# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.23876 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.023 0.061 0.033 0.059 0.111 0.012 0.586 2 S 0.099 0.026 0.049 0.042 0.065 0.211 0.014 0.495 3 K 0.051 0.017 0.023 0.015 0.034 0.057 0.007 0.795 4 L 0.069 0.031 0.040 0.024 0.046 0.240 0.009 0.541 5 D 0.067 0.043 0.020 0.018 0.027 0.341 0.015 0.469 6 L 0.163 0.108 0.036 0.021 0.058 0.076 0.007 0.532 7 H 0.076 0.197 0.041 0.061 0.082 0.229 0.014 0.300 8 Q 0.225 0.151 0.045 0.031 0.059 0.117 0.021 0.352 9 M 0.203 0.319 0.052 0.070 0.077 0.050 0.014 0.215 10 T 0.084 0.163 0.035 0.050 0.063 0.112 0.017 0.475 11 T 0.054 0.164 0.050 0.023 0.075 0.060 0.009 0.564 12 Q 0.020 0.190 0.012 0.007 0.021 0.153 0.005 0.591 13 D 0.047 0.233 0.004 0.004 0.005 0.247 0.009 0.451 14 L 0.033 0.801 0.003 0.002 0.003 0.028 0.003 0.127 15 V 0.005 0.937 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.043 16 A 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 17 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 18 F 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 19 A 0.008 0.964 0.005 0.003 0.004 0.003 0.004 0.010 20 K 0.006 0.967 0.005 0.004 0.003 0.002 0.002 0.010 21 V 0.014 0.931 0.012 0.008 0.007 0.003 0.007 0.018 22 T 0.026 0.849 0.015 0.015 0.015 0.007 0.013 0.060 23 V 0.046 0.607 0.063 0.026 0.042 0.017 0.014 0.185 24 E 0.068 0.414 0.029 0.030 0.037 0.145 0.026 0.251 25 Q 0.241 0.319 0.029 0.011 0.023 0.106 0.038 0.234 26 D 0.045 0.662 0.020 0.010 0.015 0.021 0.010 0.219 27 D 0.045 0.372 0.027 0.012 0.023 0.075 0.025 0.420 28 A 0.195 0.458 0.020 0.010 0.021 0.129 0.022 0.145 29 L 0.240 0.596 0.016 0.010 0.018 0.047 0.021 0.052 30 L 0.251 0.576 0.020 0.014 0.016 0.019 0.026 0.078 31 G 0.196 0.389 0.085 0.017 0.021 0.019 0.042 0.232 32 N 0.105 0.217 0.085 0.022 0.029 0.077 0.034 0.431 33 Q 0.096 0.205 0.045 0.016 0.030 0.104 0.026 0.476 34 I 0.094 0.335 0.065 0.013 0.034 0.106 0.012 0.340 35 S 0.048 0.486 0.051 0.014 0.016 0.142 0.013 0.228 36 R 0.083 0.563 0.029 0.007 0.008 0.056 0.013 0.241 37 F 0.057 0.728 0.047 0.008 0.013 0.030 0.011 0.107 38 N 0.034 0.785 0.020 0.010 0.009 0.022 0.012 0.108 39 R 0.041 0.747 0.033 0.009 0.012 0.028 0.013 0.116 40 L 0.051 0.748 0.015 0.006 0.011 0.063 0.010 0.096 41 F 0.077 0.750 0.014 0.006 0.010 0.036 0.013 0.096 42 G 0.033 0.777 0.009 0.004 0.004 0.030 0.008 0.135 43 V 0.025 0.806 0.007 0.003 0.003 0.029 0.006 0.120 44 M 0.012 0.918 0.004 0.002 0.004 0.008 0.003 0.048 45 A 0.007 0.938 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.040 46 E 0.009 0.940 0.003 0.002 0.002 0.007 0.003 0.034 47 I 0.014 0.950 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.023 48 A 0.004 0.976 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.012 49 D 0.007 0.951 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.028 50 E 0.037 0.909 0.004 0.002 0.003 0.009 0.009 0.028 51 L 0.038 0.921 0.002 0.003 0.003 0.005 0.008 0.021 52 K 0.059 0.850 0.009 0.008 0.007 0.007 0.016 0.044 53 A 0.062 0.727 0.023 0.015 0.015 0.011 0.028 0.119 54 R 0.146 0.465 0.044 0.013 0.017 0.035 0.042 0.237 55 D 0.047 0.162 0.022 0.007 0.006 0.050 0.028 0.677 56 G 0.182 0.127 0.048 0.013 0.010 0.055 0.066 0.500 57 D 0.261 0.026 0.042 0.004 0.007 0.334 0.015 0.310 58 Q 0.072 0.050 0.029 0.009 0.015 0.245 0.007 0.572 59 R 0.060 0.108 0.022 0.010 0.027 0.453 0.005 0.316 60 T 0.038 0.229 0.014 0.009 0.020 0.276 0.004 0.410 61 A 0.021 0.764 0.005 0.007 0.014 0.038 0.002 0.149 62 L 0.021 0.847 0.007 0.007 0.021 0.023 0.006 0.068 63 L 0.029 0.898 0.004 0.006 0.013 0.007 0.005 0.039 64 S 0.044 0.882 0.003 0.004 0.007 0.004 0.009 0.047 65 L 0.126 0.704 0.013 0.006 0.014 0.011 0.034 0.091 66 F 0.136 0.663 0.011 0.009 0.011 0.014 0.035 0.121 67 E 0.267 0.279 0.022 0.009 0.012 0.036 0.169 0.205 68 Y 0.376 0.183 0.068 0.021 0.019 0.032 0.037 0.264 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 70 N 0.011 0.008 0.012 0.013 0.020 0.130 0.008 0.799 71 M 0.413 0.033 0.056 0.016 0.009 0.046 0.019 0.407 72 Q 0.097 0.027 0.053 0.019 0.029 0.155 0.003 0.617 73 V 0.030 0.038 0.034 0.038 0.045 0.108 0.002 0.707 74 R 0.023 0.383 0.088 0.108 0.119 0.061 0.002 0.217 75 L 0.013 0.444 0.028 0.063 0.120 0.044 0.003 0.285 76 Q 0.007 0.795 0.011 0.030 0.055 0.019 0.002 0.080 77 A 0.007 0.925 0.002 0.008 0.013 0.009 0.002 0.034 78 A 0.025 0.911 0.002 0.004 0.009 0.009 0.008 0.032 79 K 0.030 0.935 0.001 0.003 0.003 0.003 0.007 0.018 80 L 0.028 0.936 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 0.018 81 T 0.042 0.891 0.005 0.005 0.005 0.004 0.015 0.033 82 L 0.028 0.888 0.011 0.009 0.009 0.005 0.013 0.039 83 A 0.091 0.715 0.021 0.012 0.019 0.019 0.025 0.098 84 V 0.055 0.673 0.044 0.024 0.015 0.011 0.043 0.135 85 A 0.087 0.426 0.059 0.059 0.039 0.030 0.015 0.284 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 V 0.007 0.049 0.014 0.021 0.072 0.092 0.002 0.742 88 K 0.067 0.133 0.006 0.005 0.006 0.094 0.006 0.683 89 A 0.081 0.588 0.003 0.003 0.006 0.054 0.003 0.261 90 R 0.042 0.846 0.003 0.001 0.003 0.011 0.002 0.092 91 E 0.015 0.921 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.053 92 Q 0.019 0.928 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.041 93 L 0.014 0.957 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.019 94 E 0.005 0.956 0.005 0.002 0.003 0.003 0.002 0.024 95 A 0.007 0.956 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.027 96 I 0.025 0.923 0.005 0.002 0.002 0.003 0.008 0.032 97 V 0.022 0.928 0.006 0.003 0.003 0.003 0.007 0.029 98 S 0.066 0.765 0.014 0.006 0.006 0.009 0.032 0.101 99 S 0.319 0.327 0.036 0.009 0.008 0.018 0.100 0.183 100 K 0.349 0.187 0.059 0.012 0.009 0.042 0.090 0.251 101 W 0.118 0.094 0.141 0.018 0.023 0.132 0.056 0.416 102 F 0.108 0.064 0.207 0.053 0.056 0.110 0.015 0.387 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 104 Q 0.016 0.020 0.055 0.025 0.076 0.282 0.006 0.521 105 A 0.231 0.051 0.033 0.010 0.014 0.087 0.013 0.559 106 G 0.215 0.093 0.029 0.020 0.025 0.068 0.020 0.528 107 D 0.284 0.047 0.029 0.012 0.017 0.159 0.015 0.436 108 A 0.100 0.100 0.051 0.012 0.034 0.126 0.009 0.568 109 G 0.078 0.173 0.014 0.018 0.033 0.220 0.013 0.451 110 M 0.150 0.302 0.025 0.016 0.028 0.235 0.014 0.230 111 C 0.054 0.738 0.012 0.017 0.033 0.034 0.006 0.106 112 L 0.028 0.754 0.017 0.025 0.060 0.026 0.006 0.084 113 D 0.025 0.815 0.008 0.034 0.031 0.014 0.010 0.064 114 L 0.160 0.646 0.017 0.026 0.043 0.011 0.031 0.066 115 L 0.181 0.502 0.028 0.052 0.079 0.022 0.044 0.091 116 D 0.116 0.268 0.052 0.056 0.067 0.049 0.072 0.321 117 D 0.090 0.095 0.039 0.023 0.023 0.055 0.071 0.604 118 G 0.462 0.035 0.031 0.030 0.014 0.042 0.105 0.281 119 T 0.213 0.007 0.171 0.043 0.059 0.123 0.023 0.361 120 F 0.014 0.005 0.055 0.067 0.112 0.042 0.005 0.700 121 K 0.031 0.003 0.109 0.275 0.302 0.062 0.002 0.216 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 123 K 0.003 0.001 0.047 0.101 0.430 0.090 0.001 0.326