# TARGET T0382 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.223 0.078 0.020 0.212 0.016 0.041 0.109 0.064 0.058 0.049 2 S 0.055 0.288 0.114 0.034 0.180 0.031 0.046 0.122 0.062 0.043 0.024 3 K 0.142 0.098 0.038 0.010 0.185 0.012 0.028 0.150 0.116 0.154 0.067 4 L 0.080 0.278 0.118 0.022 0.210 0.018 0.033 0.109 0.054 0.048 0.030 5 D 0.179 0.220 0.085 0.010 0.290 0.003 0.007 0.046 0.020 0.057 0.083 6 L 0.022 0.018 0.004 0.002 0.024 0.003 0.010 0.279 0.561 0.061 0.015 7 H 0.006 0.017 0.006 0.003 0.016 0.012 0.053 0.527 0.301 0.054 0.006 8 Q 0.038 0.035 0.007 0.001 0.060 0.003 0.016 0.222 0.164 0.433 0.022 9 M 0.155 0.235 0.071 0.005 0.322 0.004 0.009 0.065 0.024 0.053 0.058 10 T 0.047 0.451 0.249 0.007 0.134 0.003 0.004 0.044 0.010 0.029 0.022 11 T 0.016 0.021 0.008 0.001 0.028 0.001 0.002 0.675 0.206 0.032 0.010 12 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.916 0.068 0.003 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.044 0.010 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.004 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.052 0.002 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.021 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.051 0.007 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.086 0.003 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.957 0.035 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.934 0.044 0.005 0.001 22 T 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.897 0.068 0.009 0.001 23 V 0.003 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.016 0.862 0.093 0.006 0.001 24 E 0.006 0.009 0.008 0.001 0.006 0.002 0.025 0.835 0.071 0.030 0.006 25 Q 0.003 0.008 0.004 0.003 0.006 0.004 0.013 0.800 0.127 0.030 0.003 26 D 0.006 0.024 0.004 0.003 0.014 0.005 0.017 0.786 0.126 0.011 0.003 27 D 0.007 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.017 0.619 0.184 0.146 0.012 28 A 0.004 0.024 0.014 0.004 0.015 0.006 0.040 0.759 0.105 0.028 0.002 29 L 0.043 0.035 0.011 0.004 0.047 0.005 0.023 0.643 0.109 0.052 0.028 30 L 0.021 0.068 0.029 0.015 0.037 0.017 0.041 0.601 0.108 0.050 0.013 31 G 0.015 0.036 0.023 0.021 0.033 0.027 0.047 0.633 0.103 0.047 0.013 32 N 0.015 0.046 0.031 0.020 0.026 0.030 0.066 0.599 0.095 0.056 0.016 33 Q 0.045 0.016 0.005 0.003 0.026 0.004 0.021 0.608 0.100 0.130 0.042 34 I 0.011 0.019 0.004 0.003 0.020 0.005 0.013 0.737 0.145 0.036 0.007 35 S 0.007 0.015 0.004 0.003 0.014 0.007 0.020 0.801 0.106 0.018 0.005 36 R 0.008 0.008 0.005 0.002 0.010 0.003 0.023 0.861 0.063 0.013 0.004 37 F 0.004 0.008 0.003 0.002 0.008 0.002 0.007 0.860 0.077 0.026 0.003 38 N 0.007 0.012 0.002 0.001 0.013 0.003 0.008 0.826 0.102 0.021 0.004 39 R 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.014 0.887 0.072 0.011 0.002 40 L 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.013 0.891 0.059 0.022 0.001 41 F 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.896 0.074 0.006 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.920 0.060 0.006 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.939 0.042 0.010 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.057 0.009 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.057 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.024 0.003 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.877 0.089 0.028 0.001 48 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.105 0.002 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.887 0.104 0.002 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.862 0.092 0.019 0.001 51 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.655 0.261 0.066 0.002 52 K 0.002 0.009 0.003 0.001 0.005 0.004 0.028 0.696 0.224 0.027 0.001 53 A 0.009 0.035 0.019 0.002 0.019 0.004 0.064 0.386 0.171 0.279 0.013 54 R 0.060 0.333 0.195 0.013 0.172 0.011 0.035 0.085 0.027 0.036 0.033 55 D 0.022 0.300 0.180 0.068 0.072 0.044 0.098 0.117 0.029 0.053 0.018 56 G 0.019 0.061 0.072 0.141 0.032 0.041 0.015 0.149 0.085 0.314 0.069 57 D 0.046 0.116 0.043 0.009 0.105 0.011 0.016 0.399 0.101 0.111 0.043 58 Q 0.023 0.030 0.010 0.002 0.040 0.002 0.005 0.727 0.103 0.046 0.013 59 R 0.016 0.020 0.004 0.002 0.031 0.002 0.005 0.804 0.082 0.028 0.007 60 T 0.004 0.004 0.001 0.002 0.006 0.005 0.020 0.859 0.088 0.009 0.002 61 A 0.006 0.010 0.008 0.003 0.011 0.002 0.020 0.855 0.062 0.020 0.003 62 L 0.007 0.013 0.005 0.003 0.011 0.003 0.017 0.751 0.128 0.058 0.004 63 L 0.008 0.014 0.004 0.002 0.012 0.003 0.017 0.695 0.222 0.019 0.004 64 S 0.006 0.017 0.009 0.003 0.012 0.006 0.050 0.659 0.201 0.032 0.004 65 L 0.005 0.014 0.009 0.007 0.011 0.019 0.073 0.405 0.291 0.160 0.005 66 F 0.040 0.079 0.021 0.005 0.060 0.008 0.054 0.447 0.172 0.090 0.025 67 E 0.044 0.038 0.019 0.008 0.062 0.023 0.104 0.104 0.108 0.421 0.069 68 Y 0.118 0.299 0.128 0.003 0.385 0.001 0.004 0.017 0.007 0.007 0.032 69 P 0.006 0.029 0.012 0.004 0.013 0.019 0.068 0.495 0.300 0.048 0.006 70 N 0.086 0.105 0.023 0.005 0.162 0.005 0.033 0.251 0.087 0.182 0.062 71 M 0.031 0.050 0.008 0.002 0.071 0.005 0.007 0.469 0.174 0.146 0.037 72 Q 0.025 0.031 0.006 0.001 0.055 0.003 0.015 0.778 0.059 0.018 0.011 73 V 0.042 0.025 0.007 0.001 0.043 0.001 0.002 0.767 0.072 0.028 0.011 74 R 0.007 0.014 0.004 0.001 0.015 0.002 0.005 0.901 0.041 0.007 0.002 75 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.012 0.935 0.030 0.002 0.002 76 Q 0.004 0.004 0.004 0.002 0.005 0.004 0.020 0.876 0.056 0.022 0.003 77 A 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.859 0.085 0.035 0.002 78 A 0.004 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.867 0.103 0.007 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.911 0.053 0.002 0.001 80 L 0.004 0.006 0.002 0.001 0.008 0.003 0.024 0.837 0.084 0.029 0.002 81 T 0.013 0.008 0.001 0.001 0.017 0.003 0.015 0.768 0.126 0.042 0.005 82 L 0.019 0.016 0.002 0.002 0.029 0.003 0.015 0.656 0.174 0.071 0.013 83 A 0.037 0.054 0.009 0.002 0.106 0.004 0.053 0.527 0.119 0.075 0.015 84 V 0.061 0.099 0.029 0.009 0.124 0.015 0.091 0.387 0.099 0.061 0.025 85 A 0.051 0.330 0.215 0.012 0.142 0.004 0.017 0.155 0.039 0.017 0.017 86 P 0.023 0.116 0.041 0.011 0.062 0.012 0.023 0.575 0.108 0.022 0.008 87 V 0.004 0.026 0.010 0.006 0.011 0.030 0.056 0.660 0.159 0.034 0.004 88 K 0.011 0.013 0.008 0.003 0.010 0.002 0.011 0.762 0.095 0.068 0.017 89 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.879 0.084 0.021 0.001 90 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.046 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.015 0.001 0.001 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.020 0.006 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.058 0.004 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.070 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.948 0.033 0.003 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.862 0.088 0.015 0.001 97 V 0.007 0.015 0.005 0.003 0.008 0.004 0.019 0.683 0.187 0.064 0.006 98 S 0.010 0.046 0.019 0.009 0.022 0.020 0.085 0.445 0.204 0.129 0.011 99 S 0.031 0.195 0.069 0.018 0.119 0.015 0.056 0.178 0.138 0.152 0.031 100 K 0.079 0.090 0.040 0.019 0.108 0.018 0.072 0.175 0.143 0.184 0.074 101 W 0.069 0.096 0.048 0.025 0.089 0.029 0.097 0.137 0.109 0.227 0.074 102 F 0.050 0.383 0.208 0.022 0.187 0.008 0.018 0.048 0.026 0.026 0.024 103 P 0.040 0.331 0.255 0.033 0.115 0.022 0.035 0.087 0.044 0.022 0.016 104 Q 0.041 0.143 0.130 0.036 0.071 0.028 0.051 0.240 0.136 0.088 0.037 105 A 0.027 0.162 0.090 0.044 0.070 0.056 0.115 0.193 0.112 0.104 0.027 106 G 0.016 0.070 0.136 0.197 0.024 0.081 0.042 0.080 0.057 0.240 0.056 107 D 0.075 0.124 0.074 0.019 0.104 0.007 0.014 0.184 0.089 0.239 0.070 108 A 0.019 0.039 0.015 0.008 0.034 0.014 0.019 0.591 0.210 0.038 0.013 109 G 0.005 0.014 0.010 0.017 0.010 0.015 0.020 0.656 0.162 0.080 0.011 110 M 0.012 0.014 0.008 0.003 0.018 0.004 0.020 0.747 0.111 0.057 0.006 111 C 0.006 0.013 0.004 0.002 0.009 0.001 0.005 0.833 0.089 0.034 0.004 112 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.736 0.216 0.022 0.003 113 D 0.002 0.011 0.004 0.001 0.007 0.004 0.038 0.835 0.091 0.006 0.001 114 L 0.006 0.007 0.003 0.001 0.012 0.002 0.029 0.697 0.137 0.102 0.004 115 L 0.032 0.061 0.044 0.009 0.034 0.013 0.057 0.518 0.159 0.053 0.019 116 D 0.026 0.055 0.048 0.028 0.039 0.038 0.123 0.408 0.119 0.094 0.022 117 D 0.013 0.393 0.150 0.077 0.074 0.037 0.083 0.067 0.043 0.053 0.010 118 G 0.040 0.043 0.033 0.039 0.039 0.016 0.011 0.028 0.062 0.511 0.179 119 T 0.148 0.157 0.027 0.006 0.357 0.014 0.064 0.078 0.060 0.053 0.036 120 F 0.133 0.260 0.099 0.011 0.327 0.006 0.011 0.021 0.021 0.045 0.065 121 K 0.162 0.274 0.108 0.009 0.357 0.004 0.015 0.014 0.009 0.013 0.035 122 P 0.108 0.274 0.090 0.012 0.198 0.008 0.019 0.092 0.100 0.058 0.042 123 K 0.032 0.246 0.129 0.024 0.107 0.026 0.053 0.148 0.134 0.083 0.017