This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA L A 3 3 NATAA K A 4 4 NATAA L A 5 5 NATAA G A 6 6 NATAA V A 7 7 NATAA I A 8 8 NATAA G A 9 9 NATAA T A 10 10 NATAA G A 11 11 NATAA A A 12 12 NATAA I A 13 13 NATAA S A 14 14 NATAA H A 15 15 NATAA H A 16 16 NATAA F A 17 17 NATAA I A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA A A 21 21 NATAA H A 22 22 NATAA T A 23 23 NATAA S A 24 24 NATAA G A 25 25 NATAA E A 26 26 NATAA Y A 27 27 NATAA Q A 28 28 NATAA L A 29 29 NATAA V A 30 30 NATAA A A 31 31 NATAA I A 32 32 NATAA Y A 33 33 NATAA S A 34 34 NATAA R A 35 35 NATAA K A 36 36 NATAA L A 37 37 NATAA E A 38 38 NATAA T A 39 39 NATAA A A 40 40 NATAA A A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA F A 43 43 NATAA A A 44 44 NATAA S A 45 45 NATAA R A 46 46 NATAA Y A 47 47 NATAA Q A 48 48 NATAA N A 49 49 NATAA I A 50 50 NATAA Q A 51 51 NATAA L A 52 52 NATAA F A 53 53 NATAA D A 54 54 NATAA Q A 55 55 NATAA L A 56 56 NATAA E A 57 57 NATAA V A 58 58 NATAA F A 59 59 NATAA F A 60 60 NATAA K A 61 61 NATAA S A 62 62 NATAA S A 63 63 NATAA F A 64 64 NATAA D A 65 65 NATAA L A 66 66 NATAA V A 67 67 NATAA Y A 68 68 NATAA I A 69 69 NATAA A A 70 70 NATAA S A 71 71 NATRO P A 72 72 NATAA N A 73 73 NATAA S A 74 74 NATAA L A 75 75 NATAA H A 76 76 NATAA F A 77 77 NATAA A A 78 78 NATAA Q A 79 79 NATAA A A 80 80 NATAA K A 81 81 NATAA A A 82 82 NATAA A A 83 83 NATAA L A 84 84 NATAA S A 85 85 NATAA A A 86 86 NATAA G A 87 87 NATAA K A 88 88 NATAA H A 89 89 NATAA V A 90 90 NATAA I A 91 91 NATAA L A 92 92 NATAA E A 93 93 NATAA K A 94 94 NATRO P A 95 95 NATAA A A 96 96 NATAA V A 97 97 NATAA S A 98 98 NATAA Q A 99 99 NATRO P A 100 100 NATAA Q A 101 101 NATAA E A 102 102 NATAA W A 103 103 NATAA F A 104 104 NATAA D A 105 105 NATAA L A 106 106 NATAA I A 107 107 NATAA Q A 108 108 NATAA T A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA E A 111 111 NATAA K A 112 112 NATAA N A 113 113 NATAA N A 114 114 NATRO C A 115 115 NATAA F A 116 116 NATAA I A 117 117 NATAA F A 118 118 NATAA E A 119 119 NATAA A A 120 120 NATAA A A 121 121 NATAA R A 122 122 NATAA N A 123 123 NATAA Y A 124 124 NATAA H A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA K A 127 127 NATAA A A 128 128 NATAA F A 129 129 NATAA T A 130 130 NATAA T A 131 131 NATAA I A 132 132 NATAA K A 133 133 NATAA N A 134 134 NATAA F A 135 135 NATAA L A 136 136 NATAA A A 137 137 NATAA D A 138 138 NATAA K A 139 139 NATAA Q A 140 140 NATAA V A 141 141 NATAA L A 142 142 NATAA G A 143 143 NATAA A A 144 144 NATAA D A 145 145 NATAA F A 146 146 NATAA N A 147 147 NATAA Y A 148 148 NATAA A A 149 149 NATAA K A 150 150 NATAA Y A 151 151 NATAA S A 152 152 NATAA S A 153 153 NATAA K A 154 154 NATAA M A 155 155 NATRO P A 156 156 NATAA D A 157 157 NATAA L A 158 158 NATAA L A 159 159 NATAA A A 160 160 NATAA G A 161 161 NATAA Q A 162 162 NATAA T A 163 163 NATRO P A 164 164 NATAA N A 165 165 NATAA V A 166 166 NATAA F A 167 167 NATAA S A 168 168 NATAA D A 169 169 NATAA R A 170 170 NATAA F A 171 171 NATAA A A 172 172 NATAA G A 173 173 NATAA G A 174 174 NATAA A A 175 175 NATAA L A 176 176 NATAA M A 177 177 NATAA D A 178 178 NATAA L A 179 179 NATAA G A 180 180 NATAA I A 181 181 NATAA Y A 182 182 NATRO P A 183 183 NATAA L A 184 184 NATAA Y A 185 185 NATAA A A 186 186 NATAA A A 187 187 NATAA V A 188 188 NATAA R A 189 189 NATAA L A 190 190 NATAA F A 191 191 NATAA G A 192 192 NATAA K A 193 193 NATAA A A 194 194 NATAA N A 195 195 NATAA D A 196 196 NATAA A A 197 197 NATAA T A 198 198 NATAA Y A 199 199 NATAA H A 200 200 NATAA A A 201 201 NATAA Q A 202 202 NATAA Q A 203 203 NATAA L A 204 204 NATAA D A 205 205 NATAA N A 206 206 NATAA S A 207 207 NATAA I A 208 208 NATAA D A 209 209 NATAA L A 210 210 NATAA N A 211 211 NATAA G A 212 212 NATAA D A 213 213 NATAA G A 214 214 NATAA I A 215 215 NATAA L A 216 216 NATAA F A 217 217 NATAA Y A 218 218 NATRO P A 219 219 NATAA D A 220 220 NATAA Y A 221 221 NATAA Q A 222 222 NATAA V A 223 223 NATAA H A 224 224 NATAA I A 225 225 NATAA K A 226 226 NATAA A A 227 227 NATAA G A 228 228 NATAA K A 229 229 NATAA N A 230 230 NATAA I A 231 231 NATAA T A 232 232 NATAA S A 233 233 NATAA N A 234 234 NATAA L A 235 235 NATRO P A 236 236 NATRO C A 237 237 NATAA E A 238 238 NATAA I A 239 239 NATAA Y A 240 240 NATAA T A 241 241 NATAA T A 242 242 NATAA D A 243 243 NATAA G A 244 244 NATAA T A 245 245 NATAA L A 246 246 NATAA T A 247 247 NATAA L A 248 248 NATAA N A 249 249 NATAA T A 250 250 NATAA I A 251 251 NATAA E A 252 252 NATAA H A 253 253 NATAA I A 254 254 NATAA R A 255 255 NATAA S A 256 256 NATAA A A 257 257 NATAA I A 258 258 NATAA F A 259 259 NATAA T A 260 260 NATAA D A 261 261 NATAA H A 262 262 NATAA Q A 263 263 NATAA G A 264 264 NATAA N A 265 265 NATAA Q A 266 266 NATAA V A 267 267 NATAA Q A 268 268 NATAA L A 269 269 NATRO P A 270 270 NATAA I A 271 271 NATAA Q A 272 272 NATAA Q A 273 273 NATAA A A 274 274 NATRO P A 275 275 NATAA H A 276 276 NATAA T A 277 277 NATAA M A 278 278 NATAA T A 279 279 NATAA E A 280 280 NATAA E A 281 281 NATAA V A 282 282 NATAA A A 283 283 NATAA A A 284 284 NATAA F A 285 285 NATAA A A 286 286 NATAA H A 287 287 NATAA M A 288 288 NATAA I A 289 289 NATAA Q A 290 290 NATAA Q A 291 291 NATRO P A 292 292 NATAA D A 293 293 NATAA L A 294 294 NATAA N A 295 295 NATAA L A 296 296 NATAA Y A 297 297 NATAA Q A 298 298 NATAA T A 299 299 NATAA W A 300 300 NATAA L A 301 301 NATAA Y A 302 302 NATAA D A 303 303 NATAA A A 304 304 NATAA G A 305 305 NATAA S A 306 306 NATAA V A 307 307 NATAA H A 308 308 NATAA E A 309 309 NATAA L A 310 310 NATAA L A 311 311 NATAA Y A 312 312 NATAA T A 313 313 NATAA M A 314 314 NATAA R A 315 315 NATAA Q A 316 316 NATAA T A 317 317 NATAA A A 318 318 NATAA G A 319 319 NATAA I A 320 320 NATAA R A 321 321 NATAA F A 322 322 NATAA E A 323 323 NATAA A A 324 324 NATAA E A 325 325 NATAA K