# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.050 0.104 0.016 0.021 0.034 0.086 0.071 0.618 2 N 0.048 0.284 0.016 0.038 0.066 0.082 0.076 0.391 3 A 0.068 0.240 0.023 0.033 0.058 0.092 0.052 0.435 4 M 0.047 0.120 0.052 0.096 0.096 0.088 0.090 0.411 5 N 0.075 0.181 0.039 0.060 0.075 0.076 0.096 0.399 6 L 0.099 0.133 0.039 0.037 0.046 0.070 0.090 0.485 7 K 0.082 0.117 0.031 0.049 0.053 0.098 0.058 0.513 8 R 0.056 0.133 0.011 0.016 0.024 0.057 0.068 0.636 9 E 0.062 0.387 0.009 0.014 0.023 0.063 0.056 0.386 10 Q 0.026 0.186 0.031 0.042 0.062 0.067 0.217 0.369 11 E 0.013 0.134 0.050 0.098 0.095 0.101 0.199 0.309 12 F 0.073 0.174 0.079 0.066 0.087 0.063 0.183 0.275 13 V 0.173 0.121 0.057 0.057 0.062 0.083 0.113 0.333 14 S 0.082 0.098 0.033 0.036 0.064 0.070 0.074 0.543 15 Q 0.018 0.050 0.038 0.026 0.053 0.123 0.039 0.654 16 Y 0.024 0.091 0.103 0.083 0.124 0.126 0.061 0.387 17 H 0.064 0.102 0.090 0.083 0.114 0.092 0.104 0.351 18 F 0.056 0.060 0.106 0.091 0.091 0.078 0.138 0.380 19 D 0.176 0.105 0.053 0.058 0.068 0.086 0.108 0.348 20 A 0.104 0.056 0.029 0.030 0.036 0.109 0.036 0.601 21 R 0.025 0.058 0.018 0.018 0.035 0.091 0.025 0.730 22 N 0.154 0.255 0.009 0.012 0.022 0.074 0.039 0.436 23 F 0.053 0.155 0.024 0.048 0.041 0.115 0.120 0.443 24 E 0.089 0.232 0.015 0.031 0.034 0.090 0.069 0.440 25 W 0.256 0.121 0.021 0.029 0.037 0.064 0.197 0.274 26 E 0.086 0.028 0.029 0.041 0.048 0.105 0.120 0.542 27 N 0.515 0.015 0.006 0.014 0.023 0.035 0.036 0.355 28 E 0.088 0.003 0.005 0.012 0.016 0.102 0.018 0.755 29 N 0.005 0.001 0.009 0.012 0.038 0.121 0.010 0.803 30 G 0.015 0.001 0.008 0.015 0.038 0.095 0.026 0.801 31 A 0.057 0.004 0.023 0.076 0.039 0.111 0.078 0.611 32 P 0.094 0.010 0.040 0.064 0.089 0.094 0.052 0.558 33 E 0.024 0.003 0.030 0.036 0.091 0.070 0.038 0.708 34 T 0.014 0.003 0.103 0.149 0.227 0.077 0.034 0.392 35 K 0.008 0.003 0.062 0.096 0.206 0.072 0.034 0.519 36 V 0.009 0.009 0.078 0.146 0.165 0.086 0.026 0.481 37 D 0.034 0.035 0.109 0.144 0.174 0.077 0.039 0.388 38 V 0.053 0.114 0.061 0.091 0.097 0.069 0.044 0.470 39 N 0.098 0.452 0.037 0.045 0.058 0.038 0.040 0.231 40 F 0.105 0.337 0.057 0.064 0.065 0.041 0.068 0.264 41 Q 0.075 0.300 0.037 0.082 0.070 0.055 0.060 0.321 42 L 0.119 0.159 0.053 0.049 0.058 0.071 0.092 0.400 43 L 0.177 0.166 0.017 0.037 0.038 0.086 0.064 0.414 44 Q 0.144 0.139 0.007 0.016 0.020 0.047 0.049 0.577 45 H 0.031 0.061 0.006 0.010 0.014 0.073 0.067 0.739 46 D 0.146 0.138 0.011 0.023 0.020 0.081 0.147 0.434 47 Q 0.370 0.103 0.004 0.012 0.013 0.043 0.055 0.400 48 E 0.058 0.024 0.007 0.011 0.027 0.082 0.083 0.707 49 N 0.014 0.016 0.018 0.026 0.068 0.122 0.204 0.532 50 Q 0.019 0.030 0.023 0.072 0.117 0.101 0.137 0.500 51 V 0.025 0.042 0.041 0.088 0.141 0.087 0.055 0.521 52 T 0.013 0.035 0.074 0.138 0.365 0.067 0.068 0.240 53 S 0.004 0.016 0.098 0.202 0.442 0.030 0.061 0.146 54 L 0.003 0.010 0.093 0.320 0.443 0.018 0.046 0.067 55 I 0.002 0.004 0.119 0.326 0.366 0.017 0.076 0.090 56 V 0.002 0.004 0.087 0.433 0.394 0.012 0.031 0.037 57 I 0.007 0.005 0.139 0.180 0.412 0.028 0.051 0.177 58 L 0.012 0.004 0.072 0.408 0.349 0.025 0.031 0.100 59 S 0.011 0.005 0.086 0.220 0.410 0.034 0.041 0.192 60 F 0.009 0.005 0.072 0.177 0.315 0.051 0.036 0.336 61 M 0.006 0.002 0.090 0.395 0.334 0.028 0.028 0.118 62 I 0.014 0.002 0.089 0.173 0.192 0.058 0.069 0.403 63 V 0.072 0.004 0.098 0.127 0.162 0.073 0.093 0.371 64 F 0.150 0.003 0.030 0.033 0.043 0.074 0.048 0.620 65 D 0.041 0.003 0.020 0.036 0.067 0.083 0.031 0.719 66 K 0.003 0.001 0.060 0.044 0.202 0.096 0.029 0.564 67 F 0.002 0.001 0.091 0.205 0.422 0.050 0.037 0.191 68 V 0.005 0.002 0.104 0.329 0.260 0.036 0.040 0.225 69 I 0.007 0.006 0.111 0.274 0.231 0.039 0.044 0.288 70 S 0.016 0.020 0.127 0.144 0.263 0.057 0.098 0.275 71 G 0.023 0.046 0.134 0.185 0.219 0.061 0.124 0.206 72 T 0.043 0.149 0.074 0.137 0.210 0.064 0.063 0.259 73 I 0.034 0.090 0.040 0.143 0.313 0.044 0.129 0.206 74 S 0.015 0.060 0.036 0.184 0.374 0.042 0.115 0.175 75 Q 0.018 0.035 0.029 0.305 0.424 0.031 0.045 0.114 76 V 0.026 0.023 0.028 0.218 0.310 0.064 0.043 0.287 77 N 0.003 0.011 0.047 0.270 0.470 0.037 0.032 0.129 78 H 0.027 0.015 0.036 0.100 0.234 0.090 0.030 0.467 79 I 0.378 0.054 0.034 0.184 0.095 0.041 0.086 0.129 80 D 0.076 0.063 0.014 0.057 0.118 0.075 0.029 0.568 81 G 0.031 0.011 0.035 0.040 0.164 0.057 0.055 0.607 82 R 0.024 0.008 0.029 0.399 0.218 0.068 0.031 0.222 83 I 0.049 0.006 0.030 0.072 0.092 0.097 0.022 0.632 84 V 0.016 0.005 0.017 0.062 0.094 0.102 0.021 0.683 85 N 0.020 0.009 0.016 0.031 0.045 0.093 0.036 0.750 86 E 0.266 0.097 0.006 0.020 0.018 0.073 0.060 0.459 87 P 0.219 0.106 0.011 0.022 0.020 0.080 0.089 0.453 88 S 0.096 0.250 0.011 0.010 0.016 0.083 0.058 0.475 89 E 0.074 0.253 0.008 0.006 0.012 0.100 0.022 0.524 90 L 0.042 0.236 0.013 0.014 0.012 0.107 0.037 0.539 91 N 0.045 0.830 0.002 0.002 0.003 0.014 0.030 0.075 92 Q 0.098 0.791 0.002 0.001 0.002 0.012 0.036 0.058 93 E 0.017 0.370 0.024 0.017 0.013 0.049 0.307 0.204 94 E 0.035 0.510 0.010 0.006 0.009 0.040 0.216 0.175 95 V 0.143 0.421 0.013 0.005 0.008 0.035 0.249 0.125 96 E 0.108 0.496 0.010 0.010 0.018 0.041 0.073 0.246 97 T 0.053 0.139 0.007 0.004 0.007 0.063 0.159 0.569 98 L 0.009 0.359 0.014 0.016 0.012 0.105 0.118 0.366 99 A 0.034 0.648 0.007 0.003 0.006 0.038 0.076 0.188 100 R 0.047 0.692 0.006 0.006 0.003 0.020 0.162 0.065 101 P 0.007 0.897 0.010 0.002 0.003 0.010 0.031 0.038 102 C 0.016 0.928 0.004 0.001 0.001 0.004 0.025 0.020 103 L 0.027 0.597 0.043 0.005 0.003 0.013 0.270 0.041 104 N 0.025 0.679 0.051 0.006 0.006 0.020 0.135 0.078 105 M 0.145 0.501 0.053 0.003 0.006 0.034 0.109 0.148 106 L 0.147 0.107 0.128 0.010 0.008 0.056 0.301 0.242 107 N 0.075 0.120 0.020 0.007 0.010 0.061 0.062 0.644 108 R 0.012 0.078 0.018 0.003 0.006 0.073 0.018 0.792 109 L 0.017 0.166 0.081 0.047 0.060 0.174 0.065 0.389 110 T 0.027 0.156 0.042 0.025 0.062 0.069 0.393 0.226 111 Y 0.010 0.380 0.047 0.063 0.055 0.050 0.231 0.163 112 E 0.012 0.585 0.069 0.061 0.097 0.025 0.067 0.085 113 V 0.026 0.455 0.062 0.081 0.114 0.025 0.139 0.098 114 T 0.049 0.280 0.095 0.114 0.157 0.031 0.161 0.114 115 E 0.056 0.065 0.087 0.216 0.203 0.040 0.164 0.169 116 I 0.092 0.037 0.041 0.134 0.147 0.098 0.035 0.416 117 A 0.056 0.010 0.042 0.107 0.179 0.107 0.062 0.437 118 L 0.005 0.002 0.025 0.049 0.070 0.110 0.035 0.705 119 D 0.294 0.008 0.013 0.028 0.046 0.070 0.066 0.474 120 L 0.342 0.005 0.007 0.029 0.018 0.088 0.056 0.453 121 P 0.015 0.003 0.029 0.014 0.055 0.152 0.016 0.715 122 G 0.007 0.002 0.042 0.020 0.093 0.079 0.031 0.726 123 I 0.011 0.002 0.102 0.207 0.132 0.093 0.040 0.412 124 N 0.040 0.005 0.178 0.102 0.134 0.067 0.076 0.398 125 L 0.030 0.005 0.089 0.140 0.135 0.076 0.062 0.463 126 E 0.017 0.004 0.140 0.062 0.109 0.083 0.044 0.541 127 F 0.033 0.007 0.063 0.071 0.097 0.076 0.068 0.583