# TARGET T0382 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.683 0.194 0.071 0.035 0.013 0.003 0.001 2 S 0.582 0.223 0.108 0.059 0.022 0.005 0.001 3 K 0.609 0.253 0.090 0.036 0.009 0.002 0.001 4 L 0.452 0.258 0.152 0.091 0.038 0.009 0.001 5 D 0.477 0.261 0.145 0.077 0.030 0.009 0.001 6 L 0.210 0.205 0.230 0.212 0.113 0.029 0.002 7 H 0.237 0.285 0.231 0.165 0.063 0.017 0.001 8 Q 0.227 0.326 0.224 0.140 0.061 0.019 0.002 9 M 0.052 0.085 0.155 0.275 0.303 0.120 0.009 10 T 0.076 0.232 0.269 0.222 0.131 0.061 0.008 11 T 0.013 0.036 0.093 0.246 0.369 0.224 0.020 12 Q 0.095 0.330 0.331 0.173 0.058 0.013 0.001 13 D 0.027 0.210 0.378 0.271 0.096 0.016 0.001 14 L 0.001 0.002 0.012 0.084 0.352 0.510 0.039 15 V 0.001 0.005 0.017 0.093 0.347 0.482 0.056 16 A 0.004 0.073 0.242 0.359 0.236 0.081 0.006 17 L 0.001 0.004 0.044 0.246 0.442 0.250 0.014 18 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.498 0.461 19 A 0.001 0.003 0.010 0.070 0.275 0.551 0.090 20 K 0.001 0.025 0.216 0.410 0.267 0.069 0.012 21 V 0.001 0.001 0.004 0.055 0.340 0.551 0.050 22 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.066 0.633 0.293 23 V 0.003 0.036 0.146 0.323 0.341 0.144 0.008 24 E 0.004 0.055 0.270 0.434 0.205 0.030 0.003 25 Q 0.001 0.004 0.007 0.032 0.148 0.521 0.287 26 D 0.010 0.034 0.063 0.200 0.363 0.301 0.030 27 D 0.029 0.179 0.323 0.284 0.142 0.039 0.004 28 A 0.026 0.040 0.091 0.258 0.338 0.217 0.031 29 L 0.022 0.037 0.042 0.097 0.215 0.414 0.174 30 L 0.099 0.161 0.175 0.224 0.200 0.118 0.022 31 G 0.176 0.264 0.246 0.181 0.091 0.033 0.008 32 N 0.138 0.196 0.222 0.225 0.148 0.060 0.011 33 Q 0.244 0.303 0.212 0.133 0.072 0.031 0.005 34 I 0.148 0.188 0.207 0.220 0.175 0.057 0.006 35 S 0.404 0.275 0.166 0.092 0.044 0.016 0.004 36 R 0.212 0.300 0.221 0.170 0.068 0.025 0.004 37 F 0.034 0.043 0.077 0.214 0.331 0.258 0.043 38 N 0.086 0.169 0.225 0.253 0.173 0.081 0.013 39 R 0.137 0.271 0.264 0.181 0.089 0.048 0.011 40 L 0.072 0.057 0.087 0.204 0.294 0.241 0.045 41 F 0.111 0.156 0.204 0.230 0.184 0.100 0.015 42 G 0.236 0.364 0.213 0.111 0.049 0.022 0.005 43 V 0.072 0.155 0.211 0.263 0.193 0.092 0.014 44 M 0.027 0.049 0.073 0.173 0.315 0.314 0.049 45 A 0.102 0.260 0.295 0.225 0.087 0.028 0.003 46 E 0.043 0.163 0.348 0.302 0.121 0.022 0.001 47 I 0.011 0.013 0.024 0.078 0.311 0.503 0.061 48 A 0.020 0.065 0.186 0.399 0.269 0.059 0.002 49 D 0.216 0.525 0.195 0.051 0.011 0.002 0.001 50 E 0.037 0.133 0.316 0.388 0.114 0.012 0.001 51 L 0.019 0.027 0.065 0.265 0.452 0.167 0.004 52 K 0.187 0.449 0.262 0.084 0.016 0.001 0.001 53 A 0.712 0.223 0.046 0.015 0.004 0.001 0.001 54 R 0.266 0.339 0.260 0.106 0.025 0.004 0.001 55 D 0.687 0.207 0.066 0.031 0.007 0.001 0.001 56 G 0.695 0.165 0.068 0.042 0.022 0.006 0.001 57 D 0.381 0.261 0.185 0.103 0.051 0.017 0.002 58 Q 0.171 0.190 0.184 0.210 0.155 0.079 0.011 59 R 0.122 0.141 0.180 0.250 0.214 0.085 0.009 60 T 0.123 0.278 0.295 0.212 0.075 0.016 0.001 61 A 0.162 0.101 0.153 0.262 0.220 0.093 0.009 62 L 0.158 0.091 0.079 0.123 0.201 0.285 0.064 63 L 0.150 0.156 0.205 0.242 0.158 0.076 0.012 64 S 0.179 0.175 0.181 0.213 0.146 0.090 0.015 65 L 0.090 0.099 0.098 0.137 0.214 0.293 0.069 66 F 0.102 0.094 0.131 0.251 0.256 0.152 0.014 67 E 0.331 0.378 0.185 0.076 0.023 0.005 0.001 68 Y 0.430 0.210 0.178 0.121 0.052 0.008 0.001 69 P 0.696 0.235 0.053 0.013 0.002 0.001 0.001 70 N 0.364 0.250 0.179 0.137 0.057 0.012 0.001 71 M 0.433 0.249 0.159 0.100 0.046 0.012 0.001 72 Q 0.400 0.318 0.167 0.082 0.026 0.005 0.001 73 V 0.080 0.076 0.130 0.274 0.272 0.148 0.021 74 R 0.065 0.127 0.147 0.193 0.220 0.210 0.037 75 L 0.071 0.141 0.197 0.252 0.212 0.111 0.015 76 Q 0.132 0.195 0.255 0.250 0.125 0.039 0.005 77 A 0.104 0.091 0.112 0.162 0.223 0.247 0.061 78 A 0.056 0.061 0.077 0.176 0.274 0.291 0.065 79 K 0.093 0.217 0.249 0.251 0.136 0.047 0.007 80 L 0.118 0.097 0.153 0.264 0.227 0.124 0.016 81 T 0.125 0.123 0.092 0.100 0.155 0.307 0.099 82 L 0.142 0.087 0.083 0.144 0.217 0.254 0.072 83 A 0.161 0.192 0.211 0.226 0.140 0.058 0.012 84 V 0.275 0.156 0.124 0.154 0.158 0.111 0.023 85 A 0.203 0.225 0.208 0.210 0.107 0.043 0.003 86 P 0.205 0.268 0.233 0.162 0.094 0.033 0.004 87 V 0.620 0.220 0.093 0.045 0.017 0.004 0.001 88 K 0.522 0.303 0.118 0.043 0.012 0.003 0.001 89 A 0.230 0.148 0.148 0.224 0.183 0.062 0.005 90 R 0.161 0.230 0.266 0.227 0.095 0.020 0.001 91 E 0.497 0.375 0.096 0.025 0.005 0.001 0.001 92 Q 0.116 0.214 0.308 0.261 0.087 0.014 0.001 93 L 0.029 0.024 0.054 0.214 0.448 0.222 0.009 94 E 0.135 0.348 0.325 0.157 0.031 0.004 0.001 95 A 0.279 0.463 0.175 0.066 0.014 0.003 0.001 96 I 0.044 0.080 0.164 0.336 0.281 0.090 0.005 97 V 0.097 0.165 0.238 0.298 0.162 0.037 0.002 98 S 0.529 0.337 0.097 0.028 0.007 0.002 0.001 99 S 0.423 0.303 0.175 0.075 0.020 0.003 0.001 100 K 0.427 0.287 0.158 0.086 0.032 0.009 0.001 101 W 0.297 0.262 0.182 0.143 0.081 0.031 0.004 102 F 0.176 0.160 0.185 0.229 0.175 0.068 0.008 103 P 0.246 0.238 0.189 0.162 0.100 0.053 0.012 104 Q 0.279 0.256 0.180 0.144 0.084 0.044 0.012 105 A 0.280 0.207 0.164 0.144 0.108 0.073 0.024 106 G 0.276 0.187 0.159 0.164 0.129 0.068 0.016 107 D 0.175 0.235 0.206 0.160 0.104 0.088 0.032 108 A 0.072 0.053 0.073 0.160 0.265 0.280 0.096 109 G 0.071 0.146 0.234 0.257 0.175 0.090 0.026 110 M 0.072 0.138 0.170 0.209 0.212 0.157 0.042 111 C 0.014 0.020 0.045 0.115 0.265 0.405 0.135 112 L 0.022 0.025 0.038 0.092 0.229 0.449 0.145 113 D 0.045 0.188 0.267 0.286 0.147 0.059 0.009 114 L 0.029 0.109 0.205 0.322 0.235 0.090 0.010 115 L 0.016 0.030 0.057 0.133 0.318 0.370 0.078 116 D 0.205 0.265 0.214 0.176 0.097 0.039 0.004 117 D 0.388 0.342 0.175 0.071 0.020 0.004 0.001 118 G 0.279 0.215 0.202 0.187 0.093 0.022 0.001 119 T 0.339 0.310 0.191 0.103 0.042 0.014 0.001 120 F 0.212 0.153 0.171 0.230 0.176 0.054 0.004 121 K 0.468 0.304 0.153 0.058 0.015 0.003 0.001 122 P 0.447 0.257 0.156 0.102 0.033 0.005 0.001 123 K 0.712 0.200 0.063 0.019 0.005 0.001 0.001