# TARGET T0382 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.745 0.160 0.055 0.027 0.010 0.003 0.001 2 S 0.648 0.205 0.093 0.039 0.012 0.003 0.001 3 K 0.675 0.216 0.073 0.028 0.007 0.001 0.001 4 L 0.489 0.226 0.147 0.088 0.038 0.011 0.001 5 D 0.488 0.273 0.143 0.064 0.024 0.008 0.001 6 L 0.296 0.218 0.213 0.166 0.084 0.022 0.002 7 H 0.384 0.264 0.165 0.113 0.055 0.017 0.002 8 Q 0.304 0.313 0.193 0.119 0.051 0.017 0.002 9 M 0.110 0.092 0.127 0.224 0.258 0.164 0.024 10 T 0.201 0.311 0.233 0.156 0.069 0.026 0.004 11 T 0.043 0.088 0.177 0.293 0.257 0.126 0.016 12 Q 0.110 0.254 0.272 0.220 0.105 0.034 0.005 13 D 0.051 0.204 0.305 0.260 0.133 0.042 0.005 14 L 0.002 0.004 0.011 0.062 0.278 0.528 0.114 15 V 0.001 0.004 0.009 0.041 0.190 0.548 0.207 16 A 0.002 0.019 0.121 0.333 0.321 0.177 0.026 17 L 0.001 0.002 0.021 0.143 0.368 0.405 0.060 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.302 0.684 19 A 0.001 0.001 0.006 0.041 0.184 0.550 0.217 20 K 0.002 0.036 0.175 0.346 0.283 0.134 0.023 21 V 0.001 0.001 0.006 0.054 0.274 0.535 0.128 22 T 0.001 0.001 0.002 0.011 0.079 0.580 0.327 23 V 0.008 0.033 0.157 0.352 0.315 0.122 0.012 24 E 0.021 0.159 0.358 0.312 0.125 0.022 0.003 25 Q 0.010 0.015 0.022 0.087 0.240 0.472 0.153 26 D 0.049 0.087 0.130 0.223 0.257 0.222 0.031 27 D 0.123 0.279 0.294 0.204 0.075 0.023 0.002 28 A 0.195 0.135 0.158 0.217 0.192 0.091 0.012 29 L 0.164 0.140 0.133 0.164 0.187 0.182 0.031 30 L 0.299 0.233 0.195 0.135 0.080 0.047 0.011 31 G 0.392 0.266 0.166 0.106 0.048 0.019 0.004 32 N 0.383 0.223 0.169 0.127 0.063 0.029 0.007 33 Q 0.435 0.264 0.140 0.086 0.045 0.025 0.005 34 I 0.350 0.208 0.157 0.141 0.088 0.047 0.009 35 S 0.439 0.255 0.137 0.096 0.047 0.020 0.006 36 R 0.231 0.272 0.211 0.164 0.083 0.034 0.006 37 F 0.102 0.111 0.133 0.211 0.233 0.178 0.031 38 N 0.154 0.199 0.199 0.207 0.141 0.083 0.017 39 R 0.186 0.253 0.220 0.168 0.099 0.059 0.016 40 L 0.068 0.071 0.104 0.198 0.260 0.257 0.042 41 F 0.159 0.176 0.185 0.209 0.165 0.096 0.009 42 G 0.267 0.326 0.197 0.122 0.057 0.026 0.005 43 V 0.112 0.163 0.203 0.244 0.182 0.089 0.007 44 M 0.033 0.055 0.098 0.181 0.298 0.298 0.037 45 A 0.224 0.285 0.253 0.155 0.061 0.019 0.002 46 E 0.127 0.347 0.325 0.150 0.041 0.009 0.001 47 I 0.053 0.055 0.088 0.223 0.344 0.224 0.012 48 A 0.134 0.198 0.272 0.248 0.123 0.025 0.001 49 D 0.512 0.381 0.087 0.017 0.002 0.001 0.001 50 E 0.198 0.288 0.312 0.170 0.030 0.002 0.001 51 L 0.108 0.109 0.153 0.320 0.266 0.044 0.001 52 K 0.286 0.424 0.214 0.065 0.010 0.001 0.001 53 A 0.838 0.129 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 54 R 0.515 0.272 0.140 0.060 0.012 0.002 0.001 55 D 0.761 0.180 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 56 G 0.655 0.189 0.086 0.044 0.020 0.005 0.001 57 D 0.472 0.274 0.146 0.071 0.029 0.008 0.001 58 Q 0.250 0.226 0.214 0.176 0.100 0.031 0.002 59 R 0.136 0.152 0.211 0.252 0.180 0.064 0.005 60 T 0.291 0.306 0.216 0.118 0.052 0.015 0.002 61 A 0.248 0.166 0.180 0.196 0.134 0.068 0.008 62 L 0.218 0.119 0.101 0.151 0.189 0.188 0.034 63 L 0.221 0.180 0.175 0.196 0.146 0.074 0.009 64 S 0.241 0.218 0.190 0.185 0.108 0.051 0.005 65 L 0.151 0.084 0.112 0.189 0.224 0.208 0.032 66 F 0.193 0.154 0.182 0.203 0.154 0.100 0.015 67 E 0.387 0.339 0.167 0.075 0.024 0.007 0.001 68 Y 0.391 0.222 0.167 0.135 0.063 0.019 0.003 69 P 0.607 0.253 0.092 0.036 0.009 0.003 0.001 70 N 0.424 0.242 0.159 0.110 0.048 0.015 0.002 71 M 0.430 0.249 0.145 0.108 0.047 0.019 0.003 72 Q 0.392 0.330 0.167 0.082 0.024 0.005 0.001 73 V 0.086 0.086 0.129 0.254 0.281 0.148 0.015 74 R 0.095 0.166 0.170 0.187 0.171 0.172 0.038 75 L 0.051 0.086 0.165 0.253 0.258 0.162 0.025 76 Q 0.079 0.178 0.248 0.263 0.161 0.063 0.009 77 A 0.105 0.114 0.124 0.167 0.215 0.218 0.058 78 A 0.035 0.034 0.043 0.112 0.251 0.414 0.113 79 K 0.058 0.132 0.217 0.250 0.200 0.113 0.031 80 L 0.092 0.087 0.115 0.187 0.223 0.232 0.064 81 T 0.049 0.077 0.135 0.176 0.198 0.249 0.116 82 L 0.083 0.053 0.061 0.137 0.239 0.327 0.101 83 A 0.075 0.139 0.198 0.259 0.198 0.111 0.019 84 V 0.084 0.062 0.080 0.166 0.255 0.290 0.061 85 A 0.130 0.165 0.208 0.254 0.166 0.070 0.007 86 P 0.116 0.253 0.292 0.221 0.090 0.025 0.002 87 V 0.545 0.288 0.104 0.043 0.015 0.004 0.001 88 K 0.414 0.392 0.132 0.048 0.012 0.003 0.001 89 A 0.059 0.079 0.156 0.320 0.277 0.106 0.004 90 R 0.074 0.216 0.331 0.262 0.096 0.021 0.001 91 E 0.339 0.483 0.139 0.030 0.006 0.001 0.001 92 Q 0.037 0.163 0.325 0.327 0.126 0.022 0.001 93 L 0.007 0.012 0.031 0.158 0.463 0.315 0.014 94 E 0.070 0.340 0.377 0.171 0.036 0.006 0.001 95 A 0.153 0.429 0.265 0.119 0.028 0.006 0.001 96 I 0.015 0.035 0.090 0.280 0.364 0.203 0.012 97 V 0.038 0.110 0.226 0.339 0.224 0.060 0.003 98 S 0.443 0.379 0.122 0.042 0.011 0.003 0.001 99 S 0.353 0.321 0.197 0.097 0.025 0.006 0.001 100 K 0.398 0.274 0.183 0.095 0.035 0.013 0.002 101 W 0.248 0.253 0.195 0.155 0.097 0.044 0.007 102 F 0.279 0.232 0.173 0.161 0.101 0.048 0.007 103 P 0.294 0.233 0.171 0.151 0.096 0.046 0.010 104 Q 0.360 0.265 0.167 0.116 0.059 0.027 0.006 105 A 0.332 0.242 0.168 0.117 0.078 0.052 0.011 106 G 0.206 0.191 0.190 0.191 0.137 0.072 0.013 107 D 0.128 0.183 0.220 0.202 0.150 0.092 0.025 108 A 0.053 0.059 0.078 0.165 0.260 0.310 0.076 109 G 0.077 0.151 0.208 0.239 0.187 0.110 0.027 110 M 0.096 0.206 0.197 0.196 0.151 0.118 0.035 111 C 0.014 0.020 0.042 0.106 0.217 0.402 0.199 112 L 0.036 0.051 0.079 0.152 0.260 0.339 0.084 113 D 0.076 0.211 0.269 0.241 0.136 0.059 0.009 114 L 0.052 0.163 0.260 0.282 0.171 0.066 0.006 115 L 0.034 0.044 0.064 0.167 0.347 0.306 0.038 116 D 0.228 0.308 0.229 0.153 0.062 0.018 0.002 117 D 0.459 0.326 0.140 0.055 0.015 0.004 0.001 118 G 0.223 0.220 0.225 0.201 0.099 0.030 0.002 119 T 0.294 0.345 0.231 0.100 0.024 0.005 0.001 120 F 0.195 0.119 0.146 0.244 0.210 0.080 0.006 121 K 0.381 0.332 0.192 0.077 0.016 0.003 0.001 122 P 0.522 0.227 0.137 0.084 0.026 0.004 0.001 123 K 0.790 0.161 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001