# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.26074 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.346 0.169 0.189 0.117 0.079 0.019 0.035 0.017 0.013 0.016 0.001 2 N 0.199 0.136 0.108 0.202 0.074 0.035 0.196 0.015 0.030 0.005 0.001 3 A 0.198 0.358 0.215 0.110 0.068 0.024 0.008 0.002 0.012 0.002 0.002 4 M 0.042 0.674 0.146 0.028 0.068 0.014 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 5 N 0.020 0.353 0.304 0.015 0.019 0.162 0.025 0.001 0.101 0.001 0.001 6 L 0.052 0.465 0.398 0.014 0.019 0.037 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 7 K 0.080 0.590 0.191 0.033 0.035 0.036 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 8 R 0.082 0.318 0.498 0.018 0.030 0.028 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 9 E 0.076 0.318 0.406 0.015 0.073 0.039 0.021 0.004 0.041 0.006 0.001 10 Q 0.413 0.176 0.300 0.023 0.028 0.027 0.010 0.006 0.010 0.003 0.003 11 E 0.561 0.211 0.144 0.030 0.025 0.010 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 12 F 0.549 0.142 0.209 0.030 0.018 0.033 0.003 0.001 0.011 0.002 0.001 13 V 0.684 0.127 0.080 0.037 0.012 0.036 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 14 S 0.878 0.030 0.017 0.056 0.010 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.315 0.377 0.039 0.093 0.145 0.007 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 16 Y 0.175 0.415 0.113 0.147 0.065 0.021 0.017 0.006 0.038 0.002 0.001 17 H 0.112 0.397 0.110 0.050 0.046 0.112 0.050 0.003 0.117 0.003 0.001 18 F 0.201 0.353 0.111 0.088 0.117 0.051 0.018 0.004 0.043 0.014 0.001 19 D 0.251 0.116 0.247 0.114 0.046 0.124 0.048 0.004 0.042 0.006 0.003 20 A 0.456 0.145 0.133 0.140 0.051 0.031 0.019 0.006 0.012 0.002 0.004 21 R 0.397 0.216 0.151 0.166 0.026 0.019 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 22 N 0.156 0.186 0.217 0.128 0.079 0.066 0.091 0.013 0.056 0.007 0.001 23 F 0.495 0.144 0.155 0.117 0.027 0.022 0.018 0.005 0.014 0.002 0.001 24 E 0.552 0.133 0.128 0.117 0.020 0.015 0.015 0.005 0.012 0.003 0.001 25 W 0.365 0.185 0.229 0.110 0.043 0.027 0.012 0.005 0.020 0.003 0.002 26 E 0.441 0.195 0.235 0.062 0.022 0.019 0.006 0.002 0.013 0.004 0.001 27 N 0.406 0.171 0.253 0.070 0.039 0.028 0.012 0.005 0.010 0.006 0.001 28 E 0.589 0.173 0.060 0.115 0.013 0.019 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 29 N 0.083 0.038 0.064 0.610 0.011 0.012 0.154 0.003 0.023 0.002 0.001 30 G 0.008 0.002 0.017 0.014 0.015 0.002 0.200 0.658 0.001 0.082 0.001 31 A 0.018 0.294 0.621 0.002 0.024 0.007 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 32 P 0.073 0.008 0.853 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 33 E 0.101 0.486 0.249 0.046 0.073 0.024 0.004 0.002 0.015 0.001 0.001 34 T 0.051 0.593 0.141 0.055 0.129 0.012 0.003 0.001 0.013 0.002 0.001 35 K 0.024 0.522 0.229 0.028 0.093 0.053 0.012 0.001 0.036 0.001 0.001 36 V 0.010 0.726 0.134 0.009 0.065 0.016 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 37 D 0.015 0.175 0.614 0.007 0.009 0.147 0.005 0.001 0.023 0.001 0.004 38 V 0.051 0.697 0.150 0.018 0.036 0.024 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 39 N 0.074 0.433 0.282 0.028 0.037 0.076 0.012 0.002 0.053 0.003 0.001 40 F 0.420 0.204 0.130 0.075 0.088 0.024 0.022 0.010 0.017 0.008 0.001 41 Q 0.429 0.277 0.124 0.054 0.037 0.028 0.016 0.002 0.031 0.002 0.001 42 L 0.452 0.121 0.251 0.075 0.011 0.051 0.008 0.001 0.025 0.001 0.004 43 L 0.406 0.205 0.190 0.096 0.038 0.027 0.015 0.003 0.015 0.003 0.001 44 Q 0.263 0.136 0.208 0.119 0.025 0.108 0.082 0.008 0.045 0.005 0.002 45 H 0.352 0.224 0.185 0.124 0.054 0.017 0.018 0.004 0.017 0.004 0.001 46 D 0.287 0.060 0.224 0.107 0.031 0.134 0.100 0.013 0.037 0.005 0.002 47 Q 0.707 0.061 0.045 0.147 0.006 0.011 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 48 E 0.604 0.050 0.116 0.154 0.005 0.019 0.034 0.004 0.009 0.004 0.001 49 N 0.259 0.033 0.054 0.281 0.026 0.013 0.280 0.038 0.012 0.004 0.001 50 Q 0.202 0.093 0.119 0.267 0.042 0.035 0.194 0.027 0.016 0.004 0.001 51 V 0.059 0.470 0.355 0.032 0.036 0.032 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 52 T 0.179 0.429 0.093 0.216 0.062 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 53 S 0.004 0.725 0.085 0.003 0.172 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 54 L 0.002 0.861 0.094 0.001 0.022 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 I 0.001 0.869 0.082 0.001 0.026 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 56 V 0.001 0.841 0.079 0.001 0.056 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 57 I 0.002 0.540 0.394 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 58 L 0.003 0.765 0.128 0.002 0.061 0.017 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 59 S 0.012 0.571 0.310 0.007 0.029 0.052 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 60 F 0.004 0.784 0.106 0.004 0.074 0.010 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 61 M 0.004 0.758 0.125 0.001 0.015 0.030 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 62 I 0.014 0.214 0.658 0.002 0.002 0.092 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 63 V 0.057 0.510 0.202 0.039 0.031 0.088 0.007 0.001 0.064 0.001 0.001 64 F 0.149 0.181 0.372 0.050 0.074 0.073 0.037 0.006 0.037 0.020 0.002 65 D 0.403 0.054 0.050 0.364 0.047 0.015 0.044 0.009 0.006 0.006 0.002 66 K 0.047 0.349 0.063 0.246 0.173 0.012 0.074 0.010 0.023 0.002 0.001 67 F 0.006 0.520 0.306 0.012 0.100 0.023 0.008 0.003 0.019 0.002 0.001 68 V 0.005 0.873 0.067 0.002 0.030 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 69 I 0.016 0.619 0.192 0.011 0.019 0.079 0.002 0.001 0.060 0.001 0.001 70 S 0.027 0.350 0.371 0.029 0.134 0.030 0.024 0.005 0.018 0.012 0.001 71 G 0.041 0.061 0.045 0.019 0.459 0.005 0.110 0.195 0.003 0.063 0.001 72 T 0.069 0.653 0.149 0.024 0.073 0.018 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 73 I 0.063 0.589 0.255 0.006 0.016 0.050 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 S 0.707 0.132 0.053 0.082 0.018 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 Q 0.095 0.593 0.105 0.013 0.153 0.017 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 76 V 0.193 0.655 0.097 0.008 0.008 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 77 N 0.258 0.546 0.085 0.027 0.032 0.021 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 78 H 0.316 0.282 0.256 0.026 0.018 0.069 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 79 I 0.465 0.288 0.092 0.076 0.009 0.031 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 80 D 0.206 0.041 0.236 0.229 0.006 0.027 0.212 0.002 0.030 0.012 0.001 81 G 0.013 0.001 0.005 0.012 0.006 0.001 0.241 0.715 0.001 0.007 0.001 82 R 0.233 0.344 0.286 0.067 0.030 0.020 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 83 I 0.075 0.268 0.511 0.033 0.006 0.077 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 84 V 0.218 0.321 0.290 0.066 0.022 0.057 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 85 N 0.195 0.055 0.117 0.478 0.057 0.052 0.022 0.008 0.012 0.004 0.001 86 E 0.021 0.345 0.329 0.010 0.057 0.030 0.007 0.001 0.199 0.001 0.001 87 P 0.692 0.005 0.254 0.029 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 88 S 0.853 0.018 0.047 0.051 0.013 0.002 0.006 0.006 0.003 0.003 0.001 89 E 0.655 0.023 0.065 0.215 0.015 0.006 0.006 0.006 0.004 0.005 0.002 90 L 0.373 0.077 0.354 0.132 0.016 0.028 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 91 N 0.105 0.092 0.574 0.040 0.046 0.091 0.010 0.002 0.033 0.006 0.001 92 Q 0.965 0.003 0.007 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.991 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.948 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.920 0.002 0.010 0.062 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 100 R 0.942 0.004 0.016 0.006 0.003 0.002 0.008 0.009 0.002 0.009 0.001 101 P 0.986 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 C 0.957 0.001 0.002 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.986 0.003 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 M 0.956 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.934 0.010 0.018 0.031 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 N 0.972 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.801 0.051 0.014 0.113 0.013 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 109 L 0.731 0.083 0.112 0.041 0.008 0.012 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 110 T 0.763 0.126 0.048 0.030 0.019 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 Y 0.773 0.098 0.055 0.026 0.023 0.008 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 112 E 0.818 0.047 0.089 0.016 0.002 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 V 0.732 0.155 0.058 0.022 0.011 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 114 T 0.911 0.035 0.009 0.034 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 E 0.647 0.222 0.044 0.018 0.054 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 116 I 0.570 0.239 0.057 0.084 0.016 0.010 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 117 A 0.375 0.233 0.206 0.042 0.028 0.035 0.007 0.004 0.067 0.002 0.001 118 L 0.274 0.237 0.174 0.208 0.037 0.042 0.010 0.003 0.011 0.004 0.001 119 D 0.140 0.114 0.236 0.219 0.036 0.134 0.063 0.008 0.041 0.008 0.001 120 L 0.033 0.352 0.244 0.003 0.062 0.019 0.043 0.001 0.240 0.002 0.001 121 P 0.122 0.004 0.776 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 122 G 0.038 0.011 0.064 0.039 0.057 0.007 0.079 0.650 0.007 0.045 0.002 123 I 0.043 0.499 0.334 0.024 0.025 0.041 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 124 N 0.023 0.252 0.311 0.044 0.009 0.232 0.034 0.001 0.093 0.001 0.002 125 L 0.075 0.533 0.233 0.055 0.046 0.030 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 126 E 0.039 0.388 0.257 0.038 0.031 0.139 0.016 0.002 0.088 0.001 0.001 127 F 0.078 0.286 0.329 0.070 0.112 0.049 0.017 0.012 0.030 0.015 0.002