# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.033 0.003 0.013 0.024 0.026 0.112 0.009 0.001 0.046 0.636 2 S 0.068 0.033 0.001 0.010 0.023 0.028 0.114 0.008 0.001 0.040 0.675 3 K 0.083 0.075 0.003 0.019 0.013 0.025 0.105 0.004 0.001 0.040 0.631 4 L 0.054 0.094 0.004 0.024 0.025 0.033 0.111 0.008 0.002 0.041 0.605 5 D 0.157 0.264 0.002 0.016 0.016 0.027 0.080 0.017 0.001 0.045 0.375 6 L 0.124 0.112 0.003 0.030 0.011 0.016 0.082 0.007 0.001 0.187 0.426 7 H 0.021 0.084 0.003 0.027 0.022 0.032 0.090 0.004 0.001 0.363 0.354 8 Q 0.038 0.274 0.003 0.017 0.017 0.029 0.078 0.005 0.001 0.122 0.415 9 M 0.033 0.360 0.009 0.026 0.023 0.025 0.060 0.007 0.002 0.118 0.337 10 T 0.026 0.745 0.002 0.004 0.006 0.010 0.025 0.006 0.001 0.052 0.123 11 T 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.007 0.032 12 Q 0.009 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.021 13 D 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.020 0.018 14 L 0.006 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.023 0.017 15 V 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.010 16 A 0.007 0.943 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 0.019 17 L 0.011 0.909 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.038 0.028 18 F 0.015 0.238 0.008 0.008 0.003 0.003 0.019 0.003 0.001 0.663 0.039 19 A 0.032 0.638 0.007 0.012 0.004 0.008 0.031 0.006 0.001 0.179 0.083 20 K 0.062 0.528 0.013 0.020 0.005 0.009 0.042 0.008 0.004 0.097 0.212 21 V 0.060 0.343 0.012 0.022 0.009 0.011 0.081 0.009 0.005 0.060 0.388 22 T 0.111 0.351 0.003 0.017 0.005 0.011 0.067 0.010 0.002 0.091 0.332 23 V 0.071 0.242 0.010 0.013 0.003 0.006 0.069 0.009 0.004 0.190 0.384 24 E 0.033 0.547 0.009 0.010 0.002 0.004 0.055 0.005 0.003 0.063 0.268 25 Q 0.032 0.825 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.001 0.010 0.104 26 D 0.047 0.758 0.003 0.004 0.002 0.002 0.016 0.010 0.001 0.052 0.107 27 D 0.049 0.670 0.011 0.005 0.001 0.002 0.024 0.011 0.004 0.112 0.111 28 A 0.136 0.471 0.010 0.007 0.002 0.004 0.038 0.014 0.004 0.165 0.150 29 L 0.063 0.495 0.024 0.010 0.003 0.005 0.054 0.012 0.010 0.109 0.215 30 L 0.130 0.542 0.004 0.006 0.002 0.004 0.049 0.007 0.002 0.026 0.229 31 G 0.074 0.274 0.006 0.018 0.003 0.006 0.068 0.007 0.002 0.223 0.318 32 N 0.032 0.399 0.006 0.009 0.003 0.007 0.085 0.008 0.002 0.165 0.285 33 Q 0.058 0.736 0.005 0.005 0.001 0.003 0.021 0.009 0.001 0.031 0.131 34 I 0.054 0.437 0.007 0.011 0.004 0.005 0.035 0.005 0.002 0.243 0.196 35 S 0.016 0.761 0.002 0.004 0.002 0.004 0.023 0.004 0.001 0.057 0.126 36 R 0.025 0.881 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.019 0.050 37 F 0.027 0.846 0.007 0.004 0.001 0.002 0.011 0.008 0.002 0.033 0.058 38 N 0.031 0.804 0.002 0.003 0.001 0.002 0.019 0.003 0.001 0.040 0.095 39 R 0.012 0.852 0.007 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.002 0.037 0.067 40 L 0.019 0.930 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.008 0.025 41 F 0.019 0.897 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.022 0.047 42 G 0.013 0.845 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.052 0.062 43 V 0.012 0.901 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.030 0.032 44 M 0.019 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.008 0.022 45 A 0.028 0.826 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.047 0.078 46 E 0.009 0.807 0.014 0.004 0.001 0.002 0.019 0.003 0.004 0.051 0.086 47 I 0.019 0.921 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.005 0.031 48 A 0.049 0.857 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 0.002 0.015 0.049 49 D 0.081 0.578 0.006 0.003 0.001 0.003 0.031 0.007 0.003 0.076 0.211 50 E 0.048 0.505 0.028 0.007 0.002 0.008 0.043 0.011 0.012 0.139 0.199 51 L 0.235 0.192 0.050 0.008 0.008 0.018 0.062 0.013 0.019 0.128 0.266 52 K 0.105 0.109 0.020 0.011 0.008 0.016 0.084 0.005 0.020 0.049 0.572 53 A 0.107 0.025 0.003 0.004 0.003 0.007 0.057 0.004 0.002 0.019 0.769 54 R 0.213 0.018 0.002 0.004 0.003 0.006 0.065 0.010 0.001 0.051 0.627 55 D 0.052 0.015 0.001 0.003 0.001 0.004 0.067 0.002 0.001 0.022 0.832 56 G 0.016 0.015 0.001 0.010 0.002 0.005 0.063 0.001 0.001 0.068 0.819 57 D 0.008 0.236 0.001 0.014 0.032 0.026 0.081 0.003 0.001 0.122 0.477 58 Q 0.035 0.669 0.002 0.006 0.010 0.010 0.027 0.008 0.001 0.027 0.206 59 R 0.022 0.780 0.001 0.010 0.011 0.010 0.018 0.005 0.001 0.037 0.105 60 T 0.024 0.290 0.002 0.012 0.010 0.017 0.041 0.004 0.001 0.437 0.162 61 A 0.034 0.583 0.010 0.014 0.014 0.019 0.032 0.016 0.002 0.160 0.117 62 L 0.064 0.557 0.024 0.024 0.014 0.024 0.040 0.020 0.008 0.056 0.170 63 L 0.140 0.208 0.024 0.021 0.033 0.047 0.076 0.015 0.013 0.117 0.306 64 S 0.115 0.143 0.003 0.026 0.018 0.041 0.098 0.015 0.002 0.071 0.470 65 L 0.097 0.028 0.009 0.034 0.017 0.039 0.124 0.008 0.004 0.113 0.527 66 F 0.023 0.009 0.009 0.045 0.018 0.034 0.186 0.002 0.005 0.047 0.621 67 E 0.023 0.010 0.003 0.015 0.009 0.017 0.108 0.002 0.002 0.025 0.786 68 Y 0.490 0.061 0.002 0.008 0.007 0.006 0.079 0.014 0.001 0.078 0.253 69 P 0.079 0.093 0.002 0.016 0.003 0.006 0.124 0.007 0.001 0.071 0.599 70 N 0.020 0.300 0.002 0.011 0.006 0.013 0.078 0.004 0.001 0.045 0.520 71 M 0.022 0.598 0.001 0.022 0.034 0.032 0.042 0.005 0.001 0.047 0.197 72 Q 0.009 0.719 0.002 0.015 0.014 0.021 0.019 0.002 0.001 0.071 0.129 73 V 0.006 0.879 0.001 0.008 0.011 0.011 0.006 0.001 0.001 0.043 0.034 74 R 0.003 0.942 0.001 0.005 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.018 0.018 75 L 0.003 0.971 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 76 Q 0.010 0.928 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.034 0.016 77 A 0.004 0.054 0.007 0.003 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.894 0.021 78 A 0.035 0.565 0.013 0.006 0.006 0.009 0.025 0.009 0.003 0.247 0.082 79 K 0.089 0.393 0.036 0.016 0.005 0.009 0.047 0.013 0.010 0.129 0.253 80 L 0.064 0.257 0.021 0.037 0.014 0.029 0.107 0.010 0.009 0.124 0.329 81 T 0.082 0.188 0.002 0.023 0.010 0.034 0.094 0.011 0.002 0.079 0.474 82 L 0.059 0.029 0.007 0.033 0.021 0.034 0.128 0.006 0.003 0.079 0.601 83 A 0.022 0.029 0.002 0.059 0.028 0.057 0.154 0.002 0.001 0.036 0.610 84 V 0.014 0.030 0.002 0.020 0.012 0.019 0.104 0.001 0.001 0.026 0.772 85 A 0.045 0.151 0.003 0.024 0.037 0.023 0.139 0.023 0.002 0.139 0.414 86 P 0.125 0.666 0.003 0.004 0.001 0.002 0.024 0.007 0.002 0.046 0.121 87 V 0.064 0.637 0.004 0.007 0.003 0.004 0.024 0.005 0.001 0.093 0.159 88 K 0.011 0.841 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.043 0.084 89 A 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.015 90 R 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.012 91 E 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.013 92 Q 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 93 L 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.006 94 E 0.012 0.314 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.607 0.048 95 A 0.033 0.282 0.035 0.002 0.001 0.001 0.037 0.004 0.012 0.460 0.134 96 I 0.142 0.205 0.173 0.007 0.001 0.002 0.047 0.031 0.069 0.167 0.157 97 V 0.331 0.103 0.036 0.006 0.001 0.003 0.058 0.017 0.041 0.036 0.368 98 S 0.153 0.052 0.001 0.002 0.001 0.002 0.056 0.004 0.001 0.010 0.720 99 S 0.076 0.010 0.001 0.004 0.001 0.004 0.094 0.007 0.001 0.033 0.770 100 K 0.024 0.016 0.002 0.022 0.005 0.017 0.174 0.002 0.001 0.036 0.700 101 W 0.018 0.031 0.002 0.022 0.004 0.010 0.085 0.001 0.001 0.017 0.809 102 F 0.179 0.076 0.005 0.023 0.025 0.017 0.129 0.015 0.002 0.097 0.432 103 P 0.158 0.070 0.002 0.022 0.004 0.006 0.100 0.008 0.001 0.073 0.555 104 Q 0.170 0.194 0.002 0.021 0.006 0.013 0.092 0.009 0.001 0.075 0.418 105 A 0.107 0.107 0.007 0.021 0.004 0.010 0.104 0.003 0.002 0.067 0.568 106 G 0.038 0.198 0.003 0.023 0.015 0.023 0.103 0.007 0.001 0.088 0.501 107 D 0.123 0.396 0.002 0.008 0.018 0.020 0.063 0.010 0.001 0.088 0.271 108 A 0.076 0.505 0.004 0.015 0.013 0.020 0.060 0.010 0.001 0.058 0.237 109 G 0.036 0.559 0.004 0.013 0.019 0.038 0.062 0.007 0.001 0.054 0.209 110 M 0.051 0.606 0.004 0.015 0.027 0.043 0.047 0.011 0.001 0.032 0.163 111 C 0.059 0.556 0.006 0.023 0.031 0.048 0.041 0.014 0.002 0.045 0.175 112 L 0.074 0.281 0.007 0.028 0.073 0.116 0.061 0.007 0.002 0.093 0.257 113 D 0.029 0.282 0.019 0.045 0.054 0.111 0.076 0.006 0.009 0.094 0.275 114 L 0.129 0.049 0.123 0.021 0.043 0.066 0.077 0.015 0.053 0.111 0.313 115 L 0.367 0.029 0.008 0.019 0.026 0.039 0.061 0.017 0.006 0.074 0.355 116 D 0.137 0.012 0.002 0.013 0.009 0.029 0.077 0.004 0.001 0.042 0.673 117 D 0.014 0.007 0.002 0.027 0.011 0.042 0.089 0.002 0.001 0.027 0.780 118 G 0.012 0.001 0.001 0.022 0.071 0.112 0.097 0.003 0.001 0.049 0.634 119 T 0.005 0.001 0.001 0.028 0.093 0.093 0.088 0.001 0.001 0.030 0.661 120 F 0.006 0.001 0.001 0.050 0.033 0.043 0.098 0.001 0.001 0.025 0.742 121 K 0.134 0.003 0.001 0.026 0.058 0.046 0.127 0.012 0.001 0.103 0.491 122 P 0.069 0.004 0.001 0.015 0.004 0.005 0.108 0.003 0.001 0.031 0.759 123 K 0.049 0.003 0.001 0.010 0.013 0.021 0.110 0.010 0.001 0.029 0.755