# TARGET T0383 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.038 0.001 0.003 0.003 0.008 0.005 0.941 2 N 0.268 0.015 0.024 0.014 0.022 0.025 0.631 3 A 0.608 0.031 0.038 0.021 0.059 0.033 0.211 4 M 0.663 0.010 0.027 0.025 0.048 0.038 0.189 5 N 0.716 0.010 0.016 0.037 0.034 0.030 0.155 6 L 0.682 0.009 0.005 0.036 0.020 0.013 0.235 7 K 0.641 0.012 0.007 0.070 0.055 0.024 0.191 8 R 0.493 0.015 0.007 0.100 0.088 0.023 0.273 9 E 0.265 0.004 0.009 0.173 0.089 0.027 0.433 10 Q 0.139 0.003 0.027 0.567 0.061 0.031 0.173 11 E 0.171 0.009 0.022 0.613 0.058 0.026 0.102 12 F 0.174 0.010 0.018 0.659 0.032 0.025 0.081 13 V 0.203 0.009 0.023 0.616 0.040 0.043 0.067 14 S 0.241 0.004 0.032 0.521 0.065 0.075 0.062 15 Q 0.187 0.003 0.051 0.558 0.048 0.082 0.071 16 Y 0.226 0.015 0.036 0.490 0.041 0.103 0.089 17 H 0.268 0.016 0.025 0.268 0.075 0.131 0.218 18 F 0.351 0.027 0.029 0.111 0.138 0.062 0.283 19 D 0.290 0.028 0.030 0.066 0.091 0.059 0.437 20 A 0.085 0.012 0.129 0.169 0.111 0.217 0.276 21 R 0.053 0.016 0.102 0.145 0.162 0.316 0.206 22 N 0.055 0.012 0.059 0.097 0.250 0.166 0.360 23 F 0.051 0.010 0.077 0.221 0.214 0.158 0.269 24 E 0.089 0.025 0.085 0.228 0.110 0.161 0.302 25 W 0.145 0.035 0.118 0.226 0.088 0.116 0.271 26 E 0.174 0.043 0.096 0.227 0.102 0.117 0.241 27 N 0.144 0.016 0.105 0.165 0.113 0.167 0.291 28 E 0.089 0.013 0.116 0.133 0.171 0.236 0.242 29 N 0.051 0.011 0.055 0.046 0.203 0.466 0.168 30 G 0.061 0.008 0.026 0.008 0.326 0.311 0.258 31 A 0.100 0.018 0.005 0.002 0.190 0.012 0.674 32 P 0.150 0.020 0.005 0.001 0.032 0.010 0.782 33 E 0.414 0.019 0.042 0.009 0.086 0.025 0.404 34 T 0.593 0.009 0.041 0.019 0.068 0.025 0.245 35 K 0.715 0.007 0.016 0.021 0.036 0.018 0.187 36 V 0.728 0.014 0.002 0.019 0.013 0.004 0.220 37 D 0.632 0.012 0.001 0.019 0.012 0.008 0.316 38 V 0.404 0.015 0.011 0.096 0.070 0.081 0.323 39 N 0.278 0.014 0.019 0.164 0.095 0.120 0.310 40 F 0.163 0.007 0.069 0.303 0.140 0.119 0.199 41 Q 0.178 0.013 0.051 0.323 0.089 0.115 0.231 42 L 0.166 0.021 0.076 0.401 0.072 0.091 0.173 43 L 0.142 0.016 0.048 0.383 0.085 0.105 0.221 44 Q 0.119 0.013 0.037 0.369 0.074 0.128 0.261 45 H 0.083 0.018 0.039 0.345 0.126 0.141 0.249 46 D 0.071 0.011 0.052 0.222 0.114 0.132 0.399 47 Q 0.040 0.009 0.130 0.333 0.097 0.274 0.117 48 E 0.041 0.010 0.148 0.282 0.085 0.307 0.128 49 N 0.035 0.005 0.094 0.169 0.157 0.367 0.173 50 Q 0.081 0.011 0.033 0.084 0.174 0.298 0.320 51 V 0.282 0.019 0.011 0.035 0.075 0.039 0.541 52 T 0.561 0.007 0.005 0.014 0.113 0.021 0.279 53 S 0.863 0.003 0.002 0.007 0.035 0.010 0.080 54 L 0.955 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.034 55 I 0.973 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.018 56 V 0.980 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 57 I 0.964 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.027 58 L 0.942 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.048 59 S 0.917 0.001 0.001 0.003 0.019 0.008 0.051 60 F 0.937 0.002 0.001 0.003 0.008 0.008 0.041 61 M 0.946 0.003 0.001 0.003 0.010 0.006 0.031 62 I 0.939 0.006 0.001 0.002 0.012 0.004 0.036 63 V 0.811 0.011 0.002 0.002 0.027 0.012 0.135 64 F 0.363 0.006 0.061 0.013 0.144 0.089 0.323 65 D 0.131 0.002 0.094 0.014 0.223 0.389 0.147 66 K 0.165 0.004 0.103 0.020 0.179 0.385 0.143 67 F 0.682 0.009 0.011 0.022 0.055 0.030 0.190 68 V 0.868 0.015 0.002 0.011 0.009 0.009 0.087 69 I 0.893 0.011 0.001 0.004 0.009 0.003 0.080 70 S 0.607 0.002 0.001 0.026 0.153 0.015 0.196 71 G 0.601 0.001 0.004 0.041 0.213 0.044 0.096 72 T 0.762 0.005 0.002 0.063 0.020 0.013 0.135 73 I 0.870 0.005 0.003 0.049 0.010 0.004 0.060 74 S 0.868 0.001 0.003 0.023 0.025 0.008 0.070 75 Q 0.848 0.001 0.007 0.020 0.038 0.020 0.065 76 V 0.854 0.004 0.009 0.062 0.018 0.014 0.040 77 N 0.868 0.008 0.009 0.064 0.008 0.015 0.028 78 H 0.771 0.004 0.012 0.098 0.015 0.038 0.064 79 I 0.589 0.014 0.022 0.160 0.033 0.064 0.118 80 D 0.215 0.006 0.029 0.098 0.078 0.456 0.118 81 G 0.076 0.002 0.036 0.025 0.177 0.582 0.101 82 R 0.324 0.034 0.034 0.039 0.159 0.122 0.288 83 I 0.481 0.065 0.023 0.028 0.075 0.096 0.232 84 V 0.225 0.025 0.016 0.009 0.144 0.109 0.473 85 N 0.093 0.023 0.010 0.008 0.331 0.114 0.420 86 E 0.037 0.021 0.005 0.007 0.289 0.016 0.626 87 P 0.006 0.006 0.478 0.162 0.028 0.165 0.157 88 S 0.003 0.002 0.566 0.122 0.041 0.222 0.044 89 E 0.005 0.005 0.615 0.106 0.042 0.149 0.078 90 L 0.023 0.082 0.067 0.110 0.209 0.056 0.453 91 N 0.006 0.013 0.011 0.063 0.036 0.034 0.838 92 Q 0.001 0.001 0.046 0.860 0.018 0.061 0.015 93 E 0.001 0.001 0.022 0.939 0.006 0.025 0.007 94 E 0.001 0.001 0.032 0.939 0.003 0.016 0.009 95 V 0.001 0.001 0.010 0.979 0.001 0.007 0.002 96 E 0.001 0.001 0.023 0.952 0.001 0.022 0.001 97 T 0.001 0.001 0.044 0.853 0.001 0.100 0.002 98 L 0.001 0.001 0.064 0.691 0.004 0.224 0.015 99 A 0.001 0.001 0.053 0.746 0.039 0.099 0.061 100 R 0.001 0.001 0.035 0.863 0.055 0.032 0.014 101 P 0.001 0.001 0.029 0.909 0.006 0.042 0.011 102 C 0.002 0.001 0.018 0.943 0.002 0.029 0.006 103 L 0.002 0.001 0.007 0.975 0.003 0.007 0.005 104 N 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.010 0.001 105 M 0.001 0.001 0.002 0.969 0.001 0.027 0.001 106 L 0.002 0.001 0.003 0.975 0.001 0.016 0.003 107 N 0.014 0.001 0.006 0.946 0.005 0.021 0.007 108 R 0.023 0.001 0.013 0.862 0.014 0.073 0.015 109 L 0.044 0.003 0.008 0.699 0.025 0.145 0.076 110 T 0.093 0.007 0.010 0.622 0.049 0.089 0.131 111 Y 0.238 0.016 0.010 0.488 0.091 0.038 0.119 112 E 0.179 0.006 0.006 0.627 0.030 0.039 0.113 113 V 0.082 0.003 0.013 0.761 0.023 0.027 0.091 114 T 0.197 0.003 0.022 0.584 0.055 0.036 0.104 115 E 0.232 0.002 0.045 0.605 0.034 0.044 0.038 116 I 0.343 0.005 0.046 0.503 0.014 0.058 0.030 117 A 0.478 0.010 0.047 0.275 0.025 0.103 0.061 118 L 0.550 0.020 0.038 0.087 0.074 0.126 0.105 119 D 0.400 0.029 0.022 0.028 0.163 0.088 0.271 120 L 0.109 0.006 0.049 0.029 0.451 0.092 0.264 121 P 0.040 0.004 0.069 0.017 0.120 0.652 0.097 122 G 0.094 0.011 0.058 0.005 0.102 0.586 0.146 123 I 0.415 0.020 0.007 0.004 0.046 0.016 0.492 124 N 0.690 0.028 0.006 0.003 0.012 0.009 0.251 125 L 0.724 0.020 0.009 0.007 0.027 0.012 0.200 126 E 0.572 0.021 0.010 0.011 0.044 0.022 0.319 127 F 0.306 0.012 0.014 0.016 0.085 0.016 0.552