# TARGET T0381 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 840 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.530 0.262 0.137 0.058 0.012 0.001 0.001 2 T 0.559 0.254 0.112 0.055 0.017 0.003 0.001 3 A 0.250 0.240 0.219 0.183 0.090 0.017 0.001 4 T 0.329 0.258 0.190 0.144 0.064 0.014 0.001 5 E 0.348 0.314 0.196 0.102 0.034 0.006 0.001 6 P 0.371 0.253 0.205 0.123 0.041 0.006 0.001 7 T 0.588 0.270 0.098 0.036 0.008 0.001 0.001 8 E 0.634 0.217 0.101 0.041 0.007 0.001 0.001 9 K 0.835 0.130 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 10 I 0.852 0.116 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 11 L 0.855 0.113 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 12 P 0.820 0.135 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 13 S 0.656 0.239 0.073 0.027 0.004 0.001 0.001 14 P 0.493 0.331 0.123 0.044 0.009 0.001 0.001 15 D 0.246 0.338 0.228 0.138 0.043 0.006 0.001 16 Y 0.101 0.205 0.219 0.271 0.155 0.046 0.003 17 V 0.021 0.061 0.119 0.266 0.366 0.157 0.011 18 Q 0.038 0.143 0.231 0.315 0.209 0.060 0.004 19 S 0.012 0.038 0.072 0.181 0.304 0.327 0.066 20 L 0.003 0.010 0.021 0.072 0.238 0.494 0.163 21 A 0.003 0.029 0.100 0.268 0.324 0.234 0.043 22 R 0.001 0.009 0.043 0.166 0.324 0.366 0.091 23 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.054 0.443 0.496 24 L 0.001 0.004 0.022 0.110 0.265 0.465 0.134 25 A 0.001 0.023 0.112 0.324 0.290 0.202 0.047 26 V 0.001 0.001 0.002 0.014 0.102 0.498 0.382 27 I 0.001 0.001 0.002 0.017 0.129 0.607 0.246 28 R 0.002 0.063 0.227 0.357 0.237 0.100 0.013 29 C 0.002 0.021 0.098 0.327 0.373 0.166 0.013 30 F 0.001 0.007 0.016 0.076 0.347 0.502 0.050 31 D 0.027 0.153 0.281 0.340 0.163 0.034 0.002 32 H 0.235 0.473 0.209 0.068 0.013 0.002 0.001 33 R 0.242 0.309 0.243 0.155 0.045 0.006 0.001 34 N 0.392 0.353 0.167 0.066 0.018 0.003 0.001 35 Q 0.294 0.332 0.209 0.116 0.040 0.009 0.001 36 R 0.188 0.296 0.234 0.173 0.083 0.023 0.002 37 R 0.083 0.135 0.189 0.243 0.234 0.105 0.011 38 T 0.047 0.147 0.216 0.285 0.212 0.082 0.011 39 L 0.037 0.083 0.137 0.241 0.283 0.190 0.028 40 S 0.098 0.263 0.264 0.217 0.112 0.041 0.005 41 D 0.052 0.178 0.256 0.275 0.165 0.066 0.009 42 V 0.010 0.021 0.048 0.158 0.378 0.351 0.033 43 A 0.024 0.090 0.203 0.337 0.252 0.086 0.008 44 R 0.191 0.471 0.235 0.080 0.017 0.004 0.001 45 A 0.117 0.219 0.253 0.253 0.126 0.029 0.002 46 T 0.042 0.095 0.171 0.302 0.268 0.113 0.010 47 D 0.361 0.407 0.159 0.051 0.017 0.004 0.001 48 L 0.119 0.153 0.218 0.273 0.171 0.059 0.008 49 T 0.264 0.283 0.191 0.152 0.077 0.030 0.003 50 R 0.088 0.172 0.244 0.254 0.176 0.059 0.008 51 A 0.118 0.180 0.183 0.205 0.187 0.106 0.020 52 T 0.024 0.093 0.153 0.279 0.268 0.153 0.030 53 A 0.009 0.017 0.030 0.083 0.222 0.441 0.198 54 R 0.022 0.090 0.187 0.277 0.231 0.151 0.042 55 R 0.035 0.122 0.172 0.249 0.228 0.152 0.043 56 F 0.005 0.008 0.014 0.053 0.189 0.493 0.237 57 L 0.004 0.010 0.027 0.115 0.272 0.456 0.117 58 L 0.027 0.175 0.219 0.253 0.178 0.110 0.039 59 T 0.011 0.045 0.138 0.282 0.301 0.192 0.030 60 L 0.004 0.014 0.030 0.103 0.324 0.458 0.067 61 V 0.037 0.160 0.258 0.315 0.170 0.052 0.007 62 E 0.211 0.351 0.211 0.130 0.065 0.028 0.004 63 L 0.042 0.174 0.326 0.296 0.128 0.031 0.002 64 G 0.088 0.243 0.235 0.229 0.147 0.053 0.004 65 Y 0.024 0.061 0.145 0.257 0.321 0.181 0.011 66 V 0.022 0.041 0.078 0.216 0.346 0.278 0.019 67 A 0.122 0.301 0.283 0.203 0.074 0.016 0.001 68 T 0.241 0.323 0.236 0.138 0.050 0.011 0.001 69 D 0.346 0.323 0.191 0.111 0.026 0.003 0.001 70 G 0.508 0.332 0.111 0.040 0.008 0.001 0.001 71 S 0.433 0.353 0.144 0.055 0.013 0.002 0.001 72 A 0.155 0.365 0.286 0.147 0.038 0.008 0.001 73 F 0.005 0.024 0.075 0.242 0.468 0.178 0.008 74 W 0.006 0.067 0.211 0.355 0.266 0.089 0.007 75 L 0.001 0.004 0.012 0.061 0.237 0.546 0.138 76 T 0.003 0.020 0.052 0.154 0.313 0.364 0.094 77 P 0.009 0.040 0.075 0.177 0.284 0.324 0.090 78 R 0.005 0.025 0.083 0.223 0.302 0.271 0.090 79 V 0.004 0.008 0.011 0.030 0.110 0.495 0.341 80 L 0.008 0.022 0.050 0.136 0.262 0.383 0.139 81 E 0.028 0.105 0.185 0.264 0.200 0.165 0.052 82 L 0.014 0.021 0.039 0.115 0.262 0.384 0.164 83 G 0.015 0.023 0.031 0.070 0.180 0.425 0.256 84 Y 0.061 0.110 0.154 0.256 0.230 0.149 0.040 85 S 0.081 0.149 0.181 0.221 0.204 0.129 0.035 86 Y 0.041 0.056 0.081 0.168 0.276 0.306 0.072 87 L 0.074 0.128 0.164 0.232 0.224 0.145 0.033 88 S 0.200 0.270 0.219 0.169 0.091 0.041 0.009 89 S 0.212 0.258 0.185 0.167 0.113 0.054 0.010 90 L 0.156 0.229 0.221 0.205 0.130 0.051 0.008 91 S 0.217 0.281 0.228 0.160 0.081 0.029 0.005 92 L 0.057 0.068 0.099 0.200 0.286 0.246 0.043 93 P 0.042 0.099 0.159 0.262 0.264 0.153 0.022 94 E 0.146 0.262 0.234 0.185 0.111 0.053 0.009 95 V 0.028 0.085 0.182 0.299 0.252 0.131 0.024 96 A 0.008 0.015 0.022 0.076 0.246 0.512 0.119 97 Q 0.015 0.098 0.252 0.325 0.226 0.077 0.008 98 P 0.114 0.381 0.288 0.150 0.051 0.014 0.001 99 H 0.011 0.041 0.119 0.314 0.334 0.164 0.018 100 L 0.006 0.014 0.027 0.114 0.356 0.432 0.051 101 E 0.041 0.304 0.371 0.213 0.062 0.009 0.001 102 K 0.082 0.311 0.333 0.207 0.057 0.010 0.001 103 L 0.006 0.018 0.040 0.142 0.400 0.368 0.025 104 S 0.013 0.061 0.161 0.349 0.308 0.101 0.007 105 H 0.137 0.434 0.269 0.117 0.034 0.008 0.001 106 K 0.066 0.176 0.263 0.288 0.162 0.041 0.004 107 V 0.027 0.059 0.081 0.187 0.314 0.286 0.046 108 H 0.054 0.171 0.233 0.265 0.189 0.077 0.012 109 E 0.023 0.090 0.164 0.254 0.249 0.182 0.039 110 S 0.003 0.014 0.040 0.128 0.285 0.391 0.139 111 S 0.001 0.003 0.008 0.031 0.106 0.361 0.490 112 S 0.002 0.003 0.008 0.024 0.070 0.269 0.624 113 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.029 0.203 0.754 114 S 0.001 0.003 0.006 0.022 0.080 0.362 0.526 115 I 0.005 0.016 0.039 0.099 0.224 0.392 0.225 116 L 0.013 0.048 0.101 0.234 0.330 0.215 0.060 117 D 0.105 0.266 0.294 0.198 0.098 0.034 0.006 118 G 0.210 0.363 0.224 0.135 0.050 0.015 0.002 119 A 0.066 0.179 0.233 0.270 0.178 0.067 0.008 120 D 0.026 0.102 0.208 0.292 0.238 0.120 0.014 121 I 0.007 0.020 0.049 0.122 0.265 0.417 0.121 122 V 0.008 0.013 0.030 0.080 0.182 0.442 0.245 123 Y 0.004 0.014 0.033 0.083 0.182 0.420 0.264 124 V 0.002 0.003 0.009 0.032 0.110 0.398 0.446 125 A 0.009 0.036 0.077 0.176 0.261 0.298 0.144 126 R 0.021 0.092 0.173 0.250 0.244 0.166 0.055 127 V 0.032 0.084 0.149 0.235 0.272 0.184 0.045 128 P 0.124 0.202 0.199 0.209 0.154 0.094 0.017 129 V 0.212 0.211 0.177 0.184 0.134 0.069 0.013 130 S 0.332 0.278 0.181 0.113 0.061 0.029 0.005 131 R 0.298 0.275 0.181 0.137 0.073 0.030 0.006 132 I 0.233 0.236 0.199 0.175 0.102 0.044 0.010 133 M 0.128 0.120 0.131 0.188 0.221 0.168 0.043 134 T 0.115 0.173 0.213 0.223 0.161 0.091 0.024 135 V 0.067 0.075 0.098 0.177 0.243 0.252 0.088 136 G 0.097 0.154 0.179 0.221 0.190 0.120 0.040 137 I 0.069 0.078 0.102 0.175 0.238 0.238 0.100 138 T 0.107 0.168 0.178 0.201 0.166 0.125 0.055 139 I 0.082 0.102 0.127 0.177 0.205 0.205 0.103 140 G 0.105 0.119 0.131 0.171 0.193 0.189 0.091 141 T 0.084 0.132 0.141 0.189 0.195 0.169 0.089 142 R 0.075 0.106 0.121 0.161 0.185 0.213 0.138 143 L 0.040 0.056 0.071 0.139 0.213 0.280 0.202 144 P 0.051 0.064 0.083 0.122 0.174 0.241 0.265 145 A 0.024 0.027 0.036 0.074 0.134 0.276 0.429 146 Y 0.016 0.027 0.041 0.081 0.144 0.291 0.399 147 A 0.011 0.019 0.029 0.065 0.141 0.299 0.437 148 T 0.016 0.026 0.030 0.057 0.125 0.261 0.485 149 S 0.010 0.015 0.020 0.046 0.087 0.259 0.562 150 M 0.004 0.011 0.019 0.046 0.078 0.236 0.605 151 G 0.005 0.010 0.022 0.058 0.117 0.308 0.480 152 R 0.004 0.009 0.017 0.050 0.159 0.338 0.423 153 V 0.002 0.004 0.012 0.030 0.088 0.284 0.579 154 L 0.002 0.005 0.013 0.033 0.085 0.370 0.492 155 L 0.003 0.006 0.016 0.059 0.164 0.488 0.266 156 A 0.003 0.011 0.025 0.088 0.250 0.496 0.127 157 G 0.010 0.043 0.131 0.257 0.296 0.231 0.031 158 L 0.010 0.052 0.132 0.289 0.346 0.153 0.018 159 P 0.162 0.487 0.246 0.084 0.018 0.002 0.001 160 D 0.338 0.363 0.205 0.076 0.015 0.003 0.001 161 D 0.666 0.286 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 162 E 0.037 0.200 0.336 0.280 0.130 0.016 0.001 163 L 0.006 0.028 0.122 0.349 0.393 0.099 0.002 164 D 0.093 0.437 0.332 0.110 0.024 0.004 0.001 165 A 0.163 0.505 0.241 0.074 0.015 0.003 0.001 166 Y 0.009 0.039 0.128 0.345 0.382 0.097 0.002 167 L 0.017 0.048 0.177 0.395 0.291 0.069 0.003 168 E 0.421 0.420 0.119 0.031 0.007 0.002 0.001 169 K 0.365 0.404 0.169 0.050 0.011 0.002 0.001 170 L 0.169 0.206 0.250 0.244 0.107 0.023 0.001 171 D 0.475 0.329 0.124 0.047 0.019 0.005 0.001 172 I 0.173 0.172 0.212 0.273 0.138 0.029 0.002 173 Q 0.419 0.320 0.159 0.075 0.022 0.004 0.001 174 R 0.359 0.296 0.174 0.107 0.050 0.014 0.001 175 L 0.162 0.161 0.186 0.248 0.182 0.056 0.005 176 T 0.223 0.232 0.221 0.197 0.097 0.027 0.003 177 E 0.400 0.298 0.146 0.091 0.044 0.018 0.003 178 R 0.245 0.250 0.203 0.163 0.096 0.038 0.006 179 T 0.117 0.159 0.173 0.228 0.195 0.113 0.015 180 I 0.106 0.134 0.156 0.225 0.216 0.144 0.019 181 T 0.180 0.221 0.195 0.182 0.145 0.067 0.010 182 A 0.104 0.267 0.244 0.232 0.115 0.035 0.003 183 R 0.041 0.162 0.277 0.287 0.172 0.056 0.005 184 D 0.448 0.405 0.110 0.028 0.007 0.002 0.001 185 E 0.050 0.285 0.376 0.216 0.060 0.012 0.002 186 L 0.001 0.005 0.023 0.119 0.453 0.379 0.019 187 K 0.006 0.111 0.322 0.359 0.164 0.036 0.003 188 A 0.071 0.536 0.279 0.088 0.020 0.005 0.001 189 A 0.001 0.008 0.070 0.306 0.448 0.162 0.006 190 I 0.001 0.003 0.010 0.069 0.376 0.506 0.035 191 L 0.042 0.367 0.356 0.182 0.046 0.006 0.001 192 A 0.048 0.240 0.418 0.238 0.050 0.007 0.001 193 V 0.005 0.017 0.034 0.139 0.418 0.365 0.022 194 R 0.035 0.132 0.263 0.340 0.184 0.042 0.003 195 A 0.498 0.353 0.100 0.035 0.010 0.003 0.001 196 D 0.122 0.269 0.288 0.212 0.084 0.022 0.003 197 G 0.120 0.149 0.167 0.227 0.185 0.127 0.025 198 I 0.087 0.097 0.139 0.192 0.241 0.195 0.049 199 C 0.122 0.119 0.131 0.211 0.236 0.145 0.036 200 V 0.132 0.169 0.177 0.217 0.189 0.095 0.023 201 L 0.243 0.248 0.190 0.166 0.092 0.044 0.015 202 D 0.235 0.293 0.198 0.142 0.079 0.039 0.015 203 Q 0.319 0.252 0.165 0.135 0.077 0.037 0.015 204 E 0.159 0.173 0.156 0.180 0.179 0.116 0.038 205 L 0.148 0.164 0.176 0.211 0.177 0.106 0.017 206 E 0.093 0.146 0.157 0.220 0.223 0.133 0.029 207 A 0.086 0.193 0.208 0.217 0.164 0.109 0.022 208 G 0.014 0.071 0.154 0.273 0.281 0.175 0.031 209 L 0.001 0.003 0.010 0.049 0.193 0.488 0.257 210 R 0.001 0.003 0.010 0.046 0.186 0.435 0.320 211 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.181 0.798 212 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.103 0.888 213 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.106 0.882 214 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.155 0.824 215 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.226 0.728 216 I 0.001 0.002 0.007 0.027 0.113 0.398 0.453 217 R 0.002 0.018 0.058 0.190 0.335 0.288 0.109 218 G 0.035 0.137 0.206 0.240 0.220 0.127 0.034 219 A 0.093 0.172 0.212 0.258 0.176 0.077 0.011 220 S 0.243 0.326 0.217 0.135 0.056 0.020 0.002 221 G 0.099 0.209 0.234 0.235 0.165 0.054 0.004 222 L 0.015 0.118 0.241 0.334 0.216 0.071 0.004 223 T 0.001 0.007 0.025 0.104 0.294 0.465 0.105 224 V 0.001 0.001 0.003 0.021 0.117 0.460 0.398 225 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.228 0.747 226 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.102 0.889 227 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.080 0.914 228 N 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.135 0.839 229 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.196 0.769 230 S 0.001 0.003 0.008 0.028 0.090 0.347 0.523 231 T 0.004 0.010 0.022 0.067 0.199 0.377 0.321 232 P 0.018 0.050 0.085 0.137 0.216 0.308 0.188 233 A 0.058 0.092 0.140 0.209 0.218 0.203 0.080 234 A 0.072 0.124 0.146 0.192 0.208 0.199 0.058 235 R 0.082 0.130 0.174 0.232 0.208 0.147 0.028 236 Y 0.062 0.096 0.152 0.227 0.269 0.166 0.028 237 S 0.224 0.331 0.220 0.142 0.061 0.020 0.004 238 L 0.315 0.296 0.207 0.121 0.044 0.014 0.003 239 E 0.609 0.265 0.077 0.031 0.012 0.005 0.001 240 D 0.254 0.301 0.235 0.133 0.058 0.016 0.003 241 L 0.059 0.084 0.155 0.271 0.286 0.133 0.011 242 H 0.157 0.279 0.249 0.194 0.088 0.030 0.004 243 S 0.356 0.339 0.162 0.083 0.040 0.016 0.002 244 D 0.060 0.138 0.215 0.283 0.215 0.080 0.009 245 L 0.033 0.062 0.111 0.214 0.301 0.246 0.033 246 I 0.142 0.283 0.249 0.198 0.096 0.029 0.003 247 P 0.139 0.318 0.281 0.172 0.070 0.019 0.002 248 S 0.012 0.027 0.058 0.176 0.361 0.329 0.038 249 L 0.010 0.045 0.110 0.232 0.337 0.237 0.028 250 R 0.106 0.376 0.316 0.149 0.043 0.010 0.001 251 V 0.028 0.121 0.263 0.356 0.184 0.045 0.003 252 T 0.005 0.010 0.017 0.073 0.295 0.530 0.070 253 A 0.043 0.144 0.262 0.311 0.188 0.049 0.004 254 T 0.187 0.487 0.234 0.073 0.016 0.003 0.001 255 D 0.036 0.089 0.231 0.391 0.210 0.041 0.002 256 I 0.118 0.117 0.134 0.228 0.274 0.121 0.008 257 E 0.392 0.353 0.163 0.070 0.018 0.003 0.001 258 Q 0.438 0.332 0.152 0.060 0.015 0.002 0.001 259 D 0.346 0.225 0.176 0.138 0.089 0.024 0.002 260 L 0.439 0.248 0.159 0.096 0.045 0.013 0.002 261 A 0.591 0.201 0.103 0.071 0.027 0.007 0.001 262 T 0.634 0.226 0.081 0.037 0.016 0.005 0.001 263 V 0.657 0.181 0.083 0.055 0.019 0.005 0.001 264 N 0.762 0.150 0.051 0.026 0.009 0.002 0.001 265 R 0.791 0.128 0.043 0.024 0.010 0.003 0.001