# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.23876 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.063 0.007 0.020 0.030 0.034 0.104 0.011 0.003 0.056 0.539 2 S 0.081 0.065 0.001 0.013 0.027 0.041 0.107 0.008 0.001 0.040 0.615 3 K 0.090 0.110 0.005 0.022 0.018 0.035 0.095 0.006 0.002 0.044 0.576 4 L 0.059 0.130 0.006 0.030 0.036 0.046 0.114 0.010 0.002 0.040 0.529 5 D 0.117 0.239 0.003 0.023 0.027 0.047 0.086 0.016 0.001 0.045 0.396 6 L 0.095 0.095 0.004 0.043 0.022 0.030 0.088 0.007 0.001 0.169 0.445 7 H 0.026 0.077 0.003 0.044 0.033 0.049 0.098 0.004 0.001 0.299 0.365 8 Q 0.045 0.203 0.004 0.030 0.023 0.041 0.090 0.005 0.001 0.133 0.425 9 M 0.030 0.256 0.008 0.039 0.033 0.036 0.073 0.007 0.002 0.133 0.384 10 T 0.028 0.714 0.002 0.006 0.008 0.012 0.028 0.007 0.001 0.055 0.138 11 T 0.011 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.008 0.038 12 Q 0.011 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.020 0.026 13 D 0.006 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.024 14 L 0.014 0.901 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.033 0.030 15 V 0.021 0.902 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.033 0.027 16 A 0.030 0.707 0.007 0.008 0.003 0.006 0.030 0.003 0.002 0.095 0.109 17 L 0.038 0.664 0.004 0.015 0.004 0.007 0.037 0.005 0.001 0.098 0.127 18 F 0.043 0.242 0.014 0.030 0.008 0.016 0.068 0.007 0.003 0.411 0.157 19 A 0.056 0.284 0.007 0.057 0.023 0.038 0.094 0.007 0.002 0.169 0.262 20 K 0.053 0.149 0.006 0.077 0.023 0.049 0.094 0.004 0.003 0.134 0.407 21 V 0.031 0.072 0.005 0.066 0.036 0.040 0.124 0.006 0.002 0.058 0.560 22 T 0.108 0.104 0.004 0.084 0.025 0.049 0.105 0.010 0.003 0.120 0.388 23 V 0.092 0.093 0.006 0.044 0.011 0.019 0.099 0.006 0.003 0.119 0.508 24 E 0.047 0.285 0.006 0.039 0.010 0.017 0.091 0.005 0.003 0.059 0.437 25 Q 0.065 0.655 0.005 0.008 0.003 0.006 0.032 0.013 0.001 0.017 0.196 26 D 0.090 0.578 0.004 0.010 0.007 0.007 0.030 0.017 0.001 0.068 0.189 27 D 0.086 0.479 0.015 0.013 0.006 0.009 0.043 0.013 0.006 0.141 0.190 28 A 0.201 0.296 0.011 0.013 0.007 0.013 0.064 0.013 0.004 0.132 0.245 29 L 0.085 0.332 0.021 0.020 0.010 0.015 0.081 0.012 0.010 0.090 0.325 30 L 0.155 0.416 0.003 0.010 0.004 0.008 0.063 0.007 0.002 0.024 0.308 31 G 0.086 0.235 0.004 0.022 0.005 0.012 0.080 0.008 0.002 0.193 0.353 32 N 0.024 0.380 0.005 0.010 0.005 0.011 0.085 0.007 0.001 0.152 0.319 33 Q 0.048 0.763 0.004 0.005 0.002 0.005 0.019 0.008 0.001 0.028 0.118 34 I 0.046 0.443 0.006 0.013 0.006 0.008 0.029 0.005 0.001 0.269 0.174 35 S 0.014 0.763 0.003 0.005 0.003 0.005 0.020 0.004 0.001 0.067 0.115 36 R 0.024 0.884 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.018 0.047 37 F 0.027 0.849 0.008 0.004 0.001 0.002 0.010 0.009 0.003 0.029 0.058 38 N 0.035 0.774 0.003 0.003 0.001 0.002 0.022 0.003 0.001 0.044 0.112 39 R 0.013 0.840 0.008 0.002 0.001 0.001 0.015 0.007 0.002 0.035 0.076 40 L 0.024 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.008 0.030 41 F 0.025 0.874 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.023 0.059 42 G 0.015 0.828 0.005 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.050 0.076 43 V 0.015 0.880 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 0.001 0.037 0.039 44 M 0.025 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.009 0.027 45 A 0.030 0.786 0.002 0.004 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.057 0.101 46 E 0.008 0.822 0.013 0.004 0.001 0.002 0.018 0.003 0.003 0.037 0.089 47 I 0.015 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.004 0.032 48 A 0.042 0.871 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.003 0.013 0.044 49 D 0.096 0.586 0.006 0.003 0.001 0.002 0.028 0.008 0.003 0.084 0.184 50 E 0.047 0.495 0.030 0.005 0.002 0.006 0.039 0.011 0.015 0.159 0.192 51 L 0.252 0.205 0.047 0.006 0.006 0.012 0.063 0.012 0.019 0.115 0.265 52 K 0.090 0.104 0.019 0.009 0.005 0.011 0.081 0.005 0.020 0.040 0.614 53 A 0.100 0.025 0.002 0.003 0.002 0.005 0.055 0.004 0.001 0.017 0.786 54 R 0.210 0.050 0.002 0.004 0.002 0.004 0.064 0.010 0.001 0.056 0.599 55 D 0.046 0.047 0.001 0.004 0.001 0.003 0.066 0.002 0.001 0.027 0.803 56 G 0.017 0.068 0.002 0.012 0.002 0.005 0.060 0.001 0.001 0.135 0.698 57 D 0.008 0.488 0.001 0.008 0.017 0.012 0.046 0.003 0.001 0.154 0.261 58 Q 0.016 0.876 0.001 0.003 0.003 0.003 0.009 0.004 0.001 0.013 0.071 59 R 0.018 0.870 0.001 0.005 0.003 0.004 0.009 0.004 0.001 0.038 0.048 60 T 0.023 0.420 0.002 0.008 0.004 0.006 0.029 0.004 0.001 0.389 0.116 61 A 0.032 0.638 0.011 0.009 0.006 0.008 0.025 0.017 0.003 0.166 0.086 62 L 0.064 0.634 0.027 0.014 0.006 0.010 0.031 0.021 0.009 0.054 0.130 63 L 0.146 0.224 0.030 0.015 0.015 0.023 0.078 0.014 0.016 0.110 0.331 64 S 0.127 0.187 0.003 0.015 0.009 0.020 0.097 0.016 0.002 0.063 0.460 65 L 0.116 0.032 0.009 0.027 0.011 0.028 0.119 0.010 0.004 0.125 0.519 66 F 0.029 0.009 0.013 0.039 0.012 0.026 0.185 0.002 0.007 0.055 0.622 67 E 0.028 0.006 0.003 0.015 0.008 0.017 0.112 0.002 0.002 0.028 0.778 68 Y 0.461 0.021 0.002 0.010 0.008 0.008 0.089 0.010 0.002 0.094 0.295 69 P 0.077 0.031 0.001 0.019 0.003 0.007 0.140 0.006 0.001 0.055 0.660 70 N 0.015 0.081 0.001 0.015 0.006 0.014 0.104 0.003 0.001 0.029 0.732 71 M 0.015 0.316 0.001 0.052 0.069 0.059 0.075 0.004 0.001 0.053 0.355 72 Q 0.008 0.522 0.001 0.048 0.034 0.047 0.032 0.002 0.001 0.080 0.226 73 V 0.004 0.772 0.001 0.030 0.031 0.023 0.010 0.001 0.001 0.054 0.073 74 R 0.002 0.923 0.001 0.015 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.017 0.020 75 L 0.003 0.966 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 76 Q 0.009 0.895 0.001 0.009 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.059 0.018 77 A 0.003 0.042 0.005 0.004 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.917 0.016 78 A 0.032 0.495 0.015 0.007 0.008 0.010 0.023 0.010 0.003 0.313 0.084 79 K 0.081 0.388 0.040 0.016 0.006 0.009 0.044 0.013 0.011 0.133 0.259 80 L 0.060 0.264 0.020 0.031 0.012 0.027 0.100 0.009 0.009 0.130 0.340 81 T 0.077 0.196 0.003 0.019 0.009 0.031 0.090 0.010 0.002 0.081 0.483 82 L 0.054 0.034 0.007 0.033 0.019 0.034 0.129 0.007 0.003 0.095 0.584 83 A 0.025 0.027 0.002 0.056 0.022 0.045 0.154 0.002 0.001 0.040 0.627 84 V 0.011 0.021 0.002 0.021 0.011 0.015 0.115 0.001 0.001 0.031 0.772 85 A 0.026 0.104 0.002 0.025 0.030 0.019 0.154 0.020 0.001 0.149 0.468 86 P 0.107 0.716 0.003 0.004 0.001 0.001 0.020 0.007 0.001 0.043 0.098 87 V 0.050 0.670 0.005 0.007 0.002 0.003 0.020 0.004 0.001 0.099 0.139 88 K 0.010 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.030 0.061 89 A 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 90 R 0.006 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.013 91 E 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 0.015 92 Q 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 93 L 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.007 94 E 0.010 0.267 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.655 0.050 95 A 0.039 0.274 0.038 0.002 0.001 0.001 0.040 0.005 0.013 0.449 0.138 96 I 0.174 0.128 0.190 0.008 0.001 0.002 0.045 0.033 0.080 0.178 0.161 97 V 0.358 0.068 0.021 0.008 0.001 0.003 0.064 0.012 0.024 0.037 0.404 98 S 0.099 0.034 0.001 0.002 0.001 0.002 0.061 0.003 0.001 0.009 0.788 99 S 0.054 0.007 0.001 0.005 0.001 0.005 0.114 0.009 0.001 0.033 0.772 100 K 0.028 0.013 0.001 0.024 0.006 0.020 0.184 0.003 0.001 0.039 0.681 101 W 0.019 0.028 0.002 0.025 0.004 0.012 0.090 0.001 0.001 0.019 0.800 102 F 0.119 0.067 0.006 0.031 0.028 0.022 0.143 0.013 0.003 0.087 0.481 103 P 0.182 0.094 0.002 0.023 0.005 0.007 0.094 0.010 0.002 0.071 0.510 104 Q 0.194 0.230 0.003 0.018 0.006 0.011 0.078 0.009 0.001 0.075 0.376 105 A 0.099 0.115 0.010 0.018 0.004 0.009 0.093 0.004 0.003 0.058 0.586 106 G 0.058 0.208 0.004 0.018 0.015 0.024 0.095 0.008 0.001 0.071 0.497 107 D 0.176 0.242 0.003 0.010 0.023 0.027 0.077 0.011 0.001 0.091 0.340 108 A 0.101 0.311 0.005 0.024 0.022 0.034 0.091 0.011 0.002 0.063 0.337 109 G 0.053 0.317 0.004 0.023 0.037 0.078 0.102 0.008 0.002 0.055 0.322 110 M 0.058 0.268 0.004 0.035 0.064 0.104 0.093 0.011 0.001 0.053 0.309 111 C 0.063 0.209 0.005 0.052 0.075 0.131 0.079 0.013 0.002 0.086 0.284 112 L 0.051 0.084 0.004 0.054 0.115 0.200 0.079 0.004 0.002 0.087 0.321 113 D 0.022 0.071 0.016 0.083 0.101 0.226 0.092 0.004 0.008 0.086 0.291 114 L 0.091 0.015 0.054 0.038 0.077 0.134 0.081 0.008 0.027 0.088 0.387 115 L 0.378 0.017 0.004 0.019 0.034 0.052 0.059 0.013 0.003 0.068 0.353 116 D 0.138 0.010 0.002 0.015 0.009 0.025 0.088 0.004 0.001 0.047 0.662 117 D 0.011 0.008 0.002 0.024 0.013 0.050 0.095 0.003 0.001 0.030 0.765 118 G 0.013 0.001 0.001 0.021 0.104 0.151 0.100 0.003 0.001 0.055 0.550 119 T 0.005 0.001 0.001 0.039 0.135 0.139 0.081 0.001 0.001 0.031 0.569 120 F 0.006 0.001 0.001 0.068 0.059 0.072 0.090 0.001 0.001 0.031 0.670 121 K 0.079 0.003 0.001 0.027 0.102 0.079 0.127 0.011 0.001 0.100 0.470 122 P 0.103 0.007 0.001 0.019 0.005 0.008 0.108 0.003 0.001 0.039 0.706 123 K 0.063 0.004 0.001 0.011 0.015 0.023 0.109 0.011 0.001 0.037 0.724