# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.013 0.093 0.033 0.060 0.096 0.009 0.595 2 T 0.042 0.012 0.038 0.034 0.048 0.131 0.007 0.686 3 A 0.026 0.006 0.022 0.009 0.027 0.040 0.004 0.867 4 T 0.067 0.016 0.026 0.013 0.031 0.320 0.013 0.514 5 E 0.166 0.013 0.018 0.012 0.015 0.239 0.011 0.526 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 7 T 0.021 0.015 0.013 0.014 0.044 0.195 0.004 0.694 8 E 0.155 0.030 0.014 0.009 0.018 0.122 0.011 0.641 9 K 0.205 0.071 0.007 0.011 0.023 0.145 0.013 0.525 10 I 0.441 0.069 0.015 0.010 0.019 0.120 0.023 0.303 11 L 0.219 0.105 0.026 0.024 0.030 0.075 0.013 0.508 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 S 0.029 0.010 0.009 0.017 0.039 0.093 0.004 0.800 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 D 0.026 0.008 0.008 0.012 0.020 0.275 0.003 0.647 16 Y 0.412 0.016 0.013 0.004 0.005 0.106 0.006 0.438 17 V 0.160 0.227 0.054 0.017 0.028 0.095 0.003 0.416 18 Q 0.034 0.226 0.036 0.018 0.029 0.166 0.004 0.488 19 S 0.035 0.370 0.011 0.006 0.012 0.082 0.004 0.479 20 L 0.043 0.731 0.006 0.004 0.013 0.034 0.005 0.165 21 A 0.015 0.859 0.003 0.002 0.003 0.037 0.003 0.078 22 R 0.016 0.914 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.045 23 G 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 24 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 26 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 27 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 28 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 29 C 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 F 0.039 0.918 0.004 0.001 0.002 0.001 0.016 0.018 31 D 0.080 0.840 0.006 0.003 0.004 0.003 0.017 0.047 32 H 0.079 0.637 0.031 0.007 0.010 0.010 0.043 0.184 33 R 0.195 0.350 0.028 0.006 0.008 0.063 0.082 0.268 34 N 0.202 0.219 0.034 0.006 0.005 0.054 0.068 0.412 35 Q 0.202 0.112 0.122 0.011 0.009 0.106 0.042 0.396 36 R 0.095 0.034 0.061 0.005 0.007 0.104 0.015 0.679 37 R 0.191 0.034 0.115 0.017 0.025 0.180 0.013 0.425 38 T 0.047 0.028 0.028 0.010 0.016 0.361 0.005 0.505 39 L 0.055 0.078 0.069 0.013 0.063 0.083 0.005 0.634 40 S 0.012 0.045 0.011 0.004 0.018 0.297 0.003 0.611 41 D 0.032 0.072 0.002 0.002 0.005 0.448 0.003 0.436 42 V 0.021 0.865 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.098 43 A 0.004 0.952 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.034 44 R 0.014 0.957 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.021 45 A 0.134 0.815 0.004 0.001 0.002 0.001 0.023 0.020 46 T 0.255 0.605 0.013 0.006 0.003 0.002 0.084 0.032 47 D 0.410 0.136 0.068 0.009 0.005 0.010 0.134 0.228 48 L 0.093 0.049 0.507 0.011 0.013 0.064 0.012 0.251 49 T 0.017 0.040 0.042 0.007 0.011 0.268 0.005 0.610 50 R 0.026 0.070 0.052 0.004 0.010 0.072 0.004 0.763 51 A 0.016 0.115 0.022 0.003 0.003 0.357 0.003 0.480 52 T 0.050 0.115 0.006 0.002 0.002 0.551 0.006 0.267 53 A 0.020 0.903 0.003 0.001 0.002 0.013 0.001 0.057 54 R 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 55 R 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 56 F 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 57 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 58 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 60 L 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 61 V 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 62 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 63 L 0.014 0.944 0.003 0.003 0.002 0.001 0.021 0.012 64 G 0.417 0.310 0.009 0.029 0.011 0.006 0.146 0.072 65 Y 0.081 0.163 0.244 0.109 0.095 0.048 0.015 0.245 66 V 0.034 0.089 0.043 0.305 0.333 0.053 0.011 0.132 67 A 0.087 0.053 0.085 0.245 0.276 0.046 0.008 0.201 68 T 0.020 0.042 0.053 0.336 0.272 0.053 0.008 0.216 69 D 0.021 0.021 0.076 0.084 0.138 0.073 0.013 0.574 70 G 0.032 0.014 0.017 0.040 0.057 0.093 0.024 0.722 71 S 0.072 0.008 0.016 0.022 0.026 0.374 0.026 0.456 72 A 0.105 0.007 0.019 0.023 0.029 0.182 0.014 0.622 73 F 0.142 0.021 0.051 0.072 0.129 0.205 0.008 0.372 74 W 0.050 0.011 0.036 0.074 0.138 0.145 0.006 0.540 75 L 0.047 0.030 0.035 0.089 0.155 0.092 0.006 0.547 76 T 0.043 0.027 0.019 0.064 0.150 0.127 0.005 0.566 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 78 R 0.008 0.057 0.006 0.020 0.048 0.277 0.002 0.582 79 V 0.129 0.392 0.011 0.011 0.024 0.097 0.008 0.328 80 L 0.015 0.926 0.004 0.005 0.007 0.007 0.002 0.035 81 E 0.015 0.951 0.004 0.003 0.004 0.004 0.002 0.017 82 L 0.027 0.933 0.005 0.003 0.003 0.003 0.006 0.020 83 G 0.097 0.820 0.008 0.004 0.008 0.005 0.022 0.036 84 Y 0.051 0.821 0.029 0.007 0.010 0.009 0.015 0.059 85 S 0.034 0.831 0.012 0.005 0.008 0.015 0.013 0.082 86 Y 0.091 0.729 0.020 0.005 0.011 0.015 0.022 0.108 87 L 0.064 0.777 0.018 0.006 0.011 0.015 0.013 0.095 88 S 0.132 0.564 0.025 0.007 0.010 0.029 0.040 0.193 89 S 0.366 0.258 0.022 0.006 0.006 0.021 0.079 0.242 90 L 0.457 0.165 0.041 0.008 0.007 0.032 0.068 0.221 91 S 0.110 0.076 0.070 0.010 0.010 0.176 0.064 0.483 92 L 0.125 0.048 0.068 0.014 0.018 0.063 0.009 0.654 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 94 E 0.006 0.018 0.015 0.007 0.017 0.148 0.002 0.786 95 V 0.108 0.249 0.025 0.008 0.011 0.079 0.006 0.513 96 A 0.105 0.588 0.017 0.009 0.017 0.044 0.011 0.210 97 Q 0.177 0.490 0.016 0.010 0.014 0.033 0.007 0.253 98 P 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.982 99 H 0.029 0.517 0.003 0.006 0.013 0.081 0.007 0.343 100 L 0.040 0.825 0.006 0.002 0.005 0.007 0.007 0.108 101 E 0.010 0.892 0.003 0.002 0.004 0.008 0.003 0.078 102 K 0.017 0.920 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.054 103 L 0.034 0.878 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.075 104 S 0.015 0.936 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.038 105 H 0.049 0.837 0.003 0.002 0.002 0.004 0.018 0.086 106 K 0.176 0.637 0.013 0.003 0.002 0.012 0.054 0.104 107 V 0.061 0.760 0.022 0.006 0.006 0.010 0.030 0.104 108 H 0.039 0.522 0.067 0.034 0.024 0.033 0.039 0.242 109 E 0.093 0.131 0.101 0.038 0.039 0.118 0.034 0.445 110 S 0.065 0.132 0.118 0.069 0.065 0.093 0.023 0.436 111 S 0.090 0.088 0.150 0.160 0.172 0.093 0.020 0.228 112 S 0.037 0.035 0.131 0.234 0.228 0.105 0.010 0.220 113 V 0.032 0.013 0.070 0.317 0.463 0.037 0.004 0.064 114 S 0.020 0.015 0.043 0.387 0.435 0.026 0.003 0.071 115 I 0.011 0.008 0.054 0.369 0.435 0.019 0.005 0.099 116 L 0.015 0.010 0.053 0.342 0.419 0.048 0.005 0.109 117 D 0.013 0.007 0.025 0.173 0.312 0.079 0.012 0.379 118 G 0.052 0.007 0.027 0.085 0.153 0.095 0.048 0.532 119 A 0.227 0.002 0.017 0.030 0.046 0.425 0.025 0.229 120 D 0.071 0.002 0.040 0.149 0.084 0.229 0.022 0.403 121 I 0.083 0.002 0.066 0.196 0.420 0.102 0.005 0.127 122 V 0.006 0.001 0.132 0.436 0.391 0.013 0.001 0.021 123 Y 0.001 0.001 0.075 0.354 0.462 0.012 0.001 0.095 124 V 0.001 0.001 0.088 0.280 0.603 0.006 0.001 0.022 125 A 0.001 0.001 0.102 0.388 0.488 0.006 0.001 0.015 126 R 0.004 0.001 0.071 0.156 0.500 0.020 0.003 0.245 127 V 0.009 0.001 0.224 0.267 0.372 0.024 0.002 0.101 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 129 V 0.003 0.001 0.027 0.046 0.238 0.055 0.002 0.629 130 S 0.048 0.002 0.021 0.025 0.038 0.103 0.007 0.757 131 R 0.242 0.007 0.028 0.040 0.049 0.141 0.016 0.478 132 I 0.141 0.010 0.050 0.032 0.040 0.102 0.006 0.617 133 M 0.082 0.027 0.205 0.164 0.176 0.100 0.012 0.233 134 T 0.037 0.020 0.119 0.131 0.168 0.086 0.008 0.429 135 V 0.025 0.018 0.188 0.171 0.290 0.042 0.006 0.260 136 G 0.023 0.017 0.109 0.134 0.194 0.069 0.007 0.447 137 I 0.030 0.014 0.208 0.132 0.181 0.053 0.011 0.371 138 T 0.019 0.016 0.110 0.107 0.139 0.127 0.007 0.475 139 I 0.026 0.011 0.069 0.049 0.096 0.083 0.007 0.658 140 G 0.044 0.042 0.117 0.117 0.128 0.131 0.015 0.406 141 T 0.154 0.021 0.093 0.064 0.099 0.125 0.030 0.414 142 R 0.036 0.027 0.081 0.046 0.061 0.058 0.016 0.674 143 L 0.092 0.017 0.108 0.121 0.174 0.104 0.010 0.374 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 145 A 0.011 0.012 0.064 0.060 0.205 0.114 0.004 0.530 146 Y 0.148 0.073 0.060 0.072 0.090 0.080 0.008 0.469 147 A 0.164 0.129 0.055 0.073 0.139 0.078 0.011 0.350 148 T 0.140 0.166 0.041 0.051 0.069 0.092 0.011 0.430 149 S 0.144 0.272 0.042 0.027 0.042 0.102 0.018 0.352 150 M 0.082 0.358 0.023 0.019 0.029 0.141 0.020 0.329 151 G 0.153 0.343 0.021 0.016 0.024 0.085 0.038 0.321 152 R 0.055 0.669 0.048 0.015 0.016 0.038 0.009 0.149 153 V 0.011 0.810 0.028 0.016 0.028 0.017 0.006 0.083 154 L 0.022 0.803 0.024 0.017 0.052 0.017 0.007 0.059 155 L 0.028 0.893 0.009 0.010 0.021 0.007 0.005 0.027 156 A 0.175 0.678 0.017 0.013 0.012 0.007 0.056 0.043 157 G 0.671 0.058 0.013 0.007 0.003 0.005 0.193 0.050 158 L 0.455 0.055 0.223 0.027 0.025 0.033 0.033 0.150 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 160 D 0.001 0.002 0.004 0.001 0.011 0.018 0.001 0.963 161 D 0.019 0.007 0.006 0.001 0.001 0.086 0.002 0.879 162 E 0.048 0.023 0.001 0.001 0.001 0.671 0.002 0.253 163 L 0.108 0.586 0.007 0.002 0.004 0.027 0.002 0.263 164 D 0.005 0.873 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.108 165 A 0.018 0.867 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.097 166 Y 0.032 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 167 L 0.016 0.939 0.004 0.002 0.006 0.002 0.003 0.027 168 E 0.046 0.840 0.005 0.002 0.004 0.012 0.017 0.075 169 K 0.298 0.542 0.012 0.002 0.001 0.006 0.062 0.076 170 L 0.256 0.544 0.053 0.005 0.004 0.007 0.048 0.082 171 D 0.083 0.204 0.085 0.012 0.013 0.056 0.047 0.500 172 I 0.079 0.100 0.127 0.016 0.028 0.059 0.015 0.576 173 Q 0.100 0.120 0.098 0.023 0.031 0.224 0.019 0.385 174 R 0.134 0.099 0.094 0.016 0.017 0.123 0.023 0.494 175 L 0.127 0.161 0.202 0.024 0.028 0.087 0.016 0.355 176 T 0.066 0.109 0.096 0.026 0.040 0.184 0.016 0.463 177 E 0.038 0.070 0.064 0.014 0.025 0.063 0.010 0.716 178 R 0.089 0.110 0.067 0.020 0.032 0.308 0.017 0.357 179 T 0.334 0.047 0.032 0.010 0.018 0.228 0.027 0.304 180 I 0.122 0.218 0.104 0.031 0.033 0.066 0.011 0.415 181 T 0.032 0.118 0.067 0.031 0.039 0.300 0.011 0.402 182 A 0.113 0.072 0.023 0.011 0.027 0.338 0.011 0.404 183 R 0.075 0.126 0.015 0.004 0.029 0.119 0.005 0.626 184 D 0.016 0.080 0.004 0.001 0.005 0.194 0.003 0.696 185 E 0.024 0.252 0.001 0.001 0.001 0.355 0.004 0.363 186 L 0.018 0.902 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.063 187 K 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 188 A 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 189 A 0.010 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 190 I 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 191 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 192 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 193 V 0.016 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 194 R 0.007 0.967 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.014 195 A 0.017 0.892 0.006 0.004 0.004 0.005 0.021 0.051 196 D 0.090 0.670 0.021 0.009 0.004 0.008 0.122 0.077 197 G 0.535 0.124 0.036 0.019 0.005 0.006 0.195 0.080 198 I 0.080 0.020 0.580 0.046 0.050 0.056 0.011 0.158 199 C 0.019 0.009 0.149 0.184 0.253 0.067 0.004 0.315 200 V 0.036 0.011 0.216 0.226 0.306 0.050 0.003 0.151 201 L 0.012 0.017 0.123 0.221 0.245 0.066 0.003 0.313 202 D 0.011 0.014 0.085 0.077 0.199 0.049 0.004 0.563 203 Q 0.032 0.011 0.018 0.041 0.107 0.210 0.008 0.572 204 E 0.120 0.014 0.007 0.017 0.035 0.498 0.013 0.297 205 L 0.191 0.132 0.022 0.042 0.066 0.147 0.020 0.381 206 E 0.054 0.279 0.035 0.056 0.096 0.110 0.012 0.358 207 A 0.012 0.105 0.015 0.025 0.033 0.040 0.007 0.763 208 G 0.143 0.169 0.031 0.065 0.088 0.070 0.045 0.389 209 L 0.326 0.114 0.083 0.075 0.094 0.064 0.028 0.216 210 R 0.046 0.087 0.253 0.229 0.173 0.052 0.020 0.141 211 S 0.043 0.033 0.125 0.152 0.195 0.071 0.011 0.371 212 M 0.026 0.025 0.347 0.207 0.276 0.032 0.009 0.078 213 A 0.019 0.035 0.218 0.179 0.335 0.049 0.012 0.151 214 A 0.021 0.005 0.271 0.268 0.235 0.029 0.009 0.161 215 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.993 216 I 0.010 0.003 0.105 0.167 0.438 0.076 0.003 0.198 217 R 0.046 0.011 0.070 0.155 0.161 0.066 0.005 0.487 218 G 0.034 0.009 0.031 0.105 0.277 0.057 0.012 0.476 219 A 0.104 0.007 0.028 0.032 0.054 0.122 0.008 0.646 220 S 0.027 0.006 0.011 0.019 0.016 0.156 0.019 0.745 221 G 0.235 0.011 0.023 0.050 0.028 0.096 0.117 0.440 222 L 0.343 0.003 0.098 0.044 0.064 0.283 0.014 0.151 223 T 0.017 0.002 0.076 0.169 0.211 0.134 0.004 0.387 224 V 0.008 0.003 0.106 0.284 0.497 0.042 0.001 0.058 225 A 0.004 0.002 0.194 0.366 0.366 0.020 0.001 0.047 226 A 0.003 0.002 0.142 0.299 0.496 0.015 0.001 0.043 227 V 0.003 0.002 0.193 0.310 0.464 0.010 0.001 0.017 228 N 0.003 0.004 0.135 0.347 0.412 0.022 0.002 0.074 229 I 0.005 0.005 0.171 0.254 0.454 0.018 0.004 0.090 230 S 0.014 0.008 0.121 0.125 0.349 0.084 0.010 0.289 231 T 0.075 0.007 0.079 0.170 0.240 0.113 0.014 0.302 232 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 233 A 0.011 0.009 0.037 0.049 0.150 0.142 0.005 0.598 234 A 0.233 0.053 0.033 0.028 0.046 0.143 0.017 0.445 235 R 0.384 0.077 0.028 0.032 0.045 0.067 0.024 0.344 236 Y 0.447 0.053 0.079 0.035 0.035 0.073 0.011 0.267 237 S 0.093 0.052 0.045 0.027 0.045 0.203 0.011 0.524 238 L 0.023 0.025 0.015 0.005 0.042 0.026 0.003 0.860 239 E 0.015 0.027 0.006 0.003 0.012 0.288 0.003 0.646 240 D 0.037 0.030 0.001 0.001 0.002 0.675 0.005 0.249 241 L 0.082 0.765 0.002 0.001 0.002 0.012 0.003 0.133 242 H 0.014 0.855 0.005 0.002 0.006 0.012 0.003 0.105 243 S 0.033 0.738 0.005 0.003 0.004 0.012 0.009 0.196 244 D 0.162 0.606 0.003 0.002 0.002 0.010 0.025 0.189 245 L 0.240 0.557 0.008 0.002 0.003 0.016 0.043 0.130 246 I 0.072 0.633 0.045 0.005 0.007 0.030 0.011 0.197 247 P 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 248 S 0.010 0.284 0.005 0.003 0.005 0.101 0.003 0.589 249 L 0.067 0.744 0.006 0.001 0.001 0.017 0.007 0.156 250 R 0.006 0.950 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 251 V 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 252 T 0.018 0.925 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.047 253 A 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 254 T 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 255 D 0.015 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 256 I 0.028 0.889 0.004 0.001 0.002 0.002 0.010 0.064 257 E 0.022 0.827 0.010 0.003 0.007 0.011 0.008 0.111 258 Q 0.045 0.735 0.008 0.003 0.004 0.013 0.014 0.179 259 D 0.142 0.605 0.017 0.003 0.003 0.019 0.037 0.176 260 L 0.123 0.656 0.028 0.007 0.005 0.012 0.031 0.138 261 A 0.131 0.382 0.072 0.021 0.018 0.061 0.047 0.267 262 T 0.088 0.146 0.078 0.020 0.022 0.058 0.025 0.563 263 V 0.114 0.154 0.087 0.026 0.037 0.075 0.016 0.490 264 N 0.043 0.077 0.051 0.021 0.025 0.173 0.016 0.594 265 R 0.084 0.070 0.054 0.021 0.028 0.095 0.016 0.633