# TARGET T0383 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.857 0.102 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 2 N 0.733 0.172 0.064 0.023 0.006 0.001 0.001 3 A 0.521 0.261 0.129 0.063 0.021 0.005 0.001 4 M 0.279 0.158 0.159 0.189 0.146 0.062 0.007 5 N 0.299 0.338 0.204 0.104 0.038 0.014 0.002 6 L 0.165 0.166 0.203 0.241 0.159 0.060 0.006 7 K 0.315 0.326 0.204 0.109 0.036 0.010 0.001 8 R 0.329 0.255 0.198 0.143 0.059 0.015 0.002 9 E 0.481 0.294 0.134 0.065 0.020 0.005 0.001 10 Q 0.356 0.296 0.190 0.112 0.038 0.009 0.001 11 E 0.377 0.321 0.180 0.085 0.028 0.007 0.001 12 F 0.139 0.187 0.212 0.248 0.161 0.049 0.003 13 V 0.063 0.084 0.155 0.285 0.275 0.127 0.012 14 S 0.247 0.315 0.227 0.137 0.055 0.017 0.003 15 Q 0.298 0.301 0.208 0.124 0.049 0.017 0.003 16 Y 0.111 0.128 0.177 0.249 0.216 0.108 0.011 17 H 0.128 0.159 0.194 0.227 0.178 0.102 0.013 18 F 0.169 0.163 0.174 0.214 0.179 0.089 0.011 19 D 0.243 0.296 0.221 0.148 0.064 0.025 0.004 20 A 0.240 0.197 0.192 0.190 0.121 0.053 0.008 21 R 0.347 0.274 0.195 0.119 0.046 0.016 0.002 22 N 0.512 0.269 0.122 0.065 0.025 0.008 0.001 23 F 0.476 0.222 0.154 0.097 0.040 0.011 0.001 24 E 0.708 0.216 0.054 0.016 0.004 0.001 0.001 25 W 0.285 0.245 0.239 0.170 0.054 0.007 0.001 26 E 0.492 0.278 0.140 0.068 0.019 0.003 0.001 27 N 0.590 0.259 0.101 0.039 0.009 0.001 0.001 28 E 0.532 0.231 0.135 0.074 0.023 0.005 0.001 29 N 0.538 0.238 0.129 0.066 0.023 0.005 0.001 30 G 0.519 0.274 0.127 0.058 0.017 0.004 0.001 31 A 0.350 0.217 0.173 0.149 0.081 0.028 0.002 32 P 0.466 0.249 0.138 0.090 0.042 0.013 0.001 33 E 0.344 0.279 0.194 0.122 0.047 0.013 0.001 34 T 0.295 0.235 0.200 0.168 0.078 0.021 0.002 35 K 0.211 0.327 0.257 0.141 0.050 0.013 0.001 36 V 0.098 0.082 0.127 0.241 0.286 0.152 0.015 37 D 0.210 0.340 0.248 0.137 0.049 0.015 0.002 38 V 0.080 0.097 0.167 0.275 0.253 0.117 0.012 39 N 0.218 0.317 0.222 0.148 0.067 0.025 0.003 40 F 0.114 0.157 0.203 0.249 0.184 0.083 0.010 41 Q 0.253 0.277 0.208 0.143 0.075 0.038 0.006 42 L 0.082 0.119 0.178 0.265 0.230 0.115 0.010 43 L 0.130 0.178 0.265 0.249 0.132 0.044 0.003 44 Q 0.452 0.339 0.143 0.051 0.012 0.002 0.001 45 H 0.581 0.274 0.101 0.035 0.008 0.002 0.001 46 D 0.630 0.226 0.087 0.042 0.012 0.002 0.001 47 Q 0.639 0.230 0.087 0.036 0.008 0.001 0.001 48 E 0.746 0.178 0.053 0.019 0.003 0.001 0.001 49 N 0.629 0.246 0.090 0.030 0.005 0.001 0.001 50 Q 0.459 0.324 0.149 0.055 0.012 0.001 0.001 51 V 0.169 0.169 0.194 0.217 0.178 0.070 0.004 52 T 0.168 0.201 0.203 0.219 0.145 0.059 0.004 53 S 0.115 0.174 0.236 0.232 0.157 0.077 0.010 54 L 0.073 0.068 0.068 0.119 0.252 0.343 0.076 55 I 0.061 0.098 0.146 0.173 0.210 0.214 0.098 56 V 0.063 0.096 0.124 0.168 0.197 0.242 0.109 57 I 0.038 0.078 0.186 0.287 0.192 0.134 0.085 58 L 0.021 0.038 0.054 0.103 0.178 0.400 0.205 59 S 0.031 0.068 0.167 0.275 0.215 0.171 0.074 60 F 0.021 0.033 0.036 0.067 0.168 0.462 0.214 61 M 0.060 0.107 0.189 0.292 0.196 0.131 0.025 62 I 0.064 0.094 0.112 0.184 0.264 0.255 0.028 63 V 0.181 0.247 0.235 0.222 0.092 0.021 0.001 64 F 0.186 0.252 0.255 0.214 0.082 0.010 0.001 65 D 0.646 0.259 0.075 0.018 0.002 0.001 0.001 66 K 0.708 0.230 0.049 0.011 0.002 0.001 0.001 67 F 0.128 0.159 0.222 0.271 0.173 0.046 0.001 68 V 0.178 0.295 0.271 0.186 0.060 0.010 0.001 69 I 0.033 0.045 0.066 0.137 0.287 0.373 0.060 70 S 0.050 0.127 0.203 0.281 0.202 0.114 0.023 71 G 0.035 0.085 0.125 0.178 0.228 0.255 0.093 72 T 0.040 0.093 0.196 0.274 0.195 0.148 0.054 73 I 0.028 0.064 0.094 0.155 0.252 0.306 0.100 74 S 0.066 0.131 0.175 0.216 0.187 0.160 0.064 75 Q 0.030 0.078 0.130 0.183 0.229 0.270 0.081 76 V 0.022 0.041 0.068 0.152 0.261 0.347 0.109 77 N 0.095 0.208 0.208 0.233 0.172 0.076 0.009 78 H 0.079 0.192 0.283 0.270 0.130 0.043 0.003 79 I 0.066 0.062 0.094 0.232 0.347 0.186 0.012 80 D 0.300 0.335 0.221 0.109 0.029 0.005 0.001 81 G 0.484 0.306 0.134 0.058 0.015 0.003 0.001 82 R 0.296 0.286 0.231 0.137 0.041 0.008 0.001 83 I 0.222 0.234 0.228 0.190 0.095 0.031 0.001 84 V 0.270 0.180 0.188 0.193 0.125 0.043 0.002 85 N 0.626 0.224 0.091 0.041 0.014 0.003 0.001 86 E 0.579 0.271 0.102 0.037 0.009 0.002 0.001 87 P 0.496 0.242 0.144 0.083 0.030 0.006 0.001 88 S 0.691 0.204 0.070 0.026 0.007 0.001 0.001 89 E 0.419 0.317 0.176 0.071 0.015 0.002 0.001 90 L 0.171 0.139 0.242 0.292 0.132 0.024 0.001 91 N 0.496 0.341 0.121 0.034 0.006 0.001 0.001 92 Q 0.631 0.260 0.081 0.023 0.004 0.001 0.001 93 E 0.819 0.128 0.033 0.014 0.005 0.001 0.001 94 E 0.384 0.308 0.179 0.098 0.026 0.004 0.001 95 V 0.135 0.190 0.288 0.274 0.097 0.016 0.001 96 E 0.479 0.346 0.129 0.039 0.006 0.001 0.001 97 T 0.315 0.328 0.228 0.101 0.025 0.004 0.001 98 L 0.084 0.062 0.096 0.214 0.324 0.211 0.009 99 A 0.113 0.141 0.179 0.215 0.205 0.134 0.013 100 R 0.394 0.327 0.173 0.080 0.020 0.005 0.001 101 P 0.403 0.228 0.172 0.130 0.053 0.014 0.001 102 C 0.269 0.124 0.104 0.145 0.174 0.170 0.013 103 L 0.456 0.165 0.152 0.120 0.072 0.033 0.002 104 N 0.570 0.299 0.094 0.030 0.006 0.001 0.001 105 M 0.589 0.173 0.104 0.082 0.040 0.011 0.001 106 L 0.464 0.125 0.098 0.128 0.123 0.061 0.002 107 N 0.492 0.269 0.152 0.063 0.019 0.005 0.001 108 R 0.449 0.303 0.146 0.068 0.025 0.008 0.001 109 L 0.187 0.175 0.195 0.207 0.137 0.089 0.010 110 T 0.177 0.223 0.247 0.207 0.104 0.038 0.004 111 Y 0.192 0.188 0.162 0.156 0.155 0.118 0.030 112 E 0.162 0.223 0.248 0.223 0.097 0.039 0.008 113 V 0.076 0.067 0.078 0.180 0.301 0.243 0.055 114 T 0.075 0.153 0.207 0.256 0.191 0.099 0.019 115 E 0.107 0.185 0.178 0.205 0.166 0.126 0.033 116 I 0.053 0.061 0.110 0.200 0.246 0.245 0.086 117 A 0.111 0.106 0.127 0.201 0.213 0.191 0.051 118 L 0.316 0.193 0.137 0.139 0.118 0.079 0.019 119 D 0.326 0.262 0.177 0.144 0.065 0.022 0.003 120 L 0.301 0.243 0.192 0.145 0.080 0.034 0.006 121 P 0.542 0.230 0.113 0.067 0.031 0.015 0.003 122 G 0.348 0.275 0.175 0.117 0.055 0.026 0.005 123 I 0.185 0.093 0.115 0.196 0.220 0.167 0.025 124 N 0.273 0.282 0.225 0.134 0.056 0.027 0.003 125 L 0.326 0.164 0.147 0.151 0.120 0.080 0.012 126 E 0.493 0.278 0.135 0.067 0.020 0.005 0.001 127 F 0.596 0.216 0.100 0.058 0.022 0.007 0.001