# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0383/T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.058 0.089 0.110 0.142 0.006 0.125 0.013 0.023 0.010 0.005 0.076 0.128 0.176 0.004 0.020 0.014 2 N 0.022 0.140 0.136 0.159 0.002 0.092 0.007 0.010 0.015 0.006 0.075 0.104 0.184 0.003 0.009 0.034 3 A 0.043 0.095 0.220 0.382 0.001 0.017 0.004 0.004 0.007 0.001 0.029 0.037 0.123 0.002 0.007 0.028 4 M 0.017 0.012 0.440 0.391 0.002 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.087 0.001 0.002 0.010 5 N 0.012 0.023 0.151 0.499 0.016 0.125 0.005 0.003 0.001 0.002 0.011 0.008 0.132 0.003 0.001 0.008 6 L 0.005 0.036 0.019 0.293 0.060 0.327 0.019 0.006 0.001 0.001 0.082 0.017 0.120 0.009 0.002 0.003 7 K 0.003 0.281 0.038 0.247 0.024 0.074 0.012 0.048 0.006 0.002 0.063 0.074 0.093 0.006 0.018 0.011 8 R 0.019 0.098 0.079 0.279 0.009 0.062 0.015 0.027 0.036 0.022 0.039 0.054 0.151 0.007 0.019 0.085 9 E 0.070 0.080 0.230 0.108 0.003 0.147 0.010 0.009 0.008 0.009 0.048 0.046 0.186 0.002 0.014 0.029 10 Q 0.048 0.046 0.130 0.085 0.004 0.161 0.009 0.007 0.005 0.004 0.247 0.047 0.182 0.004 0.003 0.018 11 E 0.020 0.176 0.082 0.226 0.002 0.040 0.003 0.005 0.003 0.001 0.073 0.215 0.144 0.001 0.003 0.006 12 F 0.009 0.046 0.085 0.238 0.007 0.127 0.011 0.002 0.007 0.002 0.023 0.076 0.338 0.004 0.002 0.024 13 V 0.006 0.060 0.116 0.171 0.005 0.107 0.019 0.004 0.001 0.001 0.037 0.033 0.431 0.002 0.003 0.004 14 S 0.003 0.159 0.064 0.267 0.003 0.064 0.006 0.009 0.003 0.001 0.028 0.065 0.305 0.002 0.007 0.014 15 Q 0.018 0.021 0.093 0.550 0.007 0.017 0.006 0.006 0.006 0.002 0.041 0.010 0.164 0.016 0.008 0.035 16 Y 0.024 0.020 0.368 0.280 0.006 0.031 0.010 0.006 0.002 0.002 0.010 0.018 0.187 0.004 0.014 0.018 17 H 0.012 0.049 0.103 0.431 0.028 0.095 0.020 0.005 0.004 0.003 0.025 0.010 0.161 0.014 0.003 0.037 18 F 0.023 0.067 0.053 0.511 0.015 0.110 0.008 0.026 0.003 0.002 0.029 0.024 0.106 0.004 0.010 0.009 19 D 0.007 0.069 0.041 0.126 0.021 0.442 0.013 0.012 0.011 0.017 0.045 0.050 0.119 0.005 0.004 0.016 20 A 0.019 0.072 0.032 0.081 0.038 0.065 0.031 0.018 0.005 0.003 0.424 0.053 0.117 0.023 0.009 0.012 21 R 0.012 0.172 0.112 0.104 0.004 0.039 0.014 0.056 0.012 0.005 0.032 0.223 0.098 0.014 0.078 0.025 22 N 0.026 0.049 0.158 0.092 0.003 0.091 0.024 0.006 0.028 0.017 0.021 0.042 0.261 0.005 0.037 0.142 23 F 0.099 0.037 0.173 0.084 0.004 0.072 0.017 0.005 0.005 0.004 0.197 0.035 0.215 0.005 0.006 0.041 24 E 0.034 0.170 0.194 0.153 0.003 0.062 0.007 0.009 0.003 0.002 0.039 0.164 0.134 0.004 0.005 0.015 25 W 0.012 0.037 0.094 0.180 0.032 0.219 0.045 0.005 0.008 0.004 0.046 0.050 0.218 0.026 0.005 0.020 26 E 0.006 0.127 0.132 0.164 0.009 0.076 0.023 0.028 0.002 0.001 0.084 0.047 0.244 0.004 0.042 0.012 27 N 0.008 0.026 0.036 0.049 0.023 0.152 0.012 0.015 0.017 0.018 0.100 0.104 0.385 0.007 0.006 0.042 28 E 0.006 0.003 0.004 0.002 0.062 0.002 0.099 0.002 0.001 0.001 0.026 0.005 0.011 0.775 0.001 0.002 29 N 0.001 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.901 0.001 30 G 0.002 0.003 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.021 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.835 31 A 0.962 0.001 0.015 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 32 P 0.010 0.055 0.424 0.096 0.005 0.361 0.002 0.008 0.001 0.002 0.015 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 33 E 0.007 0.196 0.031 0.523 0.022 0.081 0.004 0.006 0.008 0.002 0.090 0.014 0.008 0.004 0.001 0.004 34 T 0.011 0.142 0.107 0.625 0.002 0.017 0.002 0.020 0.005 0.001 0.009 0.041 0.008 0.001 0.008 0.001 35 K 0.006 0.016 0.346 0.557 0.002 0.011 0.002 0.002 0.011 0.003 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.028 36 V 0.054 0.009 0.153 0.766 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 37 D 0.004 0.014 0.076 0.772 0.022 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 38 V 0.002 0.030 0.011 0.813 0.019 0.085 0.001 0.010 0.001 0.001 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.116 0.011 0.305 0.019 0.443 0.001 0.022 0.008 0.007 0.027 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 40 F 0.007 0.040 0.019 0.240 0.007 0.081 0.002 0.029 0.009 0.005 0.490 0.025 0.039 0.001 0.003 0.003 41 Q 0.013 0.126 0.071 0.190 0.007 0.055 0.006 0.008 0.012 0.004 0.039 0.374 0.077 0.003 0.005 0.009 42 L 0.029 0.035 0.118 0.241 0.018 0.093 0.027 0.009 0.006 0.003 0.045 0.038 0.274 0.014 0.011 0.037 43 L 0.009 0.086 0.254 0.208 0.017 0.086 0.030 0.018 0.003 0.003 0.039 0.040 0.169 0.006 0.014 0.018 44 Q 0.016 0.069 0.078 0.136 0.034 0.205 0.035 0.031 0.011 0.012 0.054 0.039 0.203 0.024 0.013 0.039 45 H 0.028 0.092 0.097 0.153 0.007 0.068 0.014 0.048 0.014 0.008 0.178 0.048 0.167 0.011 0.036 0.031 46 D 0.020 0.050 0.056 0.051 0.004 0.175 0.009 0.009 0.013 0.011 0.068 0.188 0.295 0.003 0.016 0.031 47 Q 0.032 0.025 0.033 0.013 0.018 0.056 0.029 0.005 0.003 0.002 0.340 0.077 0.303 0.037 0.003 0.024 48 E 0.019 0.072 0.083 0.023 0.011 0.027 0.052 0.036 0.004 0.001 0.073 0.241 0.195 0.064 0.088 0.011 49 N 0.007 0.050 0.144 0.045 0.002 0.016 0.020 0.027 0.016 0.007 0.017 0.041 0.310 0.003 0.165 0.132 50 Q 0.091 0.047 0.144 0.094 0.001 0.021 0.009 0.003 0.029 0.008 0.019 0.015 0.167 0.002 0.005 0.344 51 V 0.226 0.026 0.324 0.097 0.002 0.166 0.010 0.002 0.003 0.001 0.014 0.019 0.099 0.001 0.002 0.008 52 T 0.007 0.478 0.258 0.157 0.001 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 0.030 0.001 0.001 0.003 53 S 0.003 0.021 0.065 0.870 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.010 0.001 0.001 0.003 54 L 0.004 0.003 0.388 0.564 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.016 0.046 0.931 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.032 0.013 0.924 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.001 0.013 0.002 0.971 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 S 0.001 0.016 0.020 0.955 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.002 0.003 0.016 0.973 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 M 0.001 0.004 0.027 0.954 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.001 0.008 0.006 0.833 0.055 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.001 0.068 0.004 0.405 0.208 0.267 0.002 0.020 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.003 0.200 0.006 0.218 0.075 0.226 0.006 0.110 0.017 0.013 0.096 0.019 0.004 0.003 0.003 0.001 65 D 0.011 0.256 0.040 0.150 0.004 0.100 0.005 0.113 0.079 0.037 0.087 0.073 0.011 0.001 0.022 0.008 66 K 0.075 0.216 0.185 0.243 0.001 0.004 0.002 0.004 0.115 0.006 0.016 0.027 0.011 0.001 0.005 0.090 67 F 0.194 0.005 0.499 0.233 0.003 0.021 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.013 0.001 0.001 0.009 68 V 0.011 0.037 0.499 0.343 0.028 0.051 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 0.002 69 I 0.002 0.030 0.009 0.522 0.255 0.119 0.015 0.009 0.001 0.002 0.015 0.006 0.007 0.007 0.001 0.001 70 S 0.004 0.129 0.040 0.433 0.010 0.042 0.002 0.252 0.021 0.004 0.018 0.010 0.010 0.001 0.022 0.003 71 G 0.022 0.026 0.047 0.443 0.006 0.046 0.002 0.011 0.143 0.124 0.057 0.017 0.020 0.001 0.001 0.035 72 T 0.231 0.082 0.125 0.339 0.027 0.072 0.007 0.004 0.004 0.002 0.032 0.049 0.021 0.002 0.001 0.004 73 I 0.007 0.042 0.132 0.472 0.012 0.207 0.005 0.019 0.002 0.001 0.040 0.019 0.032 0.002 0.003 0.002 74 S 0.003 0.407 0.051 0.411 0.001 0.053 0.001 0.005 0.006 0.002 0.006 0.029 0.019 0.001 0.002 0.003 75 Q 0.011 0.030 0.031 0.841 0.001 0.024 0.001 0.002 0.003 0.001 0.028 0.004 0.019 0.001 0.001 0.005 76 V 0.016 0.012 0.445 0.439 0.011 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.025 0.003 0.001 0.002 77 N 0.002 0.023 0.098 0.825 0.006 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.001 0.002 0.002 78 H 0.002 0.014 0.019 0.779 0.043 0.101 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.019 0.001 0.001 0.009 79 I 0.007 0.025 0.018 0.187 0.579 0.078 0.053 0.008 0.001 0.002 0.017 0.002 0.008 0.015 0.001 0.001 80 D 0.001 0.100 0.010 0.095 0.007 0.109 0.001 0.594 0.006 0.005 0.019 0.014 0.005 0.001 0.029 0.002 81 G 0.008 0.068 0.016 0.124 0.005 0.053 0.004 0.014 0.306 0.131 0.139 0.032 0.030 0.002 0.005 0.063 82 R 0.415 0.090 0.073 0.091 0.005 0.029 0.008 0.005 0.009 0.003 0.051 0.147 0.052 0.002 0.008 0.013 83 I 0.034 0.023 0.286 0.050 0.054 0.118 0.116 0.007 0.004 0.005 0.046 0.070 0.064 0.089 0.007 0.026 84 V 0.013 0.199 0.149 0.127 0.014 0.083 0.029 0.074 0.007 0.002 0.056 0.042 0.073 0.005 0.109 0.018 85 N 0.011 0.288 0.127 0.271 0.001 0.008 0.004 0.009 0.052 0.018 0.007 0.021 0.025 0.001 0.005 0.152 86 E 0.148 0.008 0.099 0.091 0.003 0.530 0.006 0.002 0.004 0.010 0.007 0.027 0.056 0.001 0.002 0.006 87 P 0.004 0.018 0.051 0.013 0.003 0.188 0.003 0.004 0.001 0.001 0.656 0.009 0.046 0.002 0.001 0.001 88 S 0.002 0.145 0.005 0.035 0.001 0.009 0.001 0.003 0.002 0.001 0.045 0.728 0.021 0.001 0.002 0.001 89 E 0.017 0.031 0.092 0.092 0.009 0.052 0.034 0.002 0.019 0.002 0.020 0.083 0.431 0.020 0.010 0.087 90 L 0.008 0.035 0.689 0.055 0.001 0.004 0.015 0.006 0.001 0.001 0.012 0.009 0.131 0.001 0.017 0.014 91 N 0.004 0.005 0.019 0.013 0.001 0.688 0.001 0.006 0.002 0.011 0.006 0.029 0.204 0.001 0.003 0.009 92 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.847 0.005 0.116 0.001 0.001 0.001 93 E 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.901 0.067 0.001 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.969 0.001 0.001 0.003 95 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.978 0.001 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 102 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.004 0.001 0.007 106 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.003 0.001 107 N 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.001 0.004 0.011 108 R 0.018 0.008 0.026 0.046 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.627 0.030 0.016 0.205 109 L 0.024 0.007 0.269 0.028 0.002 0.018 0.048 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.518 0.012 0.019 0.043 110 T 0.017 0.189 0.209 0.193 0.002 0.031 0.012 0.003 0.002 0.001 0.012 0.007 0.248 0.004 0.009 0.062 111 Y 0.040 0.047 0.113 0.599 0.002 0.033 0.005 0.002 0.002 0.002 0.010 0.016 0.100 0.001 0.003 0.027 112 E 0.016 0.073 0.258 0.374 0.006 0.168 0.004 0.002 0.002 0.002 0.013 0.010 0.061 0.001 0.001 0.010 113 V 0.006 0.016 0.024 0.259 0.002 0.431 0.001 0.004 0.001 0.001 0.161 0.014 0.077 0.001 0.001 0.001 114 T 0.001 0.738 0.012 0.053 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.152 0.020 0.001 0.001 0.001 115 E 0.003 0.003 0.024 0.633 0.002 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.186 0.004 0.114 0.002 0.001 0.003 116 I 0.002 0.032 0.446 0.157 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.305 0.001 0.003 0.002 117 A 0.002 0.008 0.013 0.757 0.021 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.126 0.017 0.001 0.016 118 L 0.006 0.053 0.041 0.439 0.035 0.187 0.021 0.012 0.001 0.001 0.005 0.008 0.169 0.004 0.012 0.006 119 D 0.005 0.201 0.059 0.375 0.026 0.106 0.010 0.020 0.016 0.019 0.016 0.008 0.066 0.005 0.005 0.064 120 L 0.040 0.028 0.039 0.134 0.340 0.068 0.133 0.010 0.007 0.007 0.050 0.011 0.018 0.098 0.005 0.011 121 P 0.018 0.096 0.139 0.090 0.002 0.023 0.006 0.338 0.004 0.003 0.033 0.014 0.021 0.002 0.201 0.008 122 G 0.014 0.058 0.042 0.183 0.002 0.016 0.004 0.002 0.372 0.055 0.006 0.015 0.013 0.001 0.002 0.215 123 I 0.643 0.024 0.083 0.213 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.001 0.001 0.003 124 N 0.008 0.028 0.465 0.325 0.008 0.136 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.003 125 L 0.006 0.030 0.047 0.754 0.034 0.045 0.002 0.005 0.002 0.002 0.059 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 126 E 0.006 0.080 0.035 0.417 0.239 0.114 0.015 0.009 0.006 0.004 0.012 0.042 0.008 0.009 0.001 0.002 127 F 0.007 0.047 0.050 0.253 0.151 0.129 0.025 0.150 0.009 0.009 0.079 0.014 0.037 0.009 0.024 0.007