# TARGET T0382 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.117 0.065 0.035 0.192 0.020 0.022 0.068 0.073 0.169 0.077 2 S 0.060 0.311 0.186 0.052 0.158 0.023 0.033 0.079 0.036 0.042 0.021 3 K 0.127 0.123 0.070 0.033 0.162 0.024 0.027 0.149 0.088 0.135 0.063 4 L 0.044 0.130 0.068 0.052 0.080 0.061 0.090 0.266 0.120 0.066 0.023 5 D 0.071 0.097 0.063 0.028 0.107 0.017 0.032 0.228 0.111 0.174 0.071 6 L 0.129 0.072 0.015 0.014 0.130 0.018 0.018 0.230 0.198 0.108 0.067 7 H 0.048 0.080 0.033 0.023 0.134 0.034 0.056 0.378 0.142 0.057 0.014 8 Q 0.178 0.059 0.014 0.005 0.155 0.008 0.025 0.140 0.082 0.247 0.086 9 M 0.060 0.417 0.092 0.022 0.259 0.018 0.014 0.050 0.021 0.028 0.020 10 T 0.054 0.566 0.143 0.003 0.144 0.001 0.002 0.026 0.008 0.018 0.036 11 T 0.013 0.010 0.008 0.003 0.020 0.002 0.002 0.622 0.276 0.035 0.008 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.880 0.105 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.938 0.044 0.005 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.052 0.011 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.059 0.003 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.038 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.051 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.075 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.950 0.034 0.001 0.001 21 V 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.005 0.052 0.850 0.055 0.025 0.001 22 T 0.023 0.012 0.002 0.001 0.020 0.002 0.016 0.745 0.118 0.045 0.015 23 V 0.003 0.023 0.011 0.005 0.010 0.013 0.037 0.712 0.163 0.021 0.002 24 E 0.009 0.026 0.013 0.007 0.015 0.011 0.091 0.622 0.096 0.097 0.012 25 Q 0.069 0.055 0.018 0.006 0.069 0.018 0.048 0.463 0.138 0.080 0.036 26 D 0.036 0.112 0.033 0.022 0.080 0.037 0.047 0.463 0.104 0.049 0.017 27 D 0.098 0.036 0.016 0.012 0.092 0.007 0.012 0.372 0.120 0.165 0.069 28 A 0.062 0.157 0.044 0.029 0.180 0.025 0.025 0.348 0.069 0.044 0.017 29 L 0.117 0.177 0.027 0.004 0.345 0.005 0.021 0.220 0.037 0.021 0.026 30 L 0.189 0.089 0.028 0.009 0.198 0.017 0.045 0.226 0.053 0.072 0.073 31 G 0.050 0.127 0.067 0.076 0.095 0.061 0.072 0.283 0.084 0.061 0.025 32 N 0.029 0.105 0.071 0.046 0.066 0.042 0.049 0.384 0.113 0.069 0.026 33 Q 0.059 0.027 0.015 0.010 0.058 0.011 0.028 0.471 0.145 0.129 0.048 34 I 0.019 0.026 0.010 0.007 0.031 0.008 0.014 0.608 0.203 0.060 0.015 35 S 0.006 0.028 0.010 0.007 0.014 0.009 0.026 0.756 0.125 0.016 0.004 36 R 0.012 0.011 0.004 0.003 0.015 0.004 0.023 0.789 0.097 0.035 0.007 37 F 0.006 0.014 0.008 0.006 0.009 0.008 0.019 0.782 0.108 0.036 0.006 38 N 0.008 0.013 0.006 0.004 0.013 0.004 0.010 0.805 0.113 0.018 0.007 39 R 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.012 0.876 0.085 0.009 0.001 40 L 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.872 0.086 0.022 0.002 41 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.900 0.081 0.005 0.001 42 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.925 0.050 0.003 0.001 43 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.881 0.079 0.028 0.001 44 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.891 0.092 0.008 0.001 45 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.916 0.071 0.002 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.945 0.038 0.004 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.910 0.076 0.009 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.889 0.100 0.005 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.900 0.083 0.003 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.874 0.090 0.011 0.001 51 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.731 0.217 0.022 0.002 52 K 0.002 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.047 0.713 0.179 0.038 0.002 53 A 0.008 0.025 0.010 0.005 0.018 0.021 0.157 0.490 0.115 0.142 0.009 54 R 0.046 0.280 0.272 0.058 0.103 0.022 0.036 0.085 0.023 0.055 0.020 55 D 0.021 0.202 0.066 0.030 0.064 0.106 0.188 0.237 0.050 0.025 0.010 56 G 0.016 0.019 0.027 0.074 0.014 0.057 0.021 0.143 0.075 0.446 0.108 57 D 0.062 0.205 0.097 0.014 0.125 0.006 0.012 0.270 0.061 0.086 0.061 58 Q 0.010 0.027 0.015 0.003 0.010 0.001 0.001 0.702 0.161 0.058 0.011 59 R 0.003 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.899 0.074 0.003 0.001 60 T 0.003 0.008 0.002 0.002 0.005 0.002 0.007 0.918 0.048 0.004 0.001 61 A 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.008 0.909 0.057 0.011 0.001 62 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.885 0.087 0.019 0.002 63 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.839 0.141 0.004 0.001 64 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.870 0.089 0.003 0.001 65 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.063 0.653 0.234 0.031 0.001 66 F 0.022 0.030 0.003 0.002 0.035 0.003 0.023 0.391 0.300 0.173 0.020 67 E 0.030 0.039 0.011 0.007 0.053 0.023 0.045 0.141 0.190 0.432 0.030 68 Y 0.228 0.168 0.074 0.007 0.327 0.002 0.003 0.033 0.020 0.054 0.083 69 P 0.008 0.024 0.017 0.024 0.014 0.081 0.232 0.363 0.197 0.033 0.007 70 N 0.106 0.066 0.031 0.022 0.103 0.008 0.010 0.145 0.124 0.315 0.071 71 M 0.045 0.190 0.052 0.010 0.126 0.014 0.027 0.269 0.116 0.127 0.023 72 Q 0.040 0.034 0.014 0.004 0.063 0.004 0.021 0.631 0.099 0.062 0.029 73 V 0.026 0.039 0.005 0.001 0.047 0.001 0.003 0.782 0.074 0.012 0.010 74 R 0.003 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.005 0.931 0.041 0.001 0.001 75 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.937 0.053 0.001 0.001 76 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.046 0.002 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.054 0.004 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.074 0.002 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.874 0.089 0.004 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.860 0.090 0.011 0.001 81 T 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.016 0.772 0.184 0.012 0.002 82 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.008 0.004 0.024 0.644 0.269 0.040 0.002 83 A 0.010 0.008 0.002 0.001 0.023 0.003 0.059 0.671 0.172 0.044 0.007 84 V 0.028 0.068 0.022 0.007 0.058 0.019 0.122 0.306 0.124 0.232 0.015 85 A 0.050 0.532 0.130 0.004 0.230 0.001 0.005 0.023 0.005 0.008 0.010 86 P 0.017 0.271 0.096 0.016 0.050 0.024 0.010 0.370 0.102 0.032 0.012 87 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.010 0.017 0.833 0.122 0.008 0.002 88 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.838 0.116 0.037 0.002 89 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.079 0.011 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.039 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.947 0.035 0.002 0.001 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.945 0.039 0.008 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.079 0.006 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.908 0.082 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.932 0.042 0.003 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.033 0.803 0.135 0.019 0.001 97 V 0.014 0.022 0.004 0.002 0.023 0.004 0.025 0.622 0.227 0.048 0.008 98 S 0.009 0.024 0.010 0.013 0.017 0.029 0.055 0.441 0.217 0.174 0.010 99 S 0.053 0.208 0.079 0.020 0.144 0.012 0.033 0.149 0.071 0.176 0.054 100 K 0.066 0.090 0.038 0.028 0.094 0.021 0.061 0.166 0.141 0.228 0.066 101 W 0.062 0.139 0.122 0.080 0.104 0.032 0.042 0.108 0.097 0.175 0.039 102 F 0.043 0.312 0.348 0.052 0.133 0.009 0.013 0.038 0.017 0.019 0.016 103 P 0.061 0.312 0.183 0.036 0.146 0.025 0.045 0.084 0.036 0.043 0.029 104 Q 0.072 0.189 0.166 0.039 0.173 0.037 0.053 0.125 0.049 0.065 0.033 105 A 0.047 0.078 0.047 0.047 0.072 0.120 0.137 0.220 0.071 0.116 0.044 106 G 0.039 0.086 0.147 0.191 0.057 0.063 0.024 0.156 0.042 0.133 0.062 107 D 0.101 0.093 0.054 0.015 0.084 0.011 0.012 0.363 0.114 0.109 0.043 108 A 0.018 0.042 0.021 0.009 0.027 0.011 0.011 0.667 0.152 0.033 0.009 109 G 0.014 0.043 0.017 0.012 0.024 0.006 0.013 0.687 0.109 0.058 0.017 110 M 0.014 0.029 0.016 0.010 0.024 0.009 0.015 0.733 0.096 0.047 0.008 111 C 0.015 0.016 0.005 0.002 0.024 0.002 0.009 0.815 0.088 0.018 0.006 112 L 0.022 0.008 0.002 0.002 0.025 0.003 0.013 0.760 0.130 0.026 0.009 113 D 0.009 0.047 0.017 0.009 0.029 0.011 0.035 0.727 0.095 0.018 0.004 114 L 0.029 0.027 0.008 0.004 0.052 0.005 0.032 0.663 0.108 0.058 0.014 115 L 0.028 0.056 0.050 0.016 0.039 0.019 0.056 0.493 0.180 0.047 0.015 116 D 0.025 0.035 0.029 0.025 0.035 0.044 0.105 0.472 0.139 0.075 0.017 117 D 0.021 0.328 0.140 0.076 0.072 0.036 0.050 0.113 0.057 0.091 0.017 118 G 0.039 0.078 0.074 0.068 0.055 0.019 0.013 0.050 0.051 0.435 0.117 119 T 0.113 0.230 0.073 0.017 0.239 0.016 0.036 0.107 0.069 0.065 0.035 120 F 0.130 0.288 0.101 0.011 0.312 0.003 0.006 0.025 0.022 0.054 0.048 121 K 0.069 0.349 0.259 0.027 0.215 0.011 0.016 0.020 0.009 0.009 0.017 122 P 0.072 0.346 0.219 0.017 0.215 0.010 0.013 0.041 0.025 0.020 0.022 123 K 0.065 0.150 0.106 0.032 0.138 0.042 0.097 0.181 0.104 0.053 0.033