# TARGET T0382 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.187 0.071 0.019 0.207 0.014 0.028 0.102 0.066 0.096 0.072 2 S 0.042 0.367 0.150 0.022 0.170 0.017 0.032 0.101 0.050 0.032 0.016 3 K 0.129 0.099 0.044 0.007 0.152 0.010 0.025 0.151 0.150 0.162 0.071 4 L 0.078 0.302 0.112 0.018 0.202 0.015 0.027 0.108 0.068 0.043 0.027 5 D 0.140 0.265 0.097 0.010 0.260 0.004 0.010 0.066 0.030 0.059 0.060 6 L 0.044 0.026 0.005 0.003 0.046 0.004 0.010 0.280 0.459 0.092 0.031 7 H 0.011 0.024 0.008 0.006 0.024 0.022 0.074 0.503 0.265 0.055 0.010 8 Q 0.049 0.039 0.008 0.001 0.065 0.003 0.019 0.155 0.158 0.470 0.032 9 M 0.127 0.293 0.099 0.006 0.308 0.003 0.009 0.049 0.021 0.043 0.042 10 T 0.028 0.569 0.249 0.003 0.080 0.001 0.002 0.035 0.006 0.015 0.012 11 T 0.005 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.754 0.203 0.012 0.003 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.949 0.043 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.030 0.005 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.002 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.020 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.003 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.040 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.023 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.047 0.002 0.001 23 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.912 0.064 0.003 0.001 24 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.900 0.046 0.028 0.002 25 Q 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.875 0.078 0.017 0.002 26 D 0.002 0.009 0.002 0.002 0.005 0.005 0.013 0.832 0.124 0.006 0.001 27 D 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.020 0.806 0.116 0.038 0.005 28 A 0.004 0.015 0.009 0.002 0.012 0.006 0.039 0.770 0.108 0.033 0.002 29 L 0.038 0.023 0.008 0.003 0.032 0.005 0.020 0.666 0.108 0.067 0.030 30 L 0.018 0.067 0.024 0.011 0.029 0.015 0.048 0.589 0.118 0.067 0.014 31 G 0.014 0.041 0.024 0.016 0.033 0.022 0.045 0.639 0.099 0.051 0.015 32 N 0.020 0.081 0.045 0.018 0.048 0.023 0.041 0.536 0.093 0.073 0.022 33 Q 0.077 0.035 0.014 0.004 0.047 0.004 0.015 0.575 0.074 0.117 0.040 34 I 0.008 0.016 0.004 0.001 0.012 0.002 0.003 0.744 0.156 0.048 0.005 35 S 0.002 0.008 0.002 0.002 0.006 0.004 0.015 0.864 0.090 0.007 0.001 36 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.918 0.049 0.009 0.002 37 F 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.928 0.044 0.011 0.001 38 N 0.002 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.893 0.065 0.018 0.002 39 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.907 0.072 0.008 0.001 40 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.923 0.043 0.021 0.001 41 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.912 0.068 0.005 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.947 0.038 0.003 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.040 0.010 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.041 0.007 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.018 0.003 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.063 0.022 0.001 48 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.091 0.003 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.895 0.098 0.002 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.888 0.078 0.016 0.001 51 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.692 0.236 0.052 0.002 52 K 0.001 0.008 0.003 0.001 0.004 0.003 0.016 0.733 0.206 0.024 0.001 53 A 0.010 0.026 0.018 0.001 0.013 0.003 0.061 0.394 0.161 0.299 0.015 54 R 0.051 0.250 0.139 0.018 0.162 0.031 0.078 0.135 0.040 0.061 0.035 55 D 0.024 0.262 0.138 0.111 0.074 0.054 0.123 0.105 0.036 0.052 0.022 56 G 0.018 0.023 0.046 0.063 0.021 0.021 0.012 0.069 0.083 0.532 0.112 57 D 0.058 0.146 0.032 0.005 0.181 0.006 0.017 0.245 0.132 0.134 0.044 58 Q 0.029 0.051 0.018 0.002 0.050 0.002 0.006 0.470 0.183 0.168 0.021 59 R 0.022 0.049 0.012 0.003 0.050 0.003 0.008 0.706 0.097 0.041 0.010 60 T 0.008 0.015 0.005 0.003 0.018 0.007 0.020 0.824 0.079 0.017 0.004 61 A 0.006 0.012 0.007 0.003 0.014 0.002 0.011 0.862 0.055 0.024 0.004 62 L 0.006 0.010 0.003 0.001 0.010 0.002 0.008 0.838 0.092 0.027 0.003 63 L 0.008 0.010 0.003 0.002 0.013 0.004 0.017 0.715 0.198 0.023 0.006 64 S 0.005 0.017 0.008 0.003 0.015 0.003 0.030 0.701 0.190 0.025 0.003 65 L 0.005 0.013 0.008 0.005 0.009 0.026 0.143 0.487 0.222 0.078 0.003 66 F 0.021 0.058 0.015 0.006 0.039 0.007 0.062 0.424 0.185 0.160 0.023 67 E 0.072 0.025 0.012 0.005 0.062 0.035 0.120 0.080 0.095 0.399 0.095 68 Y 0.056 0.363 0.218 0.008 0.296 0.002 0.003 0.019 0.009 0.007 0.020 69 P 0.003 0.008 0.005 0.003 0.006 0.035 0.172 0.531 0.211 0.022 0.003 70 N 0.123 0.094 0.029 0.005 0.204 0.003 0.033 0.083 0.056 0.277 0.091 71 M 0.067 0.093 0.020 0.003 0.151 0.003 0.006 0.353 0.107 0.117 0.081 72 Q 0.033 0.045 0.006 0.001 0.086 0.003 0.019 0.697 0.070 0.024 0.014 73 V 0.076 0.042 0.010 0.002 0.076 0.002 0.006 0.716 0.047 0.013 0.010 74 R 0.007 0.019 0.006 0.003 0.024 0.003 0.006 0.893 0.030 0.006 0.002 75 L 0.009 0.006 0.001 0.001 0.011 0.003 0.011 0.923 0.029 0.003 0.003 76 Q 0.004 0.007 0.005 0.003 0.008 0.006 0.022 0.870 0.048 0.023 0.003 77 A 0.004 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.005 0.850 0.070 0.049 0.002 78 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.885 0.091 0.005 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.920 0.055 0.002 0.001 80 L 0.003 0.005 0.002 0.001 0.007 0.004 0.024 0.857 0.077 0.019 0.001 81 T 0.009 0.006 0.001 0.001 0.014 0.002 0.011 0.778 0.140 0.034 0.003 82 L 0.015 0.027 0.003 0.002 0.033 0.005 0.019 0.633 0.162 0.095 0.007 83 A 0.029 0.082 0.017 0.002 0.113 0.003 0.053 0.439 0.112 0.128 0.021 84 V 0.076 0.228 0.075 0.005 0.167 0.007 0.060 0.209 0.069 0.065 0.037 85 A 0.016 0.509 0.283 0.008 0.097 0.002 0.010 0.057 0.011 0.003 0.004 86 P 0.018 0.265 0.061 0.004 0.069 0.004 0.013 0.431 0.111 0.015 0.007 87 V 0.001 0.011 0.005 0.001 0.004 0.016 0.040 0.638 0.261 0.021 0.002 88 K 0.010 0.015 0.008 0.003 0.008 0.002 0.010 0.713 0.100 0.116 0.015 89 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.819 0.117 0.050 0.001 90 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.936 0.049 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.018 0.001 0.001 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.019 0.008 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.039 0.003 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.040 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.976 0.016 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.923 0.056 0.008 0.001 97 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.808 0.141 0.021 0.002 98 S 0.006 0.019 0.006 0.003 0.011 0.009 0.072 0.484 0.222 0.160 0.009 99 S 0.022 0.369 0.145 0.010 0.171 0.009 0.034 0.107 0.074 0.048 0.011 100 K 0.076 0.049 0.029 0.014 0.059 0.011 0.060 0.224 0.166 0.223 0.090 101 W 0.054 0.094 0.046 0.034 0.077 0.036 0.144 0.135 0.099 0.226 0.054 102 F 0.056 0.359 0.174 0.031 0.195 0.011 0.022 0.060 0.029 0.026 0.037 103 P 0.033 0.380 0.221 0.017 0.114 0.013 0.023 0.103 0.061 0.021 0.014 104 Q 0.053 0.130 0.098 0.018 0.083 0.029 0.098 0.250 0.133 0.081 0.026 105 A 0.029 0.204 0.103 0.052 0.084 0.060 0.119 0.171 0.075 0.078 0.026 106 G 0.015 0.076 0.125 0.181 0.023 0.101 0.047 0.080 0.053 0.240 0.059 107 D 0.085 0.094 0.065 0.020 0.087 0.011 0.024 0.174 0.101 0.262 0.077 108 A 0.015 0.104 0.033 0.009 0.045 0.011 0.015 0.513 0.191 0.052 0.012 109 G 0.006 0.014 0.007 0.014 0.012 0.017 0.028 0.595 0.184 0.107 0.016 110 M 0.021 0.045 0.033 0.007 0.042 0.007 0.027 0.682 0.086 0.042 0.008 111 C 0.009 0.030 0.012 0.002 0.019 0.001 0.003 0.788 0.086 0.045 0.004 112 L 0.006 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.770 0.178 0.022 0.004 113 D 0.002 0.011 0.003 0.001 0.007 0.002 0.019 0.835 0.111 0.007 0.001 114 L 0.004 0.010 0.005 0.001 0.013 0.003 0.041 0.747 0.111 0.061 0.002 115 L 0.031 0.065 0.040 0.005 0.040 0.007 0.046 0.567 0.132 0.054 0.013 116 D 0.026 0.043 0.041 0.025 0.028 0.043 0.096 0.431 0.137 0.105 0.025 117 D 0.010 0.471 0.171 0.047 0.069 0.028 0.063 0.049 0.031 0.050 0.010 118 G 0.026 0.022 0.025 0.041 0.020 0.010 0.006 0.024 0.059 0.600 0.169 119 T 0.071 0.231 0.064 0.010 0.254 0.015 0.075 0.123 0.079 0.057 0.020 120 F 0.108 0.247 0.120 0.019 0.283 0.009 0.020 0.032 0.035 0.068 0.058 121 K 0.102 0.321 0.214 0.018 0.268 0.006 0.015 0.019 0.008 0.007 0.021 122 P 0.100 0.285 0.103 0.006 0.225 0.006 0.012 0.084 0.092 0.047 0.039 123 K 0.048 0.191 0.090 0.017 0.113 0.034 0.086 0.178 0.134 0.083 0.025