# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.008 0.325 0.015 0.068 0.058 0.001 0.001 0.002 0.196 0.207 0.030 0.078 2 N 0.066 0.018 0.241 0.022 0.071 0.061 0.005 0.001 0.005 0.137 0.152 0.122 0.101 3 A 0.176 0.019 0.141 0.023 0.034 0.057 0.017 0.002 0.010 0.045 0.043 0.050 0.383 4 M 0.269 0.007 0.165 0.011 0.009 0.049 0.033 0.003 0.009 0.023 0.020 0.283 0.119 5 N 0.421 0.007 0.073 0.002 0.006 0.059 0.040 0.005 0.008 0.008 0.009 0.161 0.203 6 L 0.315 0.004 0.066 0.008 0.017 0.065 0.023 0.001 0.005 0.019 0.014 0.078 0.384 7 K 0.161 0.003 0.131 0.074 0.028 0.069 0.012 0.001 0.006 0.040 0.083 0.314 0.079 8 R 0.135 0.008 0.128 0.005 0.022 0.039 0.008 0.001 0.006 0.167 0.101 0.060 0.320 9 E 0.022 0.009 0.534 0.004 0.008 0.071 0.001 0.001 0.004 0.099 0.014 0.095 0.139 10 Q 0.004 0.001 0.032 0.002 0.072 0.813 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.008 0.009 11 E 0.006 0.004 0.025 0.003 0.068 0.798 0.002 0.001 0.002 0.016 0.048 0.008 0.021 12 F 0.010 0.006 0.020 0.004 0.125 0.720 0.002 0.001 0.004 0.012 0.069 0.010 0.017 13 V 0.004 0.009 0.030 0.004 0.079 0.770 0.001 0.001 0.006 0.013 0.068 0.004 0.012 14 S 0.005 0.005 0.074 0.005 0.140 0.622 0.001 0.001 0.006 0.029 0.094 0.008 0.010 15 Q 0.005 0.004 0.069 0.004 0.159 0.397 0.001 0.001 0.008 0.061 0.256 0.007 0.026 16 Y 0.009 0.018 0.134 0.003 0.076 0.349 0.004 0.003 0.011 0.106 0.247 0.015 0.026 17 H 0.007 0.039 0.294 0.013 0.043 0.188 0.004 0.005 0.030 0.146 0.166 0.029 0.034 18 F 0.015 0.036 0.321 0.010 0.042 0.136 0.005 0.006 0.024 0.175 0.125 0.061 0.044 19 D 0.009 0.016 0.396 0.006 0.079 0.090 0.002 0.004 0.014 0.150 0.173 0.015 0.044 20 A 0.003 0.014 0.247 0.003 0.184 0.134 0.002 0.001 0.009 0.094 0.276 0.007 0.026 21 R 0.002 0.021 0.173 0.004 0.093 0.122 0.001 0.001 0.006 0.176 0.376 0.013 0.011 22 N 0.001 0.012 0.469 0.005 0.043 0.073 0.001 0.001 0.003 0.248 0.126 0.006 0.013 23 F 0.001 0.007 0.297 0.002 0.066 0.321 0.001 0.001 0.002 0.161 0.122 0.008 0.011 24 E 0.005 0.033 0.223 0.002 0.063 0.426 0.002 0.002 0.011 0.055 0.101 0.028 0.048 25 W 0.010 0.037 0.209 0.011 0.081 0.444 0.002 0.002 0.009 0.060 0.041 0.011 0.082 26 E 0.010 0.032 0.109 0.016 0.103 0.492 0.003 0.002 0.012 0.062 0.087 0.049 0.025 27 N 0.009 0.015 0.198 0.006 0.125 0.274 0.002 0.001 0.007 0.068 0.210 0.015 0.070 28 E 0.010 0.015 0.143 0.004 0.147 0.188 0.001 0.001 0.003 0.073 0.367 0.022 0.027 29 N 0.002 0.010 0.058 0.004 0.046 0.081 0.001 0.001 0.001 0.096 0.670 0.018 0.013 30 G 0.001 0.007 0.169 0.007 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.258 0.515 0.007 0.010 31 A 0.001 0.019 0.664 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.251 0.010 0.027 0.020 32 P 0.003 0.035 0.650 0.007 0.013 0.005 0.001 0.001 0.005 0.097 0.080 0.024 0.080 33 E 0.025 0.029 0.391 0.056 0.076 0.015 0.009 0.002 0.027 0.099 0.128 0.021 0.122 34 T 0.030 0.014 0.257 0.056 0.046 0.009 0.015 0.002 0.058 0.173 0.037 0.249 0.053 35 K 0.048 0.013 0.179 0.020 0.013 0.009 0.035 0.005 0.098 0.039 0.013 0.029 0.500 36 V 0.050 0.014 0.184 0.009 0.001 0.006 0.034 0.007 0.151 0.024 0.003 0.456 0.060 37 D 0.059 0.024 0.207 0.008 0.001 0.006 0.033 0.010 0.132 0.015 0.003 0.061 0.442 38 V 0.060 0.023 0.275 0.039 0.009 0.042 0.046 0.021 0.127 0.036 0.025 0.156 0.141 39 N 0.035 0.010 0.299 0.041 0.028 0.084 0.017 0.012 0.084 0.092 0.087 0.073 0.136 40 F 0.037 0.008 0.192 0.036 0.076 0.186 0.011 0.004 0.022 0.142 0.133 0.040 0.111 41 Q 0.036 0.019 0.207 0.008 0.054 0.271 0.011 0.004 0.028 0.073 0.064 0.158 0.068 42 L 0.036 0.031 0.230 0.009 0.045 0.273 0.010 0.003 0.018 0.039 0.038 0.037 0.231 43 L 0.025 0.021 0.366 0.022 0.036 0.269 0.004 0.001 0.004 0.086 0.051 0.065 0.051 44 Q 0.018 0.012 0.402 0.006 0.042 0.194 0.002 0.001 0.002 0.075 0.088 0.044 0.113 45 H 0.007 0.012 0.227 0.007 0.062 0.210 0.001 0.001 0.001 0.112 0.306 0.021 0.035 46 D 0.002 0.005 0.421 0.003 0.061 0.134 0.001 0.001 0.001 0.108 0.240 0.011 0.015 47 Q 0.003 0.014 0.355 0.002 0.101 0.147 0.001 0.001 0.001 0.137 0.195 0.017 0.029 48 E 0.003 0.010 0.234 0.006 0.117 0.142 0.001 0.001 0.001 0.104 0.327 0.019 0.037 49 N 0.003 0.006 0.221 0.011 0.069 0.060 0.001 0.001 0.001 0.247 0.338 0.028 0.018 50 Q 0.010 0.010 0.352 0.010 0.041 0.038 0.001 0.001 0.002 0.190 0.229 0.041 0.075 51 V 0.033 0.030 0.282 0.017 0.013 0.017 0.004 0.001 0.008 0.115 0.033 0.083 0.365 52 T 0.149 0.007 0.192 0.080 0.009 0.009 0.007 0.001 0.008 0.052 0.023 0.313 0.150 53 S 0.366 0.005 0.040 0.025 0.004 0.005 0.023 0.002 0.010 0.019 0.007 0.139 0.356 54 L 0.555 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.023 0.001 0.005 0.003 0.002 0.238 0.153 55 I 0.722 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.044 0.002 0.007 0.002 0.001 0.049 0.147 56 V 0.600 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.040 0.001 0.006 0.001 0.001 0.294 0.049 57 I 0.605 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.041 0.001 0.005 0.003 0.001 0.019 0.314 58 L 0.557 0.001 0.016 0.022 0.001 0.001 0.033 0.001 0.006 0.005 0.002 0.307 0.050 59 S 0.519 0.001 0.028 0.015 0.001 0.001 0.032 0.001 0.010 0.019 0.011 0.084 0.276 60 F 0.578 0.001 0.033 0.013 0.001 0.001 0.043 0.002 0.009 0.011 0.004 0.097 0.208 61 M 0.383 0.002 0.019 0.006 0.001 0.001 0.035 0.001 0.009 0.004 0.002 0.471 0.068 62 I 0.118 0.007 0.043 0.003 0.001 0.001 0.030 0.001 0.010 0.003 0.002 0.020 0.764 63 V 0.095 0.016 0.189 0.133 0.004 0.001 0.018 0.001 0.010 0.015 0.017 0.383 0.119 64 F 0.046 0.013 0.140 0.026 0.029 0.005 0.006 0.001 0.007 0.094 0.128 0.060 0.445 65 D 0.008 0.002 0.110 0.150 0.046 0.007 0.001 0.001 0.002 0.246 0.325 0.065 0.037 66 K 0.026 0.003 0.188 0.075 0.029 0.005 0.004 0.001 0.006 0.238 0.222 0.067 0.135 67 F 0.209 0.011 0.117 0.002 0.002 0.002 0.029 0.003 0.012 0.036 0.006 0.257 0.314 68 V 0.440 0.009 0.027 0.003 0.001 0.001 0.058 0.003 0.009 0.004 0.001 0.143 0.301 69 I 0.356 0.004 0.044 0.022 0.001 0.005 0.058 0.004 0.014 0.004 0.002 0.260 0.228 70 S 0.224 0.003 0.060 0.209 0.003 0.009 0.036 0.002 0.012 0.026 0.018 0.154 0.244 71 G 0.214 0.002 0.084 0.030 0.006 0.011 0.020 0.001 0.007 0.068 0.041 0.252 0.265 72 T 0.290 0.007 0.079 0.018 0.010 0.032 0.037 0.003 0.010 0.018 0.016 0.175 0.306 73 I 0.276 0.013 0.054 0.053 0.018 0.043 0.058 0.005 0.027 0.012 0.018 0.116 0.306 74 S 0.269 0.002 0.102 0.225 0.014 0.039 0.032 0.005 0.010 0.035 0.032 0.078 0.157 75 Q 0.386 0.005 0.055 0.016 0.019 0.049 0.025 0.004 0.014 0.046 0.026 0.217 0.137 76 V 0.287 0.008 0.053 0.036 0.012 0.055 0.031 0.007 0.017 0.018 0.010 0.040 0.426 77 N 0.431 0.004 0.034 0.085 0.003 0.028 0.030 0.007 0.011 0.011 0.009 0.267 0.082 78 H 0.477 0.004 0.038 0.004 0.003 0.041 0.025 0.006 0.012 0.009 0.017 0.068 0.295 79 I 0.331 0.010 0.071 0.007 0.008 0.069 0.027 0.004 0.015 0.014 0.045 0.253 0.145 80 D 0.043 0.008 0.066 0.090 0.013 0.076 0.006 0.001 0.007 0.049 0.500 0.062 0.078 81 G 0.016 0.003 0.056 0.037 0.010 0.017 0.002 0.001 0.003 0.087 0.709 0.018 0.044 82 R 0.064 0.040 0.285 0.003 0.015 0.026 0.009 0.001 0.018 0.072 0.056 0.267 0.143 83 I 0.056 0.170 0.126 0.001 0.006 0.014 0.022 0.001 0.022 0.019 0.014 0.050 0.498 84 V 0.021 0.065 0.334 0.070 0.028 0.022 0.013 0.002 0.010 0.068 0.222 0.072 0.075 85 N 0.003 0.015 0.297 0.009 0.014 0.005 0.001 0.001 0.003 0.415 0.191 0.022 0.025 86 E 0.001 0.008 0.543 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.393 0.023 0.011 0.009 87 P 0.001 0.006 0.143 0.002 0.278 0.019 0.001 0.001 0.001 0.107 0.430 0.002 0.013 88 S 0.003 0.010 0.086 0.002 0.382 0.016 0.001 0.001 0.001 0.123 0.362 0.008 0.008 89 E 0.004 0.029 0.231 0.002 0.387 0.029 0.001 0.001 0.001 0.093 0.194 0.005 0.025 90 L 0.002 0.069 0.510 0.001 0.042 0.032 0.001 0.001 0.001 0.233 0.080 0.018 0.011 91 N 0.001 0.008 0.857 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.070 0.017 0.002 0.013 92 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.014 0.858 0.001 0.001 0.001 0.008 0.108 0.001 0.001 99 A 0.001 0.002 0.027 0.001 0.006 0.892 0.001 0.001 0.001 0.010 0.062 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.032 0.001 0.007 0.914 0.001 0.001 0.001 0.022 0.024 0.001 0.001 101 P 0.001 0.001 0.025 0.001 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.001 102 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 107 N 0.001 0.001 0.006 0.003 0.010 0.930 0.001 0.001 0.002 0.010 0.034 0.001 0.001 108 R 0.002 0.001 0.011 0.003 0.011 0.856 0.001 0.001 0.003 0.026 0.082 0.001 0.004 109 L 0.004 0.002 0.033 0.001 0.008 0.851 0.002 0.003 0.018 0.016 0.045 0.013 0.005 110 T 0.017 0.008 0.090 0.002 0.002 0.620 0.014 0.019 0.074 0.024 0.019 0.007 0.105 111 Y 0.014 0.003 0.047 0.001 0.001 0.765 0.007 0.008 0.042 0.014 0.008 0.081 0.011 112 E 0.023 0.002 0.026 0.001 0.001 0.853 0.005 0.006 0.020 0.008 0.016 0.005 0.033 113 V 0.040 0.004 0.027 0.004 0.003 0.827 0.009 0.002 0.010 0.007 0.016 0.012 0.038 114 T 0.023 0.002 0.035 0.007 0.006 0.867 0.002 0.001 0.003 0.009 0.015 0.012 0.019 115 E 0.031 0.002 0.017 0.002 0.021 0.838 0.003 0.001 0.004 0.012 0.028 0.016 0.025 116 I 0.021 0.002 0.023 0.002 0.047 0.808 0.003 0.001 0.001 0.020 0.049 0.005 0.018 117 A 0.057 0.007 0.033 0.004 0.069 0.596 0.005 0.004 0.003 0.013 0.147 0.027 0.035 118 L 0.059 0.024 0.035 0.003 0.028 0.385 0.007 0.005 0.003 0.036 0.364 0.020 0.030 119 D 0.028 0.019 0.261 0.005 0.018 0.180 0.003 0.001 0.003 0.160 0.276 0.010 0.036 120 L 0.001 0.007 0.485 0.003 0.010 0.028 0.001 0.001 0.001 0.361 0.078 0.021 0.004 121 P 0.001 0.002 0.143 0.003 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.088 0.735 0.001 0.005 122 G 0.009 0.016 0.105 0.015 0.033 0.003 0.002 0.001 0.004 0.153 0.615 0.027 0.017 123 I 0.046 0.052 0.478 0.002 0.018 0.004 0.011 0.002 0.050 0.086 0.021 0.081 0.149 124 N 0.053 0.047 0.372 0.050 0.013 0.006 0.032 0.005 0.065 0.039 0.020 0.050 0.247 125 L 0.091 0.022 0.279 0.027 0.023 0.007 0.048 0.011 0.048 0.047 0.052 0.202 0.142 126 E 0.044 0.019 0.397 0.011 0.013 0.006 0.025 0.011 0.065 0.080 0.066 0.085 0.179 127 F 0.004 0.017 0.755 0.009 0.006 0.004 0.004 0.003 0.028 0.059 0.012 0.047 0.051