# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.087 0.146 0.047 0.026 0.150 0.032 0.052 0.244 0.101 0.080 0.035 2 N 0.119 0.089 0.028 0.018 0.170 0.018 0.036 0.239 0.098 0.130 0.056 3 A 0.149 0.106 0.024 0.013 0.261 0.023 0.060 0.186 0.060 0.080 0.037 4 M 0.175 0.238 0.038 0.006 0.428 0.005 0.005 0.041 0.012 0.018 0.033 5 N 0.262 0.140 0.030 0.003 0.406 0.003 0.007 0.052 0.013 0.025 0.059 6 L 0.281 0.103 0.015 0.006 0.267 0.007 0.012 0.110 0.055 0.058 0.086 7 K 0.055 0.139 0.052 0.030 0.141 0.069 0.122 0.249 0.086 0.038 0.020 8 R 0.128 0.144 0.077 0.016 0.166 0.008 0.031 0.154 0.076 0.147 0.054 9 E 0.063 0.354 0.133 0.021 0.190 0.010 0.017 0.105 0.040 0.044 0.022 10 Q 0.078 0.099 0.029 0.013 0.128 0.014 0.020 0.319 0.198 0.060 0.041 11 E 0.065 0.209 0.057 0.005 0.220 0.007 0.032 0.318 0.057 0.015 0.015 12 F 0.125 0.150 0.033 0.006 0.196 0.008 0.026 0.266 0.062 0.096 0.034 13 V 0.174 0.098 0.024 0.014 0.240 0.017 0.023 0.236 0.066 0.048 0.060 14 S 0.022 0.071 0.037 0.035 0.049 0.067 0.121 0.388 0.148 0.048 0.013 15 Q 0.073 0.075 0.033 0.010 0.129 0.013 0.090 0.309 0.125 0.113 0.030 16 Y 0.093 0.258 0.079 0.028 0.282 0.021 0.030 0.080 0.040 0.052 0.038 17 H 0.251 0.070 0.023 0.014 0.225 0.011 0.020 0.065 0.035 0.119 0.167 18 F 0.081 0.257 0.076 0.012 0.225 0.015 0.022 0.128 0.090 0.063 0.031 19 D 0.291 0.074 0.031 0.003 0.350 0.003 0.014 0.061 0.032 0.052 0.089 20 A 0.060 0.068 0.021 0.004 0.082 0.007 0.020 0.395 0.232 0.087 0.024 21 R 0.011 0.036 0.017 0.018 0.028 0.073 0.237 0.339 0.126 0.099 0.015 22 N 0.256 0.084 0.044 0.006 0.304 0.002 0.005 0.024 0.023 0.138 0.112 23 F 0.047 0.080 0.035 0.003 0.125 0.002 0.006 0.376 0.243 0.057 0.025 24 E 0.073 0.081 0.025 0.003 0.098 0.007 0.037 0.468 0.109 0.069 0.029 25 W 0.091 0.049 0.017 0.008 0.097 0.009 0.026 0.386 0.173 0.103 0.040 26 E 0.023 0.118 0.055 0.019 0.096 0.054 0.071 0.411 0.103 0.038 0.011 27 N 0.095 0.069 0.090 0.017 0.072 0.008 0.054 0.294 0.126 0.105 0.070 28 E 0.035 0.052 0.036 0.026 0.054 0.073 0.170 0.342 0.131 0.063 0.016 29 N 0.009 0.481 0.219 0.093 0.074 0.017 0.025 0.024 0.017 0.031 0.008 30 G 0.067 0.009 0.023 0.031 0.016 0.015 0.007 0.010 0.024 0.488 0.310 31 A 0.020 0.559 0.245 0.008 0.143 0.001 0.003 0.009 0.004 0.004 0.004 32 P 0.097 0.383 0.103 0.011 0.302 0.008 0.018 0.029 0.014 0.011 0.024 33 E 0.265 0.082 0.016 0.012 0.209 0.029 0.054 0.057 0.113 0.074 0.088 34 T 0.105 0.210 0.061 0.018 0.424 0.021 0.022 0.041 0.031 0.033 0.034 35 K 0.340 0.077 0.012 0.002 0.402 0.003 0.010 0.021 0.016 0.050 0.067 36 V 0.238 0.193 0.023 0.002 0.476 0.002 0.003 0.007 0.004 0.011 0.040 37 D 0.282 0.130 0.019 0.002 0.477 0.001 0.003 0.008 0.003 0.011 0.065 38 V 0.238 0.179 0.025 0.009 0.306 0.012 0.011 0.065 0.042 0.047 0.066 39 N 0.162 0.146 0.056 0.029 0.271 0.022 0.036 0.135 0.045 0.056 0.042 40 F 0.124 0.097 0.024 0.008 0.196 0.006 0.012 0.272 0.121 0.100 0.041 41 Q 0.064 0.141 0.047 0.008 0.172 0.010 0.035 0.407 0.071 0.029 0.016 42 L 0.112 0.058 0.017 0.006 0.117 0.010 0.030 0.450 0.091 0.072 0.037 43 L 0.067 0.141 0.057 0.017 0.137 0.017 0.029 0.396 0.067 0.046 0.026 44 Q 0.065 0.129 0.078 0.019 0.102 0.014 0.025 0.395 0.059 0.081 0.031 45 H 0.025 0.131 0.059 0.018 0.078 0.034 0.062 0.455 0.079 0.046 0.013 46 D 0.121 0.115 0.080 0.018 0.163 0.009 0.019 0.223 0.073 0.119 0.060 47 Q 0.033 0.034 0.037 0.013 0.024 0.012 0.031 0.514 0.206 0.076 0.019 48 E 0.017 0.069 0.021 0.029 0.038 0.041 0.138 0.482 0.124 0.032 0.010 49 N 0.054 0.262 0.062 0.039 0.131 0.029 0.039 0.101 0.092 0.142 0.049 50 Q 0.127 0.052 0.027 0.008 0.120 0.011 0.036 0.103 0.117 0.304 0.095 51 V 0.416 0.053 0.007 0.003 0.286 0.005 0.010 0.022 0.027 0.054 0.117 52 T 0.089 0.119 0.036 0.080 0.209 0.102 0.123 0.097 0.061 0.057 0.026 53 S 0.263 0.102 0.018 0.010 0.506 0.009 0.017 0.018 0.009 0.020 0.028 54 L 0.334 0.041 0.002 0.001 0.605 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 55 I 0.308 0.027 0.001 0.002 0.622 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 56 V 0.223 0.069 0.004 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 57 I 0.535 0.017 0.003 0.002 0.356 0.003 0.005 0.001 0.001 0.008 0.069 58 L 0.174 0.241 0.026 0.014 0.469 0.033 0.008 0.004 0.001 0.003 0.026 59 S 0.392 0.054 0.008 0.002 0.372 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.148 60 F 0.239 0.145 0.014 0.011 0.523 0.018 0.007 0.004 0.006 0.011 0.023 61 M 0.048 0.414 0.019 0.001 0.505 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 62 I 0.544 0.027 0.004 0.001 0.338 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.074 63 V 0.151 0.118 0.043 0.074 0.307 0.094 0.124 0.016 0.009 0.022 0.043 64 F 0.231 0.128 0.055 0.080 0.322 0.041 0.014 0.014 0.014 0.016 0.084 65 D 0.026 0.030 0.020 0.078 0.040 0.139 0.154 0.239 0.137 0.109 0.027 66 K 0.120 0.097 0.035 0.022 0.187 0.012 0.022 0.042 0.080 0.296 0.085 67 F 0.193 0.201 0.035 0.012 0.463 0.010 0.006 0.012 0.011 0.014 0.042 68 V 0.272 0.108 0.018 0.004 0.458 0.005 0.012 0.022 0.009 0.022 0.070 69 I 0.307 0.089 0.036 0.040 0.239 0.052 0.036 0.040 0.017 0.047 0.098 70 S 0.074 0.086 0.092 0.242 0.095 0.100 0.105 0.056 0.027 0.085 0.040 71 G 0.030 0.082 0.168 0.231 0.047 0.070 0.021 0.104 0.073 0.139 0.035 72 T 0.071 0.267 0.072 0.020 0.251 0.015 0.029 0.166 0.050 0.037 0.020 73 I 0.342 0.056 0.010 0.008 0.280 0.011 0.018 0.076 0.043 0.058 0.098 74 S 0.178 0.087 0.031 0.044 0.249 0.073 0.080 0.112 0.045 0.049 0.050 75 Q 0.274 0.088 0.025 0.011 0.394 0.011 0.017 0.084 0.027 0.031 0.039 76 V 0.445 0.037 0.007 0.004 0.281 0.010 0.026 0.048 0.025 0.028 0.090 77 N 0.138 0.190 0.018 0.010 0.435 0.027 0.023 0.063 0.024 0.031 0.040 78 H 0.421 0.082 0.021 0.001 0.344 0.001 0.004 0.024 0.008 0.027 0.067 79 I 0.154 0.051 0.043 0.154 0.090 0.154 0.035 0.105 0.058 0.073 0.082 80 D 0.004 0.044 0.035 0.427 0.014 0.166 0.191 0.097 0.018 0.003 0.002 81 G 0.019 0.015 0.012 0.018 0.013 0.007 0.005 0.040 0.094 0.672 0.107 82 R 0.025 0.369 0.136 0.011 0.198 0.010 0.031 0.098 0.079 0.035 0.006 83 I 0.390 0.058 0.016 0.004 0.287 0.008 0.014 0.040 0.029 0.044 0.111 84 V 0.072 0.187 0.084 0.077 0.192 0.068 0.131 0.062 0.039 0.051 0.037 85 N 0.037 0.045 0.101 0.136 0.044 0.097 0.067 0.047 0.056 0.304 0.066 86 E 0.146 0.248 0.212 0.010 0.299 0.002 0.003 0.013 0.009 0.013 0.044 87 P 0.037 0.050 0.008 0.001 0.063 0.002 0.006 0.273 0.508 0.033 0.020 88 S 0.006 0.018 0.006 0.002 0.013 0.008 0.049 0.439 0.401 0.050 0.006 89 E 0.063 0.044 0.007 0.001 0.064 0.003 0.026 0.294 0.142 0.328 0.028 90 L 0.139 0.177 0.050 0.008 0.184 0.013 0.014 0.081 0.038 0.205 0.091 91 N 0.046 0.479 0.269 0.007 0.130 0.002 0.002 0.024 0.006 0.024 0.012 92 Q 0.002 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.779 0.193 0.011 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.029 0.004 0.001 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.046 0.003 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.062 0.003 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 0.888 0.050 0.008 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.858 0.087 0.037 0.001 99 A 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.012 0.526 0.299 0.149 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.062 0.001 0.001 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.024 0.001 0.001 102 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.043 0.007 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.063 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.026 0.003 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.066 0.002 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.911 0.072 0.003 0.001 108 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.881 0.077 0.012 0.001 109 L 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.024 0.835 0.097 0.024 0.002 110 T 0.010 0.007 0.001 0.002 0.009 0.002 0.018 0.656 0.245 0.043 0.006 111 Y 0.004 0.014 0.004 0.001 0.011 0.002 0.011 0.864 0.082 0.004 0.002 112 E 0.015 0.018 0.002 0.001 0.033 0.001 0.021 0.850 0.051 0.005 0.003 113 V 0.147 0.017 0.002 0.003 0.100 0.006 0.027 0.579 0.079 0.022 0.018 114 T 0.012 0.011 0.002 0.008 0.025 0.045 0.084 0.727 0.077 0.007 0.002 115 E 0.107 0.053 0.007 0.004 0.195 0.007 0.030 0.486 0.074 0.022 0.016 116 I 0.130 0.061 0.005 0.005 0.236 0.016 0.052 0.362 0.067 0.039 0.026 117 A 0.131 0.077 0.012 0.005 0.233 0.007 0.028 0.247 0.082 0.104 0.074 118 L 0.108 0.186 0.028 0.009 0.219 0.018 0.043 0.186 0.076 0.070 0.058 119 D 0.188 0.090 0.038 0.020 0.190 0.019 0.044 0.066 0.053 0.186 0.106 120 L 0.062 0.259 0.274 0.033 0.194 0.014 0.015 0.071 0.042 0.021 0.017 121 P 0.005 0.022 0.024 0.035 0.009 0.088 0.450 0.252 0.095 0.017 0.003 122 G 0.052 0.069 0.064 0.052 0.079 0.033 0.036 0.046 0.075 0.421 0.074 123 I 0.110 0.309 0.053 0.005 0.443 0.005 0.006 0.012 0.009 0.015 0.033 124 N 0.330 0.053 0.008 0.001 0.510 0.002 0.007 0.006 0.003 0.006 0.074 125 L 0.288 0.106 0.010 0.003 0.462 0.005 0.006 0.019 0.031 0.025 0.044 126 E 0.265 0.086 0.013 0.005 0.452 0.008 0.026 0.031 0.017 0.036 0.061 127 F 0.223 0.184 0.034 0.006 0.333 0.004 0.008 0.035 0.024 0.075 0.073