# TARGET T0381 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 840 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.045 0.001 0.007 0.134 0.769 2 T 0.107 0.191 0.002 0.018 0.196 0.487 3 A 0.071 0.031 0.004 0.016 0.258 0.621 4 T 0.026 0.022 0.006 0.019 0.385 0.542 5 E 0.025 0.024 0.004 0.012 0.256 0.678 6 P 0.027 0.040 0.007 0.018 0.169 0.739 7 T 0.016 0.017 0.020 0.027 0.278 0.642 8 E 0.011 0.012 0.063 0.062 0.413 0.439 9 K 0.007 0.014 0.077 0.090 0.436 0.375 10 I 0.007 0.014 0.104 0.115 0.480 0.280 11 L 0.006 0.011 0.054 0.136 0.484 0.310 12 P 0.004 0.009 0.046 0.154 0.450 0.337 13 S 0.004 0.006 0.029 0.235 0.385 0.342 14 P 0.003 0.004 0.039 0.462 0.283 0.210 15 D 0.006 0.006 0.032 0.533 0.222 0.201 16 Y 0.010 0.006 0.021 0.780 0.065 0.117 17 V 0.007 0.002 0.006 0.948 0.013 0.024 18 Q 0.004 0.001 0.005 0.970 0.007 0.013 19 S 0.002 0.001 0.004 0.987 0.002 0.005 20 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 29 C 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.003 30 F 0.001 0.001 0.004 0.977 0.010 0.008 31 D 0.001 0.001 0.014 0.923 0.036 0.025 32 H 0.002 0.002 0.017 0.592 0.194 0.194 33 R 0.002 0.002 0.023 0.232 0.354 0.386 34 N 0.003 0.003 0.050 0.055 0.521 0.369 35 Q 0.004 0.003 0.069 0.041 0.596 0.287 36 R 0.007 0.007 0.074 0.036 0.493 0.384 37 R 0.020 0.016 0.020 0.040 0.366 0.538 38 T 0.030 0.014 0.003 0.024 0.079 0.850 39 L 0.003 0.001 0.009 0.953 0.020 0.015 40 S 0.001 0.001 0.004 0.984 0.009 0.002 41 D 0.001 0.001 0.003 0.987 0.008 0.001 42 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 43 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.001 44 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.008 0.002 45 A 0.001 0.001 0.009 0.977 0.009 0.005 46 T 0.001 0.001 0.008 0.889 0.027 0.076 47 D 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.952 48 L 0.001 0.002 0.001 0.004 0.071 0.921 49 T 0.004 0.005 0.002 0.011 0.090 0.890 50 R 0.001 0.001 0.038 0.846 0.055 0.057 51 A 0.001 0.001 0.023 0.942 0.020 0.014 52 T 0.001 0.001 0.015 0.979 0.003 0.002 53 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 61 V 0.001 0.001 0.003 0.975 0.014 0.008 62 E 0.001 0.001 0.006 0.950 0.026 0.017 63 L 0.003 0.001 0.006 0.850 0.055 0.085 64 G 0.011 0.001 0.002 0.051 0.154 0.781 65 Y 0.200 0.011 0.007 0.026 0.156 0.601 66 V 0.674 0.015 0.009 0.020 0.114 0.167 67 A 0.818 0.012 0.007 0.009 0.083 0.071 68 T 0.775 0.008 0.006 0.006 0.092 0.113 69 D 0.385 0.015 0.006 0.006 0.478 0.109 70 G 0.053 0.004 0.014 0.009 0.842 0.077 71 S 0.028 0.001 0.013 0.007 0.863 0.088 72 A 0.385 0.016 0.009 0.016 0.445 0.130 73 F 0.740 0.033 0.001 0.013 0.048 0.166 74 W 0.748 0.039 0.001 0.021 0.027 0.165 75 L 0.491 0.017 0.003 0.075 0.058 0.356 76 T 0.153 0.008 0.007 0.146 0.076 0.610 77 P 0.021 0.001 0.031 0.837 0.039 0.070 78 R 0.020 0.002 0.052 0.855 0.041 0.029 79 V 0.018 0.003 0.039 0.890 0.031 0.020 80 L 0.009 0.001 0.014 0.948 0.015 0.012 81 E 0.004 0.001 0.008 0.970 0.010 0.008 82 L 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.004 83 G 0.001 0.001 0.003 0.980 0.008 0.008 84 Y 0.001 0.001 0.010 0.960 0.017 0.011 85 S 0.001 0.001 0.015 0.940 0.030 0.013 86 Y 0.001 0.001 0.019 0.922 0.041 0.017 87 L 0.002 0.002 0.059 0.820 0.087 0.030 88 S 0.002 0.001 0.071 0.768 0.098 0.061 89 S 0.004 0.001 0.031 0.588 0.150 0.226 90 L 0.005 0.003 0.011 0.231 0.162 0.588 91 S 0.008 0.009 0.015 0.224 0.127 0.617 92 L 0.004 0.002 0.064 0.819 0.059 0.053 93 P 0.002 0.001 0.101 0.824 0.049 0.023 94 E 0.002 0.001 0.108 0.820 0.048 0.022 95 V 0.001 0.001 0.059 0.869 0.040 0.030 96 A 0.001 0.002 0.016 0.902 0.029 0.050 97 Q 0.001 0.001 0.009 0.865 0.027 0.098 98 P 0.001 0.001 0.004 0.978 0.005 0.012 99 H 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 100 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 104 S 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 105 H 0.001 0.001 0.003 0.982 0.012 0.003 106 K 0.001 0.001 0.005 0.968 0.016 0.010 107 V 0.001 0.002 0.003 0.920 0.022 0.052 108 H 0.004 0.001 0.002 0.053 0.091 0.849 109 E 0.098 0.005 0.005 0.046 0.170 0.676 110 S 0.628 0.012 0.006 0.021 0.093 0.240 111 S 0.860 0.006 0.007 0.017 0.043 0.069 112 S 0.920 0.001 0.010 0.011 0.025 0.033 113 V 0.930 0.002 0.010 0.010 0.023 0.025 114 S 0.942 0.002 0.005 0.008 0.024 0.021 115 I 0.956 0.001 0.003 0.003 0.022 0.015 116 L 0.924 0.005 0.002 0.003 0.041 0.026 117 D 0.674 0.021 0.005 0.005 0.252 0.042 118 G 0.085 0.002 0.019 0.008 0.842 0.044 119 A 0.086 0.002 0.017 0.006 0.814 0.074 120 D 0.772 0.009 0.003 0.002 0.147 0.067 121 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 122 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 123 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 124 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 125 A 0.963 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 126 R 0.846 0.003 0.001 0.001 0.031 0.118 127 V 0.649 0.015 0.002 0.002 0.103 0.229 128 P 0.362 0.009 0.007 0.003 0.274 0.345 129 V 0.173 0.012 0.012 0.003 0.444 0.357 130 S 0.146 0.014 0.027 0.004 0.498 0.313 131 R 0.226 0.014 0.022 0.003 0.399 0.335 132 I 0.454 0.012 0.019 0.003 0.218 0.295 133 M 0.708 0.008 0.009 0.003 0.097 0.175 134 T 0.825 0.010 0.005 0.003 0.048 0.109 135 V 0.862 0.008 0.003 0.003 0.032 0.093 136 G 0.824 0.006 0.003 0.004 0.049 0.115 137 I 0.680 0.018 0.004 0.006 0.096 0.196 138 T 0.378 0.017 0.005 0.006 0.454 0.141 139 I 0.190 0.010 0.006 0.007 0.655 0.131 140 G 0.117 0.005 0.006 0.004 0.721 0.146 141 T 0.512 0.035 0.005 0.007 0.320 0.122 142 R 0.639 0.043 0.005 0.017 0.099 0.197 143 L 0.455 0.042 0.012 0.033 0.163 0.295 144 P 0.268 0.016 0.047 0.057 0.301 0.311 145 A 0.156 0.015 0.164 0.084 0.341 0.240 146 Y 0.186 0.030 0.171 0.099 0.301 0.214 147 A 0.185 0.029 0.128 0.149 0.250 0.259 148 T 0.115 0.018 0.052 0.183 0.327 0.305 149 S 0.019 0.004 0.050 0.710 0.152 0.065 150 M 0.013 0.003 0.034 0.805 0.123 0.023 151 G 0.007 0.001 0.018 0.890 0.068 0.015 152 R 0.005 0.001 0.009 0.964 0.016 0.006 153 V 0.010 0.002 0.012 0.950 0.021 0.005 154 L 0.011 0.002 0.016 0.933 0.030 0.009 155 L 0.014 0.003 0.031 0.881 0.051 0.020 156 A 0.013 0.002 0.047 0.761 0.122 0.055 157 G 0.015 0.004 0.030 0.337 0.280 0.335 158 L 0.008 0.011 0.003 0.024 0.183 0.772 159 P 0.003 0.004 0.002 0.037 0.119 0.834 160 D 0.001 0.001 0.011 0.930 0.034 0.024 161 D 0.001 0.001 0.007 0.957 0.027 0.008 162 E 0.001 0.001 0.009 0.974 0.014 0.003 163 L 0.001 0.001 0.005 0.981 0.007 0.007 164 D 0.001 0.001 0.008 0.974 0.013 0.004 165 A 0.001 0.001 0.009 0.965 0.019 0.007 166 Y 0.001 0.001 0.007 0.951 0.025 0.016 167 L 0.001 0.001 0.025 0.935 0.027 0.012 168 E 0.002 0.001 0.039 0.866 0.053 0.040 169 K 0.003 0.001 0.034 0.687 0.119 0.156 170 L 0.015 0.010 0.029 0.315 0.207 0.424 171 D 0.015 0.007 0.031 0.151 0.235 0.562 172 I 0.014 0.008 0.090 0.128 0.282 0.478 173 Q 0.017 0.011 0.109 0.101 0.282 0.480 174 R 0.032 0.022 0.081 0.082 0.285 0.497 175 L 0.026 0.018 0.031 0.059 0.275 0.592 176 T 0.023 0.050 0.020 0.033 0.588 0.286 177 E 0.021 0.012 0.041 0.041 0.714 0.171 178 R 0.014 0.007 0.056 0.030 0.746 0.146 179 T 0.036 0.022 0.059 0.026 0.731 0.125 180 I 0.054 0.030 0.047 0.052 0.473 0.344 181 T 0.032 0.072 0.026 0.061 0.320 0.489 182 A 0.012 0.014 0.011 0.075 0.236 0.652 183 R 0.001 0.001 0.013 0.962 0.015 0.010 184 D 0.001 0.001 0.007 0.971 0.017 0.006 185 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.009 0.001 186 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.004 187 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 190 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 192 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.008 0.004 193 V 0.001 0.001 0.003 0.976 0.014 0.006 194 R 0.002 0.001 0.008 0.965 0.017 0.008 195 A 0.003 0.001 0.011 0.931 0.033 0.021 196 D 0.005 0.001 0.011 0.792 0.066 0.126 197 G 0.009 0.002 0.003 0.018 0.143 0.824 198 I 0.099 0.007 0.008 0.011 0.212 0.663 199 C 0.467 0.018 0.013 0.010 0.181 0.311 200 V 0.511 0.060 0.012 0.007 0.149 0.262 201 L 0.421 0.010 0.010 0.009 0.182 0.369 202 D 0.038 0.002 0.303 0.219 0.369 0.068 203 Q 0.011 0.002 0.313 0.355 0.289 0.031 204 E 0.028 0.014 0.250 0.248 0.412 0.048 205 L 0.051 0.032 0.050 0.221 0.325 0.321 206 E 0.082 0.047 0.052 0.128 0.601 0.091 207 A 0.067 0.009 0.075 0.115 0.670 0.065 208 G 0.063 0.002 0.043 0.024 0.775 0.093 209 L 0.261 0.011 0.016 0.009 0.581 0.122 210 R 0.666 0.024 0.006 0.009 0.096 0.199 211 S 0.897 0.014 0.002 0.002 0.030 0.054 212 M 0.909 0.002 0.001 0.002 0.030 0.055 213 A 0.925 0.002 0.002 0.001 0.024 0.046 214 A 0.927 0.004 0.001 0.001 0.022 0.045 215 P 0.888 0.004 0.001 0.001 0.026 0.081 216 I 0.780 0.006 0.004 0.001 0.065 0.143 217 R 0.764 0.142 0.001 0.001 0.030 0.063 218 G 0.295 0.030 0.002 0.001 0.651 0.021 219 A 0.012 0.001 0.003 0.001 0.979 0.004 220 S 0.006 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 221 G 0.036 0.007 0.001 0.001 0.947 0.010 222 L 0.475 0.007 0.001 0.001 0.099 0.419 223 T 0.950 0.016 0.001 0.001 0.005 0.029 224 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 225 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 226 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 227 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 228 N 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 229 I 0.927 0.004 0.002 0.001 0.018 0.048 230 S 0.806 0.013 0.004 0.004 0.064 0.109 231 T 0.479 0.015 0.006 0.006 0.171 0.324 232 P 0.234 0.008 0.039 0.020 0.343 0.357 233 A 0.100 0.009 0.251 0.040 0.404 0.196 234 A 0.086 0.009 0.274 0.055 0.411 0.165 235 R 0.075 0.016 0.187 0.055 0.409 0.259 236 Y 0.043 0.020 0.019 0.033 0.294 0.590 237 S 0.011 0.007 0.008 0.031 0.249 0.694 238 L 0.002 0.001 0.124 0.621 0.186 0.066 239 E 0.003 0.001 0.082 0.697 0.171 0.046 240 D 0.001 0.001 0.091 0.804 0.087 0.016 241 L 0.003 0.002 0.031 0.850 0.059 0.055 242 H 0.002 0.002 0.047 0.850 0.072 0.028 243 S 0.001 0.001 0.053 0.816 0.079 0.050 244 D 0.001 0.001 0.046 0.777 0.081 0.095 245 L 0.001 0.002 0.021 0.852 0.049 0.076 246 I 0.001 0.001 0.019 0.869 0.046 0.065 247 P 0.001 0.001 0.020 0.915 0.032 0.031 248 S 0.001 0.001 0.015 0.940 0.022 0.021 249 L 0.001 0.001 0.004 0.970 0.011 0.014 250 R 0.001 0.001 0.003 0.969 0.011 0.017 251 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.006 0.008 252 T 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.009 253 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.004 254 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 255 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 256 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 257 E 0.001 0.001 0.006 0.971 0.016 0.006 258 Q 0.001 0.001 0.010 0.938 0.030 0.021 259 D 0.001 0.001 0.015 0.864 0.051 0.069 260 L 0.003 0.007 0.036 0.497 0.166 0.292 261 A 0.011 0.006 0.056 0.129 0.318 0.479 262 T 0.027 0.013 0.073 0.109 0.314 0.463 263 V 0.036 0.022 0.031 0.057 0.233 0.621 264 N 0.020 0.008 0.011 0.037 0.131 0.793 265 R 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.973