035 0.048 0.072 0.115 0.168 0.288 0.273 134 L 0.018 0.020 0.022 0.047 0.124 0.384 0.386 135 T 0.025 0.074 0.150 0.243 0.236 0.189 0.082 136 E 0.042 0.128 0.188 0.248 0.195 0.137 0.062 137 S 0.012 0.028 0.045 0.090 0.198 0.378 0.249 138 A 0.006 0.017 0.038 0.105 0.215 0.428 0.192 139 V 0.014 0.067 0.141 0.250 0.247 0.192 0.089 140 M 0.013 0.032 0.065 0.141 0.234 0.330 0.186 141 A 0.012 0.029 0.051 0.094 0.160 0.333 0.320 142 T 0.022 0.033 0.046 0.080 0.148 0.312 0.359 143 R 0.019 0.041 0.083 0.194 0.267 0.230 0.165 144 W 0.022 0.024 0.025 0.056 0.137 0.378 0.358 145 N 0.034 0.082 0.134 0.250 0.246 0.184 0.070 146 R 0.079 0.186 0.226 0.220 0.157 0.100 0.032 147 V 0.056 0.073 0.094 0.165 0.237 0.247 0.129 148 L 0.068 0.102 0.141 0.218 0.231 0.182 0.057 149 G 0.196 0.226 0.199 0.173 0.117 0.066 0.023 150 A 0.252 0.238 0.176 0.150 0.100 0.060 0.023 151 W 0.125 0.141 0.169 0.206 0.197 0.123 0.038 152 P 0.112 0.131 0.156 0.191 0.193 0.157 0.060 153 I 0.073 0.075 0.115 0.193 0.232 0.222 0.090 154 T 0.247 0.208 0.165 0.148 0.118 0.082 0.032 155 A 0.178 0.168 0.159 0.169 0.149 0.126 0.053 156 A 0.119 0.113 0.134 0.186 0.200 0.184 0.064 157 F 0.094 0.104 0.123 0.182 0.217 0.217 0.063 158 P 0.192 0.199 0.167 0.168 0.139 0.104 0.031 159 G 0.201 0.186 0.189 0.210 0.145 0.060 0.009 160 G 0.498 0.279 0.139 0.060 0.019 0.005 0.001 161 D 0.607 0.242 0.098 0.040 0.011 0.002 0.001 162 E 0.636 0.218 0.091 0.040 0.013 0.003 0.001