# TARGET T0383 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.005 0.528 0.008 0.032 0.034 0.001 0.001 0.001 0.225 0.084 0.031 0.048 2 N 0.029 0.014 0.420 0.022 0.042 0.054 0.004 0.001 0.005 0.117 0.077 0.066 0.151 3 A 0.143 0.016 0.205 0.030 0.015 0.047 0.022 0.001 0.009 0.043 0.030 0.099 0.340 4 M 0.292 0.004 0.097 0.007 0.005 0.043 0.030 0.002 0.008 0.015 0.008 0.284 0.204 5 N 0.373 0.003 0.069 0.002 0.004 0.058 0.028 0.002 0.005 0.006 0.006 0.268 0.175 6 L 0.229 0.003 0.094 0.011 0.010 0.068 0.024 0.001 0.007 0.015 0.012 0.066 0.461 7 K 0.201 0.003 0.114 0.098 0.013 0.054 0.018 0.001 0.008 0.035 0.034 0.315 0.107 8 R 0.109 0.008 0.172 0.011 0.017 0.048 0.009 0.001 0.007 0.107 0.044 0.135 0.334 9 E 0.027 0.005 0.428 0.007 0.021 0.122 0.003 0.001 0.008 0.061 0.022 0.072 0.223 10 Q 0.022 0.005 0.101 0.024 0.084 0.577 0.003 0.001 0.004 0.043 0.049 0.043 0.046 11 E 0.031 0.004 0.065 0.008 0.054 0.582 0.005 0.003 0.010 0.038 0.053 0.056 0.090 12 F 0.051 0.009 0.054 0.013 0.070 0.569 0.010 0.006 0.018 0.021 0.046 0.053 0.080 13 V 0.035 0.012 0.062 0.018 0.037 0.616 0.007 0.008 0.018 0.026 0.041 0.033 0.087 14 S 0.027 0.003 0.080 0.030 0.056 0.574 0.004 0.004 0.011 0.046 0.085 0.039 0.039 15 Q 0.024 0.004 0.060 0.012 0.070 0.530 0.005 0.006 0.017 0.070 0.129 0.022 0.051 16 Y 0.041 0.010 0.109 0.008 0.050 0.419 0.008 0.007 0.015 0.083 0.164 0.029 0.058 17 H 0.033 0.030 0.306 0.014 0.026 0.240 0.011 0.012 0.037 0.087 0.087 0.058 0.060 18 F 0.046 0.021 0.285 0.013 0.031 0.178 0.011 0.010 0.037 0.111 0.099 0.082 0.075 19 D 0.035 0.014 0.321 0.007 0.056 0.154 0.006 0.005 0.023 0.119 0.124 0.039 0.098 20 A 0.020 0.009 0.179 0.003 0.160 0.215 0.004 0.003 0.017 0.089 0.234 0.024 0.044 21 R 0.011 0.015 0.125 0.005 0.076 0.159 0.003 0.001 0.006 0.147 0.395 0.032 0.024 22 N 0.005 0.009 0.352 0.008 0.045 0.088 0.001 0.001 0.005 0.213 0.215 0.011 0.046 23 F 0.007 0.010 0.293 0.007 0.065 0.228 0.001 0.001 0.004 0.200 0.120 0.038 0.027 24 E 0.011 0.036 0.257 0.004 0.059 0.282 0.002 0.001 0.017 0.067 0.095 0.051 0.117 25 W 0.020 0.028 0.240 0.024 0.087 0.319 0.003 0.002 0.017 0.054 0.053 0.020 0.132 26 E 0.027 0.063 0.151 0.027 0.075 0.326 0.005 0.002 0.020 0.053 0.087 0.101 0.063 27 N 0.013 0.015 0.301 0.018 0.087 0.156 0.003 0.002 0.007 0.073 0.193 0.018 0.113 28 E 0.019 0.013 0.238 0.004 0.115 0.164 0.002 0.001 0.003 0.088 0.253 0.049 0.052 29 N 0.003 0.007 0.089 0.007 0.041 0.074 0.001 0.001 0.001 0.102 0.646 0.017 0.012 30 G 0.003 0.003 0.198 0.005 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.234 0.511 0.010 0.015 31 A 0.004 0.019 0.716 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.159 0.008 0.035 0.049 32 P 0.006 0.041 0.664 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 0.011 0.055 0.022 0.073 0.113 33 E 0.027 0.016 0.327 0.060 0.050 0.007 0.009 0.001 0.026 0.106 0.052 0.018 0.302 34 T 0.021 0.004 0.139 0.045 0.022 0.005 0.010 0.001 0.058 0.100 0.010 0.549 0.036 35 K 0.038 0.005 0.116 0.007 0.007 0.006 0.019 0.003 0.098 0.021 0.005 0.020 0.655 36 V 0.085 0.016 0.179 0.026 0.001 0.007 0.055 0.012 0.165 0.014 0.002 0.323 0.114 37 D 0.100 0.017 0.194 0.010 0.001 0.007 0.045 0.016 0.156 0.009 0.003 0.104 0.340 38 V 0.091 0.012 0.226 0.035 0.012 0.062 0.045 0.028 0.132 0.054 0.052 0.104 0.148 39 N 0.052 0.008 0.302 0.027 0.026 0.070 0.017 0.009 0.063 0.115 0.094 0.089 0.129 40 F 0.051 0.005 0.212 0.032 0.064 0.160 0.010 0.003 0.022 0.173 0.117 0.052 0.098 41 Q 0.054 0.017 0.194 0.004 0.047 0.239 0.013 0.003 0.031 0.072 0.069 0.166 0.091 42 L 0.087 0.025 0.164 0.011 0.038 0.219 0.019 0.003 0.025 0.039 0.042 0.056 0.271 43 L 0.082 0.025 0.282 0.031 0.023 0.201 0.009 0.001 0.010 0.065 0.044 0.134 0.092 44 Q 0.043 0.014 0.355 0.010 0.026 0.189 0.005 0.001 0.006 0.059 0.069 0.053 0.171 45 H 0.022 0.012 0.237 0.014 0.042 0.230 0.003 0.001 0.002 0.094 0.247 0.036 0.059 46 D 0.006 0.005 0.383 0.003 0.046 0.166 0.001 0.001 0.001 0.094 0.249 0.022 0.026 47 Q 0.005 0.008 0.272 0.001 0.086 0.225 0.001 0.001 0.001 0.128 0.217 0.017 0.039 48 E 0.003 0.010 0.220 0.004 0.078 0.216 0.001 0.001 0.001 0.115 0.307 0.017 0.028 49 N 0.003 0.003 0.217 0.007 0.050 0.117 0.001 0.001 0.001 0.236 0.325 0.018 0.023 50 Q 0.008 0.007 0.394 0.007 0.030 0.083 0.001 0.001 0.003 0.179 0.214 0.027 0.048 51 V 0.026 0.028 0.355 0.009 0.018 0.060 0.007 0.001 0.010 0.131 0.053 0.061 0.242 52 T 0.088 0.007 0.310 0.091 0.011 0.042 0.011 0.001 0.012 0.073 0.029 0.193 0.132 53 S 0.234 0.006 0.099 0.018 0.008 0.034 0.049 0.007 0.033 0.030 0.011 0.138 0.333 54 L 0.393 0.002 0.036 0.011 0.005 0.020 0.073 0.004 0.018 0.009 0.004 0.197 0.228 55 I 0.535 0.001 0.025 0.060 0.002 0.012 0.095 0.010 0.020 0.006 0.004 0.068 0.163 56 V 0.509 0.001 0.012 0.006 0.001 0.003 0.074 0.004 0.014 0.003 0.001 0.320 0.052 57 I 0.457 0.001 0.019 0.009 0.001 0.002 0.075 0.003 0.016 0.004 0.001 0.027 0.385 58 L 0.495 0.001 0.038 0.078 0.001 0.002 0.053 0.002 0.021 0.006 0.002 0.237 0.065 59 S 0.548 0.001 0.030 0.010 0.001 0.002 0.054 0.003 0.020 0.009 0.003 0.105 0.214 60 F 0.566 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.063 0.004 0.017 0.006 0.001 0.069 0.242 61 M 0.363 0.002 0.025 0.005 0.001 0.002 0.037 0.001 0.016 0.005 0.001 0.483 0.060 62 I 0.118 0.005 0.070 0.005 0.001 0.002 0.033 0.001 0.021 0.009 0.003 0.025 0.707 63 V 0.086 0.015 0.228 0.084 0.004 0.002 0.018 0.001 0.019 0.027 0.018 0.354 0.145 64 F 0.028 0.014 0.217 0.020 0.027 0.007 0.004 0.001 0.011 0.154 0.161 0.080 0.277 65 D 0.004 0.002 0.143 0.068 0.037 0.005 0.001 0.001 0.002 0.285 0.398 0.024 0.031 66 K 0.027 0.002 0.204 0.113 0.016 0.004 0.003 0.001 0.004 0.252 0.222 0.050 0.103 67 F 0.269 0.006 0.098 0.002 0.002 0.002 0.032 0.002 0.009 0.019 0.006 0.258 0.295 68 V 0.535 0.005 0.015 0.002 0.001 0.001 0.059 0.002 0.006 0.002 0.001 0.102 0.270 69 I 0.492 0.002 0.021 0.014 0.001 0.001 0.047 0.001 0.004 0.003 0.001 0.288 0.125 70 S 0.280 0.002 0.080 0.053 0.001 0.003 0.031 0.001 0.004 0.030 0.009 0.126 0.380 71 G 0.220 0.001 0.126 0.030 0.005 0.006 0.014 0.001 0.004 0.090 0.046 0.215 0.243 72 T 0.316 0.007 0.095 0.010 0.011 0.015 0.026 0.001 0.005 0.036 0.036 0.230 0.213 73 I 0.218 0.013 0.077 0.019 0.021 0.026 0.043 0.002 0.010 0.028 0.031 0.093 0.418 74 S 0.183 0.003 0.165 0.311 0.013 0.023 0.019 0.002 0.007 0.038 0.024 0.052 0.160 75 Q 0.282 0.005 0.060 0.009 0.020 0.041 0.021 0.002 0.009 0.033 0.018 0.402 0.097 76 V 0.138 0.003 0.052 0.018 0.015 0.063 0.017 0.002 0.007 0.013 0.010 0.016 0.646 77 N 0.231 0.002 0.043 0.282 0.006 0.038 0.018 0.003 0.008 0.008 0.009 0.312 0.039 78 H 0.401 0.004 0.035 0.004 0.004 0.025 0.035 0.004 0.013 0.006 0.009 0.054 0.406 79 I 0.262 0.007 0.084 0.019 0.010 0.043 0.028 0.004 0.015 0.013 0.011 0.318 0.187 80 D 0.080 0.010 0.116 0.177 0.029 0.080 0.008 0.002 0.009 0.071 0.157 0.107 0.153 81 G 0.029 0.003 0.066 0.048 0.036 0.042 0.003 0.001 0.006 0.187 0.475 0.027 0.078 82 R 0.056 0.017 0.254 0.010 0.045 0.067 0.012 0.006 0.025 0.103 0.118 0.189 0.097 83 I 0.073 0.082 0.187 0.003 0.025 0.047 0.030 0.005 0.041 0.057 0.057 0.061 0.331 84 V 0.019 0.064 0.288 0.029 0.034 0.054 0.011 0.007 0.023 0.126 0.234 0.050 0.061 85 N 0.004 0.011 0.320 0.007 0.014 0.007 0.002 0.001 0.005 0.402 0.188 0.020 0.020 86 E 0.001 0.016 0.554 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 0.369 0.020 0.010 0.014 87 P 0.001 0.008 0.245 0.002 0.302 0.031 0.001 0.001 0.001 0.075 0.320 0.001 0.015 88 S 0.001 0.007 0.111 0.003 0.375 0.028 0.001 0.001 0.001 0.130 0.337 0.006 0.003 89 E 0.001 0.014 0.161 0.002 0.346 0.044 0.001 0.001 0.001 0.096 0.327 0.001 0.008 90 L 0.001 0.017 0.563 0.001 0.030 0.029 0.001 0.001 0.001 0.274 0.074 0.006 0.005 91 N 0.001 0.008 0.865 0.001 0.008 0.043 0.001 0.001 0.001 0.037 0.022 0.002 0.016 92 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.061 0.896 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 0.883 0.001 0.001 0.001 0.005 0.078 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.051 0.714 0.001 0.001 0.001 0.014 0.208 0.001 0.001 99 A 0.001 0.001 0.037 0.001 0.028 0.745 0.001 0.001 0.001 0.030 0.157 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.037 0.001 0.032 0.836 0.001 0.001 0.001 0.044 0.051 0.001 0.001 101 P 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 102 C 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.002 0.001 105 M 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.932 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.028 0.001 0.015 0.903 0.001 0.001 0.002 0.011 0.036 0.001 0.002 107 N 0.001 0.001 0.020 0.007 0.050 0.785 0.001 0.001 0.004 0.030 0.098 0.003 0.001 108 R 0.002 0.001 0.025 0.003 0.067 0.683 0.001 0.001 0.009 0.039 0.153 0.001 0.014 109 L 0.009 0.003 0.124 0.001 0.034 0.610 0.005 0.004 0.045 0.035 0.074 0.036 0.019 110 T 0.031 0.024 0.203 0.004 0.007 0.294 0.019 0.018 0.123 0.063 0.051 0.016 0.148 111 Y 0.045 0.004 0.212 0.002 0.003 0.316 0.014 0.013 0.099 0.088 0.015 0.153 0.038 112 E 0.036 0.008 0.172 0.002 0.006 0.534 0.010 0.008 0.060 0.024 0.023 0.020 0.097 113 V 0.040 0.010 0.084 0.008 0.015 0.625 0.010 0.004 0.032 0.019 0.039 0.035 0.079 114 T 0.031 0.006 0.091 0.043 0.023 0.665 0.003 0.001 0.010 0.041 0.032 0.018 0.034 115 E 0.029 0.005 0.030 0.003 0.084 0.690 0.004 0.001 0.011 0.026 0.057 0.025 0.036 116 I 0.026 0.003 0.028 0.002 0.117 0.663 0.004 0.002 0.004 0.019 0.083 0.008 0.040 117 A 0.047 0.015 0.052 0.002 0.176 0.429 0.004 0.002 0.006 0.021 0.181 0.031 0.032 118 L 0.034 0.020 0.089 0.002 0.081 0.239 0.004 0.003 0.004 0.076 0.385 0.014 0.050 119 D 0.023 0.038 0.256 0.004 0.027 0.086 0.003 0.001 0.004 0.216 0.297 0.015 0.031 120 L 0.001 0.005 0.378 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.542 0.036 0.015 0.007 121 P 0.001 0.003 0.208 0.005 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.125 0.613 0.001 0.011 122 G 0.016 0.027 0.150 0.011 0.047 0.006 0.003 0.002 0.009 0.324 0.332 0.056 0.019 123 I 0.029 0.045 0.484 0.002 0.016 0.010 0.008 0.002 0.045 0.152 0.021 0.054 0.131 124 N 0.050 0.044 0.503 0.041 0.008 0.013 0.025 0.004 0.039 0.048 0.019 0.064 0.143 125 L 0.080 0.041 0.394 0.023 0.011 0.012 0.031 0.005 0.041 0.065 0.040 0.106 0.153 126 E 0.041 0.031 0.538 0.007 0.008 0.008 0.015 0.007 0.041 0.054 0.040 0.079 0.132 127 F 0.004 0.010 0.806 0.005 0.010 0.005 0.002 0.001 0.012 0.059 0.016 0.029 0.042