# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.019 0.052 0.024 0.043 0.095 0.009 0.675 2 S 0.060 0.024 0.038 0.032 0.051 0.143 0.009 0.644 3 K 0.047 0.016 0.022 0.014 0.034 0.064 0.007 0.796 4 L 0.064 0.031 0.035 0.019 0.035 0.214 0.008 0.594 5 D 0.066 0.046 0.017 0.013 0.022 0.362 0.013 0.462 6 L 0.147 0.114 0.026 0.014 0.037 0.061 0.007 0.594 7 H 0.077 0.210 0.033 0.037 0.051 0.234 0.016 0.343 8 Q 0.297 0.143 0.038 0.021 0.039 0.128 0.025 0.307 9 M 0.282 0.306 0.042 0.048 0.051 0.047 0.016 0.209 10 T 0.101 0.151 0.040 0.042 0.055 0.127 0.018 0.466 11 T 0.051 0.157 0.052 0.020 0.061 0.060 0.008 0.590 12 Q 0.018 0.170 0.012 0.006 0.020 0.173 0.005 0.597 13 D 0.044 0.209 0.004 0.003 0.005 0.292 0.008 0.435 14 L 0.029 0.821 0.002 0.001 0.002 0.027 0.003 0.114 15 V 0.003 0.945 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.039 16 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 F 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 19 A 0.004 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 20 K 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 21 V 0.007 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 22 T 0.031 0.913 0.006 0.003 0.005 0.003 0.013 0.026 23 V 0.049 0.783 0.024 0.007 0.011 0.009 0.013 0.104 24 E 0.095 0.562 0.014 0.009 0.011 0.067 0.030 0.213 25 Q 0.243 0.373 0.030 0.005 0.011 0.055 0.046 0.238 26 D 0.043 0.625 0.016 0.005 0.008 0.017 0.010 0.274 27 D 0.038 0.353 0.023 0.006 0.014 0.081 0.019 0.467 28 A 0.158 0.509 0.015 0.006 0.013 0.120 0.017 0.163 29 L 0.135 0.742 0.011 0.006 0.010 0.027 0.013 0.058 30 L 0.245 0.565 0.017 0.009 0.011 0.020 0.030 0.103 31 G 0.217 0.451 0.070 0.011 0.011 0.014 0.036 0.190 32 N 0.101 0.340 0.076 0.019 0.025 0.056 0.034 0.347 33 Q 0.093 0.284 0.051 0.016 0.029 0.088 0.027 0.411 34 I 0.087 0.385 0.070 0.012 0.026 0.089 0.012 0.319 35 S 0.056 0.505 0.049 0.012 0.013 0.130 0.014 0.220 36 R 0.107 0.523 0.033 0.006 0.006 0.054 0.017 0.255 37 F 0.057 0.701 0.056 0.008 0.011 0.036 0.011 0.120 38 N 0.029 0.773 0.022 0.010 0.009 0.027 0.011 0.120 39 R 0.036 0.750 0.030 0.007 0.011 0.031 0.011 0.123 40 L 0.042 0.770 0.013 0.005 0.009 0.063 0.008 0.091 41 F 0.059 0.801 0.012 0.005 0.008 0.031 0.009 0.074 42 G 0.024 0.841 0.006 0.004 0.004 0.021 0.006 0.095 43 V 0.018 0.869 0.005 0.002 0.003 0.018 0.005 0.079 44 M 0.010 0.935 0.003 0.002 0.004 0.006 0.003 0.036 45 A 0.007 0.944 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.036 46 E 0.008 0.945 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.033 47 I 0.017 0.941 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.029 48 A 0.005 0.970 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.016 49 D 0.008 0.942 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.035 50 E 0.048 0.886 0.005 0.003 0.003 0.010 0.012 0.034 51 L 0.039 0.907 0.003 0.004 0.005 0.005 0.009 0.029 52 K 0.047 0.814 0.017 0.015 0.014 0.011 0.016 0.067 53 A 0.048 0.651 0.031 0.028 0.027 0.017 0.024 0.176 54 R 0.132 0.388 0.050 0.021 0.028 0.046 0.038 0.298 55 D 0.041 0.152 0.022 0.011 0.010 0.070 0.025 0.669 56 G 0.145 0.113 0.045 0.017 0.013 0.068 0.058 0.542 57 D 0.169 0.023 0.027 0.005 0.007 0.446 0.014 0.308 58 Q 0.087 0.042 0.022 0.009 0.013 0.203 0.010 0.615 59 R 0.069 0.076 0.023 0.010 0.028 0.446 0.006 0.342 60 T 0.031 0.124 0.015 0.011 0.023 0.256 0.004 0.537 61 A 0.032 0.563 0.008 0.012 0.026 0.073 0.004 0.282 62 L 0.041 0.712 0.011 0.013 0.044 0.044 0.008 0.126 63 L 0.038 0.836 0.006 0.010 0.024 0.013 0.005 0.068 64 S 0.041 0.857 0.003 0.006 0.010 0.007 0.009 0.066 65 L 0.157 0.634 0.012 0.008 0.017 0.016 0.038 0.117 66 F 0.172 0.615 0.012 0.011 0.013 0.012 0.036 0.127 67 E 0.266 0.245 0.026 0.012 0.015 0.037 0.163 0.236 68 Y 0.318 0.171 0.082 0.024 0.023 0.039 0.033 0.311 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 70 N 0.010 0.009 0.010 0.010 0.016 0.145 0.007 0.792 71 M 0.397 0.036 0.039 0.010 0.006 0.051 0.017 0.444 72 Q 0.092 0.052 0.042 0.014 0.021 0.174 0.003 0.602 73 V 0.042 0.111 0.027 0.030 0.040 0.138 0.002 0.610 74 R 0.020 0.665 0.037 0.044 0.052 0.043 0.002 0.137 75 L 0.011 0.720 0.011 0.028 0.049 0.030 0.003 0.147 76 Q 0.006 0.914 0.005 0.011 0.017 0.008 0.002 0.037 77 A 0.005 0.964 0.001 0.004 0.006 0.004 0.002 0.014 78 A 0.015 0.948 0.001 0.003 0.005 0.005 0.006 0.016 79 K 0.020 0.954 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.011 80 L 0.021 0.948 0.003 0.004 0.004 0.002 0.007 0.012 81 T 0.032 0.902 0.006 0.008 0.007 0.004 0.014 0.027 82 L 0.032 0.852 0.015 0.017 0.017 0.006 0.015 0.045 83 A 0.091 0.667 0.023 0.021 0.033 0.025 0.028 0.112 84 V 0.075 0.576 0.045 0.033 0.029 0.017 0.055 0.171 85 A 0.121 0.354 0.060 0.098 0.061 0.033 0.016 0.258 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 V 0.007 0.035 0.017 0.031 0.096 0.106 0.002 0.707 88 K 0.085 0.106 0.006 0.007 0.008 0.110 0.006 0.671 89 A 0.101 0.534 0.005 0.005 0.011 0.058 0.004 0.282 90 R 0.049 0.785 0.006 0.002 0.004 0.024 0.002 0.127 91 E 0.018 0.883 0.002 0.001 0.001 0.014 0.003 0.077 92 Q 0.015 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.036 93 L 0.010 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 94 E 0.003 0.974 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.013 95 A 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 96 I 0.023 0.940 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.023 97 V 0.023 0.925 0.006 0.003 0.004 0.003 0.007 0.030 98 S 0.079 0.752 0.011 0.005 0.006 0.008 0.032 0.107 99 S 0.299 0.337 0.029 0.007 0.006 0.016 0.107 0.199 100 K 0.379 0.176 0.047 0.010 0.007 0.037 0.100 0.244 101 W 0.115 0.100 0.138 0.018 0.020 0.115 0.058 0.436 102 F 0.097 0.056 0.205 0.047 0.057 0.108 0.014 0.415 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 104 Q 0.016 0.020 0.053 0.020 0.060 0.271 0.006 0.554 105 A 0.264 0.051 0.040 0.009 0.013 0.083 0.014 0.526 106 G 0.210 0.089 0.038 0.021 0.020 0.066 0.020 0.537 107 D 0.241 0.033 0.031 0.010 0.013 0.177 0.013 0.482 108 A 0.098 0.121 0.075 0.014 0.037 0.122 0.008 0.524 109 G 0.055 0.182 0.019 0.014 0.033 0.276 0.010 0.412 110 M 0.115 0.269 0.016 0.009 0.018 0.340 0.010 0.223 111 C 0.033 0.838 0.006 0.006 0.011 0.021 0.003 0.082 112 L 0.017 0.864 0.008 0.007 0.022 0.014 0.004 0.064 113 D 0.019 0.893 0.004 0.010 0.010 0.009 0.007 0.048 114 L 0.114 0.785 0.006 0.008 0.012 0.005 0.022 0.048 115 L 0.116 0.736 0.015 0.016 0.029 0.007 0.029 0.051 116 D 0.120 0.496 0.031 0.030 0.032 0.031 0.067 0.194 117 D 0.121 0.238 0.060 0.022 0.019 0.040 0.086 0.415 118 G 0.584 0.053 0.028 0.025 0.010 0.018 0.114 0.167 119 T 0.135 0.011 0.228 0.026 0.033 0.073 0.020 0.475 120 F 0.010 0.008 0.071 0.059 0.091 0.044 0.006 0.711 121 K 0.040 0.004 0.116 0.191 0.202 0.091 0.004 0.353 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 123 K 0.006 0.002 0.073 0.091 0.303 0.146 0.002 0.377