# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 804.578 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.004 0.134 0.117 0.179 0.106 0.084 0.364 2 T 0.053 0.010 0.133 0.108 0.149 0.108 0.064 0.376 3 A 0.018 0.006 0.074 0.072 0.109 0.110 0.052 0.558 4 T 0.048 0.027 0.052 0.029 0.046 0.150 0.059 0.590 5 E 0.101 0.063 0.036 0.031 0.036 0.173 0.070 0.491 6 P 0.059 0.047 0.018 0.010 0.012 0.102 0.039 0.713 7 T 0.513 0.150 0.009 0.010 0.014 0.040 0.103 0.161 8 E 0.270 0.051 0.011 0.011 0.015 0.092 0.048 0.501 9 K 0.034 0.016 0.011 0.021 0.036 0.097 0.045 0.741 10 I 0.041 0.015 0.008 0.010 0.017 0.117 0.040 0.752 11 L 0.039 0.020 0.012 0.020 0.027 0.205 0.044 0.634 12 P 0.042 0.026 0.006 0.004 0.004 0.081 0.021 0.815 13 S 0.333 0.368 0.003 0.003 0.004 0.030 0.074 0.186 14 P 0.080 0.393 0.007 0.003 0.006 0.072 0.035 0.404 15 D 0.015 0.314 0.022 0.013 0.024 0.083 0.217 0.313 16 Y 0.007 0.817 0.005 0.003 0.004 0.016 0.084 0.064 17 V 0.006 0.948 0.003 0.001 0.001 0.004 0.024 0.013 18 Q 0.005 0.872 0.004 0.002 0.001 0.003 0.098 0.015 19 S 0.005 0.807 0.002 0.001 0.001 0.002 0.179 0.005 20 L 0.002 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.002 21 A 0.001 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.006 22 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 23 G 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 24 L 0.002 0.908 0.003 0.001 0.001 0.001 0.081 0.002 25 A 0.002 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 26 V 0.013 0.933 0.016 0.001 0.001 0.004 0.025 0.008 27 I 0.025 0.835 0.047 0.005 0.003 0.008 0.058 0.019 28 R 0.057 0.641 0.063 0.007 0.008 0.020 0.051 0.152 29 C 0.082 0.383 0.074 0.006 0.007 0.062 0.077 0.309 30 F 0.114 0.102 0.210 0.030 0.015 0.068 0.233 0.229 31 D 0.176 0.049 0.020 0.007 0.007 0.067 0.060 0.614 32 H 0.104 0.023 0.016 0.003 0.004 0.065 0.044 0.740 33 R 0.090 0.023 0.008 0.004 0.005 0.100 0.020 0.749 34 N 0.047 0.014 0.007 0.002 0.003 0.069 0.075 0.782 35 Q 0.053 0.139 0.009 0.004 0.006 0.107 0.042 0.640 36 R 0.044 0.117 0.020 0.005 0.008 0.094 0.157 0.555 37 R 0.017 0.222 0.037 0.023 0.013 0.089 0.189 0.410 38 T 0.015 0.872 0.009 0.002 0.004 0.012 0.037 0.050 39 L 0.010 0.962 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.013 40 S 0.004 0.941 0.010 0.002 0.002 0.003 0.027 0.010 41 D 0.013 0.962 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.008 42 V 0.049 0.071 0.043 0.002 0.002 0.010 0.811 0.013 43 A 0.013 0.039 0.030 0.003 0.002 0.010 0.880 0.024 44 R 0.409 0.100 0.013 0.001 0.003 0.039 0.032 0.404 45 A 0.072 0.015 0.014 0.003 0.003 0.072 0.077 0.746 46 T 0.011 0.021 0.010 0.003 0.005 0.119 0.085 0.747 47 D 0.037 0.043 0.005 0.001 0.003 0.159 0.026 0.725 48 L 0.023 0.040 0.011 0.006 0.002 0.107 0.321 0.491 49 T 0.040 0.837 0.002 0.001 0.001 0.013 0.063 0.044 50 R 0.014 0.902 0.002 0.001 0.001 0.012 0.022 0.047 51 A 0.002 0.913 0.012 0.002 0.001 0.006 0.042 0.022 52 T 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 53 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 54 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 55 R 0.001 0.172 0.001 0.001 0.001 0.002 0.818 0.004 56 F 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.001 57 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 58 L 0.002 0.961 0.003 0.006 0.003 0.002 0.015 0.008 59 T 0.007 0.926 0.005 0.004 0.008 0.003 0.042 0.005 60 L 0.169 0.544 0.042 0.009 0.009 0.015 0.175 0.037 61 V 0.397 0.239 0.030 0.035 0.016 0.053 0.077 0.154 62 E 0.035 0.082 0.005 0.003 0.004 0.042 0.016 0.813 63 L 0.015 0.079 0.022 0.009 0.045 0.123 0.027 0.681 64 G 0.025 0.022 0.069 0.198 0.256 0.073 0.170 0.188 65 Y 0.029 0.009 0.023 0.215 0.198 0.082 0.099 0.346 66 V 0.020 0.006 0.039 0.268 0.327 0.043 0.040 0.258 67 A 0.012 0.002 0.030 0.150 0.259 0.080 0.034 0.434 68 T 0.042 0.003 0.027 0.050 0.059 0.084 0.052 0.683 69 D 0.200 0.014 0.015 0.044 0.047 0.097 0.045 0.538 70 G 0.068 0.008 0.013 0.014 0.031 0.098 0.028 0.740 71 S 0.053 0.014 0.027 0.043 0.098 0.116 0.058 0.591 72 A 0.013 0.006 0.043 0.077 0.151 0.076 0.093 0.542 73 F 0.012 0.014 0.064 0.171 0.164 0.083 0.058 0.432 74 W 0.007 0.014 0.084 0.132 0.158 0.083 0.047 0.474 75 L 0.020 0.106 0.075 0.068 0.076 0.079 0.036 0.540 76 T 0.099 0.616 0.020 0.021 0.024 0.025 0.092 0.104 77 P 0.045 0.680 0.032 0.013 0.014 0.028 0.064 0.124 78 R 0.015 0.818 0.015 0.012 0.019 0.013 0.059 0.049 79 V 0.025 0.816 0.023 0.005 0.009 0.012 0.063 0.046 80 L 0.032 0.820 0.022 0.013 0.012 0.016 0.048 0.036 81 E 0.017 0.316 0.047 0.012 0.015 0.029 0.418 0.147 82 L 0.016 0.667 0.022 0.005 0.009 0.023 0.201 0.056 83 G 0.066 0.783 0.018 0.004 0.006 0.017 0.060 0.046 84 Y 0.110 0.291 0.037 0.010 0.012 0.050 0.263 0.226 85 S 0.018 0.119 0.043 0.009 0.012 0.046 0.562 0.190 86 Y 0.200 0.167 0.035 0.007 0.010 0.080 0.198 0.301 87 L 0.266 0.027 0.050 0.014 0.012 0.101 0.133 0.397 88 S 0.057 0.016 0.009 0.003 0.005 0.087 0.045 0.778 89 S 0.056 0.021 0.009 0.002 0.004 0.101 0.033 0.773 90 L 0.014 0.020 0.024 0.008 0.006 0.193 0.024 0.711 91 S 0.062 0.108 0.014 0.003 0.004 0.093 0.032 0.685 92 L 0.214 0.393 0.018 0.004 0.004 0.043 0.143 0.181 93 P 0.125 0.526 0.022 0.003 0.005 0.041 0.080 0.198 94 E 0.072 0.246 0.046 0.008 0.010 0.057 0.210 0.351 95 V 0.011 0.466 0.041 0.011 0.014 0.078 0.107 0.273 96 A 0.017 0.890 0.010 0.001 0.003 0.013 0.021 0.046 97 Q 0.014 0.935 0.006 0.002 0.001 0.006 0.014 0.022 98 P 0.006 0.942 0.009 0.001 0.001 0.005 0.013 0.022 99 H 0.018 0.943 0.003 0.001 0.001 0.003 0.025 0.008 100 L 0.035 0.481 0.016 0.001 0.001 0.006 0.445 0.016 101 E 0.008 0.567 0.009 0.001 0.001 0.009 0.356 0.049 102 K 0.016 0.897 0.006 0.001 0.001 0.007 0.018 0.055 103 L 0.111 0.643 0.022 0.004 0.003 0.026 0.097 0.094 104 S 0.072 0.244 0.033 0.007 0.005 0.043 0.324 0.271 105 H 0.197 0.259 0.007 0.002 0.003 0.049 0.054 0.430 106 K 0.140 0.065 0.022 0.005 0.005 0.103 0.147 0.512 107 V 0.028 0.049 0.027 0.005 0.014 0.187 0.248 0.444 108 H 0.023 0.075 0.038 0.006 0.017 0.111 0.152 0.578 109 E 0.039 0.136 0.095 0.044 0.054 0.112 0.092 0.428 110 S 0.022 0.090 0.119 0.038 0.071 0.107 0.190 0.364 111 S 0.023 0.101 0.117 0.091 0.174 0.089 0.147 0.258 112 S 0.027 0.043 0.147 0.169 0.263 0.053 0.103 0.194 113 V 0.015 0.012 0.093 0.298 0.249 0.051 0.080 0.202 114 S 0.005 0.004 0.136 0.207 0.395 0.034 0.086 0.133 115 I 0.055 0.003 0.073 0.176 0.306 0.062 0.076 0.249 116 L 0.168 0.002 0.055 0.071 0.077 0.087 0.082 0.459 117 D 0.038 0.002 0.011 0.020 0.049 0.100 0.013 0.768 118 G 0.010 0.002 0.017 0.010 0.063 0.115 0.021 0.762 119 A 0.004 0.003 0.061 0.153 0.297 0.119 0.036 0.327 120 D 0.003 0.004 0.157 0.281 0.366 0.023 0.032 0.134 121 I 0.001 0.004 0.143 0.333 0.325 0.015 0.032 0.148 122 V 0.001 0.001 0.368 0.295 0.288 0.005 0.017 0.025 123 Y 0.014 0.003 0.138 0.341 0.415 0.009 0.035 0.045 124 V 0.038 0.003 0.130 0.351 0.264 0.023 0.041 0.150 125 A 0.010 0.002 0.044 0.169 0.363 0.057 0.019 0.336 126 R 0.008 0.002 0.025 0.067 0.171 0.072 0.028 0.628 127 V 0.018 0.004 0.030 0.214 0.178 0.109 0.038 0.409 128 P 0.076 0.010 0.020 0.059 0.068 0.081 0.043 0.642 129 V 0.207 0.041 0.011 0.041 0.053 0.078 0.061 0.508 130 S 0.038 0.013 0.029 0.023 0.036 0.086 0.067 0.707 131 R 0.055 0.030 0.036 0.075 0.124 0.108 0.114 0.459 132 I 0.026 0.018 0.054 0.058 0.114 0.085 0.084 0.561 133 M 0.028 0.015 0.071 0.126 0.240 0.100 0.053 0.368 134 T 0.017 0.006 0.080 0.133 0.237 0.056 0.112 0.359 135 V 0.012 0.009 0.086 0.165 0.222 0.095 0.095 0.316 136 G 0.021 0.014 0.152 0.103 0.221 0.073 0.068 0.347 137 I 0.043 0.009 0.072 0.141 0.157 0.090 0.074 0.416 138 T 0.031 0.014 0.121 0.089 0.118 0.070 0.154 0.404 139 I 0.068 0.023 0.072 0.075 0.148 0.099 0.066 0.449 140 G 0.055 0.014 0.089 0.076 0.099 0.080 0.078 0.509 141 T 0.011 0.028 0.061 0.095 0.106 0.099 0.040 0.560 142 R 0.014 0.047 0.072 0.035 0.072 0.097 0.039 0.624 143 L 0.128 0.145 0.048 0.085 0.068 0.093 0.103 0.331 144 P 0.077 0.097 0.042 0.021 0.028 0.059 0.429 0.247 145 A 0.028 0.251 0.040 0.019 0.038 0.071 0.315 0.238 146 Y 0.025 0.345 0.059 0.024 0.044 0.054 0.240 0.208 147 A 0.022 0.676 0.033 0.022 0.024 0.032 0.070 0.119 148 T 0.032 0.671 0.030 0.012 0.019 0.037 0.087 0.112 149 S 0.017 0.845 0.011 0.008 0.010 0.016 0.046 0.047 150 M 0.011 0.868 0.006 0.003 0.008 0.017 0.048 0.039 151 G 0.006 0.832 0.021 0.006 0.009 0.008 0.095 0.023 152 R 0.018 0.826 0.030 0.017 0.022 0.012 0.055 0.021 153 V 0.069 0.171 0.283 0.028 0.038 0.029 0.312 0.071 154 L 0.323 0.123 0.139 0.056 0.064 0.062 0.114 0.120 155 L 0.299 0.010 0.057 0.015 0.022 0.062 0.095 0.440 156 A 0.009 0.010 0.018 0.008 0.015 0.123 0.059 0.758 157 G 0.012 0.021 0.012 0.007 0.015 0.141 0.020 0.772 158 L 0.050 0.098 0.009 0.009 0.006 0.165 0.032 0.631 159 P 0.096 0.732 0.001 0.001 0.001 0.020 0.043 0.106 160 D 0.078 0.866 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.024 161 D 0.013 0.922 0.002 0.001 0.001 0.008 0.021 0.035 162 E 0.015 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 0.010 163 L 0.011 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 164 D 0.017 0.923 0.006 0.001 0.001 0.003 0.032 0.018 165 A 0.027 0.830 0.018 0.001 0.001 0.008 0.066 0.049 166 Y 0.163 0.562 0.031 0.002 0.001 0.020 0.130 0.091 167 L 0.295 0.188 0.046 0.003 0.002 0.037 0.194 0.236 168 E 0.050 0.235 0.009 0.001 0.001 0.035 0.032 0.638 169 K 0.071 0.172 0.012 0.001 0.001 0.052 0.022 0.668 170 L 0.062 0.151 0.037 0.009 0.005 0.112 0.080 0.545 171 D 0.247 0.155 0.016 0.002 0.003 0.054 0.051 0.471 172 I 0.219 0.052 0.031 0.003 0.003 0.077 0.184 0.430 173 Q 0.048 0.083 0.041 0.008 0.008 0.112 0.103 0.598 174 R 0.028 0.035 0.029 0.004 0.011 0.096 0.031 0.766 175 L 0.028 0.021 0.054 0.011 0.012 0.146 0.085 0.642 176 T 0.214 0.133 0.040 0.015 0.018 0.079 0.202 0.299 177 E 0.067 0.049 0.028 0.008 0.015 0.120 0.067 0.646 178 R 0.018 0.055 0.079 0.030 0.050 0.122 0.085 0.561 179 T 0.061 0.187 0.053 0.019 0.030 0.095 0.114 0.441 180 I 0.052 0.194 0.058 0.026 0.024 0.114 0.080 0.453 181 T 0.022 0.277 0.047 0.011 0.011 0.069 0.139 0.424 182 A 0.019 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.020 183 R 0.020 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 0.011 184 D 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.014 185 E 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.007 186 L 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 187 K 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 188 A 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 189 A 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 190 I 0.011 0.936 0.003 0.001 0.001 0.002 0.041 0.007 191 L 0.010 0.916 0.005 0.001 0.001 0.004 0.025 0.040 192 A 0.038 0.500 0.094 0.004 0.003 0.026 0.210 0.125 193 V 0.180 0.099 0.193 0.005 0.003 0.061 0.329 0.129 194 R 0.854 0.010 0.012 0.001 0.001 0.013 0.024 0.087 195 A 0.024 0.004 0.003 0.001 0.001 0.032 0.007 0.930 196 D 0.002 0.003 0.026 0.002 0.010 0.152 0.009 0.795 197 G 0.014 0.008 0.113 0.050 0.103 0.138 0.098 0.476 198 I 0.012 0.009 0.171 0.242 0.097 0.079 0.041 0.349 199 C 0.008 0.010 0.271 0.081 0.119 0.058 0.031 0.422 200 V 0.024 0.027 0.142 0.172 0.149 0.079 0.068 0.340 201 L 0.106 0.164 0.085 0.056 0.056 0.065 0.107 0.362 202 D 0.088 0.461 0.026 0.026 0.034 0.042 0.051 0.271 203 Q 0.046 0.531 0.022 0.026 0.035 0.046 0.048 0.246 204 E 0.037 0.244 0.058 0.066 0.057 0.076 0.158 0.304 205 L 0.236 0.353 0.014 0.026 0.025 0.053 0.088 0.205 206 E 0.318 0.228 0.009 0.011 0.017 0.041 0.139 0.237 207 A 0.018 0.053 0.018 0.020 0.040 0.103 0.129 0.618 208 G 0.028 0.069 0.026 0.031 0.069 0.093 0.312 0.373 209 L 0.058 0.065 0.045 0.071 0.075 0.123 0.137 0.426 210 R 0.091 0.031 0.077 0.087 0.194 0.110 0.072 0.339 211 S 0.019 0.008 0.047 0.045 0.079 0.085 0.088 0.628 212 M 0.006 0.006 0.227 0.132 0.236 0.122 0.053 0.217 213 A 0.018 0.006 0.116 0.072 0.185 0.082 0.066 0.453 214 A 0.013 0.004 0.135 0.342 0.205 0.065 0.045 0.191 215 P 0.025 0.007 0.179 0.067 0.150 0.088 0.049 0.434 216 I 0.051 0.006 0.073 0.166 0.169 0.102 0.104 0.328 217 R 0.014 0.002 0.070 0.051 0.064 0.096 0.053 0.650 218 G 0.354 0.007 0.018 0.013 0.025 0.085 0.068 0.430 219 A 0.371 0.006 0.011 0.015 0.014 0.092 0.070 0.421 220 S 0.033 0.009 0.008 0.008 0.031 0.097 0.012 0.802 221 G 0.010 0.008 0.028 0.019 0.135 0.123 0.030 0.647 222 L 0.005 0.006 0.059 0.290 0.321 0.077 0.037 0.204 223 T 0.015 0.010 0.065 0.289 0.371 0.037 0.055 0.158 224 V 0.004 0.005 0.096 0.242 0.332 0.039 0.057 0.224 225 A 0.001 0.002 0.227 0.233 0.481 0.010 0.022 0.024 226 A 0.002 0.002 0.113 0.225 0.520 0.013 0.047 0.078 227 V 0.003 0.002 0.157 0.376 0.392 0.011 0.022 0.036 228 N 0.013 0.006 0.126 0.276 0.448 0.025 0.040 0.066 229 I 0.012 0.016 0.109 0.157 0.250 0.095 0.037 0.324 230 S 0.029 0.045 0.110 0.071 0.122 0.099 0.035 0.488 231 T 0.127 0.092 0.064 0.080 0.084 0.100 0.126 0.328 232 P 0.274 0.089 0.023 0.024 0.034 0.072 0.068 0.417 233 A 0.168 0.047 0.022 0.041 0.053 0.079 0.162 0.429 234 A 0.031 0.066 0.014 0.018 0.035 0.109 0.049 0.677 235 R 0.029 0.081 0.012 0.023 0.042 0.124 0.020 0.669 236 Y 0.013 0.074 0.015 0.029 0.020 0.103 0.022 0.722 237 S 0.082 0.830 0.002 0.003 0.003 0.011 0.021 0.049 238 L 0.167 0.749 0.003 0.001 0.001 0.008 0.032 0.039 239 E 0.044 0.397 0.015 0.007 0.006 0.034 0.314 0.183 240 D 0.049 0.395 0.015 0.004 0.004 0.038 0.310 0.184 241 L 0.165 0.512 0.009 0.003 0.004 0.041 0.109 0.157 242 H 0.276 0.399 0.007 0.002 0.004 0.029 0.086 0.196 243 S 0.052 0.146 0.004 0.001 0.003 0.058 0.127 0.610 244 D 0.005 0.175 0.009 0.003 0.003 0.083 0.341 0.382 245 L 0.010 0.880 0.002 0.001 0.001 0.016 0.030 0.059 246 I 0.016 0.959 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 0.010 247 P 0.016 0.925 0.003 0.001 0.001 0.004 0.031 0.019 248 S 0.004 0.149 0.003 0.001 0.001 0.002 0.838 0.004 249 L 0.004 0.905 0.002 0.001 0.001 0.002 0.080 0.006 250 R 0.007 0.175 0.010 0.001 0.001 0.007 0.781 0.019 251 V 0.007 0.688 0.013 0.001 0.001 0.014 0.243 0.034 252 T 0.062 0.727 0.011 0.001 0.001 0.016 0.145 0.038 253 A 0.038 0.620 0.015 0.002 0.001 0.021 0.195 0.108 254 T 0.022 0.462 0.019 0.001 0.002 0.065 0.274 0.155 255 D 0.022 0.836 0.009 0.001 0.001 0.017 0.050 0.064 256 I 0.059 0.724 0.055 0.002 0.002 0.026 0.065 0.066 257 E 0.157 0.534 0.043 0.001 0.002 0.038 0.075 0.149 258 Q 0.119 0.119 0.075 0.003 0.004 0.067 0.323 0.291 259 D 0.076 0.106 0.110 0.005 0.006 0.106 0.166 0.425 260 L 0.045 0.038 0.046 0.005 0.012 0.120 0.091 0.643 261 A 0.029 0.026 0.087 0.014 0.024 0.181 0.054 0.585 262 T 0.074 0.017 0.064 0.019 0.037 0.144 0.069 0.577 263 V 0.072 0.014 0.032 0.021 0.023 0.142 0.059 0.638 264 N 0.062 0.022 0.031 0.017 0.034 0.129 0.062 0.643 265 R 0.047 0.018 0.024 0.019 0.031 0.120 0.042 0.699