# TARGET T0383 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.391 0.175 0.151 0.117 0.067 0.022 0.030 0.011 0.020 0.014 0.001 2 N 0.224 0.187 0.154 0.194 0.072 0.041 0.091 0.007 0.026 0.003 0.001 3 A 0.236 0.314 0.217 0.123 0.045 0.030 0.011 0.003 0.016 0.002 0.002 4 M 0.064 0.572 0.163 0.031 0.115 0.013 0.006 0.002 0.029 0.005 0.001 5 N 0.044 0.321 0.401 0.017 0.026 0.108 0.024 0.001 0.056 0.001 0.002 6 L 0.116 0.414 0.359 0.021 0.021 0.048 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 7 K 0.272 0.347 0.184 0.094 0.024 0.042 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 8 R 0.138 0.331 0.310 0.042 0.092 0.026 0.026 0.003 0.026 0.005 0.001 9 E 0.165 0.273 0.370 0.035 0.050 0.045 0.014 0.003 0.039 0.005 0.002 10 Q 0.488 0.153 0.253 0.031 0.025 0.020 0.010 0.005 0.008 0.004 0.002 11 E 0.674 0.170 0.097 0.020 0.015 0.009 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 12 F 0.697 0.070 0.165 0.019 0.007 0.028 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 13 V 0.839 0.065 0.032 0.030 0.005 0.014 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 14 S 0.897 0.033 0.019 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.550 0.207 0.041 0.132 0.041 0.008 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 16 Y 0.272 0.277 0.116 0.215 0.043 0.022 0.018 0.005 0.030 0.002 0.001 17 H 0.165 0.260 0.117 0.070 0.046 0.128 0.100 0.005 0.106 0.003 0.001 18 F 0.257 0.259 0.137 0.123 0.083 0.068 0.018 0.005 0.042 0.008 0.001 19 D 0.193 0.145 0.295 0.128 0.055 0.104 0.026 0.005 0.043 0.005 0.002 20 A 0.513 0.109 0.118 0.150 0.038 0.025 0.021 0.008 0.013 0.003 0.002 21 R 0.382 0.153 0.172 0.194 0.031 0.026 0.021 0.004 0.013 0.005 0.001 22 N 0.111 0.069 0.173 0.228 0.040 0.148 0.103 0.009 0.112 0.005 0.001 23 F 0.594 0.074 0.159 0.086 0.014 0.020 0.031 0.007 0.013 0.002 0.001 24 E 0.714 0.038 0.169 0.047 0.006 0.013 0.004 0.004 0.004 0.002 0.001 25 W 0.608 0.106 0.103 0.122 0.018 0.018 0.006 0.004 0.012 0.002 0.001 26 E 0.648 0.109 0.142 0.046 0.014 0.014 0.008 0.002 0.010 0.006 0.001 27 N 0.544 0.078 0.184 0.085 0.027 0.035 0.020 0.008 0.012 0.005 0.001 28 E 0.678 0.090 0.075 0.112 0.010 0.014 0.005 0.002 0.012 0.002 0.001 29 N 0.212 0.040 0.083 0.575 0.009 0.009 0.048 0.002 0.018 0.002 0.001 30 G 0.014 0.001 0.010 0.018 0.013 0.003 0.211 0.675 0.002 0.054 0.001 31 A 0.021 0.282 0.605 0.002 0.026 0.010 0.003 0.001 0.048 0.002 0.001 32 P 0.120 0.007 0.774 0.012 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 33 E 0.138 0.371 0.268 0.075 0.071 0.039 0.009 0.003 0.023 0.001 0.001 34 T 0.058 0.619 0.128 0.048 0.104 0.015 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 35 K 0.041 0.231 0.506 0.039 0.012 0.119 0.015 0.001 0.034 0.001 0.002 36 V 0.024 0.625 0.221 0.014 0.035 0.042 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 37 D 0.022 0.306 0.430 0.014 0.021 0.151 0.009 0.001 0.043 0.001 0.001 38 V 0.133 0.556 0.138 0.048 0.061 0.023 0.004 0.002 0.033 0.002 0.001 39 N 0.169 0.263 0.292 0.068 0.043 0.088 0.026 0.003 0.043 0.004 0.001 40 F 0.468 0.106 0.122 0.113 0.061 0.029 0.052 0.018 0.024 0.006 0.001 41 Q 0.486 0.226 0.158 0.033 0.021 0.028 0.011 0.001 0.034 0.001 0.001 42 L 0.574 0.065 0.233 0.052 0.003 0.050 0.003 0.001 0.015 0.001 0.005 43 L 0.535 0.174 0.147 0.066 0.023 0.025 0.009 0.002 0.015 0.002 0.001 44 Q 0.342 0.138 0.258 0.094 0.025 0.066 0.034 0.006 0.029 0.005 0.003 45 H 0.345 0.191 0.202 0.112 0.063 0.024 0.028 0.005 0.019 0.010 0.001 46 D 0.224 0.069 0.205 0.124 0.043 0.147 0.112 0.012 0.055 0.007 0.001 47 Q 0.743 0.032 0.031 0.153 0.005 0.012 0.010 0.003 0.011 0.001 0.001 48 E 0.635 0.041 0.132 0.138 0.007 0.012 0.016 0.003 0.007 0.007 0.001 49 N 0.271 0.017 0.039 0.306 0.019 0.016 0.270 0.045 0.012 0.004 0.001 50 Q 0.289 0.098 0.150 0.215 0.026 0.040 0.139 0.019 0.022 0.003 0.001 51 V 0.169 0.382 0.272 0.072 0.033 0.041 0.008 0.002 0.020 0.002 0.001 52 T 0.195 0.417 0.134 0.147 0.071 0.015 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 53 S 0.056 0.587 0.159 0.016 0.146 0.013 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 54 L 0.032 0.688 0.196 0.005 0.026 0.033 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 55 I 0.045 0.765 0.102 0.016 0.025 0.019 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 56 V 0.011 0.721 0.102 0.002 0.115 0.020 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 57 I 0.015 0.650 0.253 0.008 0.008 0.043 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 58 L 0.010 0.685 0.150 0.004 0.083 0.020 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 59 S 0.057 0.355 0.447 0.018 0.018 0.081 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 60 F 0.009 0.787 0.063 0.009 0.108 0.007 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 61 M 0.013 0.776 0.115 0.002 0.030 0.022 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 62 I 0.024 0.294 0.566 0.005 0.002 0.091 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 63 V 0.058 0.566 0.147 0.026 0.034 0.075 0.007 0.001 0.086 0.001 0.001 64 F 0.152 0.189 0.415 0.056 0.032 0.083 0.024 0.004 0.031 0.011 0.002 65 D 0.409 0.081 0.089 0.239 0.071 0.018 0.061 0.012 0.009 0.009 0.002 66 K 0.084 0.299 0.086 0.240 0.147 0.020 0.080 0.011 0.026 0.004 0.002 67 F 0.014 0.499 0.330 0.014 0.088 0.023 0.008 0.003 0.020 0.002 0.001 68 V 0.018 0.784 0.117 0.005 0.026 0.024 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 69 I 0.036 0.546 0.259 0.017 0.017 0.072 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 70 S 0.057 0.407 0.250 0.034 0.155 0.033 0.022 0.005 0.028 0.008 0.002 71 G 0.079 0.086 0.080 0.020 0.487 0.005 0.036 0.125 0.004 0.078 0.001 72 T 0.123 0.552 0.185 0.022 0.055 0.030 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 73 I 0.089 0.465 0.330 0.006 0.011 0.078 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 74 S 0.816 0.058 0.015 0.097 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 Q 0.087 0.587 0.083 0.016 0.189 0.015 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 76 V 0.118 0.709 0.091 0.008 0.019 0.018 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 77 N 0.332 0.468 0.054 0.051 0.041 0.020 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 78 H 0.176 0.419 0.247 0.026 0.031 0.061 0.014 0.002 0.023 0.001 0.001 79 I 0.345 0.363 0.135 0.053 0.013 0.036 0.004 0.001 0.051 0.001 0.001 80 D 0.200 0.074 0.385 0.135 0.005 0.033 0.106 0.001 0.051 0.010 0.001 81 G 0.030 0.001 0.006 0.016 0.012 0.002 0.208 0.710 0.001 0.015 0.001 82 R 0.241 0.301 0.284 0.097 0.029 0.024 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 83 I 0.094 0.295 0.472 0.037 0.006 0.066 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 84 V 0.190 0.329 0.277 0.090 0.027 0.054 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 85 N 0.239 0.054 0.132 0.338 0.059 0.063 0.069 0.016 0.023 0.006 0.001 86 E 0.047 0.374 0.342 0.006 0.051 0.024 0.007 0.001 0.146 0.001 0.001 87 P 0.505 0.004 0.436 0.019 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 88 S 0.777 0.039 0.074 0.044 0.025 0.006 0.011 0.010 0.006 0.006 0.001 89 E 0.666 0.024 0.070 0.198 0.012 0.009 0.005 0.005 0.004 0.004 0.002 90 L 0.336 0.126 0.327 0.132 0.018 0.028 0.014 0.003 0.012 0.004 0.001 91 N 0.139 0.114 0.541 0.029 0.049 0.072 0.013 0.003 0.030 0.008 0.001 92 Q 0.962 0.002 0.006 0.021 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.983 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.981 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.908 0.001 0.002 0.085 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.871 0.004 0.012 0.102 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 100 R 0.912 0.009 0.040 0.007 0.005 0.003 0.008 0.008 0.002 0.006 0.001 101 P 0.984 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 C 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 M 0.958 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.948 0.007 0.010 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 N 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.823 0.027 0.007 0.132 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 L 0.801 0.044 0.079 0.051 0.005 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 110 T 0.814 0.076 0.037 0.051 0.009 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 111 Y 0.742 0.111 0.063 0.023 0.029 0.009 0.010 0.005 0.006 0.003 0.001 112 E 0.774 0.059 0.112 0.017 0.003 0.027 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 113 V 0.609 0.238 0.073 0.020 0.015 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 114 T 0.829 0.058 0.015 0.079 0.007 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 115 E 0.518 0.301 0.064 0.020 0.053 0.018 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 116 I 0.543 0.278 0.069 0.057 0.009 0.017 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 117 A 0.419 0.232 0.180 0.047 0.041 0.034 0.010 0.005 0.030 0.003 0.001 118 L 0.262 0.263 0.156 0.211 0.033 0.049 0.006 0.003 0.016 0.002 0.001 119 D 0.151 0.097 0.240 0.216 0.025 0.127 0.077 0.004 0.058 0.004 0.001 120 L 0.110 0.288 0.304 0.006 0.024 0.026 0.033 0.001 0.206 0.002 0.001 121 P 0.088 0.001 0.859 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 122 G 0.027 0.011 0.031 0.074 0.025 0.009 0.126 0.674 0.011 0.010 0.001 123 I 0.014 0.419 0.471 0.010 0.016 0.036 0.009 0.001 0.024 0.001 0.001 124 N 0.017 0.251 0.464 0.016 0.007 0.170 0.022 0.001 0.051 0.001 0.001 125 L 0.038 0.524 0.287 0.027 0.058 0.033 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 126 E 0.048 0.452 0.268 0.023 0.059 0.078 0.013 0.002 0.054 0.002 0.001 127 F 0.078 0.302 0.331 0.062 0.089 0.074 0.013 0.006 0.031 0.012 0.001