# TARGET T0382 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.23876 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.157 0.079 0.047 0.077 0.067 0.076 0.110 0.114 0.118 0.096 0.060 2 S 0.279 0.294 0.091 0.128 0.076 0.047 0.037 0.020 0.014 0.009 0.005 3 K 0.338 0.150 0.099 0.160 0.104 0.065 0.044 0.021 0.012 0.005 0.002 4 L 0.303 0.127 0.062 0.099 0.103 0.089 0.099 0.053 0.037 0.020 0.009 5 D 0.173 0.182 0.220 0.225 0.095 0.046 0.032 0.013 0.008 0.004 0.002 6 L 0.108 0.067 0.065 0.120 0.138 0.126 0.156 0.091 0.070 0.040 0.019 7 H 0.196 0.120 0.219 0.147 0.092 0.082 0.079 0.034 0.018 0.009 0.004 8 Q 0.061 0.098 0.169 0.275 0.158 0.101 0.087 0.028 0.015 0.006 0.003 9 M 0.022 0.019 0.040 0.033 0.045 0.072 0.184 0.178 0.183 0.138 0.087 10 T 0.035 0.269 0.209 0.231 0.131 0.069 0.035 0.010 0.005 0.003 0.002 11 T 0.007 0.017 0.029 0.050 0.087 0.140 0.275 0.163 0.128 0.073 0.032 12 Q 0.382 0.170 0.140 0.158 0.093 0.038 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 13 D 0.076 0.112 0.183 0.360 0.157 0.066 0.037 0.006 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.003 0.014 0.010 0.011 0.021 0.086 0.143 0.244 0.269 0.198 15 V 0.001 0.001 0.021 0.016 0.030 0.072 0.300 0.216 0.168 0.111 0.064 16 A 0.001 0.013 0.588 0.221 0.110 0.043 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 17 L 0.002 0.008 0.056 0.075 0.127 0.272 0.328 0.085 0.029 0.013 0.005 18 F 0.001 0.001 0.016 0.006 0.004 0.005 0.038 0.116 0.291 0.318 0.205 19 A 0.001 0.002 0.024 0.017 0.030 0.077 0.329 0.194 0.138 0.110 0.078 20 K 0.003 0.016 0.611 0.192 0.110 0.040 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 21 V 0.001 0.005 0.018 0.015 0.030 0.088 0.290 0.200 0.163 0.127 0.063 22 T 0.011 0.026 0.044 0.060 0.058 0.072 0.166 0.150 0.183 0.137 0.094 23 V 0.051 0.026 0.055 0.037 0.043 0.065 0.195 0.143 0.152 0.131 0.103 24 E 0.029 0.063 0.104 0.248 0.223 0.153 0.107 0.039 0.017 0.009 0.006 25 Q 0.004 0.014 0.050 0.025 0.024 0.031 0.107 0.140 0.217 0.212 0.177 26 D 0.091 0.048 0.088 0.196 0.192 0.143 0.117 0.058 0.036 0.019 0.012 27 D 0.111 0.125 0.301 0.205 0.109 0.073 0.047 0.015 0.008 0.004 0.002 28 A 0.025 0.027 0.069 0.072 0.073 0.105 0.204 0.138 0.126 0.096 0.064 29 L 0.021 0.014 0.026 0.026 0.025 0.045 0.131 0.137 0.182 0.198 0.195 30 L 0.020 0.058 0.114 0.114 0.117 0.133 0.160 0.102 0.085 0.061 0.037 31 G 0.098 0.113 0.195 0.150 0.110 0.096 0.096 0.053 0.044 0.028 0.017 32 N 0.323 0.108 0.098 0.116 0.103 0.077 0.078 0.038 0.029 0.019 0.012 33 Q 0.096 0.122 0.124 0.138 0.094 0.094 0.124 0.070 0.064 0.045 0.029 34 I 0.055 0.044 0.083 0.093 0.085 0.111 0.156 0.108 0.116 0.092 0.058 35 S 0.184 0.095 0.235 0.141 0.098 0.084 0.088 0.036 0.022 0.011 0.006 36 R 0.042 0.069 0.227 0.191 0.143 0.122 0.114 0.046 0.027 0.013 0.006 37 F 0.021 0.020 0.063 0.046 0.043 0.063 0.146 0.132 0.173 0.164 0.126 38 N 0.031 0.031 0.143 0.139 0.126 0.136 0.160 0.094 0.071 0.047 0.023 39 R 0.024 0.057 0.338 0.172 0.149 0.102 0.084 0.036 0.022 0.011 0.005 40 L 0.008 0.026 0.113 0.064 0.055 0.079 0.181 0.140 0.150 0.116 0.068 41 F 0.018 0.022 0.111 0.088 0.102 0.127 0.238 0.118 0.100 0.053 0.022 42 G 0.127 0.091 0.492 0.145 0.066 0.035 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 43 V 0.010 0.050 0.259 0.138 0.103 0.133 0.157 0.072 0.045 0.024 0.009 44 M 0.004 0.007 0.071 0.027 0.035 0.066 0.235 0.182 0.183 0.126 0.064 45 A 0.072 0.061 0.463 0.183 0.093 0.061 0.048 0.012 0.005 0.002 0.001 46 E 0.009 0.030 0.374 0.248 0.185 0.095 0.044 0.010 0.004 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.014 0.005 0.005 0.012 0.076 0.119 0.233 0.287 0.248 48 A 0.001 0.002 0.030 0.053 0.117 0.226 0.355 0.120 0.061 0.025 0.010 49 D 0.017 0.028 0.824 0.091 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.003 0.012 0.059 0.091 0.178 0.265 0.293 0.066 0.021 0.007 0.003 51 L 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.006 0.052 0.100 0.260 0.315 0.246 52 K 0.005 0.014 0.078 0.179 0.275 0.222 0.157 0.044 0.016 0.006 0.003 53 A 0.057 0.084 0.618 0.134 0.059 0.027 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 54 R 0.017 0.043 0.039 0.078 0.128 0.210 0.301 0.111 0.043 0.023 0.008 55 D 0.410 0.414 0.047 0.065 0.025 0.014 0.012 0.006 0.004 0.003 0.001 56 G 0.477 0.122 0.049 0.115 0.103 0.071 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 57 D 0.207 0.179 0.081 0.133 0.098 0.087 0.112 0.049 0.033 0.014 0.008 58 Q 0.002 0.016 0.032 0.083 0.092 0.137 0.250 0.160 0.123 0.066 0.040 59 R 0.012 0.007 0.016 0.028 0.046 0.097 0.227 0.203 0.173 0.122 0.070 60 T 0.012 0.027 0.175 0.331 0.233 0.132 0.054 0.021 0.009 0.004 0.002 61 A 0.002 0.008 0.049 0.080 0.089 0.118 0.249 0.160 0.129 0.081 0.035 62 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.006 0.010 0.052 0.093 0.195 0.291 0.336 63 L 0.001 0.002 0.050 0.047 0.077 0.138 0.303 0.172 0.120 0.066 0.025 64 S 0.001 0.011 0.245 0.190 0.187 0.154 0.123 0.050 0.023 0.011 0.005 65 L 0.001 0.002 0.013 0.007 0.011 0.026 0.136 0.158 0.255 0.234 0.158 66 F 0.003 0.004 0.011 0.025 0.036 0.053 0.181 0.212 0.228 0.161 0.085 67 E 0.071 0.173 0.231 0.244 0.141 0.076 0.042 0.012 0.006 0.002 0.001 68 Y 0.007 0.023 0.036 0.063 0.083 0.130 0.248 0.179 0.135 0.071 0.025 69 P 0.705 0.186 0.047 0.043 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 N 0.079 0.095 0.043 0.129 0.154 0.168 0.196 0.069 0.039 0.019 0.009 71 M 0.088 0.068 0.039 0.072 0.078 0.103 0.185 0.134 0.124 0.071 0.038 72 Q 0.069 0.096 0.087 0.348 0.218 0.114 0.046 0.012 0.006 0.002 0.001 73 V 0.005 0.011 0.028 0.022 0.027 0.040 0.122 0.166 0.218 0.209 0.153 74 R 0.002 0.008 0.028 0.091 0.117 0.163 0.214 0.148 0.118 0.068 0.042 75 L 0.016 0.021 0.097 0.083 0.105 0.138 0.237 0.113 0.099 0.060 0.029 76 Q 0.015 0.033 0.188 0.274 0.200 0.140 0.096 0.031 0.015 0.007 0.004 77 A 0.004 0.011 0.062 0.034 0.030 0.039 0.143 0.152 0.216 0.185 0.124 78 A 0.003 0.002 0.023 0.020 0.021 0.033 0.108 0.138 0.200 0.229 0.222 79 K 0.007 0.015 0.235 0.187 0.194 0.164 0.121 0.041 0.022 0.009 0.004 80 L 0.003 0.010 0.137 0.071 0.090 0.146 0.244 0.130 0.089 0.054 0.026 81 T 0.004 0.006 0.016 0.017 0.019 0.037 0.121 0.147 0.224 0.227 0.180 82 L 0.004 0.005 0.015 0.011 0.010 0.019 0.090 0.152 0.230 0.272 0.191 83 A 0.010 0.025 0.105 0.108 0.122 0.120 0.175 0.124 0.103 0.065 0.044 84 V 0.008 0.008 0.027 0.014 0.016 0.028 0.110 0.135 0.216 0.242 0.196 85 A 0.013 0.045 0.040 0.087 0.091 0.112 0.169 0.134 0.134 0.106 0.071 86 P 0.028 0.135 0.090 0.133 0.122 0.146 0.167 0.077 0.058 0.030 0.014 87 V 0.718 0.097 0.091 0.052 0.022 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 88 K 0.425 0.208 0.132 0.148 0.055 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 89 A 0.010 0.008 0.026 0.020 0.019 0.060 0.218 0.202 0.204 0.155 0.079 90 R 0.008 0.013 0.108 0.178 0.208 0.251 0.179 0.039 0.012 0.004 0.001 91 E 0.018 0.031 0.861 0.067 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Q 0.003 0.010 0.100 0.152 0.192 0.250 0.195 0.058 0.025 0.012 0.003 93 L 0.001 0.002 0.069 0.006 0.007 0.014 0.110 0.153 0.243 0.233 0.162 94 E 0.001 0.007 0.471 0.219 0.171 0.080 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 95 A 0.003 0.023 0.723 0.114 0.081 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 96 I 0.003 0.009 0.106 0.038 0.052 0.083 0.228 0.156 0.166 0.104 0.054 97 V 0.012 0.011 0.062 0.026 0.042 0.075 0.293 0.186 0.159 0.093 0.042 98 S 0.076 0.153 0.492 0.175 0.067 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 99 S 0.055 0.081 0.140 0.111 0.129 0.137 0.151 0.082 0.059 0.038 0.017 100 K 0.343 0.213 0.108 0.113 0.076 0.043 0.043 0.023 0.016 0.011 0.010 101 W 0.166 0.108 0.069 0.102 0.112 0.105 0.146 0.073 0.056 0.038 0.024 102 F 0.055 0.065 0.047 0.117 0.107 0.106 0.152 0.115 0.101 0.081 0.055 103 P 0.087 0.069 0.050 0.103 0.116 0.116 0.142 0.102 0.095 0.070 0.050 104 Q 0.248 0.174 0.144 0.157 0.089 0.062 0.053 0.027 0.023 0.014 0.009 105 A 0.201 0.110 0.064 0.120 0.098 0.096 0.123 0.072 0.056 0.039 0.023 106 G 0.249 0.117 0.042 0.095 0.082 0.084 0.087 0.070 0.072 0.058 0.044 107 D 0.065 0.188 0.071 0.159 0.126 0.108 0.107 0.064 0.052 0.036 0.024 108 A 0.073 0.033 0.031 0.065 0.074 0.095 0.154 0.121 0.143 0.118 0.095 109 G 0.307 0.130 0.080 0.162 0.115 0.082 0.063 0.027 0.019 0.010 0.005 110 M 0.028 0.050 0.058 0.155 0.134 0.131 0.153 0.104 0.090 0.058 0.039 111 C 0.028 0.025 0.050 0.058 0.048 0.057 0.103 0.115 0.167 0.176 0.172 112 L 0.011 0.014 0.052 0.073 0.088 0.122 0.201 0.149 0.140 0.093 0.056 113 D 0.024 0.059 0.244 0.214 0.166 0.117 0.089 0.040 0.026 0.014 0.006 114 L 0.010 0.019 0.027 0.050 0.069 0.109 0.213 0.150 0.141 0.119 0.092 115 L 0.023 0.019 0.028 0.044 0.052 0.067 0.144 0.154 0.200 0.163 0.108 116 D 0.135 0.127 0.130 0.167 0.134 0.110 0.101 0.044 0.028 0.015 0.009 117 D 0.272 0.204 0.128 0.179 0.100 0.056 0.037 0.013 0.006 0.003 0.001 118 G 0.268 0.105 0.041 0.084 0.081 0.084 0.119 0.080 0.063 0.049 0.026 119 T 0.162 0.191 0.073 0.191 0.131 0.081 0.083 0.038 0.027 0.015 0.008 120 F 0.027 0.022 0.013 0.032 0.046 0.065 0.143 0.164 0.203 0.173 0.113 121 K 0.167 0.273 0.097 0.225 0.114 0.056 0.036 0.016 0.009 0.004 0.002 122 P 0.199 0.086 0.037 0.097 0.110 0.111 0.127 0.092 0.073 0.047 0.022 123 K 0.454 0.219 0.051 0.116 0.069 0.036 0.025 0.013 0.009 0.005 0.003