# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0382/T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.23876 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.035 0.202 0.210 0.043 0.057 0.076 0.006 0.014 0.014 0.032 0.032 0.118 0.027 0.005 0.047 2 S 0.041 0.077 0.145 0.129 0.009 0.244 0.010 0.061 0.003 0.004 0.045 0.063 0.122 0.002 0.036 0.008 3 K 0.011 0.073 0.059 0.090 0.061 0.095 0.029 0.010 0.038 0.019 0.267 0.036 0.095 0.045 0.003 0.070 4 L 0.078 0.158 0.102 0.208 0.004 0.021 0.006 0.057 0.005 0.002 0.031 0.179 0.078 0.002 0.064 0.006 5 D 0.008 0.022 0.083 0.047 0.009 0.349 0.014 0.005 0.023 0.038 0.024 0.053 0.248 0.007 0.006 0.066 6 L 0.045 0.025 0.029 0.037 0.008 0.072 0.018 0.010 0.001 0.001 0.515 0.037 0.174 0.015 0.007 0.005 7 H 0.006 0.160 0.055 0.047 0.001 0.018 0.009 0.017 0.007 0.002 0.025 0.502 0.106 0.004 0.031 0.011 8 Q 0.028 0.041 0.157 0.190 0.001 0.007 0.008 0.002 0.025 0.002 0.008 0.011 0.182 0.004 0.015 0.318 9 M 0.044 0.011 0.713 0.160 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.002 0.015 10 T 0.006 0.004 0.043 0.031 0.005 0.826 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.065 0.001 0.001 0.001 11 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.198 0.001 0.001 0.001 0.001 0.753 0.006 0.037 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.880 0.047 0.001 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.104 0.886 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.973 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.962 0.007 0.001 0.010 21 V 0.001 0.004 0.009 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.001 0.009 0.003 22 T 0.001 0.004 0.020 0.030 0.001 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.861 0.008 0.002 0.042 23 V 0.005 0.026 0.011 0.059 0.001 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.817 0.001 0.005 0.003 24 E 0.005 0.053 0.033 0.107 0.011 0.065 0.011 0.003 0.003 0.003 0.020 0.055 0.532 0.033 0.004 0.062 25 Q 0.007 0.010 0.019 0.027 0.012 0.099 0.022 0.009 0.001 0.001 0.054 0.022 0.668 0.017 0.027 0.005 26 D 0.002 0.073 0.032 0.017 0.001 0.042 0.006 0.022 0.004 0.003 0.081 0.085 0.575 0.009 0.029 0.019 27 D 0.011 0.012 0.009 0.028 0.001 0.013 0.004 0.003 0.007 0.002 0.057 0.082 0.722 0.004 0.016 0.030 28 A 0.023 0.007 0.062 0.011 0.001 0.008 0.009 0.001 0.002 0.001 0.023 0.045 0.755 0.006 0.004 0.043 29 L 0.010 0.011 0.092 0.026 0.014 0.020 0.064 0.003 0.001 0.001 0.012 0.033 0.621 0.067 0.006 0.020 30 L 0.003 0.026 0.046 0.026 0.009 0.062 0.030 0.031 0.001 0.001 0.015 0.021 0.627 0.018 0.066 0.017 31 G 0.004 0.012 0.027 0.022 0.004 0.038 0.017 0.020 0.013 0.017 0.117 0.020 0.577 0.016 0.020 0.075 32 N 0.038 0.016 0.021 0.015 0.001 0.023 0.004 0.011 0.004 0.005 0.097 0.182 0.552 0.002 0.015 0.014 33 Q 0.011 0.013 0.017 0.008 0.001 0.033 0.005 0.001 0.003 0.001 0.059 0.134 0.680 0.008 0.003 0.024 34 I 0.005 0.010 0.026 0.010 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.039 0.071 0.804 0.003 0.009 0.004 35 S 0.001 0.005 0.014 0.008 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.049 0.874 0.002 0.003 0.006 36 R 0.003 0.008 0.007 0.013 0.001 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.024 0.024 0.861 0.011 0.005 0.015 37 F 0.003 0.008 0.020 0.010 0.002 0.014 0.020 0.002 0.001 0.001 0.018 0.037 0.794 0.030 0.022 0.018 38 N 0.002 0.003 0.017 0.004 0.001 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.023 0.875 0.002 0.027 0.012 39 R 0.007 0.003 0.006 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.053 0.026 0.847 0.006 0.002 0.029 40 L 0.009 0.006 0.006 0.002 0.002 0.012 0.020 0.001 0.001 0.001 0.034 0.108 0.736 0.053 0.004 0.006 41 F 0.001 0.003 0.015 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.015 0.025 0.860 0.002 0.061 0.005 42 G 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.938 0.001 0.001 0.016 43 V 0.010 0.002 0.002 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 0.913 0.002 0.001 0.003 44 M 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.947 0.001 0.003 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.977 0.001 0.001 0.002 47 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.980 0.003 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.981 0.001 0.003 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.933 0.025 0.001 0.020 51 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.940 0.008 0.017 0.004 52 K 0.001 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.892 0.010 0.009 0.041 53 A 0.021 0.004 0.027 0.014 0.005 0.008 0.029 0.003 0.003 0.001 0.004 0.005 0.624 0.124 0.016 0.113 54 R 0.002 0.002 0.026 0.001 0.046 0.003 0.399 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.069 0.421 0.013 0.007 55 D 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.010 0.002 0.256 0.001 0.001 0.014 0.007 0.073 0.002 0.608 0.010 56 G 0.013 0.008 0.006 0.002 0.001 0.006 0.004 0.002 0.159 0.178 0.086 0.056 0.168 0.006 0.003 0.303 57 D 0.359 0.007 0.006 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.338 0.221 0.001 0.006 0.002 58 Q 0.003 0.006 0.046 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.089 0.630 0.001 0.001 0.010 59 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.336 0.620 0.001 0.001 0.001 60 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.955 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.982 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 64 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.001 0.003 65 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.877 0.043 0.015 0.029 66 F 0.002 0.008 0.035 0.007 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.771 0.023 0.036 0.077 67 E 0.020 0.036 0.149 0.043 0.003 0.003 0.035 0.005 0.003 0.002 0.003 0.003 0.251 0.058 0.033 0.354 68 Y 0.048 0.012 0.127 0.022 0.048 0.253 0.184 0.005 0.002 0.008 0.010 0.007 0.195 0.026 0.027 0.027 69 P 0.016 0.065 0.043 0.011 0.003 0.030 0.008 0.080 0.002 0.003 0.623 0.009 0.067 0.007 0.020 0.014 70 N 0.020 0.185 0.012 0.044 0.001 0.019 0.003 0.005 0.086 0.009 0.021 0.532 0.029 0.002 0.008 0.024 71 M 0.175 0.023 0.246 0.076 0.001 0.037 0.006 0.002 0.011 0.003 0.062 0.057 0.250 0.001 0.008 0.043 72 Q 0.026 0.096 0.574 0.129 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.077 0.001 0.001 0.010 73 V 0.014 0.009 0.131 0.601 0.001 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.011 0.140 0.001 0.001 0.003 74 R 0.001 0.015 0.090 0.242 0.016 0.174 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.030 0.366 0.001 0.001 0.001 75 L 0.001 0.003 0.001 0.048 0.001 0.164 0.001 0.002 0.001 0.001 0.072 0.045 0.663 0.001 0.001 0.001 76 Q 0.001 0.016 0.001 0.020 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.175 0.687 0.001 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.050 0.925 0.001 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.971 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 81 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.019 0.002 0.004 82 L 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.952 0.004 0.019 0.004 83 A 0.002 0.005 0.016 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.671 0.029 0.013 0.237 84 V 0.036 0.015 0.347 0.048 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.335 0.005 0.037 0.155 85 A 0.015 0.013 0.494 0.074 0.002 0.100 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.239 0.002 0.004 0.039 86 P 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.004 0.056 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.066 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.759 0.130 0.034 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.839 0.144 0.001 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.036 0.937 0.001 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.971 0.001 0.001 0.001 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.001 0.002 96 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.030 0.011 0.015 97 V 0.001 0.003 0.024 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.012 0.042 0.038 98 S 0.009 0.006 0.047 0.008 0.001 0.009 0.030 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.580 0.090 0.025 0.184 99 S 0.027 0.017 0.044 0.006 0.002 0.068 0.042 0.004 0.001 0.002 0.074 0.013 0.586 0.024 0.062 0.028 100 K 0.015 0.154 0.077 0.012 0.001 0.018 0.021 0.009 0.004 0.001 0.197 0.068 0.291 0.023 0.027 0.082 101 W 0.064 0.144 0.165 0.103 0.002 0.010 0.016 0.004 0.023 0.002 0.012 0.159 0.164 0.012 0.030 0.092 102 F 0.023 0.013 0.477 0.060 0.012 0.047 0.085 0.002 0.002 0.003 0.008 0.011 0.211 0.007 0.008 0.032 103 P 0.016 0.044 0.140 0.099 0.020 0.251 0.015 0.037 0.002 0.004 0.092 0.022 0.239 0.003 0.007 0.009 104 Q 0.006 0.042 0.009 0.049 0.223 0.048 0.062 0.013 0.015 0.011 0.164 0.076 0.056 0.216 0.002 0.008 105 A 0.010 0.035 0.030 0.044 0.008 0.012 0.011 0.190 0.007 0.002 0.031 0.072 0.091 0.006 0.445 0.007 106 G 0.007 0.010 0.068 0.029 0.004 0.019 0.006 0.014 0.101 0.185 0.028 0.037 0.223 0.003 0.010 0.259 107 D 0.316 0.010 0.013 0.014 0.042 0.086 0.045 0.006 0.003 0.008 0.073 0.102 0.236 0.035 0.003 0.008 108 A 0.007 0.019 0.036 0.012 0.002 0.049 0.004 0.116 0.002 0.002 0.248 0.102 0.314 0.005 0.079 0.004 109 G 0.003 0.016 0.017 0.029 0.001 0.013 0.003 0.003 0.027 0.017 0.056 0.308 0.463 0.001 0.007 0.037 110 M 0.052 0.004 0.011 0.028 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.073 0.777 0.001 0.001 0.008 111 C 0.002 0.009 0.044 0.017 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.825 0.002 0.001 0.004 112 L 0.001 0.007 0.014 0.026 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.871 0.001 0.002 0.002 113 D 0.001 0.011 0.008 0.040 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.876 0.003 0.004 0.008 114 L 0.004 0.014 0.013 0.031 0.004 0.013 0.037 0.001 0.002 0.001 0.011 0.019 0.726 0.059 0.006 0.059 115 L 0.006 0.013 0.082 0.019 0.011 0.022 0.058 0.007 0.001 0.001 0.011 0.017 0.660 0.020 0.055 0.018 116 D 0.003 0.010 0.028 0.006 0.039 0.010 0.153 0.010 0.002 0.003 0.015 0.003 0.114 0.527 0.016 0.059 117 D 0.019 0.042 0.027 0.028 0.001 0.004 0.007 0.072 0.007 0.002 0.009 0.009 0.045 0.005 0.699 0.025 118 G 0.040 0.014 0.095 0.025 0.001 0.018 0.022 0.002 0.106 0.069 0.010 0.009 0.059 0.007 0.007 0.514 119 T 0.664 0.056 0.126 0.094 0.001 0.004 0.006 0.002 0.003 0.001 0.007 0.010 0.014 0.001 0.003 0.010 120 F 0.019 0.027 0.511 0.383 0.003 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.008 0.001 0.001 0.013 121 K 0.009 0.017 0.188 0.721 0.017 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 122 P 0.003 0.011 0.015 0.247 0.311 0.362 0.009 0.006 0.001 0.003 0.020 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 123 K 0.003 0.248 0.012 0.171 0.091 0.076 0.006 0.192 0.008 0.004 0.145 0.025 0.006 0.005 0.006 0.001