# TARGET T0383 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 2 N 0.071 0.032 0.019 0.033 0.007 0.044 0.794 3 A 0.114 0.015 0.111 0.078 0.128 0.130 0.424 4 M 0.211 0.013 0.112 0.101 0.094 0.100 0.369 5 N 0.366 0.018 0.051 0.102 0.095 0.037 0.331 6 L 0.506 0.015 0.023 0.094 0.096 0.026 0.241 7 K 0.505 0.015 0.020 0.078 0.049 0.031 0.302 8 R 0.416 0.040 0.017 0.102 0.119 0.039 0.267 9 E 0.214 0.007 0.008 0.040 0.196 0.021 0.514 10 Q 0.136 0.002 0.041 0.093 0.204 0.090 0.435 11 E 0.514 0.015 0.037 0.111 0.171 0.043 0.110 12 F 0.851 0.017 0.015 0.043 0.012 0.014 0.049 13 V 0.829 0.002 0.017 0.049 0.011 0.019 0.073 14 S 0.782 0.005 0.020 0.033 0.041 0.040 0.079 15 Q 0.589 0.006 0.049 0.029 0.070 0.074 0.183 16 Y 0.461 0.015 0.061 0.045 0.146 0.126 0.147 17 H 0.535 0.024 0.028 0.036 0.113 0.060 0.204 18 F 0.439 0.011 0.031 0.033 0.103 0.067 0.317 19 D 0.549 0.017 0.021 0.032 0.084 0.060 0.238 20 A 0.554 0.019 0.027 0.038 0.075 0.081 0.206 21 R 0.395 0.045 0.015 0.050 0.141 0.055 0.299 22 N 0.147 0.020 0.012 0.042 0.118 0.034 0.627 23 F 0.037 0.005 0.069 0.187 0.122 0.368 0.212 24 E 0.025 0.006 0.071 0.205 0.110 0.484 0.099 25 W 0.049 0.013 0.073 0.249 0.171 0.158 0.286 26 E 0.078 0.020 0.057 0.280 0.147 0.099 0.318 27 N 0.121 0.027 0.081 0.293 0.106 0.173 0.200 28 E 0.068 0.020 0.074 0.231 0.134 0.284 0.188 29 N 0.036 0.016 0.027 0.072 0.243 0.284 0.321 30 G 0.021 0.007 0.009 0.010 0.160 0.261 0.532 31 A 0.025 0.007 0.002 0.003 0.138 0.010 0.815 32 P 0.151 0.015 0.003 0.004 0.058 0.015 0.755 33 E 0.440 0.022 0.011 0.006 0.071 0.018 0.433 34 T 0.741 0.013 0.011 0.005 0.055 0.009 0.166 35 K 0.863 0.007 0.005 0.004 0.015 0.004 0.102 36 V 0.857 0.002 0.002 0.003 0.012 0.002 0.121 37 D 0.910 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.075 38 V 0.847 0.010 0.001 0.002 0.010 0.002 0.128 39 N 0.706 0.010 0.002 0.005 0.031 0.007 0.239 40 F 0.357 0.016 0.046 0.067 0.101 0.078 0.336 41 Q 0.190 0.019 0.074 0.098 0.176 0.149 0.294 42 L 0.142 0.015 0.087 0.152 0.180 0.142 0.281 43 L 0.105 0.015 0.063 0.171 0.176 0.110 0.359 44 Q 0.078 0.015 0.053 0.167 0.118 0.112 0.457 45 H 0.058 0.006 0.107 0.375 0.111 0.129 0.214 46 D 0.055 0.004 0.122 0.401 0.095 0.186 0.137 47 Q 0.055 0.008 0.128 0.336 0.130 0.174 0.169 48 E 0.063 0.017 0.114 0.179 0.115 0.316 0.196 49 N 0.036 0.004 0.046 0.043 0.176 0.583 0.113 50 Q 0.066 0.005 0.021 0.012 0.239 0.462 0.195 51 V 0.194 0.008 0.004 0.001 0.175 0.029 0.590 52 T 0.665 0.006 0.002 0.001 0.065 0.006 0.256 53 S 0.930 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.050 54 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 55 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 56 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 57 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 58 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 59 S 0.950 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.039 60 F 0.952 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 61 M 0.950 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.041 62 I 0.908 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.074 63 V 0.719 0.010 0.003 0.001 0.038 0.029 0.201 64 F 0.224 0.009 0.050 0.005 0.244 0.261 0.208 65 D 0.087 0.003 0.050 0.005 0.339 0.393 0.124 66 K 0.348 0.006 0.031 0.003 0.177 0.213 0.222 67 F 0.874 0.005 0.001 0.001 0.012 0.003 0.104 68 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 69 I 0.969 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 70 S 0.877 0.003 0.002 0.001 0.028 0.011 0.078 71 G 0.694 0.003 0.006 0.005 0.137 0.023 0.132 72 T 0.887 0.003 0.002 0.004 0.023 0.007 0.074 73 I 0.912 0.004 0.003 0.007 0.010 0.004 0.061 74 S 0.880 0.003 0.006 0.021 0.026 0.004 0.059 75 Q 0.858 0.008 0.015 0.038 0.016 0.008 0.057 76 V 0.856 0.003 0.014 0.044 0.015 0.011 0.056 77 N 0.808 0.005 0.009 0.058 0.022 0.011 0.087 78 H 0.824 0.016 0.005 0.048 0.016 0.012 0.079 79 I 0.714 0.013 0.008 0.057 0.025 0.039 0.144 80 D 0.424 0.019 0.020 0.116 0.079 0.209 0.134 81 G 0.100 0.010 0.095 0.241 0.130 0.313 0.111 82 R 0.086 0.014 0.119 0.285 0.172 0.211 0.113 83 I 0.087 0.040 0.107 0.321 0.096 0.238 0.112 84 V 0.042 0.019 0.054 0.175 0.199 0.320 0.192 85 N 0.012 0.010 0.021 0.079 0.273 0.395 0.210 86 E 0.006 0.009 0.015 0.034 0.413 0.059 0.464 87 P 0.002 0.005 0.317 0.094 0.118 0.216 0.248 88 S 0.003 0.003 0.415 0.076 0.085 0.289 0.129 89 E 0.005 0.014 0.426 0.071 0.088 0.175 0.221 90 L 0.007 0.023 0.066 0.074 0.253 0.075 0.503 91 N 0.004 0.009 0.007 0.089 0.129 0.029 0.733 92 Q 0.001 0.001 0.018 0.918 0.023 0.020 0.020 93 E 0.001 0.001 0.009 0.960 0.006 0.017 0.007 94 E 0.001 0.001 0.009 0.962 0.003 0.020 0.005 95 V 0.001 0.001 0.005 0.973 0.004 0.012 0.005 96 E 0.001 0.001 0.005 0.965 0.008 0.016 0.006 97 T 0.001 0.001 0.013 0.927 0.005 0.049 0.006 98 L 0.001 0.001 0.021 0.886 0.014 0.057 0.021 99 A 0.001 0.001 0.024 0.908 0.007 0.046 0.014 100 R 0.001 0.001 0.012 0.926 0.010 0.042 0.010 101 P 0.001 0.001 0.005 0.957 0.003 0.027 0.007 102 C 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.012 0.003 103 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 104 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 105 M 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 107 N 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.001 108 R 0.001 0.001 0.002 0.963 0.003 0.029 0.002 109 L 0.001 0.001 0.002 0.969 0.002 0.024 0.003 110 T 0.001 0.001 0.001 0.972 0.004 0.014 0.007 111 Y 0.002 0.001 0.001 0.962 0.010 0.013 0.012 112 E 0.003 0.001 0.001 0.971 0.004 0.013 0.007 113 V 0.004 0.001 0.001 0.974 0.005 0.010 0.006 114 T 0.006 0.001 0.002 0.972 0.005 0.007 0.007 115 E 0.007 0.001 0.006 0.958 0.006 0.016 0.006 116 I 0.011 0.002 0.012 0.909 0.008 0.054 0.006 117 A 0.015 0.003 0.013 0.777 0.022 0.152 0.019 118 L 0.042 0.012 0.019 0.446 0.074 0.272 0.136 119 D 0.034 0.017 0.015 0.084 0.192 0.154 0.505 120 L 0.040 0.011 0.037 0.058 0.345 0.174 0.335 121 P 0.026 0.006 0.036 0.021 0.231 0.307 0.373 122 G 0.085 0.020 0.034 0.015 0.272 0.182 0.393 123 I 0.297 0.021 0.012 0.022 0.198 0.022 0.428 124 N 0.436 0.044 0.008 0.024 0.055 0.014 0.420 125 L 0.391 0.035 0.012 0.029 0.045 0.038 0.449 126 E 0.195 0.024 0.012 0.021 0.011 0.065 0.672 127 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.992