# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.075 0.180 0.008 0.020 0.035 0.053 0.107 0.010 0.003 0.101 0.409 2 N 0.087 0.337 0.003 0.019 0.045 0.093 0.070 0.013 0.001 0.051 0.282 3 A 0.098 0.226 0.011 0.027 0.048 0.080 0.064 0.011 0.004 0.047 0.385 4 M 0.049 0.182 0.006 0.033 0.111 0.144 0.075 0.007 0.003 0.031 0.359 5 N 0.060 0.149 0.011 0.021 0.062 0.117 0.081 0.009 0.006 0.050 0.434 6 L 0.201 0.045 0.017 0.020 0.067 0.070 0.068 0.014 0.007 0.047 0.443 7 K 0.179 0.047 0.003 0.027 0.040 0.065 0.082 0.007 0.002 0.044 0.503 8 R 0.035 0.035 0.002 0.016 0.021 0.036 0.083 0.003 0.001 0.023 0.745 9 E 0.045 0.130 0.004 0.026 0.029 0.032 0.087 0.011 0.001 0.021 0.615 10 Q 0.028 0.027 0.002 0.038 0.132 0.105 0.090 0.006 0.001 0.108 0.464 11 E 0.009 0.100 0.004 0.075 0.086 0.169 0.067 0.004 0.001 0.090 0.393 12 F 0.068 0.079 0.011 0.091 0.121 0.133 0.070 0.009 0.003 0.087 0.329 13 V 0.027 0.071 0.008 0.182 0.130 0.143 0.074 0.007 0.003 0.061 0.294 14 S 0.047 0.041 0.002 0.090 0.092 0.196 0.072 0.006 0.001 0.070 0.384 15 Q 0.020 0.015 0.003 0.117 0.092 0.138 0.073 0.004 0.001 0.047 0.489 16 Y 0.009 0.016 0.002 0.070 0.157 0.285 0.089 0.002 0.001 0.038 0.331 17 H 0.038 0.021 0.007 0.055 0.158 0.199 0.081 0.002 0.003 0.082 0.353 18 F 0.034 0.013 0.005 0.082 0.128 0.145 0.108 0.008 0.003 0.063 0.410 19 D 0.364 0.033 0.002 0.025 0.038 0.065 0.075 0.010 0.002 0.081 0.305 20 A 0.143 0.022 0.003 0.027 0.019 0.030 0.096 0.002 0.001 0.039 0.617 21 R 0.006 0.011 0.001 0.012 0.017 0.045 0.107 0.004 0.001 0.013 0.783 22 N 0.181 0.139 0.004 0.012 0.028 0.034 0.088 0.010 0.002 0.043 0.459 23 F 0.200 0.064 0.003 0.012 0.040 0.041 0.082 0.017 0.001 0.083 0.457 24 E 0.042 0.060 0.002 0.010 0.024 0.056 0.100 0.003 0.001 0.035 0.666 25 W 0.097 0.111 0.012 0.015 0.043 0.089 0.076 0.004 0.004 0.038 0.511 26 E 0.131 0.042 0.015 0.012 0.034 0.047 0.098 0.009 0.008 0.059 0.544 27 N 0.278 0.020 0.002 0.004 0.023 0.033 0.053 0.021 0.001 0.042 0.522 28 E 0.163 0.002 0.001 0.004 0.008 0.015 0.066 0.002 0.001 0.032 0.707 29 N 0.003 0.001 0.001 0.010 0.035 0.072 0.108 0.001 0.001 0.014 0.757 30 G 0.010 0.001 0.001 0.018 0.026 0.047 0.099 0.001 0.001 0.032 0.766 31 A 0.003 0.001 0.001 0.020 0.313 0.147 0.089 0.003 0.001 0.067 0.356 32 P 0.013 0.001 0.001 0.053 0.088 0.166 0.105 0.002 0.001 0.062 0.510 33 E 0.009 0.001 0.001 0.088 0.079 0.115 0.064 0.001 0.001 0.032 0.610 34 T 0.005 0.001 0.001 0.147 0.227 0.212 0.046 0.001 0.001 0.052 0.309 35 K 0.003 0.001 0.001 0.076 0.128 0.176 0.078 0.002 0.001 0.035 0.501 36 V 0.002 0.001 0.001 0.157 0.266 0.154 0.041 0.001 0.001 0.013 0.366 37 D 0.034 0.008 0.002 0.208 0.145 0.120 0.069 0.001 0.001 0.020 0.392 38 V 0.009 0.003 0.001 0.056 0.091 0.077 0.063 0.009 0.001 0.013 0.677 39 N 0.249 0.218 0.002 0.051 0.023 0.031 0.064 0.019 0.002 0.018 0.322 40 F 0.209 0.203 0.006 0.034 0.018 0.032 0.054 0.010 0.002 0.024 0.409 41 Q 0.039 0.253 0.004 0.021 0.063 0.094 0.058 0.004 0.002 0.019 0.443 42 L 0.071 0.321 0.012 0.014 0.071 0.066 0.062 0.006 0.004 0.016 0.356 43 L 0.124 0.447 0.005 0.005 0.040 0.028 0.037 0.017 0.002 0.012 0.283 44 Q 0.178 0.380 0.002 0.003 0.020 0.026 0.037 0.010 0.001 0.018 0.325 45 H 0.039 0.238 0.015 0.008 0.014 0.030 0.050 0.004 0.005 0.038 0.560 46 D 0.086 0.271 0.027 0.007 0.023 0.040 0.052 0.009 0.007 0.080 0.398 47 Q 0.248 0.150 0.008 0.005 0.033 0.025 0.044 0.013 0.003 0.075 0.394 48 E 0.080 0.021 0.003 0.011 0.011 0.017 0.085 0.002 0.001 0.054 0.715 49 N 0.023 0.017 0.002 0.024 0.032 0.055 0.121 0.002 0.001 0.080 0.644 50 Q 0.029 0.014 0.002 0.030 0.032 0.053 0.164 0.003 0.001 0.070 0.601 51 V 0.011 0.018 0.002 0.052 0.075 0.097 0.142 0.003 0.001 0.052 0.548 52 T 0.004 0.015 0.001 0.123 0.135 0.256 0.075 0.001 0.001 0.092 0.298 53 S 0.002 0.005 0.001 0.136 0.156 0.289 0.046 0.001 0.001 0.127 0.238 54 L 0.001 0.005 0.001 0.208 0.282 0.299 0.023 0.001 0.001 0.062 0.118 55 I 0.002 0.002 0.001 0.197 0.259 0.322 0.022 0.001 0.001 0.079 0.115 56 V 0.002 0.001 0.001 0.169 0.342 0.341 0.012 0.001 0.001 0.068 0.064 57 I 0.010 0.002 0.001 0.198 0.212 0.329 0.039 0.001 0.001 0.058 0.149 58 L 0.007 0.002 0.001 0.116 0.284 0.343 0.044 0.002 0.001 0.033 0.169 59 S 0.005 0.002 0.001 0.095 0.236 0.416 0.038 0.001 0.001 0.040 0.166 60 F 0.006 0.001 0.001 0.102 0.227 0.278 0.054 0.001 0.001 0.038 0.293 61 M 0.005 0.001 0.002 0.119 0.271 0.341 0.052 0.001 0.001 0.045 0.163 62 I 0.024 0.001 0.005 0.132 0.133 0.212 0.074 0.002 0.004 0.067 0.347 63 V 0.252 0.003 0.003 0.061 0.076 0.115 0.075 0.008 0.003 0.086 0.318 64 F 0.096 0.003 0.001 0.021 0.008 0.017 0.103 0.003 0.001 0.040 0.706 65 D 0.009 0.002 0.001 0.025 0.025 0.055 0.148 0.005 0.001 0.032 0.699 66 K 0.009 0.003 0.001 0.067 0.076 0.123 0.140 0.002 0.001 0.066 0.513 67 F 0.005 0.006 0.001 0.099 0.182 0.211 0.083 0.001 0.001 0.065 0.346 68 V 0.011 0.008 0.002 0.103 0.164 0.170 0.064 0.001 0.001 0.132 0.344 69 I 0.011 0.035 0.002 0.089 0.132 0.205 0.074 0.004 0.001 0.082 0.366 70 S 0.061 0.040 0.003 0.072 0.069 0.126 0.066 0.004 0.002 0.275 0.282 71 G 0.022 0.037 0.010 0.069 0.100 0.177 0.087 0.005 0.005 0.184 0.303 72 T 0.116 0.098 0.003 0.033 0.096 0.167 0.088 0.008 0.002 0.076 0.315 73 I 0.057 0.060 0.007 0.070 0.129 0.189 0.076 0.008 0.003 0.128 0.274 74 S 0.020 0.098 0.002 0.039 0.104 0.205 0.098 0.007 0.001 0.069 0.356 75 Q 0.036 0.059 0.004 0.047 0.153 0.274 0.062 0.009 0.001 0.084 0.271 76 V 0.018 0.034 0.004 0.056 0.186 0.261 0.062 0.001 0.001 0.051 0.326 77 N 0.013 0.023 0.011 0.066 0.196 0.315 0.075 0.002 0.006 0.087 0.207 78 H 0.109 0.038 0.023 0.061 0.116 0.162 0.068 0.011 0.015 0.067 0.328 79 I 0.624 0.021 0.002 0.010 0.030 0.036 0.037 0.010 0.002 0.028 0.199 80 D 0.040 0.022 0.001 0.023 0.025 0.056 0.094 0.007 0.001 0.023 0.707 81 G 0.021 0.012 0.004 0.028 0.012 0.044 0.086 0.003 0.001 0.023 0.765 82 R 0.023 0.016 0.001 0.058 0.276 0.258 0.070 0.009 0.001 0.059 0.230 83 I 0.022 0.003 0.001 0.052 0.053 0.076 0.087 0.001 0.001 0.046 0.660 84 V 0.006 0.003 0.001 0.128 0.140 0.108 0.091 0.001 0.001 0.032 0.490 85 N 0.008 0.005 0.001 0.053 0.036 0.063 0.150 0.001 0.001 0.024 0.657 86 E 0.192 0.051 0.003 0.024 0.030 0.033 0.120 0.040 0.003 0.092 0.412 87 P 0.315 0.088 0.003 0.013 0.004 0.006 0.080 0.013 0.002 0.087 0.388 88 S 0.095 0.063 0.001 0.016 0.018 0.040 0.119 0.009 0.001 0.058 0.581 89 E 0.081 0.050 0.002 0.026 0.020 0.043 0.109 0.002 0.001 0.044 0.623 90 L 0.010 0.114 0.003 0.041 0.063 0.042 0.104 0.003 0.001 0.029 0.590 91 N 0.038 0.821 0.001 0.003 0.007 0.008 0.017 0.011 0.001 0.003 0.092 92 Q 0.100 0.762 0.002 0.003 0.002 0.002 0.011 0.015 0.001 0.013 0.090 93 E 0.037 0.266 0.009 0.007 0.005 0.008 0.038 0.005 0.004 0.404 0.217 94 E 0.046 0.560 0.015 0.004 0.004 0.008 0.037 0.009 0.005 0.201 0.112 95 V 0.261 0.279 0.045 0.008 0.008 0.010 0.038 0.051 0.017 0.097 0.185 96 E 0.239 0.240 0.005 0.013 0.006 0.011 0.055 0.011 0.003 0.043 0.373 97 T 0.054 0.041 0.001 0.008 0.005 0.013 0.089 0.002 0.001 0.081 0.706 98 L 0.008 0.132 0.006 0.012 0.003 0.008 0.102 0.005 0.001 0.104 0.620 99 A 0.036 0.740 0.002 0.002 0.001 0.002 0.026 0.005 0.001 0.036 0.150 100 R 0.030 0.776 0.003 0.004 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.068 0.098 101 P 0.006 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.023 0.030 102 C 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 103 L 0.013 0.693 0.002 0.005 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.242 0.031 104 N 0.016 0.666 0.011 0.007 0.002 0.005 0.018 0.003 0.003 0.209 0.060 105 M 0.041 0.773 0.007 0.005 0.002 0.002 0.018 0.008 0.001 0.063 0.080 106 L 0.059 0.202 0.044 0.029 0.007 0.016 0.066 0.008 0.017 0.407 0.146 107 N 0.041 0.344 0.002 0.021 0.013 0.032 0.099 0.004 0.001 0.093 0.349 108 R 0.015 0.057 0.009 0.024 0.014 0.032 0.115 0.003 0.003 0.173 0.556 109 L 0.022 0.111 0.006 0.066 0.076 0.086 0.143 0.005 0.001 0.120 0.363 110 T 0.012 0.017 0.001 0.057 0.031 0.097 0.055 0.001 0.001 0.507 0.221 111 Y 0.008 0.067 0.004 0.082 0.125 0.090 0.057 0.002 0.001 0.116 0.448 112 E 0.047 0.092 0.006 0.196 0.134 0.157 0.062 0.009 0.002 0.104 0.191 113 V 0.032 0.081 0.006 0.121 0.124 0.154 0.058 0.010 0.002 0.082 0.331 114 T 0.048 0.062 0.003 0.153 0.115 0.140 0.066 0.008 0.002 0.093 0.310 115 E 0.050 0.056 0.005 0.157 0.082 0.143 0.090 0.011 0.003 0.087 0.317 116 I 0.021 0.017 0.003 0.235 0.082 0.136 0.096 0.003 0.002 0.058 0.347 117 A 0.053 0.007 0.004 0.136 0.117 0.142 0.101 0.001 0.002 0.087 0.348 118 L 0.005 0.002 0.003 0.110 0.048 0.101 0.132 0.001 0.002 0.040 0.555 119 D 0.266 0.023 0.005 0.052 0.030 0.050 0.114 0.012 0.005 0.079 0.362 120 L 0.277 0.017 0.006 0.029 0.006 0.010 0.121 0.008 0.003 0.106 0.418 121 P 0.021 0.007 0.001 0.027 0.015 0.032 0.142 0.004 0.001 0.042 0.708 122 G 0.027 0.006 0.001 0.079 0.038 0.082 0.131 0.003 0.001 0.078 0.554 123 I 0.016 0.003 0.001 0.164 0.100 0.098 0.105 0.004 0.001 0.088 0.421 124 N 0.041 0.005 0.002 0.211 0.060 0.108 0.100 0.002 0.001 0.079 0.390 125 L 0.029 0.002 0.001 0.141 0.092 0.121 0.094 0.003 0.001 0.065 0.453 126 E 0.018 0.004 0.001 0.121 0.033 0.068 0.147 0.001 0.001 0.039 0.567 127 F 0.029 0.004 0.002 0.072 0.042 0.073 0.172 0.007 0.001 0.042 0.555