# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.26074 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.327 0.204 0.086 0.127 0.086 0.059 0.048 0.027 0.020 0.011 0.006 2 N 0.262 0.174 0.085 0.172 0.109 0.076 0.061 0.030 0.017 0.009 0.004 3 A 0.190 0.126 0.086 0.188 0.144 0.103 0.085 0.039 0.022 0.011 0.005 4 M 0.043 0.034 0.031 0.051 0.065 0.094 0.208 0.176 0.155 0.095 0.046 5 N 0.076 0.170 0.202 0.330 0.139 0.049 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 6 L 0.033 0.034 0.044 0.053 0.056 0.074 0.167 0.150 0.170 0.131 0.088 7 K 0.175 0.151 0.213 0.205 0.125 0.063 0.046 0.013 0.006 0.002 0.001 8 R 0.074 0.114 0.135 0.172 0.143 0.118 0.137 0.055 0.029 0.016 0.007 9 E 0.077 0.188 0.171 0.211 0.130 0.094 0.076 0.028 0.015 0.008 0.003 10 Q 0.234 0.119 0.208 0.194 0.116 0.067 0.040 0.012 0.006 0.002 0.001 11 E 0.287 0.174 0.223 0.153 0.074 0.039 0.034 0.010 0.004 0.002 0.001 12 F 0.018 0.045 0.111 0.141 0.136 0.157 0.203 0.096 0.056 0.026 0.010 13 V 0.006 0.014 0.057 0.050 0.066 0.090 0.216 0.174 0.160 0.112 0.056 14 S 0.030 0.054 0.297 0.246 0.166 0.104 0.066 0.022 0.009 0.004 0.001 15 Q 0.023 0.065 0.238 0.264 0.185 0.110 0.068 0.026 0.012 0.006 0.002 16 Y 0.016 0.021 0.030 0.049 0.060 0.089 0.200 0.192 0.180 0.117 0.046 17 H 0.019 0.052 0.094 0.161 0.151 0.155 0.184 0.087 0.057 0.028 0.013 18 F 0.016 0.033 0.117 0.082 0.091 0.088 0.154 0.134 0.139 0.101 0.043 19 D 0.033 0.081 0.097 0.253 0.200 0.135 0.113 0.048 0.025 0.011 0.004 20 A 0.050 0.050 0.061 0.067 0.067 0.079 0.171 0.145 0.158 0.104 0.049 21 R 0.099 0.077 0.073 0.174 0.165 0.149 0.122 0.066 0.043 0.023 0.009 22 N 0.156 0.335 0.125 0.162 0.087 0.053 0.042 0.019 0.012 0.006 0.002 23 F 0.139 0.076 0.075 0.121 0.124 0.125 0.137 0.083 0.067 0.038 0.015 24 E 0.483 0.230 0.096 0.101 0.043 0.020 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 25 W 0.039 0.056 0.067 0.108 0.116 0.120 0.180 0.126 0.102 0.060 0.027 26 E 0.201 0.138 0.089 0.138 0.109 0.091 0.093 0.057 0.044 0.026 0.014 27 N 0.170 0.171 0.178 0.169 0.119 0.079 0.062 0.026 0.016 0.007 0.004 28 E 0.230 0.119 0.124 0.147 0.105 0.085 0.083 0.046 0.031 0.019 0.010 29 N 0.153 0.093 0.048 0.107 0.107 0.104 0.151 0.094 0.073 0.047 0.022 30 G 0.468 0.214 0.065 0.098 0.057 0.039 0.030 0.013 0.009 0.005 0.003 31 A 0.092 0.095 0.042 0.080 0.080 0.084 0.135 0.112 0.116 0.100 0.063 32 P 0.397 0.170 0.077 0.144 0.086 0.052 0.038 0.016 0.010 0.006 0.004 33 E 0.233 0.143 0.093 0.173 0.134 0.086 0.070 0.032 0.022 0.010 0.005 34 T 0.096 0.107 0.086 0.172 0.144 0.122 0.126 0.071 0.042 0.021 0.012 35 K 0.107 0.110 0.108 0.237 0.194 0.122 0.072 0.029 0.013 0.006 0.003 36 V 0.033 0.043 0.050 0.083 0.107 0.144 0.214 0.138 0.097 0.059 0.031 37 D 0.202 0.240 0.174 0.250 0.088 0.029 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 38 V 0.005 0.004 0.003 0.007 0.012 0.026 0.100 0.142 0.233 0.257 0.212 39 N 0.093 0.357 0.184 0.246 0.080 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 40 F 0.053 0.047 0.038 0.082 0.101 0.121 0.213 0.129 0.117 0.068 0.033 41 Q 0.257 0.197 0.172 0.200 0.086 0.043 0.027 0.009 0.005 0.002 0.002 42 L 0.057 0.065 0.072 0.115 0.114 0.133 0.200 0.106 0.077 0.044 0.019 43 L 0.063 0.066 0.097 0.147 0.138 0.137 0.148 0.083 0.064 0.038 0.019 44 Q 0.135 0.185 0.284 0.170 0.091 0.057 0.046 0.017 0.010 0.004 0.002 45 H 0.129 0.113 0.196 0.200 0.135 0.090 0.079 0.029 0.017 0.008 0.003 46 D 0.341 0.153 0.127 0.120 0.082 0.061 0.054 0.026 0.019 0.011 0.007 47 Q 0.108 0.119 0.167 0.179 0.122 0.114 0.107 0.042 0.024 0.012 0.006 48 E 0.193 0.113 0.212 0.166 0.107 0.082 0.070 0.029 0.016 0.008 0.004 49 N 0.198 0.170 0.213 0.164 0.099 0.068 0.052 0.018 0.010 0.005 0.002 50 Q 0.183 0.202 0.173 0.216 0.108 0.061 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 51 V 0.032 0.039 0.040 0.083 0.117 0.135 0.191 0.122 0.115 0.076 0.050 52 T 0.029 0.054 0.107 0.173 0.168 0.166 0.184 0.066 0.033 0.014 0.007 53 S 0.020 0.054 0.092 0.219 0.212 0.183 0.136 0.045 0.024 0.011 0.004 54 L 0.002 0.002 0.004 0.008 0.008 0.014 0.080 0.158 0.244 0.284 0.197 55 I 0.002 0.011 0.027 0.121 0.187 0.215 0.180 0.109 0.077 0.045 0.025 56 V 0.001 0.004 0.016 0.015 0.016 0.028 0.131 0.174 0.248 0.219 0.147 57 I 0.005 0.013 0.033 0.134 0.150 0.151 0.197 0.144 0.094 0.055 0.026 58 L 0.002 0.003 0.006 0.007 0.008 0.013 0.078 0.142 0.267 0.285 0.187 59 S 0.020 0.044 0.075 0.271 0.244 0.153 0.104 0.046 0.027 0.010 0.005 60 F 0.003 0.008 0.012 0.017 0.017 0.034 0.132 0.172 0.255 0.229 0.120 61 M 0.012 0.037 0.042 0.171 0.166 0.137 0.162 0.115 0.085 0.047 0.026 62 I 0.008 0.012 0.010 0.019 0.022 0.041 0.126 0.154 0.228 0.213 0.169 63 V 0.038 0.079 0.050 0.212 0.201 0.139 0.127 0.070 0.045 0.024 0.014 64 F 0.051 0.075 0.033 0.131 0.137 0.140 0.168 0.112 0.088 0.044 0.021 65 D 0.254 0.114 0.060 0.195 0.151 0.096 0.071 0.031 0.017 0.007 0.003 66 K 0.280 0.272 0.112 0.215 0.074 0.029 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 67 F 0.009 0.009 0.007 0.025 0.036 0.070 0.155 0.176 0.207 0.176 0.129 68 V 0.048 0.137 0.083 0.296 0.214 0.127 0.063 0.019 0.008 0.003 0.002 69 I 0.004 0.005 0.006 0.011 0.015 0.021 0.077 0.126 0.240 0.244 0.250 70 S 0.025 0.098 0.077 0.269 0.215 0.127 0.103 0.046 0.024 0.010 0.007 71 G 0.162 0.103 0.030 0.119 0.121 0.131 0.155 0.080 0.052 0.030 0.017 72 T 0.034 0.065 0.058 0.164 0.179 0.163 0.174 0.072 0.048 0.029 0.015 73 I 0.008 0.007 0.009 0.020 0.020 0.028 0.093 0.124 0.204 0.240 0.249 74 S 0.011 0.026 0.044 0.122 0.126 0.139 0.193 0.127 0.105 0.066 0.041 75 Q 0.011 0.042 0.056 0.142 0.122 0.127 0.193 0.128 0.094 0.058 0.027 76 V 0.004 0.005 0.016 0.022 0.022 0.031 0.079 0.124 0.200 0.243 0.254 77 N 0.007 0.014 0.041 0.081 0.114 0.135 0.205 0.142 0.138 0.080 0.043 78 H 0.007 0.029 0.050 0.131 0.147 0.143 0.219 0.129 0.081 0.044 0.020 79 I 0.005 0.010 0.026 0.031 0.036 0.044 0.109 0.139 0.216 0.207 0.176 80 D 0.063 0.097 0.097 0.226 0.195 0.136 0.113 0.041 0.021 0.008 0.003 81 G 0.330 0.168 0.108 0.147 0.089 0.058 0.050 0.023 0.015 0.008 0.003 82 R 0.093 0.114 0.064 0.149 0.140 0.117 0.143 0.082 0.055 0.031 0.012 83 I 0.082 0.088 0.041 0.099 0.102 0.109 0.187 0.110 0.089 0.061 0.033 84 V 0.032 0.028 0.020 0.052 0.075 0.099 0.209 0.164 0.167 0.093 0.061 85 N 0.298 0.223 0.101 0.146 0.090 0.060 0.045 0.019 0.009 0.005 0.003 86 E 0.184 0.497 0.090 0.128 0.056 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 87 P 0.410 0.123 0.041 0.120 0.115 0.085 0.061 0.025 0.013 0.005 0.001 88 S 0.742 0.167 0.041 0.034 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.091 0.104 0.233 0.227 0.127 0.096 0.088 0.023 0.008 0.002 0.001 90 L 0.027 0.014 0.023 0.035 0.067 0.133 0.213 0.176 0.134 0.116 0.063 91 N 0.024 0.236 0.379 0.185 0.083 0.049 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 92 Q 0.070 0.078 0.368 0.293 0.123 0.045 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 93 E 0.727 0.082 0.138 0.033 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.004 0.010 0.138 0.092 0.081 0.150 0.324 0.111 0.057 0.024 0.008 95 V 0.004 0.008 0.223 0.058 0.076 0.121 0.248 0.134 0.073 0.041 0.015 96 E 0.005 0.018 0.800 0.104 0.043 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 97 T 0.018 0.036 0.544 0.136 0.121 0.088 0.046 0.009 0.003 0.001 0.001 98 L 0.002 0.007 0.058 0.022 0.023 0.034 0.136 0.126 0.206 0.215 0.171 99 A 0.007 0.012 0.077 0.049 0.083 0.126 0.313 0.165 0.102 0.048 0.020 100 R 0.037 0.069 0.566 0.190 0.088 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 101 P 0.013 0.029 0.123 0.071 0.112 0.164 0.277 0.109 0.059 0.030 0.012 102 C 0.009 0.017 0.059 0.036 0.024 0.024 0.096 0.121 0.209 0.218 0.185 103 L 0.013 0.018 0.080 0.045 0.056 0.085 0.201 0.137 0.147 0.127 0.093 104 N 0.057 0.076 0.435 0.208 0.099 0.055 0.039 0.015 0.008 0.004 0.002 105 M 0.018 0.031 0.106 0.072 0.084 0.138 0.276 0.131 0.081 0.043 0.020 106 L 0.012 0.010 0.077 0.034 0.020 0.019 0.070 0.101 0.201 0.244 0.212 107 N 0.037 0.043 0.160 0.180 0.178 0.161 0.155 0.047 0.023 0.010 0.005 108 R 0.035 0.078 0.312 0.213 0.147 0.103 0.068 0.024 0.012 0.006 0.002 109 L 0.014 0.019 0.033 0.041 0.048 0.061 0.157 0.166 0.186 0.170 0.105 110 T 0.048 0.139 0.153 0.211 0.145 0.114 0.110 0.037 0.023 0.012 0.008 111 Y 0.056 0.055 0.124 0.088 0.097 0.092 0.169 0.109 0.102 0.069 0.037 112 E 0.130 0.127 0.126 0.265 0.154 0.088 0.067 0.023 0.011 0.005 0.003 113 V 0.012 0.021 0.038 0.045 0.042 0.048 0.131 0.140 0.203 0.188 0.132 114 T 0.021 0.026 0.053 0.094 0.102 0.124 0.200 0.144 0.122 0.071 0.042 115 E 0.024 0.057 0.112 0.203 0.165 0.169 0.139 0.065 0.036 0.020 0.009 116 I 0.008 0.017 0.053 0.047 0.048 0.058 0.140 0.170 0.201 0.169 0.088 117 A 0.025 0.036 0.048 0.100 0.096 0.091 0.150 0.126 0.137 0.105 0.086 118 L 0.021 0.031 0.045 0.053 0.056 0.064 0.146 0.141 0.186 0.152 0.105 119 D 0.028 0.070 0.055 0.181 0.197 0.160 0.143 0.083 0.050 0.021 0.011 120 L 0.201 0.167 0.077 0.133 0.118 0.094 0.085 0.052 0.038 0.023 0.011 121 P 0.369 0.117 0.047 0.119 0.104 0.074 0.077 0.043 0.029 0.016 0.007 122 G 0.405 0.131 0.043 0.116 0.081 0.061 0.070 0.038 0.028 0.017 0.009 123 I 0.035 0.052 0.024 0.067 0.073 0.098 0.164 0.152 0.143 0.122 0.070 124 N 0.148 0.300 0.109 0.220 0.107 0.058 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 125 L 0.111 0.028 0.015 0.037 0.045 0.070 0.124 0.142 0.168 0.152 0.108 126 E 0.256 0.281 0.071 0.166 0.109 0.050 0.036 0.015 0.009 0.005 0.003 127 F 0.093 0.091 0.034 0.113 0.109 0.087 0.112 0.101 0.108 0.085 0.068