# TARGET T0383 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.063 0.161 0.058 0.036 0.118 0.035 0.072 0.247 0.108 0.073 0.030 2 N 0.100 0.074 0.031 0.014 0.114 0.015 0.028 0.180 0.113 0.251 0.081 3 A 0.114 0.131 0.037 0.019 0.188 0.029 0.056 0.229 0.083 0.081 0.034 4 M 0.190 0.201 0.033 0.005 0.428 0.005 0.004 0.047 0.016 0.025 0.045 5 N 0.229 0.153 0.027 0.002 0.453 0.002 0.006 0.045 0.015 0.029 0.038 6 L 0.373 0.093 0.015 0.004 0.306 0.004 0.007 0.064 0.021 0.028 0.085 7 K 0.095 0.161 0.072 0.040 0.223 0.052 0.087 0.140 0.049 0.048 0.033 8 R 0.115 0.153 0.094 0.042 0.167 0.023 0.047 0.129 0.059 0.114 0.056 9 E 0.088 0.287 0.144 0.039 0.213 0.015 0.019 0.072 0.036 0.051 0.035 10 Q 0.106 0.109 0.034 0.016 0.177 0.014 0.022 0.212 0.166 0.083 0.059 11 E 0.100 0.146 0.046 0.009 0.242 0.014 0.056 0.270 0.075 0.021 0.022 12 F 0.113 0.143 0.042 0.012 0.156 0.013 0.037 0.281 0.079 0.090 0.035 13 V 0.175 0.111 0.020 0.019 0.217 0.022 0.030 0.223 0.067 0.055 0.061 14 S 0.023 0.075 0.046 0.062 0.050 0.080 0.097 0.346 0.131 0.075 0.016 15 Q 0.075 0.062 0.029 0.014 0.115 0.014 0.064 0.341 0.140 0.110 0.037 16 Y 0.094 0.219 0.074 0.021 0.233 0.017 0.031 0.135 0.063 0.072 0.043 17 H 0.230 0.069 0.020 0.009 0.209 0.009 0.023 0.133 0.054 0.114 0.129 18 F 0.091 0.264 0.058 0.011 0.229 0.014 0.022 0.115 0.080 0.074 0.042 19 D 0.262 0.079 0.030 0.003 0.335 0.004 0.017 0.071 0.040 0.065 0.093 20 A 0.037 0.053 0.020 0.006 0.051 0.008 0.027 0.450 0.253 0.076 0.019 21 R 0.018 0.067 0.026 0.016 0.046 0.051 0.143 0.332 0.154 0.130 0.017 22 N 0.233 0.110 0.041 0.006 0.305 0.003 0.009 0.047 0.023 0.113 0.111 23 F 0.036 0.094 0.029 0.004 0.086 0.003 0.007 0.429 0.225 0.064 0.022 24 E 0.069 0.078 0.021 0.004 0.108 0.010 0.051 0.493 0.102 0.043 0.022 25 W 0.069 0.050 0.015 0.007 0.086 0.008 0.023 0.452 0.173 0.089 0.029 26 E 0.032 0.114 0.037 0.022 0.105 0.048 0.097 0.398 0.098 0.035 0.013 27 N 0.091 0.082 0.080 0.018 0.082 0.011 0.049 0.287 0.121 0.108 0.070 28 E 0.053 0.051 0.034 0.030 0.069 0.077 0.204 0.316 0.101 0.048 0.018 29 N 0.011 0.424 0.225 0.101 0.077 0.023 0.026 0.029 0.021 0.053 0.011 30 G 0.113 0.027 0.059 0.070 0.037 0.023 0.016 0.017 0.025 0.344 0.270 31 A 0.019 0.509 0.319 0.014 0.108 0.004 0.005 0.010 0.005 0.004 0.004 32 P 0.079 0.380 0.101 0.017 0.294 0.014 0.021 0.037 0.019 0.019 0.020 33 E 0.286 0.070 0.016 0.012 0.218 0.025 0.053 0.075 0.095 0.066 0.083 34 T 0.111 0.238 0.073 0.018 0.408 0.014 0.016 0.037 0.020 0.032 0.033 35 K 0.355 0.065 0.008 0.002 0.466 0.002 0.006 0.015 0.006 0.023 0.051 36 V 0.240 0.174 0.015 0.002 0.510 0.002 0.002 0.008 0.003 0.008 0.037 37 D 0.332 0.078 0.010 0.001 0.493 0.001 0.002 0.009 0.002 0.012 0.061 38 V 0.239 0.117 0.017 0.011 0.285 0.017 0.016 0.096 0.049 0.074 0.078 39 N 0.170 0.141 0.045 0.020 0.320 0.013 0.023 0.106 0.037 0.074 0.051 40 F 0.145 0.110 0.025 0.009 0.209 0.007 0.011 0.222 0.103 0.105 0.054 41 Q 0.065 0.148 0.050 0.006 0.177 0.008 0.034 0.394 0.076 0.026 0.015 42 L 0.114 0.053 0.015 0.006 0.100 0.012 0.036 0.449 0.100 0.075 0.038 43 L 0.061 0.185 0.070 0.024 0.133 0.023 0.037 0.334 0.067 0.044 0.023 44 Q 0.097 0.129 0.093 0.021 0.127 0.017 0.029 0.305 0.062 0.072 0.047 45 H 0.022 0.123 0.058 0.032 0.072 0.044 0.066 0.438 0.104 0.032 0.010 46 D 0.106 0.079 0.051 0.014 0.102 0.008 0.019 0.250 0.094 0.190 0.087 47 Q 0.036 0.057 0.039 0.015 0.039 0.013 0.029 0.471 0.189 0.090 0.022 48 E 0.031 0.108 0.034 0.029 0.068 0.049 0.133 0.378 0.117 0.037 0.015 49 N 0.078 0.121 0.052 0.049 0.101 0.048 0.054 0.128 0.110 0.184 0.075 50 Q 0.131 0.080 0.034 0.011 0.151 0.014 0.046 0.147 0.107 0.208 0.071 51 V 0.370 0.068 0.011 0.007 0.255 0.010 0.016 0.032 0.034 0.069 0.129 52 T 0.085 0.100 0.049 0.099 0.188 0.100 0.107 0.108 0.056 0.073 0.036 53 S 0.285 0.092 0.016 0.005 0.533 0.004 0.007 0.009 0.005 0.019 0.025 54 L 0.387 0.047 0.002 0.001 0.537 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 55 I 0.448 0.020 0.002 0.006 0.465 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.047 56 V 0.120 0.149 0.010 0.001 0.715 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 57 I 0.624 0.009 0.001 0.001 0.250 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.101 58 L 0.074 0.407 0.059 0.012 0.410 0.012 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 59 S 0.358 0.055 0.004 0.001 0.363 0.001 0.002 0.005 0.007 0.047 0.158 60 F 0.301 0.141 0.019 0.008 0.489 0.006 0.002 0.003 0.006 0.005 0.020 61 M 0.022 0.576 0.097 0.003 0.286 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 62 I 0.532 0.055 0.008 0.002 0.315 0.003 0.015 0.008 0.003 0.004 0.055 63 V 0.130 0.125 0.055 0.089 0.257 0.131 0.120 0.029 0.018 0.019 0.027 64 F 0.327 0.073 0.021 0.057 0.245 0.076 0.032 0.032 0.020 0.026 0.092 65 D 0.037 0.041 0.021 0.074 0.058 0.098 0.127 0.242 0.158 0.113 0.031 66 K 0.153 0.110 0.024 0.010 0.254 0.006 0.022 0.059 0.098 0.196 0.067 67 F 0.221 0.151 0.014 0.004 0.536 0.003 0.002 0.010 0.011 0.012 0.038 68 V 0.247 0.129 0.027 0.004 0.510 0.004 0.008 0.020 0.009 0.011 0.031 69 I 0.417 0.054 0.019 0.024 0.225 0.038 0.042 0.032 0.008 0.024 0.116 70 S 0.054 0.060 0.063 0.278 0.067 0.104 0.099 0.056 0.035 0.138 0.045 71 G 0.040 0.105 0.179 0.332 0.063 0.072 0.015 0.047 0.033 0.084 0.031 72 T 0.114 0.259 0.069 0.018 0.308 0.016 0.025 0.108 0.032 0.030 0.021 73 I 0.508 0.019 0.004 0.007 0.201 0.014 0.018 0.024 0.015 0.033 0.157 74 S 0.115 0.118 0.033 0.112 0.230 0.129 0.087 0.062 0.034 0.043 0.036 75 Q 0.319 0.115 0.033 0.006 0.388 0.005 0.009 0.023 0.014 0.041 0.047 76 V 0.545 0.026 0.004 0.006 0.216 0.017 0.017 0.019 0.017 0.020 0.113 77 N 0.101 0.274 0.030 0.021 0.420 0.030 0.014 0.026 0.029 0.022 0.032 78 H 0.431 0.092 0.015 0.001 0.381 0.001 0.002 0.013 0.007 0.016 0.041 79 I 0.140 0.039 0.030 0.300 0.068 0.218 0.028 0.048 0.032 0.034 0.063 80 D 0.005 0.036 0.039 0.496 0.019 0.177 0.151 0.059 0.014 0.003 0.002 81 G 0.018 0.020 0.031 0.057 0.015 0.013 0.008 0.036 0.093 0.636 0.072 82 R 0.023 0.371 0.139 0.035 0.156 0.015 0.040 0.106 0.072 0.037 0.006 83 I 0.417 0.071 0.015 0.003 0.285 0.008 0.021 0.036 0.016 0.022 0.105 84 V 0.072 0.137 0.060 0.092 0.151 0.100 0.144 0.066 0.053 0.077 0.047 85 N 0.041 0.056 0.124 0.216 0.049 0.090 0.069 0.051 0.052 0.194 0.057 86 E 0.074 0.358 0.295 0.020 0.187 0.002 0.003 0.012 0.008 0.016 0.026 87 P 0.031 0.069 0.017 0.005 0.051 0.006 0.017 0.225 0.517 0.047 0.016 88 S 0.012 0.030 0.016 0.006 0.026 0.015 0.057 0.389 0.365 0.070 0.012 89 E 0.039 0.045 0.009 0.002 0.043 0.005 0.028 0.258 0.187 0.358 0.025 90 L 0.133 0.223 0.077 0.010 0.231 0.009 0.011 0.068 0.034 0.125 0.079 91 N 0.026 0.484 0.304 0.011 0.107 0.002 0.002 0.031 0.005 0.020 0.008 92 Q 0.004 0.004 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.770 0.197 0.011 0.003 93 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.944 0.043 0.002 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.047 0.014 0.001 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.072 0.006 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.888 0.090 0.007 0.001 97 T 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.084 0.831 0.061 0.013 0.001 98 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.747 0.148 0.072 0.003 99 A 0.005 0.019 0.006 0.004 0.007 0.006 0.017 0.558 0.242 0.131 0.004 100 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.897 0.082 0.002 0.001 101 P 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.010 0.919 0.054 0.003 0.001 102 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.921 0.063 0.010 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.089 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.040 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.937 0.047 0.006 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.887 0.099 0.004 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.886 0.083 0.008 0.001 108 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.831 0.114 0.025 0.001 109 L 0.013 0.007 0.001 0.001 0.017 0.002 0.021 0.822 0.096 0.013 0.008 110 T 0.019 0.012 0.002 0.003 0.026 0.005 0.025 0.614 0.220 0.062 0.010 111 Y 0.026 0.043 0.010 0.003 0.058 0.003 0.014 0.753 0.079 0.005 0.005 112 E 0.031 0.041 0.007 0.002 0.061 0.005 0.049 0.700 0.087 0.012 0.006 113 V 0.224 0.021 0.003 0.005 0.126 0.010 0.041 0.437 0.066 0.026 0.041 114 T 0.021 0.024 0.006 0.030 0.039 0.080 0.100 0.579 0.095 0.021 0.006 115 E 0.103 0.064 0.010 0.004 0.178 0.006 0.030 0.472 0.092 0.023 0.019 116 I 0.184 0.045 0.004 0.005 0.229 0.013 0.046 0.355 0.053 0.031 0.033 117 A 0.102 0.058 0.018 0.009 0.172 0.010 0.034 0.360 0.108 0.089 0.039 118 L 0.095 0.140 0.029 0.016 0.140 0.025 0.076 0.264 0.101 0.067 0.047 119 D 0.126 0.120 0.078 0.036 0.147 0.026 0.052 0.090 0.075 0.170 0.081 120 L 0.028 0.258 0.227 0.047 0.088 0.017 0.023 0.153 0.106 0.043 0.010 121 P 0.025 0.073 0.061 0.044 0.039 0.091 0.290 0.221 0.102 0.040 0.013 122 G 0.034 0.060 0.053 0.129 0.042 0.058 0.053 0.088 0.079 0.348 0.056 123 I 0.185 0.197 0.023 0.005 0.416 0.011 0.017 0.031 0.018 0.034 0.063 124 N 0.304 0.078 0.013 0.002 0.470 0.003 0.006 0.015 0.008 0.025 0.077 125 L 0.281 0.118 0.021 0.003 0.449 0.002 0.003 0.024 0.022 0.028 0.050 126 E 0.173 0.169 0.042 0.008 0.404 0.010 0.035 0.063 0.026 0.035 0.036 127 F 0.184 0.188 0.057 0.013 0.276 0.008 0.013 0.068 0.036 0.074 0.083