# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.033 0.018 0.028 0.024 0.040 0.091 0.007 0.759 2 N 0.060 0.040 0.029 0.038 0.059 0.167 0.012 0.595 3 A 0.184 0.054 0.027 0.030 0.096 0.209 0.010 0.391 4 M 0.147 0.161 0.041 0.115 0.139 0.130 0.014 0.252 5 N 0.178 0.163 0.034 0.115 0.122 0.129 0.021 0.238 6 L 0.136 0.164 0.040 0.080 0.138 0.048 0.010 0.384 7 K 0.091 0.164 0.028 0.127 0.247 0.090 0.013 0.241 8 R 0.064 0.179 0.032 0.103 0.129 0.079 0.025 0.390 9 E 0.080 0.177 0.041 0.056 0.109 0.080 0.027 0.430 10 Q 0.028 0.048 0.018 0.020 0.025 0.048 0.009 0.803 11 E 0.068 0.080 0.033 0.054 0.053 0.129 0.018 0.565 12 F 0.094 0.131 0.096 0.068 0.111 0.118 0.017 0.364 13 V 0.054 0.191 0.122 0.141 0.200 0.055 0.011 0.226 14 S 0.022 0.196 0.100 0.132 0.173 0.061 0.013 0.303 15 Q 0.079 0.107 0.083 0.090 0.144 0.062 0.026 0.407 16 Y 0.101 0.092 0.122 0.132 0.124 0.075 0.026 0.327 17 H 0.072 0.027 0.093 0.132 0.165 0.090 0.020 0.402 18 F 0.029 0.027 0.137 0.134 0.172 0.050 0.005 0.446 19 D 0.027 0.035 0.058 0.134 0.254 0.112 0.009 0.371 20 A 0.067 0.027 0.062 0.060 0.155 0.074 0.008 0.546 21 R 0.064 0.047 0.038 0.072 0.103 0.320 0.016 0.340 22 N 0.176 0.032 0.022 0.037 0.057 0.166 0.034 0.477 23 F 0.166 0.068 0.037 0.047 0.058 0.074 0.013 0.537 24 E 0.026 0.021 0.014 0.022 0.044 0.359 0.008 0.506 25 W 0.091 0.040 0.017 0.034 0.072 0.120 0.008 0.618 26 E 0.104 0.151 0.022 0.061 0.123 0.163 0.007 0.369 27 N 0.048 0.137 0.022 0.057 0.092 0.091 0.018 0.535 28 E 0.105 0.190 0.028 0.035 0.048 0.057 0.017 0.520 29 N 0.076 0.137 0.019 0.050 0.055 0.158 0.047 0.457 30 G 0.493 0.026 0.014 0.022 0.026 0.030 0.180 0.210 31 A 0.307 0.012 0.108 0.042 0.053 0.149 0.011 0.319 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 33 E 0.003 0.001 0.012 0.021 0.084 0.045 0.001 0.832 34 T 0.204 0.004 0.096 0.126 0.141 0.092 0.013 0.325 35 K 0.085 0.004 0.046 0.073 0.083 0.048 0.003 0.657 36 V 0.038 0.005 0.159 0.149 0.218 0.043 0.002 0.387 37 D 0.010 0.004 0.069 0.092 0.126 0.082 0.002 0.614 38 V 0.024 0.007 0.059 0.075 0.172 0.066 0.003 0.592 39 N 0.021 0.018 0.059 0.077 0.160 0.226 0.005 0.434 40 F 0.077 0.023 0.037 0.043 0.083 0.114 0.011 0.611 41 Q 0.075 0.084 0.042 0.047 0.066 0.264 0.011 0.412 42 L 0.099 0.085 0.023 0.028 0.063 0.159 0.010 0.533 43 L 0.135 0.303 0.028 0.057 0.108 0.098 0.010 0.262 44 Q 0.099 0.219 0.022 0.039 0.072 0.117 0.022 0.409 45 H 0.107 0.225 0.025 0.024 0.047 0.065 0.015 0.491 46 D 0.071 0.357 0.009 0.018 0.035 0.059 0.015 0.436 47 Q 0.143 0.212 0.011 0.014 0.030 0.079 0.029 0.484 48 E 0.105 0.262 0.015 0.012 0.020 0.201 0.027 0.357 49 N 0.260 0.228 0.013 0.017 0.017 0.092 0.051 0.323 50 Q 0.332 0.169 0.024 0.020 0.017 0.068 0.040 0.331 51 V 0.129 0.084 0.093 0.047 0.074 0.137 0.021 0.417 52 T 0.044 0.058 0.104 0.208 0.204 0.100 0.012 0.270 53 S 0.030 0.024 0.099 0.147 0.219 0.077 0.009 0.395 54 L 0.023 0.020 0.245 0.243 0.295 0.047 0.006 0.122 55 I 0.012 0.015 0.280 0.305 0.283 0.028 0.005 0.072 56 V 0.006 0.009 0.228 0.306 0.310 0.022 0.004 0.116 57 I 0.005 0.005 0.230 0.215 0.364 0.036 0.004 0.142 58 L 0.006 0.005 0.155 0.299 0.414 0.036 0.003 0.082 59 S 0.009 0.004 0.126 0.240 0.389 0.054 0.007 0.170 60 F 0.030 0.003 0.114 0.150 0.297 0.069 0.008 0.330 61 M 0.023 0.003 0.184 0.381 0.292 0.027 0.004 0.086 62 I 0.006 0.003 0.074 0.213 0.238 0.028 0.003 0.436 63 V 0.006 0.003 0.194 0.230 0.418 0.022 0.003 0.124 64 F 0.008 0.006 0.115 0.150 0.275 0.075 0.004 0.367 65 D 0.016 0.008 0.075 0.097 0.181 0.130 0.010 0.483 66 K 0.097 0.006 0.066 0.054 0.082 0.166 0.016 0.513 67 F 0.203 0.010 0.089 0.087 0.084 0.128 0.020 0.380 68 V 0.029 0.007 0.244 0.159 0.138 0.076 0.011 0.337 69 I 0.008 0.015 0.140 0.170 0.217 0.058 0.003 0.389 70 S 0.006 0.021 0.137 0.125 0.262 0.053 0.004 0.392 71 G 0.027 0.027 0.110 0.109 0.150 0.120 0.014 0.443 72 T 0.081 0.019 0.067 0.048 0.063 0.218 0.011 0.492 73 I 0.047 0.048 0.101 0.112 0.169 0.168 0.011 0.344 74 S 0.046 0.108 0.043 0.129 0.212 0.171 0.008 0.283 75 Q 0.034 0.144 0.066 0.198 0.224 0.097 0.013 0.223 76 V 0.062 0.174 0.031 0.158 0.307 0.071 0.009 0.188 77 N 0.045 0.141 0.054 0.323 0.310 0.029 0.011 0.087 78 H 0.030 0.165 0.036 0.251 0.292 0.033 0.013 0.180 79 I 0.026 0.185 0.082 0.202 0.333 0.030 0.014 0.128 80 D 0.018 0.107 0.044 0.114 0.173 0.072 0.022 0.450 81 G 0.115 0.079 0.034 0.065 0.068 0.050 0.099 0.490 82 R 0.694 0.009 0.046 0.022 0.026 0.097 0.022 0.083 83 I 0.032 0.012 0.034 0.045 0.039 0.075 0.007 0.757 84 V 0.037 0.020 0.104 0.148 0.298 0.053 0.009 0.331 85 N 0.034 0.014 0.068 0.071 0.121 0.110 0.016 0.568 86 E 0.090 0.010 0.040 0.043 0.082 0.122 0.006 0.605 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 S 0.007 0.003 0.008 0.014 0.042 0.245 0.003 0.678 89 E 0.221 0.011 0.007 0.005 0.008 0.157 0.009 0.581 90 L 0.424 0.098 0.013 0.009 0.025 0.097 0.004 0.330 91 N 0.141 0.087 0.010 0.007 0.016 0.407 0.008 0.324 92 Q 0.133 0.198 0.012 0.005 0.013 0.038 0.007 0.594 93 E 0.041 0.217 0.006 0.003 0.008 0.149 0.007 0.569 94 E 0.087 0.366 0.004 0.004 0.007 0.187 0.013 0.333 95 V 0.030 0.877 0.005 0.002 0.006 0.007 0.003 0.071 96 E 0.012 0.877 0.004 0.004 0.008 0.012 0.003 0.080 97 T 0.038 0.751 0.008 0.005 0.006 0.010 0.013 0.168 98 L 0.114 0.784 0.008 0.004 0.006 0.008 0.016 0.060 99 A 0.051 0.778 0.024 0.008 0.010 0.021 0.023 0.084 100 R 0.090 0.500 0.020 0.011 0.011 0.030 0.015 0.323 101 P 0.003 0.021 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.965 102 C 0.049 0.445 0.018 0.016 0.025 0.094 0.012 0.341 103 L 0.018 0.782 0.028 0.007 0.012 0.015 0.004 0.133 104 N 0.011 0.828 0.007 0.010 0.014 0.023 0.004 0.103 105 M 0.034 0.844 0.007 0.005 0.007 0.011 0.006 0.086 106 L 0.030 0.897 0.006 0.006 0.008 0.007 0.008 0.037 107 N 0.034 0.858 0.016 0.013 0.011 0.009 0.014 0.044 108 R 0.058 0.688 0.025 0.019 0.017 0.011 0.038 0.145 109 L 0.136 0.479 0.088 0.057 0.051 0.025 0.040 0.124 110 T 0.024 0.177 0.061 0.062 0.051 0.039 0.018 0.567 111 Y 0.022 0.125 0.202 0.156 0.133 0.044 0.019 0.297 112 E 0.041 0.039 0.094 0.076 0.082 0.136 0.010 0.522 113 V 0.025 0.051 0.099 0.097 0.118 0.084 0.007 0.519 114 T 0.025 0.099 0.140 0.205 0.257 0.069 0.006 0.197 115 E 0.025 0.044 0.089 0.135 0.222 0.069 0.008 0.409 116 I 0.032 0.122 0.066 0.155 0.239 0.069 0.006 0.312 117 A 0.064 0.136 0.081 0.187 0.281 0.093 0.018 0.139 118 L 0.108 0.182 0.055 0.128 0.148 0.043 0.028 0.308 119 D 0.084 0.132 0.096 0.077 0.150 0.059 0.065 0.338 120 L 0.099 0.060 0.094 0.074 0.086 0.113 0.028 0.445 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 122 G 0.108 0.006 0.081 0.060 0.114 0.183 0.039 0.408 123 I 0.220 0.018 0.348 0.097 0.054 0.044 0.011 0.208 124 N 0.007 0.006 0.219 0.095 0.123 0.035 0.004 0.511 125 L 0.028 0.005 0.212 0.128 0.270 0.053 0.003 0.300 126 E 0.027 0.005 0.299 0.115 0.196 0.132 0.007 0.219 127 F 0.035 0.008 0.129 0.099 0.143 0.102 0.007 0.477