# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.008 0.020 0.050 0.060 0.119 0.042 0.667 2 T 0.170 0.022 0.016 0.031 0.051 0.108 0.056 0.546 3 A 0.025 0.008 0.010 0.016 0.024 0.123 0.044 0.750 4 T 0.039 0.025 0.016 0.015 0.022 0.131 0.047 0.704 5 E 0.154 0.065 0.016 0.019 0.021 0.128 0.058 0.539 6 P 0.083 0.055 0.017 0.012 0.014 0.100 0.045 0.675 7 T 0.321 0.104 0.016 0.014 0.024 0.064 0.092 0.364 8 E 0.180 0.032 0.016 0.016 0.022 0.107 0.050 0.577 9 K 0.026 0.011 0.018 0.024 0.041 0.115 0.042 0.722 10 I 0.032 0.011 0.013 0.012 0.022 0.124 0.038 0.749 11 L 0.045 0.019 0.019 0.024 0.031 0.188 0.047 0.628 12 P 0.043 0.022 0.009 0.006 0.007 0.087 0.023 0.804 13 S 0.333 0.250 0.005 0.006 0.007 0.047 0.079 0.272 14 P 0.106 0.246 0.009 0.005 0.009 0.084 0.040 0.500 15 D 0.022 0.213 0.025 0.017 0.028 0.108 0.162 0.426 16 Y 0.013 0.677 0.008 0.005 0.007 0.033 0.105 0.150 17 V 0.013 0.903 0.004 0.002 0.002 0.010 0.033 0.033 18 Q 0.010 0.836 0.005 0.003 0.003 0.007 0.106 0.031 19 S 0.007 0.823 0.002 0.001 0.001 0.003 0.156 0.008 20 L 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.004 21 A 0.002 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.007 22 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 23 G 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 24 L 0.002 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.078 0.003 25 A 0.002 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 26 V 0.009 0.952 0.011 0.001 0.001 0.003 0.018 0.006 27 I 0.019 0.871 0.033 0.005 0.003 0.005 0.051 0.013 28 R 0.045 0.709 0.055 0.007 0.007 0.015 0.049 0.112 29 C 0.095 0.462 0.067 0.005 0.006 0.050 0.077 0.237 30 F 0.129 0.095 0.211 0.026 0.013 0.058 0.267 0.200 31 D 0.173 0.046 0.019 0.006 0.006 0.063 0.061 0.626 32 H 0.102 0.018 0.014 0.002 0.003 0.059 0.041 0.761 33 R 0.080 0.019 0.008 0.004 0.005 0.105 0.019 0.760 34 N 0.040 0.011 0.006 0.002 0.003 0.068 0.059 0.811 35 Q 0.051 0.122 0.009 0.004 0.005 0.109 0.039 0.660 36 R 0.044 0.120 0.022 0.005 0.008 0.099 0.140 0.561 37 R 0.019 0.220 0.038 0.022 0.012 0.089 0.177 0.424 38 T 0.015 0.878 0.009 0.002 0.003 0.011 0.036 0.046 39 L 0.011 0.958 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 0.013 40 S 0.004 0.937 0.012 0.002 0.002 0.004 0.027 0.012 41 D 0.014 0.959 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 42 V 0.055 0.079 0.049 0.002 0.003 0.011 0.784 0.015 43 A 0.016 0.044 0.035 0.004 0.003 0.012 0.856 0.031 44 R 0.432 0.083 0.012 0.001 0.003 0.038 0.030 0.401 45 A 0.072 0.013 0.013 0.003 0.003 0.074 0.067 0.754 46 T 0.010 0.018 0.010 0.003 0.006 0.122 0.069 0.763 47 D 0.033 0.035 0.005 0.001 0.004 0.161 0.024 0.738 48 L 0.021 0.035 0.011 0.007 0.003 0.113 0.274 0.536 49 T 0.045 0.824 0.002 0.001 0.001 0.014 0.065 0.048 50 R 0.016 0.895 0.002 0.001 0.001 0.012 0.023 0.050 51 A 0.003 0.906 0.012 0.002 0.002 0.007 0.043 0.026 52 T 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 53 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 54 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 55 R 0.001 0.162 0.001 0.001 0.001 0.002 0.828 0.004 56 F 0.001 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.001 57 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 58 L 0.002 0.964 0.003 0.006 0.003 0.002 0.013 0.008 59 T 0.008 0.920 0.006 0.004 0.008 0.004 0.044 0.006 60 L 0.179 0.482 0.048 0.010 0.010 0.017 0.214 0.041 61 V 0.455 0.183 0.031 0.034 0.016 0.051 0.078 0.152 62 E 0.038 0.052 0.004 0.002 0.004 0.040 0.014 0.845 63 L 0.015 0.043 0.021 0.008 0.045 0.126 0.022 0.721 64 G 0.022 0.011 0.069 0.207 0.289 0.072 0.131 0.199 65 Y 0.021 0.004 0.020 0.222 0.203 0.081 0.069 0.381 66 V 0.011 0.002 0.036 0.290 0.342 0.042 0.030 0.246 67 A 0.010 0.001 0.026 0.135 0.234 0.081 0.028 0.485 68 T 0.065 0.002 0.025 0.052 0.055 0.081 0.054 0.667 69 D 0.192 0.009 0.013 0.035 0.040 0.097 0.036 0.579 70 G 0.056 0.005 0.013 0.013 0.032 0.097 0.025 0.760 71 S 0.046 0.010 0.031 0.053 0.117 0.116 0.054 0.573 72 A 0.011 0.004 0.043 0.084 0.157 0.073 0.076 0.552 73 F 0.012 0.010 0.067 0.182 0.163 0.080 0.051 0.435 74 W 0.007 0.011 0.082 0.125 0.146 0.083 0.042 0.504 75 L 0.022 0.096 0.071 0.060 0.068 0.078 0.034 0.569 76 T 0.110 0.605 0.019 0.020 0.022 0.025 0.088 0.111 77 P 0.053 0.659 0.032 0.013 0.014 0.030 0.066 0.132 78 R 0.020 0.800 0.014 0.013 0.020 0.016 0.059 0.058 79 V 0.041 0.739 0.031 0.007 0.013 0.017 0.085 0.067 80 L 0.048 0.755 0.025 0.017 0.018 0.024 0.057 0.055 81 E 0.027 0.308 0.052 0.015 0.020 0.039 0.312 0.228 82 L 0.026 0.582 0.032 0.009 0.014 0.038 0.197 0.104 83 G 0.094 0.688 0.024 0.007 0.010 0.026 0.070 0.080 84 Y 0.138 0.233 0.037 0.011 0.014 0.062 0.212 0.294 85 S 0.021 0.108 0.051 0.013 0.016 0.059 0.477 0.255 86 Y 0.185 0.141 0.034 0.008 0.011 0.087 0.166 0.369 87 L 0.282 0.026 0.048 0.015 0.012 0.096 0.128 0.392 88 S 0.064 0.017 0.009 0.003 0.006 0.086 0.041 0.774 89 S 0.057 0.020 0.009 0.002 0.004 0.094 0.031 0.782 90 L 0.014 0.020 0.024 0.009 0.007 0.188 0.023 0.716 91 S 0.060 0.104 0.014 0.003 0.004 0.091 0.031 0.693 92 L 0.198 0.384 0.018 0.004 0.004 0.045 0.146 0.202 93 P 0.119 0.547 0.021 0.003 0.005 0.039 0.079 0.188 94 E 0.074 0.258 0.040 0.008 0.010 0.055 0.218 0.337 95 V 0.011 0.481 0.036 0.010 0.013 0.073 0.112 0.264 96 A 0.016 0.896 0.009 0.001 0.003 0.012 0.021 0.043 97 Q 0.014 0.936 0.005 0.002 0.001 0.005 0.014 0.021 98 P 0.007 0.936 0.010 0.001 0.002 0.005 0.016 0.023 99 H 0.018 0.946 0.003 0.001 0.001 0.003 0.022 0.008 100 L 0.041 0.528 0.017 0.001 0.001 0.006 0.389 0.018 101 E 0.009 0.565 0.011 0.001 0.001 0.009 0.349 0.055 102 K 0.018 0.883 0.007 0.001 0.001 0.008 0.020 0.063 103 L 0.126 0.614 0.026 0.004 0.003 0.028 0.096 0.102 104 S 0.082 0.220 0.036 0.007 0.005 0.047 0.304 0.299 105 H 0.193 0.211 0.008 0.002 0.003 0.051 0.051 0.481 106 K 0.135 0.052 0.023 0.005 0.005 0.104 0.130 0.544 107 V 0.030 0.038 0.028 0.006 0.013 0.190 0.216 0.480 108 H 0.025 0.056 0.035 0.006 0.015 0.111 0.128 0.624 109 E 0.041 0.109 0.091 0.039 0.049 0.118 0.081 0.473 110 S 0.023 0.073 0.112 0.036 0.069 0.110 0.170 0.408 111 S 0.024 0.082 0.115 0.094 0.181 0.093 0.130 0.281 112 S 0.024 0.034 0.141 0.173 0.274 0.053 0.093 0.208 113 V 0.014 0.010 0.088 0.300 0.256 0.051 0.070 0.211 114 S 0.005 0.003 0.131 0.218 0.401 0.032 0.077 0.132 115 I 0.054 0.002 0.069 0.174 0.296 0.064 0.068 0.272 116 L 0.204 0.002 0.049 0.072 0.075 0.080 0.075 0.443 117 D 0.037 0.002 0.009 0.018 0.046 0.094 0.011 0.782 118 G 0.010 0.002 0.016 0.010 0.064 0.104 0.019 0.775 119 A 0.005 0.004 0.054 0.168 0.308 0.110 0.034 0.316 120 D 0.003 0.005 0.122 0.286 0.379 0.024 0.030 0.151 121 I 0.002 0.004 0.116 0.346 0.347 0.015 0.028 0.141 122 V 0.001 0.001 0.293 0.326 0.330 0.005 0.017 0.026 123 Y 0.013 0.003 0.115 0.350 0.429 0.008 0.033 0.049 124 V 0.038 0.003 0.113 0.379 0.275 0.020 0.039 0.134 125 A 0.010 0.002 0.039 0.175 0.373 0.053 0.019 0.329 126 R 0.008 0.002 0.024 0.069 0.179 0.070 0.027 0.622 127 V 0.016 0.004 0.028 0.214 0.180 0.109 0.036 0.412 128 P 0.068 0.010 0.019 0.056 0.064 0.082 0.041 0.660 129 V 0.219 0.040 0.011 0.040 0.049 0.077 0.060 0.504 130 S 0.043 0.013 0.028 0.021 0.032 0.085 0.067 0.711 131 R 0.058 0.030 0.036 0.067 0.109 0.110 0.107 0.483 132 I 0.027 0.017 0.051 0.052 0.102 0.086 0.080 0.583 133 M 0.031 0.015 0.066 0.115 0.209 0.107 0.052 0.405 134 T 0.020 0.007 0.073 0.116 0.204 0.062 0.110 0.409 135 V 0.015 0.010 0.074 0.145 0.197 0.105 0.094 0.361 136 G 0.023 0.015 0.134 0.090 0.193 0.081 0.069 0.395 137 I 0.050 0.009 0.063 0.121 0.136 0.096 0.069 0.456 138 T 0.039 0.016 0.103 0.081 0.103 0.072 0.155 0.431 139 I 0.069 0.025 0.062 0.064 0.128 0.104 0.061 0.488 140 G 0.058 0.015 0.082 0.069 0.095 0.082 0.073 0.524 141 T 0.012 0.029 0.056 0.094 0.101 0.100 0.040 0.567 142 R 0.015 0.048 0.071 0.035 0.071 0.095 0.038 0.627 143 L 0.140 0.138 0.046 0.085 0.069 0.091 0.099 0.332 144 P 0.082 0.089 0.043 0.022 0.030 0.061 0.411 0.263 145 A 0.033 0.225 0.040 0.021 0.040 0.077 0.292 0.273 146 Y 0.032 0.304 0.057 0.025 0.045 0.063 0.220 0.253 147 A 0.028 0.598 0.034 0.025 0.028 0.043 0.077 0.166 148 T 0.041 0.623 0.029 0.012 0.021 0.046 0.085 0.144 149 S 0.021 0.821 0.011 0.009 0.012 0.020 0.046 0.061 150 M 0.012 0.846 0.007 0.003 0.010 0.021 0.050 0.051 151 G 0.007 0.829 0.021 0.007 0.011 0.009 0.088 0.026 152 R 0.020 0.801 0.033 0.022 0.028 0.013 0.057 0.025 153 V 0.065 0.164 0.284 0.035 0.048 0.030 0.298 0.076 154 L 0.299 0.121 0.135 0.069 0.080 0.062 0.109 0.125 155 L 0.286 0.011 0.057 0.018 0.027 0.063 0.095 0.442 156 A 0.009 0.011 0.019 0.010 0.020 0.126 0.061 0.743 157 G 0.012 0.022 0.012 0.009 0.017 0.136 0.020 0.772 158 L 0.050 0.106 0.009 0.010 0.007 0.159 0.034 0.625 159 P 0.096 0.735 0.001 0.001 0.001 0.019 0.043 0.103 160 D 0.078 0.862 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.025 161 D 0.013 0.919 0.002 0.001 0.001 0.008 0.022 0.036 162 E 0.016 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.011 163 L 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 164 D 0.019 0.916 0.007 0.001 0.001 0.003 0.035 0.020 165 A 0.025 0.823 0.019 0.001 0.001 0.008 0.071 0.052 166 Y 0.156 0.598 0.028 0.002 0.001 0.019 0.107 0.090 167 L 0.299 0.199 0.047 0.003 0.002 0.037 0.184 0.230 168 E 0.050 0.241 0.009 0.001 0.001 0.036 0.033 0.628 169 K 0.077 0.171 0.013 0.001 0.001 0.051 0.026 0.660 170 L 0.066 0.146 0.039 0.009 0.005 0.114 0.084 0.537 171 D 0.235 0.127 0.019 0.003 0.004 0.058 0.054 0.501 172 I 0.195 0.043 0.031 0.004 0.004 0.083 0.153 0.487 173 Q 0.048 0.066 0.042 0.008 0.009 0.118 0.092 0.619 174 R 0.029 0.030 0.026 0.004 0.010 0.098 0.028 0.773 175 L 0.027 0.019 0.048 0.011 0.012 0.141 0.080 0.663 176 T 0.198 0.128 0.040 0.016 0.020 0.084 0.200 0.314 177 E 0.071 0.048 0.028 0.009 0.016 0.118 0.071 0.638 178 R 0.019 0.049 0.076 0.033 0.052 0.122 0.084 0.567 179 T 0.064 0.165 0.053 0.019 0.032 0.099 0.111 0.457 180 I 0.050 0.170 0.052 0.026 0.025 0.122 0.074 0.481 181 T 0.021 0.241 0.044 0.011 0.011 0.073 0.126 0.473 182 A 0.021 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.020 183 R 0.020 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.011 184 D 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.013 185 E 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 186 L 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 187 K 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 188 A 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 189 A 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.006 190 I 0.012 0.926 0.004 0.001 0.001 0.002 0.048 0.008 191 L 0.011 0.909 0.005 0.001 0.001 0.004 0.027 0.042 192 A 0.041 0.488 0.088 0.004 0.003 0.027 0.210 0.138 193 V 0.175 0.101 0.177 0.006 0.004 0.067 0.330 0.140 194 R 0.839 0.011 0.012 0.001 0.001 0.015 0.025 0.097 195 A 0.025 0.005 0.003 0.001 0.001 0.033 0.007 0.927 196 D 0.003 0.004 0.026 0.002 0.012 0.153 0.009 0.791 197 G 0.015 0.009 0.110 0.056 0.116 0.136 0.096 0.463 198 I 0.013 0.010 0.157 0.246 0.101 0.078 0.041 0.354 199 C 0.008 0.010 0.261 0.089 0.130 0.058 0.032 0.413 200 V 0.024 0.025 0.136 0.169 0.150 0.078 0.070 0.349 201 L 0.125 0.150 0.083 0.062 0.059 0.062 0.112 0.346 202 D 0.097 0.375 0.029 0.029 0.040 0.049 0.055 0.325 203 Q 0.052 0.441 0.025 0.029 0.042 0.055 0.053 0.304 204 E 0.034 0.201 0.055 0.070 0.063 0.086 0.141 0.350 205 L 0.210 0.309 0.015 0.028 0.028 0.062 0.086 0.261 206 E 0.325 0.226 0.009 0.012 0.019 0.042 0.136 0.231 207 A 0.020 0.054 0.019 0.020 0.039 0.105 0.125 0.618 208 G 0.032 0.074 0.027 0.031 0.070 0.093 0.294 0.379 209 L 0.061 0.068 0.045 0.068 0.075 0.121 0.137 0.425 210 R 0.087 0.034 0.074 0.086 0.192 0.110 0.070 0.348 211 S 0.019 0.010 0.048 0.046 0.084 0.084 0.086 0.623 212 M 0.007 0.008 0.206 0.139 0.242 0.123 0.053 0.223 213 A 0.021 0.007 0.113 0.072 0.191 0.084 0.066 0.446 214 A 0.015 0.005 0.128 0.337 0.205 0.066 0.047 0.197 215 P 0.029 0.008 0.164 0.068 0.149 0.090 0.050 0.442 216 I 0.058 0.007 0.070 0.156 0.161 0.103 0.109 0.336 217 R 0.015 0.002 0.067 0.052 0.064 0.096 0.055 0.649 218 G 0.357 0.007 0.017 0.012 0.023 0.081 0.064 0.439 219 A 0.383 0.006 0.010 0.014 0.013 0.088 0.069 0.418 220 S 0.030 0.008 0.008 0.007 0.028 0.095 0.012 0.811 221 G 0.009 0.007 0.027 0.017 0.123 0.121 0.028 0.668 222 L 0.006 0.007 0.059 0.301 0.309 0.076 0.037 0.205 223 T 0.017 0.011 0.067 0.275 0.355 0.039 0.058 0.178 224 V 0.005 0.006 0.102 0.236 0.321 0.042 0.058 0.229 225 A 0.001 0.002 0.228 0.229 0.476 0.010 0.025 0.028 226 A 0.002 0.003 0.118 0.218 0.505 0.014 0.052 0.089 227 V 0.003 0.003 0.160 0.368 0.394 0.012 0.023 0.037 228 N 0.013 0.007 0.128 0.268 0.447 0.026 0.042 0.070 229 I 0.012 0.016 0.113 0.163 0.256 0.091 0.039 0.311 230 S 0.026 0.043 0.114 0.077 0.130 0.099 0.038 0.473 231 T 0.120 0.092 0.065 0.082 0.085 0.101 0.122 0.333 232 P 0.274 0.101 0.023 0.022 0.031 0.073 0.070 0.407 233 A 0.168 0.058 0.021 0.032 0.041 0.079 0.175 0.427 234 A 0.034 0.097 0.014 0.015 0.028 0.104 0.055 0.652 235 R 0.033 0.125 0.013 0.018 0.033 0.116 0.025 0.638 236 Y 0.018 0.124 0.017 0.030 0.021 0.102 0.031 0.656 237 S 0.058 0.863 0.002 0.002 0.003 0.010 0.018 0.044 238 L 0.092 0.836 0.002 0.001 0.001 0.006 0.031 0.030 239 E 0.027 0.649 0.013 0.005 0.004 0.018 0.190 0.095 240 D 0.036 0.625 0.014 0.004 0.003 0.026 0.160 0.132 241 L 0.120 0.635 0.013 0.002 0.002 0.028 0.107 0.093 242 H 0.192 0.607 0.004 0.001 0.002 0.013 0.094 0.086 243 S 0.070 0.303 0.003 0.001 0.001 0.035 0.155 0.431 244 D 0.003 0.175 0.007 0.002 0.001 0.052 0.504 0.256 245 L 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.026 246 I 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 247 P 0.011 0.951 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 0.012 248 S 0.002 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.002 249 L 0.005 0.838 0.001 0.001 0.001 0.002 0.151 0.004 250 R 0.005 0.266 0.003 0.001 0.001 0.004 0.709 0.013 251 V 0.001 0.902 0.005 0.001 0.001 0.004 0.068 0.019 252 T 0.012 0.952 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.010 253 A 0.017 0.927 0.006 0.001 0.001 0.003 0.035 0.011 254 T 0.021 0.827 0.007 0.001 0.001 0.012 0.099 0.034 255 D 0.012 0.890 0.012 0.001 0.001 0.007 0.047 0.032 256 I 0.024 0.835 0.047 0.001 0.001 0.009 0.059 0.025 257 E 0.255 0.479 0.107 0.001 0.001 0.016 0.069 0.072 258 Q 0.175 0.136 0.089 0.003 0.002 0.059 0.171 0.365 259 D 0.064 0.101 0.076 0.001 0.001 0.058 0.074 0.625 260 L 0.070 0.029 0.029 0.002 0.003 0.102 0.072 0.693 261 A 0.069 0.028 0.023 0.005 0.004 0.115 0.040 0.717 262 T 0.151 0.020 0.018 0.003 0.005 0.080 0.056 0.668 263 V 0.076 0.014 0.027 0.008 0.009 0.159 0.042 0.667 264 N 0.067 0.012 0.019 0.006 0.012 0.091 0.046 0.748 265 R 0.036 0.013 0.023 0.010 0.014 0.118 0.034 0.752